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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00702



RNA: CRW_00702
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((((.......))))))....((.(((...((......((((((((....))))))))...)).)))..))....(((((....(((((.....((.((((((((..((((.....))))..))).....)))))))....)))))...)))))((((..((((..............))))..))))....((((((........((((((((..............((((((....(((((((((((((......(((((((..............(((.(((((((((............................((.............)).......................(((((((((.(((((((((((.....))..))))))))).).))))))(((((((((..((((((..(((.((.(.(((.(.(((((((((((.....))))))))))))))).).))....))))))).....((((((...........(.............................................)..............))))))......))..)))))))))....))............)))))))))..)))...)))))))....)))))))).)))))....))))))..)))))))).....))))))....(((((((....)))))))...............(((.....((((((.....))))))...)))..(((..(..((....))...)..))).............((((.............))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......(.......)......)))((......))...(((((...(((((.........)))))((((((((....))))))))..........))))).((((((....(((((.....(((.((((.......(.(.((((......))))).))))))))....)))))...))))))(((..((((..((......))..))))..)))...(.((((((.........(((((((.........((((((((....))).....((((((((......((((((((..............(((((((((((.................(((((((((..(((.............)))((((.(((.(((((........(((((((((.(((((((((...........))))))))).).)))))).))..((((((.(........).)))))).....((((((((((((...))))))))))))...........))))).))).)))).....)))))))))..((.(((((..............(((.........)))........(((((......(...).....))))).......)))))..))..................).)))))).))))...))))))))....)))))))).........)))))....)))))))......)))))))....((((((....))))))((((.(((((......(((((...(((.......))).....)))))..(((.((((.........)))).)))......((......))....))))).))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((((.......))))))....((((((..((((.....((((((((....))))))))..))))))).)))....(((((....(((((.....((.((((((((..((((.....))))..))).....)))))))....)))))...)))))((((..((((((((....))))..))))..))))....((((((........((((((((............(((((((((...(((((((((((((......((((((((............(((((((((((((((...............(((((.((((((((.............))))).))).))))).......((((((((((((.((((((((((((...)))..))))))))).).)))))((((((((((..((((((..((((((.(.(((.(.((((((((((((...)))))))))))))))).).)))...))))))).....(((((((.......(((((...........................................)))))(....)....)))))))......))..))))))))))..))))))........))))))))))).)))).))))))))....)))))))).)))))...))))))))))))))))).....))))))....(((((((....)))))))...............(((((...((((((.....)))))).))))).((((.((((((....))).))).))))............((((((.........))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.........)))......)))((((((.[[[...))))))....]]]...(((((((((.........))))))))).........(((((((....((((((....(((((........((((((((..((((.....))))..))).....)))))......)))))...))))))(((..((((.(((.....)))..))))..))).............)))))))..(((................(((....)))........((((((((...((((((((((((.(((((....))))).))))......))))))))...))))))))....)))...............((((((.(((((((((((..(((((((((((..(((((((((.(((...))).)))))))))...)))))((((((((((....((((..(((......(((...((((((((((((...)))))))))))).))).........)))))))(((..(((((((((((((((((.((((((..(((.........))))))))).)))).)))))))..((((((....)))))))))))).)))......))))))))))..)))))).(((.....))).(((.....)))...)))).))))))).))))))....................(((...[[[[[[[[)))...(((((((....)))))))................]]]]]]]]......................((((..[[[[)))).....]]]]...(((..[[[[...))).........]]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......................))).(((((.(((.....)))...(((((((.....)))))))((((((((....)))))))).....(((((((.(((.(((((....(((((.....(((.(((((((..((((.....))))..))).....)))))))....)))))...))))).(((..((((..((......))..))))..)))..........))))))))))......))))).((((.....(((.....((((((((((((...((((..(((((((((.((((((.((((((((((((((((((...(((((.((.((((((((((((..(((................((((.(((.(((((.((((...((((((((..(((((((((.(((...))).)))))))))...))))).)))..)))).........((((....))))..(((.((((((((((...)))))))))))))..........))))).))).)))))))..))))))))).))).))))))).((((((.............(((((.....))))).((((((....))))))...((((.((..........)).)))).))))))........)))))))).)))))))......)))..)))))).(((((((((...((((((((....)))))))).))))))..)))(((((((....)))))))...(((((((.....(((((...(((((((...))))))).)))))......))))).)))))))))))..)))))))).)))))))).....))).....))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......................)))((((((.......)))))).....................((((((((....))))))))......((((((.(((((((((....(((((.....((.((((((((..((((.....))))..))).....)))))))....)))))...))))))(((..((((..............))))..))).....ccccc)))))))))((((((((..............(((aaa.)))(((((((((((((......((((((((............(((((((((((((((...............((((([[[[.((bb...............))......)))..........<<<<<(((((..(((((((((...........)))))))))...)))))<<<<<<<<<<..<<<....................(((((((((((.....)))))))))))...............<<<<<.....BB...]]]]...))...........>>>>>..................................((........)).............>>>..>>>>>>>>>>..>>>>>.........)))))))))).))))).))))))))....)))))))).)))))....AAA.....))))))))......CCCCC....(((((((....))))))).....(((((.....(((((...((((((.....)))))).))))).{{{{.))))).............}}}}.................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((((.......)))))....((((((.....)))))).((((((((....)))))))).....(((((((.(((.(((((....(((((.....(((.(((((((..((((.....))))..))).....)))))))....)))))...))))).(((..((((..((......))..))))..)))..........))))))))))..............................((((((.((((...((((..(((((((((.((((((.((((((((((((((((((...(....(((.((((((((((((..(((................((((.(((.(((((.((((....(((((((..(((((((((.(((...))).)))))))))...)))))).)...))))...........(......)((..(.((((((((((((...))))))))))))).)).......))))).))).)))))))..))))))))).))).)))...).((((((.............................((((((....))))))....(((.(............).)))..))))))........)))))))))).)))))......)))..)))))).....(..........((((......))))........)......(((((((....)))))))...(.(((((.....(((((...(((((((...))))))).)))))......)))))..))))))))))..))))))))..))))))((((...........)))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..........[[[[[[[[[[[[[[[[..........(((((...(((((((.....)))))))((((((((....))))))))..........))))).((((((....(((((.......((((((.........((((((((..)))))))).)))))).....)))))...))))))(((..((((..............))))..))).....[[[[[[........[[[[[[[............[[[[[[[[[[........[[[[[[[[......[[[[[[[[...............[[[[[[[[[[[[............(((((........................((((((..))))))....)))))[[[[[[(((((..(((((((((...........)))))))))...)))))[[[[[[[[[[........[[[[[[.))))).....((((((((((((...))))))))))))..]]]]]]..((((...........(((((((..................(((((..((((((((...))))))))...........)))))..........)))))))))))......]]]]]]]]]]..]]]]]]........]]]]]]]]]]]].....]]]]]]]]....]]]]]]]].........]]]]]]]]]]]]]]]]].....]]]]]]....(((((((....)))))))...]]].........]]]]]]].(((((((...)))))))....(((((......)))))......]]]]]]..............((((((.........))))))
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.........)))......)))((((((.......))))))..(((((((.....)))))))((((((((....)))))))).....(((((((.(((((((((....(((((.....((.(((((((((.((((.bbb.))))).)))BBB..)))))))....)))))...)))))((((..((((..............))))..))))........))))))))))).((((((.......................aaaaaaaaaaa...aaaa..aaaaaaaaa.((((((.((((((((((((((((((((.((((.(((.((((((((((((..(((................((((.(((.(((((.((((.....(((((((.(((((((((.(((...))).))))))))).).)))))).<<<<))))..[[[........[[[....((.(.((((((((((((...)))))))))))))))[[[[[[..))))).))).)))))))..))))))))).))).))))))).((((((..]]]]]]..............]]]....((((((....))))))...(((.....]]]......>>>>))).)))))).....)).)))))))))).)))))......)))..))))))....aaaaaa...aaaaa....))))))AAAAA.AAAAAA.....(((((((....)))))))((({{{{{{{)))..(((((...(((((((...))))))).)))))......}}}}}.}}AAAAAAAAA..AAAAAAAA.AAAAAAA(((((.........))))).
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(..)(((((..(((..((((.(.((((((.(......))))))((((((....((((((((((((((((((((..)))))))))((.((........)).)).(................)...)))))....((((.....)))).))))))...))))))(((.((((((((.(((((((((..(((((((((..)))))..))))..))))...(......).))))).)))))))..))))....((((((....(((.((((((((((..)(.(...).))))(((...))).((((...)))).)))))).....(((((..(.(((((((((((((((((((((.(((..))).((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......)))))..))))))))).)))).)...)))))).).)))))))))))..))))))(((((((((((((...)))))))))))))...((((......)))).))))..)))))))))))))).))))..)))))(((.......))))))...)))))))).)))))))...)))))(((((((((((((.............)))((...(((((..))).((((((((..)))))))))).))(.(((........))).)))))))))))..(((((........)))))((((((((....(((((((((..)))))))))..............))))))))((((((.....))))))...(..((((......))))((((..))))((.((...)))))...(((((((((..))))).))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................((.(((...........((((((((....))))))))......)))..)).......(((((.(((((((...((.((((((((..((((.....))))..))).....))))))).....((.((((((....(((..((((..............))))..))).....(((((.........((((((((..(((..........................................................((((..(((((((((...............((..(.....((((.............))))......)..)).......(((((((((((..(((((((((.(((...))).)))))))))...)))))((((((((((..(((..............(((.(..(((((((((((...))))))))))).))))..............................((((((...................................)).)))).....((((((....))))))...........)))..))))))))))..))))))........)))))))))...)))).................................)))...))))))))......)))))....(((((((....)))))))........................(((((.....))))).............)))))).))......))))).)).))))).....((((.............))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((.((((.((((((.......))))))..((((..(.....)..))))((((((((....))))))))...........)))).))).(((((.(((((((...(((.(((((((..((((.....))))..))).....))))))).....((.(((((((((.(((..((((..((......))..))))..))).......(((((..((...((((((((.(((((........((((((.(((((((((..(((.....)))..)))))))))(((((.(((((((((((((((..(...............((..((((.(((((.............))))).))).)..)).......(((((((((((..(((((((((.(((...))).)))))))))...)))))((((((((((..(((.((...(((((..(((....(((((((((((.....)))))))))))..(((((((..((..(((((....(((................)))....))))).))..)))))))........)))..)))))..((((((....)))))).......))..)))..))))))))))..))))))........)..))))))))).)))......)))..)))))..))))))........)))))..)))))))).(((((((((.....(((((((....)))))))((((.....))))..)))))))))............))..)))))...))).)))))).))......))))).)).))))).....((((((.........))))))