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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00690



RNA: CRW_00690
Rfam family: -

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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((((((.......((((((((........)))).))))))))))......(((((((...(((((......))))))))))))..(((((((.....(((((...(((......)))..))))).(((((......))))).............))))))).(((..(((.(((((...)))))...)))..))).......)))))(((((((((..........)))))).........))).......
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((.........((((.........)))))))))))))((((..(((((((...(((((......))))))))))))..(((((((....((((((...(((......)))..))))))(((((.[[[[[))))).............)))))))..........(((((...)))))........)))).....))))))(((((((((..........)))))).........)))..]]]]]
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((.........((((.........)))))))))))))((((..((((((...((((((......))))))))))))..(((((((....((((((.................)))))).............((((....))))....)))))))..........(((((...)))))........)))).....))))))...((((((..........))))))...................
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((.((((((....(((...((((........)))).))))))))))))....(((((((...(((((......))))))))))))..(((((((....((((((...(((......)))..))))))(((((......))))).............)))))))..........((((.....))))...))).(((............))).((((((..((....))))))))...(((.........))).
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