|
|
|
AACAAGGUUUUGCAAAACAGCCAAAACAUAUCCUUCCGCACGUUCGACACAUGCUGAAGCCUUAGCUGCCCGAAAGUGACCUUCGCGACUUUCUCCCAAAACAACUCCAAAAAAAAGGAAAGGUCUUAAAAGCUAGUGCCACCACUAUGAUGUGGCGCGACACCGCCAAAUUGCGGGAAAUCCCUAAAACUUUGACUACCAAGUACACUUGUCGAAAGACGUGUAUGGCCAGGGCAACGACCUCGGGUAUGGUAAUAACGUCAAAAUAAAAUUGGUUGGUGAAAACGUGGUGUGUGUCGUCGUUCUUGUACUCGAGGACCCCACACUCCUUUUCGAAAGGGCGGGUCUCGAGGCACACACUGCAAUACUCUAUACCACACACUGACCAAAACAUGGGUUAUCCGCAGCCAAGUCCCUACCAUACAUUGCUAUUAACUGCAGUGCUGGGGGGACGCCGUUCACAGACUAGACGGCGGUGGGUCUUUUCAAACGGAAAGGGCUUAAGAUAUAGUCGGGCCUCUUCGGAGACGAAGAGGGACGUCAUUGCCUUUUACCUUUGGUUCACAAGGAAGAAGGGCAGGCUUUAAUCACCGUUCCGUAGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((............................................))))))))((((((((....))))((((....................................)))).......)))).(((((((.........)))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((..((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))....)))....).)))))).((...((((((((((.............................((((((.((((......(((((...)))))..))))))))))...........................))))))))))..)).)))...))))))(((..((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((.....))))))))).......]]]]]]((((((((((....)))))))).......((((((....((((........)))).....))))))..........))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((((.....((((...........((((.(((.((.....)).))).)))).....))))...((((((..........))))))...))))))..............((((.(((....((((((.(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......(((((..(((.....(((((((((((.((.((...(((.((((((.((((.....((((((...)))))).)))))))))))))...)).)).))))...))))))).)))..))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................)))))))(((((((((.....))))))))).........(.((..((((((((....))))))))..)).)..((((((((..(((((.....)))))..))))))))))))))....))).))))....) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.........))))))....(((.....(((..((....((..((((((((.....((((...((((((.....(((((...(((....................)))...((((((..(((..(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((....(((......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......((((((((((.....((((((((((((.(((..(((((..(((((((...........)))))))....)))))...))))))))))))))).(((...)))......)))))))))).....)))...)))))))....((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))...(((....))).....)))))))..(((((((....))))))))))))))))..)))))..((((((((....))))))))...))))))...((((.((((........)))))))).))))))))))))))...))...)))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.........)))))).....((((.(((.((.....)).))).))))...................((((......................................))))...........(((((((.........)))))))..(((((((....((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......)))..))..))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.............((((((.((((......(((.(....))))..)))))))))))))))))))))................)))))))))).....))))).)))))).....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))...(((.........))))))))))(((((((((.....))))))))).........(.((..((((((((....))))))))..)).).(((((((((.((.(((.....)))))..)))))))))...................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((.....................................))).))))))))((((........((.......))((((((((......................))))).))).....)))).(((((((.........)))))))..(((((((....((((((....(((.......(((((((((..(((((..((((....)))))))))..(((((.......))).))....)))....).))))).......((((((((((.....(((((((((((.............(((((.(((((......((((.....))))..)))))))))))))))))))))................)))))))))).....)))...))))))((...((((((......((((((........))))))....))))))...)).............)))))))(((((((((.....))))))))).........(.((..((((((((....))))))))..)).)..(((((((...(((((.....)))))...)))))))((.........)).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.........)))))).....((((.(((.((.....)).))).))))..................((((((........(..((....................)))))))))......((..(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).((((((.......)))..))).))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.............((((((.((((.....((((.((())))))).)))))))))))))))))))))................)))))))))).....))))).)))))))(...((((((.(((..((((((........)))))).))))))))))..(((.........))))))))))(((((((((.....))))))))).........(.((..((((((((....))))))))..)).).(((((((((.((.(((.....)))))..))))))))))).................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.....((((...........((((.(((...........))).)))).....))))...((((((..........))))))...))))))..............((((.(((....((((((.(((((((.........)))))))(((.(((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).(((.(((......)))..))).))))).....))))))......((((((((((.....((((((((((((.............(((((.((((.....((((((...)))))).))))))))))))))))))))).(((...)))......)))))))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))((((((.........)))))))))))((((((((.....))))))))..........(((...((((((((....))))))))))))))..((((((((..(((((.....)))))..))))))))))))))....))).))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((......).))))))..............(((((((.....((.(((((((..(((...(((((.((((.....((((((.(((....................)))))))))..........(((((((.........)))))))..(((((((.....(((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).(((.(((......)))..))).))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.((.((...(((.((((((.((((.....((((((...)))))).)))))))))))))...)).)).))))...))))))).)))))))))).....))))).))))).((...((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))...))((........)).))))))))))))))))...)))..))))))).)).....))))))).((((((....))))))((((((...(((((((((..(((((.....)))))..)))))))))...........))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.........)))))).....((((.(((......<<...))).))))......((....((((((..........))))))..........................................(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.((.(((......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......((((((((((.....((((((((((((......((.....{{{))(((((......((((.....))))..))))).}}}))))))))))))................)))))))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))...((...........))))))))).[[[[[[[.....))]]]]]]]..........>>((..((((((((....))))))))..))....((((((((.(((.((.....)))))..))))))))....................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((......).)))))).....((((.(((.((.....)).))).))))............((((((..........)))))).......................(((..(((......(((..(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).(((.(((......)))..))).))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.((.((...(((.((((((.((((.....((((((...)))))).)))))))))))))...)).)).))))...))))))).)))))))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................))))))).((((((((.....))))))))............((..((((((((....))))))))..))....((((((((..(((((.....)))))..)))))))).)))......)))..)))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......((((...............................)))))))))))....((((((..((((...))))..((((((......................))))))(((((((......(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((....(((......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).(((..)))[[[[[[........))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.]]]]]]......(((((.(((((......((((((..)))))).)))))))))))))))))))))................)))))))))).....)))...)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................))))))).((((((((.....)))))))))))))))....)))))).((((((....))))))((((((...(((((((((..(((((.....)))))..)))))))))...........))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.....[[[[)))))).....((((.(((.((.....)).))).)))).....]]]]...(((((.((((.....((((((.(((....................)))))))))..........(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......(((((..(((.....(((((((((((.((.((...(((.(((((.(((((.....(((((.....))))).)))))))))))))...)).)).))))...))))))).)))..))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................))))))))))))))))..((((((.((..(((((.......((..((((((((....))))))))..))...(((((((((..(((((.....)))))..)))))))))..)))))...)).))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((......).)))))).....((((.(((...........))).))))............((((((..........))))))............(((........)))..(((....((((((.(((((((.(......))))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....))))))))).(((.(((......)))..))).))))).....))))))......((((((((((.....(((((((((((.........(((.((((((.((((.....((((((...)))))).))))))))))))).........))))...))))))).)))))))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((.(.....))))))).)))))))))...(.((........)))))))))).((((((((.....))))))))................((((((((....))))))))........((((((((..(((((.....)))))..))))))))))))))....))).......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.....((((...........((((.(((.((.....)).))).)))).....))))...((((((..........))))))...))))))....((........((((((..(..........(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......(((((..(((.....(((((((((((.((.((...(((.((((((.((((.....(((((.....))))).)))))))))))))...)).)).))))...))))))).)))..))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................))))))))..))))))..((((((.(((.(((((.....(.((..((((((((....))))))))..)).).(((((((((..(((((.....)))))..)))))))))..))))).).)).)))))).)) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(.(((((....(((((((((((.(((((((..(((.((...)..).)))..))).(...(((.((..))))).(.(((...((((((((.(((((........))).).).))))))).)....))))..(((((.((((......)))).).).)))...((((((..((((..))))....)))))))...(((...((((..((((..)))))))).)))...((((..((.((........)).)..)..))))).))))))))))))))..(((..((((((((((((.((((.((........)).(((((.....(((((...)))))..)))))))))))))))))))))..)))((.............)).)))))).))))....((.(.(((.(((((((.((...((((((........))))))..))))))))).(.............).(((((((.(.((((........))))((((........))))..((((((((((..))))))))))((..(..((((((((.((((........)))).)))))).)))))....).)))))))).))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(......)..))))).....((((.(((.(.......).))).))))............................................................................(((((((.........)))))))..(((((((...(((((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..((..((......))..))...))))).....))))))......(((((..(((.....(..((((((((.............(((((..((((......(((((...)))))..)))).)))))))))))))..)................)))..))))).....))))).)))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................)))))))................................(.((..((((((((....))))))))..)).)..((((((((..(((((.....)))))..))))))))....................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((......).))))))....(((..((.(((.(((((.....((.(((((((..(((...(((((.((((.....((((((.(((....................)))))))))..........(((((((.........)))))))..(((((((...((((((..(((((.......(((((((((((.((((((..(((....)))))))))..(((((.......))).))...))))).....))))))......(((((..(((.....(((((((((((.(..((...(((.((((((.((((.....((((((...)))))).)))))))))))))...))..).))))...))))))).)))..))))).....)))))..))))))....((((((.(((..((((((........)))))).)))))))))..................))))))))))))))))...)))..))))))).)).....))))).((((((((....))))))))...(((..((((((((..(((((.....)))))..))))))))))).........)))..)).))) |