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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00694



RNA: CRW_00694
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((...(((....(((..((((((((.....(((((((((...((((((..((....))...(((((((....)))...))))))))))..(((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((....((((....(((..(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....)))))..)))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......))))))))))))).........))))))))).....))))))))...))))))..)))))....(((.((........)))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.((.......)).))(((((((((.....(((((((((...((((((..((....)).))))))......................((.(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((....((((.(..((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).)))).).))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......))))))))((((((((((((......))))))))))))........))))))))))).....)))))))))......((((((.....))))))..................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................((((((((.........))))))))...(((((((..(((((((....((((..........((((.(((..((((..((((.............))).).))))..((((((......))))))....)))......)))).........))))...)))))))....((((((((.....)))))))).................)))))))(((((((((((((......)))))))))))))...............(((((....)))))............................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.............))).((((.(((.....)))..))))...............(((((.((((.............))))..))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((...(.(((((....((((.....(((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))....).))))).)))....))))...))))))((...((((((((.....))))))))...)).............)))))))((((((((((((......)))))))))))).............((((((........))))........((((((.....))))))......))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.((.......)).))(((((((((.....((((((((((..((((((..((....)).))))))..)...................((((((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((..(.((((.(..((((.(((((((((..((((..((((((..(.....)))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).)))).).)))))..)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......))))))))((((((((((((......)))))))))))).......)))))))))))).....)))))))))......((((((.....))))))..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...............((((((((.....((((((((((((((((((.............((((.(((......)))))))))))))..(((((((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......))))))))))))).........))))))))).....)))))))).......((((((.....)))))).....)))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((.......)).))).(((((((.....(((((((((...((((((..((....))...((((..(((...)))..))))))))))..(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((...(((..((((((.........))))))..))).(.((((((......)))))).)..)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))).(((((((((((......)))))))))))...........))))))))).....)))))))....(((.((((((.....)))))).).)).((........))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((.......)).)))((((((((.....((((((((((((....((........[[[[.((((.............))))))]]]]..(((((((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((....((((....((((.(((((.(((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))......))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).................)))))))(((((((((((((......))))))))))))).........))))))))).....)))))))).......((((((.....))))))..................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.((.......)).)).((((((((.....(((((((((...((((((..((....))...((((..(((...)))..))))))))))..(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......))))))))((((((((((((......))))))))))))..........))))))))).....))))))))...(((.((((((.....)))))).)).).((........))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..............(((((((((.....((((((((((((((((((........((([[[[[[[...........)))..))))))..(((((((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((.]]]]]]]((((((.........))))))........((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).((((..))))......)))))))(((((((((((((......))))))))))))).........))))))))).....)))))))))......((((((.....)))))).....)))..........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..............(((((((((........((((.((..((((((..((....)).))))))..)).)))).((((..((((.(((((((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......)))))))))))))......))))))))..))))...)))))))))..(((.((((((.....)))))).))).)))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.............)))((((((((.....((((((((((((((((((.............((((.((((...))).)))))))))))..(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......))))))))((((((((((((......))))))))))))...)))....))))))))).....))))))))..((((.((((((.....)))))).)).))............
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((......)).((.(((..((((((((.((.....((((.((..((((((..((....)).))))))..)).))))....)).((((.(((((((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))).(((((((((((......)))))))))))........)))))))).........))))))))))).)).((((((.....))))))........)).((...))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((..(.((.(((.(((..((((((((.....((((..((((((((((((..((....))...((((.(((......)))))))))))))..(((((((((((...))))))))))))))(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......))))))))))))).........)))..)))).....))))))))))).)))((((((.....)))))).....)).)..)).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........).))))(((((((......)))..))))....((((((...((((((.(.((.(......)))).))).((((.((((((((((((((.....))))))))))...(((((((((((......))..(((....(((((((((.((((((((((((((((((.........)))))))))))).(((((((......))))))).))))))......)))))))))...)))...((((((((.(..(((((((((...)))))))))))))..)).).))..)))))))))(((((((((((((......)))))))))))))......)))))))).((((......)))).((((........)))).((((..)))).)))...))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((((((........((((.((..((((((..((....)).))))))..)).)))).......((((.(((.(((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....(((((((((...))))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......))))))))))))).......))))))).........)))))))).....(.((((((.....)))))).)................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..............(((((((((........((((.((..((((((..((....)).))))))..)).)))).((((..((((.(((((((((((((((...)))))))))))...(((((((..(((((((....((((....((((.(((((((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....)))).....))))).))))...))))...)))))))....((((((((.....)))))))).(((....)))......)))))))(((((((((((((......)))))))))))))......))))))))..))))...)))))))))..(((.((((((.....)))))).))).)))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.............))).(((((((......))))..)))..((((((...........)))))).(((......))).(((........))).((((((.....)))))).(((((..........))))).......((((........)))).((((..((((..((((((.........))))))..))))..((((((......))))))....))))...((((.((((((....))))))......((((((....)))))).......)))).((((.((((.......)).))))))........((((((.((((.......))))........((((..((((((....))))))...)))).((((((.....))))))..........))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((({{{{.........))).((((.(((.....)))..))))..((((((..((....)).)))))).(((}}}}..)))((((........))))....(((((((.((....))))))))).......((((((.....((((........)))).((((.(((((((.............)))))))[[[[[....((((((......))))))....))))...]]]]]((((((....)))))).)))))).....((((((((.....)))))))).((((.((((.......)).))))))..)))...((((((.((((.......))))........((((..((((((....))))))...)))).((((((.....))))))..........))))))..