|
|
|
GGUCUGUGAUGCCCUUGAAUUCAUCUAGGGGUAUCCUAACAGUUUUAGGGCGGUGAUCCAACCGUCCCUGAGGCGACAUCUCCAAGUUCUGGGGAGUGGUGGUUGACCGUUCACACGGUCCGUCGCGACGACCCGGGGCCAGUUCUAGUGGACUGGUCCAGAGACUAAGCGGGGGUGGGCGAUUCCAGUUAAGAGGAACGCUUCAGAUAUAGUCCAACAACGAGCGCUCACGCGUUCGAUCUACGUGUAGAUGUUCUGGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))...((((((....((((((..((((((((((..........))).))))))).....))))))((((((((....))))))))...[.[[[[[...))))))(((((.((((........)))))))))......]]]]]].((..(((((((....)))))))......))..............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.......(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...........)))))))((((.((((........)))))))).))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....)))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.((((..(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...))))....))))))).(((.((((........)))))))..)))))....(((((((.(((((((....))))))).((((....)))))))..)))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((........))))))))))...)))(((((((((((((......))))))).))))))..(((((((......((((..((.(((((.((((((....)))))).))))).))..))))((((((((((....))))))))))...........)))))))((((.((((........))))))))..................(((((((....)))))))(((((....)))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((........)))))))))).......((((((((((((......))))))).)))))......(((........(((..((.(((((.((((((....)))))).))))).))..))).((((((((((....))))))))))............)))........((((........))))......................(((((((....))))))).((((....))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((....((((((..........)))))).......))).))..(((((((......)))))))(((((((..(((((((..((.(((((..((.((((..(((((......)))))..)))).))..)))))(((((((((....))))))))).....)).....))))))).....((((........)))).)))))))..............(((((((....)))))))(((((....)))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.....).))))))))))...)))(((((((((((((......))))))).))))))..(((((((.(((.(((((..((.(((((.((((((....)))))).))))).))..))))((((((((((....)))))))))).)..)))....)))))))((((.((((........))))))))..................(((((((....)))))))((((((()))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.((((..(((.....((((..((((((....))))))..)))).....))).((((((((((....))))))))))...))))....)))))))((((.((((........)))))))).)))))....(((((((.(((((((....))))))).((((....)))))))..)))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.((((.((((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))))((((((((((....))))))))))...))))....))))))).(((.((((........)))))))..))))).....(((.....(((((((.((((((.......)))))))).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(((((((((..........)))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((......((((..((.(((((.((((((....)))))).))))).))..))))((((((((((....))))))))))...........)))))))((((.((((........)))))))).[[[[......)).....(((((((....))))))).(((......)))...]]]].. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((..(....(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....)))))))))).....).....))))))).(((.((((........)))))))..))))).....(((....(((((((....))))))).((((....)))).....))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((........))))))))))...)))).....(((((((......)))))))((((((((...((((((.....)))))).........((((((....))))))..((((.....((((((((((((((....))))))))))..........)))).....))))((((........))))))))))))......((((....(((((((....)))))))((((((..))))))....)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.......(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...........))))))).(((.((((........)))))))..))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((((((.....).))))))))))......((((((((((((((...).)))).)))))))))..(((((((.(((((((((.....(((((.((((((....)))))).))))).....))))((((((((((....)))))))))).).))))....)))))))((((.((((........)))))))).)))))....((((....(((((((....)))))))(((((....)))))....)))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((........))))))))))...)))).....(((((((......)))))))((((((((...((((((.....))))))...(((((.((((((....)))))).))))).....((((((((((((((....))))))))))..........))))..((((....))))...........))))))))......((((....(((((((....)))))))....((((....))))..)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.......(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...........))))))).(((.((((........)))))))..))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........)))))))))).((...(((((((((((((......)))).))))))))).....((((.......(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...........)))).)).(((.((((........)))))))..))))).(((..((....(((((((....))))))).((((....))))))..))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.(((((((((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....)))))))))))))).))....)))))))((((.((((........)))))))).))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))..))((((((..(((((((((((((((((.......))((((((........))))))((((((((.(.((((((((..((.......))..))))(.((((((((((.((((((..))))((((.((((((((........))))))))).).))..)))))..))))))).)..(......)))))))))))))))))))))))....((((((.............).)).))).))))))))).))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(((((((((((((......)))).)))))))))..(((((((.((....(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....)))))))))).....))....)))))))((((.((((........)))))))).))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((........))))))))))......(..((((((((((......)))).))))))..)..(((((((.((((..(((..((.((((..((((((....))))))..)))).))..))).((((((((((....))))))))))...))))....))))))).(((.((((........)))))))..))))).....(((....(((((((....)))))))(((((....)))))....))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........)))).(((.....))).))))..((((((((((......)))).)))))).(((((.((((((.....)))))).........((((((....)))))).)))))....((((.((((((((((....)))))))))).............)))).((((.((((........)))))))).((((.............(((((((....))))))).((((....))))...)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((..[[[[[[...)))..]]]]]]...(((((.....))))).((((......)))){{{{{{........((((((.....))))))(((......<<<<<<.)))>>>>>>.(((.....)))...((((((((((....))))))))))..)))))...}}}}}}.(((....)))......((((....)))).........(((....(((((((....))))))).((((....)))).....))). |