|
|
|
UAGCCGAGGCUAACCUGCUAAUCUGGUUUGGUCUGGUUAUAUGUCACAAAUUGCUAGGAAACCUUUUUAUUUUAAAAACAAAAGACAAUUAGCAGGAAACUUAAUUUAACCUAAUUAAAAAUAUUAGAUAAUUAAACUCUUAUAGACUAAACGUGACAAUUUAAUAUAUAUAUAUAUUUAUUUAUAUAUAUGAUUAAAUAAGAUAUAGUCAAUCAUCGGUGUGAAUCGACUUAAAAAAAAAAGCACAUGGGUUAAACCCAUCCCCCCUUAUUAGGGGAAUCAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
......(((((((..............))))))).......((((((....((((((....((((((............))))))...))))))((.....(((((.......................)))))...))...[.[[[[[...))))))((((((((((((((((........))))))))).)))))))......]]]]]].(..(((((....))))).................((((((...))))))............)...........
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((....))))))).((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((.........))).....)))..))))..)))).(((...((((((....(((((.......)))))..))))))..)))..))))))))..(((...(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))....((.((((..((((....))))...))))))..........))).(((((...)))))...(((((....))))).)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....)))).(((((((((..(((((..((((((...............)))))))))))........................)))))))))..............(((((.......))))).................(((((.........((((((((((((((((........))))))))).)))))))......))))).....(((((....))))).................((((((...))))))..(((((....)))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....)))..(((((((((..(((((((.(.........).).))))))..........(((((............)))))...)))))))))....((((((....(((((.......)))))..)))))).........(((((..........(((((((((((((((.(....).))))))))).)))))).......)))))...(....((((....................))))((((((...)))))).((((.......))))......). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..))))).(((((((((..(((((..((((((.((.........)).)))))))))))((((............))))....))))))))).....((((.....(((((.......)))))...))))..........(((((.........((((((((((((((((........))))))))).)))))))......))))).....(((((....))))).................((((((...))))))..(((((....)))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.[[[[.))).....]]]]...(((((((...((((((...(((((((.....(((((............)))))....))))))).....((((((....(((((.......)))))..))))))..(((...)))......))))))(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))................(((((....)))))............(((..[[[[)))....]]]]..(((((....)))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((....))))))).((((((((((((((((((.((........(((((((.....(((((............)))))....)))))))........)).))))(((((.......)))))...............))))))))))......(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))..(((.......))).(((((....))))).................((((((...))))))..(((((....)))))...)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....)))..(((((((((..........(((((.....[[[[[.....))))).....(((((............)))))...))))))))).....((((.....(((((.......)))))...))))..................]]]]].((((((((((((((((........))))))))).)))))))...............................................((((((...))))))..(((((....)))))........ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....)))).((.........))...................((...(((((((.....(((((............)))))....)))))))......(((((....(((((.......)))))..)))))..................))....(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))................(((((....))))).................((((((...))))))..(((((....)))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..))))).((((((((([[[[[[[[[[[[[[[[[..((((..................((((((...)))))).....)))))))))))))..........]]]]]((((((...........)))))).........]]]]]]]]].((((.(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))........))))....(((((....))))).................((((((...))))))..(((((....)))))...]]].. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((.........)))).))))))))))..((((((...(((((((.....(((((............)))))....))))))).....((((((....(((((.......)))))..)))))).........[[[[[...))))))(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))......]]]]].....(((((....))))).................(((((.....)))))..(((((....)))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....)))).........(((..(((............[[[[[[...[[[[[[[.))).(((((............)))))....]]]]]]].....((((((....(((((.......)))))..)))))).........(((((...]]]]]](((((((.((((((((((......)))))))))))))))))......))))).....(((((....)))))(((........)))...((((((...))))))..(((((....)))))....))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....)))).(((((((((..(((((..((((((...............)))))))))))......((((......))))....)))))))))........(((((((((...............................(((((.........(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))......))))).....(((((....)))))..................))))))))).......(((((....)))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....)))).........((((((.((((.((..((((((((((...(((((((.....(((((............)))))....))))))).....((((((....(((((.......)))))..)))))).................))))).(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))...)))))..))))))(((((....))))).................(((((.....)))))..(((((....))))).)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((.........)).))))))))))).((((((((...(((((((.....(((((............)))))....))))))).....((((((....(((((.......)))))..)))))).................))))).(((((((.((((((((((......))))))))))))))))).....)))........(((((....))))).................(((((.....)))))..(((((....)))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((....))))))).(((((((((((.((..((((((((((....((((((....)(((((............))))).....)))))(....)((((((....(((((.......)))))..)))))).................))))).(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))...)))))..))))))(((((....))))).................(((((.....)))))..(((((....)))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..))))).(((((((((.((((((((((((((....(......)...))).)))..))((((((...))))))...)))))))))))))))......(.((((((((.(....((.(((...))).))((((((((((...(((((........))))(((((((((((((..))))))))))))).)....)))))).))))(((.((........)).).))(((.((..)).)))....))))))))).)(.(((((........))))))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).........................................(((...................................))).........((......(((((.......)))))....)).........................(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))...............................................((((((...))))))..(((((....)))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((....))))))).((((((.((((.((..((((((((((...(((((((.....(((((............)))))....))))))).....((((((....(((((.......)))))..)))))).................))))).(((((((.((((((((((......)))))))))))))))))...)))))..))))))(((((....))))).................(((((.....)))))..(((((....))))).)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....)))..((((((((......))))).(((.......))).........)))....(((((............)))))..(((((..((....)))))))....(((((.......))))).(((........))).....((((........))))......(((((((......))))))).((((((.........))))))....(((((....))))).................(((((.....)))))..((((......))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).(((.[[[[....))).]]]](((((....((((((.....((((.(((.....))).((((......))))......)))).(((...((((((......)))))).....((((....))))..)))............)))))).(((((.....(((((((......))))))).((((((.........))))))....(((((....))))).)))))...........(((((.....)))))..(((((....))))).))))).. |