RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00692

RNA: CRW_00692
Rfam family: Intron_gpI

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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..............(((((((....................)))))))......))))((((((....((((((....))))))......)))))).........................................(.(((....))))(((((((.((((((((...))))))))................................((..(((((((....))))))).))..........)))))))(((((........((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((...........)))))))....................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................(((((......)))))...((((((....((..((((....(((........(((((((((((((.((((.(((....))))))))..).(((((((.....)))))))....)))).....)))))))...)))...)))))).....((((...(((.....)))..))))..................))))))(((((((....)))))))................(((((....)))))...............................................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..............(((((((.((..............)).)))))))......))))(((((((...((((((....)))))).....))))))).....((((.....)).............((.......)).(.(((....))))(((((((.((((((((...))))))))((((........................))))((..(((((((....))))))).))..........)))))))(((((........((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((..((.....))))))))))).........((....)).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.[[[..))).....]]]........(((((((...........(((..[[[....)))..]]].)))))))....((((((....))))))......(((...[[[..[[[[)))..]]]].]]]..(((((((...(((.((((.(((....)))))))..)))((((((((...))))))))[[[[[........))))))).......]]]]]..(((..[[[[[....)))..]]]]].(((((...)))))..(((((..[[[[[.((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))]]]]].....(((....)))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((......(((.((...........)).))).....)))))..))).(((((......(((((((......((((....)))).((((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((...((.((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).))).....(((....)))....(((((((....))))))).((........)))))))))).))...))))).((((((((....)))))))).))))..))))....(((((....)))))..(((((((..(((...)))))))))).))))))).....)))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((....................)))))).....................((((((....))))))...................(((((((...........((((((........(((.(((....))))))[[[[[.((((((((...)))))))).............)))))).................(((((((....))))))).............]]]]]................(((((((....)))))))................(((((....)))))....................)))))))....................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((..........(((((((.((..............)).))))))).........(((((((....((((((....))))))(((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((...((.((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).))).....(((....)))....(((((((....))))))).((........)))))))))).))...))))).((((((((....)))))))).))))..))).....(((((....)))))..(((((((..(((...)))))))))).))))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..................................))))((((((.........(((((((((((...((((((....)))))).....)))))))......))))..)))))).....))))))))..(((((((...))))..(((.((((((((.((((((((...))))))))(((((......................)))))....(((((((....))))))).............))))))))......(((((.((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))))))).......))))))..
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((......((.(((((((.(((............))).))))))))).......((((((((...((((((....))))))(((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((......((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).)))(((..[[[))).]]]....(((((((....))))))).............))))))))......))))).((((((((....)))))))).))))..))).....(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))))))))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((.........(((((((......((((......))))))))))).........((((((((...((((((....)))))).....((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((......((((((((.((((((((...))))))))..(((((........((((((...))))))......(((((((....))))))).))))).......))))))))......))))).((((((((....)))))))).))))..........(((((....)))))..(((((((...........)))))))))))))))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................(((((.........((((....(((........................................................................................)))...))))..(((............................)))..............)))))(((((((........................................................)))))))......((((((......)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....((((((((..........((......))..(((((((((((.((.((..((((((((..(...((((((....)))))).....)..))))......))))...((((.......(((((((....((.((((.(((....)))))))..)).(((((((.....))))))).............)))))))..))))......((..((((((......)))))).))......)).)).))))...)))))..))..((((((((....)))))))).))).)))))...)))))..(((((..((..(((((((..((.....)))))))))..))...)))))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.((..(((........)))..))))..((((((......((((((((.(((((.....(((.....)))....((((((....))))))..((((.(((..(((((((((.....(((((......((((((....((.((((.(((....)))))))..)).(((((((.....))))))).............))))))))))).....)))).)))))..((((.(((.(((((.(((((....((..((........))..))..((((((((....))))))))...))))))))))..))).)))).))).)))).)))))...)))).)))).))))))..)).((.....)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((((....))..........((....((((.((((((((.(((((......((((..........((((((....))))))(((...))).........)))).(((...(((..((((((((((..(((.((((.(((....)))))))..)))(((((((.....)))))))(..((((...(((((((.(((((((.....))....((((((......))))))..))))).)).))))).....))))..))))..((((((((....))))))))..)))))))..))).(((((....))))).))))))))...)))).))))))))....))....))))))))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((.....)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((...........(((((..((..............))..)))))..........((((((.....((((((....))))))...............................................((.((((.(((....)))))))..)).((((((((...))))))))......................(((....)))....((((((......)))))).................................((((((((....))))))))...............(((((....))))).............................)))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....((((((((.((((((..(((............)))..))))))......((((.(((..(...((((((....)))))).....)..)))......((((((((..((((.........(((....)))))))(((((...((.((((((((.(((((((.....)))))))..(((((...............(((....)))....((((((......)))))).))))).......)))))))).))...)))))...)).)))))).)))).....))).)))))...)))))..(((((..((..(((((((..((.....)))))))))..))...)))))........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........((((......)))).....((((......)))).............))))).........((((((....)))))).(((.........))).((((.....))))...........(((.....))).(((((............))))).(((((.....))))).((((.(((........((((.....))))........((((((......)))))).))).((((.....)))).........((((..((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((...........))))))).)))).....))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..............<<<<<<.........<<<<<))))).>>>>>>.......((((.>>>>>....((((((....)))))).(((.........)))..))))....((((......(((((((..(({{{{{)).(((.....}}.}}}.))).(((((((.....)))))))aaaaa........))))))).((((..AAAAA.....[[[.))))..(((]]]..))).((((.....)))).........(((((.((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((...........))))))))))))..........)))).

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