|
|
|
AACAAGGUUCCGUUUAUGAUCCUUCUCGCCCCGUUAUGGGUUCGAGUCGCACGGAAGCCUUAGCACUAUGUGCAUUGUAUUUUAAUACGCUGCACCCGUGCUAGUGCCAAUGAUGAUGUCAUUGGUGCGACGUCAUCAAACUGCGGGAAAGCUCCUAUAUGGCAUGGGAUACCAAGCACGGCAUCACACAUUGUGUGUGAUGAGUGUGGCUGAGUUAAUGCACUCGGGUAAGGUAACAACCCCCAUGUCAAGAGGACCGACCUGCAGCCAAGCCUUUGGUUAUACCAAGGGUGCUGUUCACAGACUAAAUGAUGACGGGUUGCUAAUCACAAAGCGUGAUUGCAGCUCAAGAUAUAGUCGGACUCACUCUAGAGUGAGACAACACGUAAUACCUUCCCGCACGUGAAUUCACCGUUCCGUAGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((...............((((.((((...))))..)))).........))))))(((((...((((..................))))..))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((....((((((.....(((......((((((((((((..((((..(((((..((.....))))))).))))..((((((......))))))....)))....).)))))))).....)))....))))))(((..(((((((((...)))))))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((.((((((.....)))))))))))).......]]]]]]((((((((....))))))....(((((.............)))))......))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((.((.......)).))))((((.(((.....)))..))))....((((((((.(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))).))...((((((((((........))))))))))...((((((((...((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..((((((......))))))....))))......)))))))))..)))).((((..(((((...((((((((.....)))))))))))))...................(((((((.((((((.....)))))))))))))........))))..((((((....))))))...............)))))))).(((....)))..))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....(((((.....((((((.......((((((((((((((((....((.(((((((...(((((..((((....))))..)))))..))))))).))(((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((.....((((...(((((((((.((((...(((..(((((((((...)))))))))...))).((((((......))))))....))))......)))))))))..))))....)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........))))))))).......)))))).....))))).))))).....(((.((((.....)))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((...........(((((((......)))..))))....)))))).)))((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))((((((((((.....)))))))))).............((((((((...((((...(((((((((..(((..((((..(((((((((...))))))))).))))))((((((......)))))).)..(((....))))))))))))..)))).(.....(((((...(((((((((...)))))))))))))).....(((((.........(((((((.((((((.....)))))))))))))......))))))..((((((....))))))...............))))))))..((....))............ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................(((((((...........)))))))...(((((((...((((((...(.(((..........(((..(((..((((..((((((.........)))))).))))..((((((......))))))....))).......))).........))).)..))))))((...((((((((.....))))))))))...............)))))))(((((((..................)))))))...............((((......)))).............................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....((......))((((......)))).........)))).))))))(((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((....((((((.....((((.....(((((((.((((..((((..(((((((((...))))))))).))))..((((((......))))))....)))....)..)))))))....))))....))))))((...(((((((((...)))))))))...)).............)))))))(((((.(((((((.....))))))))))))...............((((((....))))))....(((((.............))))).................. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((....((.....(((((((......)))..))))))..)))))).)))((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))(((((((((((...))))))))))).............((((((((.(.((((.(.(((((((((.((((..((((..(((((((((...))))))))).))))))((((((......)))))).)).(((....))))))))))))).))))((.....(((((...(((((((((...)))))))))))))).....(((((.........(((((((.((((((.....)))))))))))))......))))))).(((((((()))))))).............).))))))))(((((())))).)......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((...............(((((((......)))..))))..[[[[[[.))))))........(((((.(((((....))))).)))))]]]]]]..(((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((.....((((...(((((((((.((((..((((..(((((((((...))))))))).))))...(((((......))))))))).(((....))))))))))))..))))....)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))...........(((((((((....))))))....[[[[[.......)))...]]]]].................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((.......)).))))((((.(((.....)))..))))....(((((.((.(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))).))...((((((((((........))))))))))...((((((((.(.((((...(((((((((...((..((((..(((((((((...))))))))).))))))((((((......))))))....(((....))))))))))))..))))(((((..(((((...(((((((((...))))))))))))))(((((.......)).))).(((((((.((((((.....)))))))))))))........))))).((((((....))))))..............))))))))).(((....)))...)))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(({{.((aa.....))...))(((((((......)))..)))).....AA((..}}.((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))(((((((((((...)))))))))))...(((((((...<<((([[[...((((...(((((((((...((..((((..(((((((((...))))))))).))))))((((((......))))))....(((....))))))))))))..))))[[[[[)))((((...(((((((((...))))))))))))).............)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))........]]]]].((((((....))))))...............]]]...>>..............))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((.......)).))).((((.(((.....)))..))))....(((((.((.(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))).))...((((((((((........))))))))))...((((((((...((((...(((((((((...((..((((..(((((((((...))))))))).))))))((((((......))))))....(((....))))))))))))..))))(((((..(((((...(((((((((...))))))))))))))(((((.......)).))).(((((((.((((((.....)))))))))))))........))))).((((((....))))))...............)))))))).(((....)))...)))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...........((((.((((...))))..))))....)))))).)))).((((...))))((((((((((.....(((((..(((((((.(((((((((((...)))))))))))..[[[[[[[[..[[[[[[[.....[[[[...[[[[[[[[[.[[[[.)))))))(((((((((...))))))))).......((((((......))))))....]]]]......]]]]]]]]]..]]]]....]]]]]]]....(((((((((...))))))))).((((..))))......]]]]]]]].......((((((.....)))))))))))..))))))))))(((((((((((..)))))))....(((((.............)))))..........)))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((...(((.....((((.(((.....)))..))))))).)))))).)))((((((...(((((.(((((....))))).)))))..)))))).......((((((((((..[[[[[.)))))))))).((((((((((...((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..((((((......))))))....))))......)))))))))..))))(((((..(((((...((((((((.....)))))))))))))...................(((((((.((((((.....)))))))))))))........))))).((((((....))))))...............)))))))).)).....]]]]]......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((.(....))).))))((((.((((...))))..))))....((((((...(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..)))))))...((([[[[[[[[[[.)))....]]]]]]]]]]...((((((((.(.((((...(((((((((.......((((..(((((((((...))))))))).))))..((((((......))))))....(((....))))))))))))..))))(((((.((((((...(((((((((...))))))))))))))(((((.......)).))).(((((((.((((((.....))))))))))))).......)))))).((((((....))))))..............)))))))))((((....))).)))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....(((((.....((((((.(.....((((((((((((((((....((.(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))).))(((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((...(.((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..((((((......))))))....))))......)))))))))..)))).)..)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........))))))))).....).)))))).....))))).))))).((..(((.((((.....))))))).)) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((...........(((((((......)))..))))....)))).))))))(((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))).(((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((.....((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..((((((......))))))....))))......)))))))))..))))....)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))...........((.((((((....))))))....(((((.............)))))......)))).((...)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....(((((.....((((((.(.....((((((((((((((((....((.(((((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))))).))(((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((...(.((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))...(((((......))))))))).(((....))))))))))))..)))).)..)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........))))))))).....).)))))).....))))).))))).((..(((.((((.....))))))).)) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........)))..((((((..(((((((......)))..))))......((((((..((((((...((((((((((((..))))))))))))..))))))))(((((((((...)))))))))...(.(((((((((((((((((....(((....(((((((((...(..)(((((.((((((((.....)))))))))))))((((((((......)))).))).)((......)))))))))))...)))...))))))))....(((((((((...)))))))))(((((..)))).)..)))))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))...((........))((((((..)))))).((........))..)))))(((..)))))))))((........)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((....(......((((.(((.....)))..)))).)..))))...))).(((((...(((((.(((((....))))).)))))..))))).(..((((((((...))))))))..)...(((((((..(((((((...(.((((...(((((((((..(((..((((..(((((((((...))))))))).))))..((((((......))))))....))).......)))))))))..)))).)..)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))..............((((((....))))))............................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((.......)).))))((((.(((.....)))..))))....((((((((..((((((...(((((..((((....))))..)))))..))))))..))...((((((((((........))))))))))...((((((((...((((...(((((((((.((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..((((((......))))))....))))......)))))))))..))))(((((..(((((...((((((((.....)))))))))))))...................(((((((.((((((.....)))))))))))))........))))).((((((....))))))...............)))))))).(((....)))..))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.............))).(((((((......))))..)))..(((((...((....))....)))))...((((....)))).(((((....)).))).((((.((((((((((........))))))))))......((((....))))...)))).((((.......((((..((((((((.....)))))))).))))....((((......)))).(((.........)))))))...........(((((....((((((....)))))).......((((.((((.((((.......)).))))))..(((.((((((.....)))))))))))))........))))).((((((....))))))......(((.............))).((((.....))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.............))))...((((......))))(((....{{{)))..(((((.(((.....)))..(((((....)))))..aaaa...)))..AAAA...((((((((((...bbb..))))))))))..((((((((....))))...[[[[[[[[[.......((((..((((((((.....)))))))).)))).)))((((......)))).<<<)BBB)....>>>]]]]]]]]]..ccc........)}}}.....CCC.(((.....)))..((((..((.((((ddddd..)).))))(((((((.((((((.....)))))))))))))......DDDDD...((((((....))))))....(((((.............)))))....)))).......... |