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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00704



RNA: CRW_00704
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............((((((.(((..((((((((....)))))))).......((((((.....(((((...((..((((.((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).))))..))))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).............))))))((((((((..(((((((.((((.((.((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.((((((..((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).((((((.(((((..((((((....))))))....((((..((((((((......(((((((....((((((((((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...))))....)))))))))))))))...))))))))....(..(((((..(((.((((((....)))))).))).......((.......)).)))))..)))))..)))))..))))))...)))))))))......)))))....))))..)))))).)))))..)))))...............))))))))))....((..((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))..))....)).)))).)))))))...))))))))..)))....(((..((((.(((....))).))))..(((((((((((.......)))))))))))............)))..))).))))
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(....).)))))((((((((....))))))))............(.....(((((...((.((((..((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).))))))..))))).(((..((((((((.((........(.......)......)).))))))))..))).....(((((.((.(....((((((((.......(((((.(((((((((((((((..((((((......)))))).......(((((......((((.((((((.(.((((..((((..((((((((((((.(((((.(((((((.(.........((((.(((.((.........((((((....))))))..........((((((((......(((((((....(((((((((((.((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))..))......))))))))))))))))...)))))))))).))))))).....).))))))).)))))...)))))...............(((((.((((.......)))).))))).........)))))))))))..))))..........))))))).))))...)))))...............))))))))...(....(.((((((.(((((((((((..(((((.(.......)..)))))...))))))))))).))))))..).....).))))))))))))....))))))))..))).)))))((.((((.(((....))).))))))(((((((((((.......)))))))))))..........)..............
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((........)))))((((((((....)))))))).......((((((.....(((((..(((((.....((((((((((.(((.((((.......)))))))......))))))))))...))))).))))).(((..((((((((..........(((.....)))........))))))))..))).(((...)))...))))))((((((((((((.....))))((((((((.........((((((......)))))).......(((((.....(((((.(((((((.((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).((((((.(((((..((((((....))))))..........((((((((......(((((((....((((((((((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...))))....)))))))))))))))...))))))))...(((((((((......((((((....)))))).(((.....(((.....))))))))))))))).....)))))..))))))...)))))))))......)))))....)))).))))))).)))))..)))))((((((...........(((((.....))))).((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))..)))))).)))))))).........)))))))).........(((..((((.(((....))).))))..(((((((((((.......))))))))))).[[[[[......)))....]]]]].
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((........)))))((((((((....)))))))).......((((({{....(((((..((((.((...((((((((((.(((.((((.......)))))))......))))))))))..)))))).))))).(((..((((((((.............................))))))))..))).....{{{{{.{{.)))))((((((((((......<<<)).((((((..(((((...((((((......)))))).......((((.....((ccc(([[[[..))..cc)).(((...((((((((.....(((((.(((((((...............................(((((......)))))..((((......aaaaa))))....((((((......(((((.....((((((....(((((((((......))))))...)))bbbbb)))))).......dd...)))))DD)))))).....AAAAA........BBBBB......))))))).)))))........................((...((((.......))))...)).........)))))))).......))).....CC......]]]]..CCC....))))................)))))............((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))..........))))))..>>>.....))))))))...}}.}}}}}((.((((.(((....))).))))))(((((((((((.......))))))))))).........}}..............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((........)))))((((((((....)))))))).........((((((...(((((..(((.((((..((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).))))))).))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).....(((((...((....((((((((..(((((((.((((.((.((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.(((((((.(((((..((((..((((((((((((.(((((.(((((((...........((((.(((.(((((((....((((((....))))))..(((((.........)))))...(((((((....((((((((((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...))))....))))))))))))))).....))).)))).))))))).......))))))).)))))...))))................(((((.((((.......)))).)))))........))))))))))))..)))........)).))))))).)))))..)))))...............))))))))))........((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))........)).)))).)))))))...))))))))...)).)))))((.((((.(((....))).))))))(((((((((((.......)))))))))))........))))))...........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((...[[[[[)))))((((((((....)))))))).........(((((((..(((((..(((((.....((((((((((.(((................)))......))))))))))...))))).)))))((((..((((((((.............................))))))))...(((......((((..))))..((((((((.......(((((((...(((((((((((..((((((......)))))).......(((((.......(((((.(((((((((...(((((..(((((((((....(((((.(((((((..........................((((((((((((..)))))))..........((((((((......(((((((....(((((((((...((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))]]]]].....))))))))))))))))...)))))))).....))))).......))))))).)))))..................((((.......((((.......))))....)))).....)))))))))......)))))......)))))))))..)))))..)))))...............))))))))))).......((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))...............)))))))....)))))))).))).....))))....)))))))............(((((((((((.......)))))))))))))))))...................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((.(((..((((((((....)))))))).......((((((.....(((((...((..((((.((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).))))..))))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).............))))))((((((((..(((((((.((((.((.((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.((((((..((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).((((((.(((((..((((((....))))))....(((...((((((((......(((((((....((((.((.((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...)))).)).))))....)))))))...))))))))...((..(((((..(((.((((((....)))))).))).......((.......)).)))))..)))))..)))))..))))))...)))))))))......)))))....))))..)))))).)))))..)))))...............))))))))))....((..((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))..))....)).)))).)))))))...))))))))..)))....(((..((((.(((....))).))))..(((((((((((.......)))))))))))............)))..))).))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((........)))))((((((((....)))))))).....{{{.{{{{{{{{{(((((..((((.(((..((((((((((((((.(((((....).)))))))....).)))))))))).))))))).))))).(((..((((((((..........(((.....)))........))))))))..))).....(((((.........((((((((..(((((((.((((....((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.((((((.(((.....((((..((((((((((((.(((((.(((((((...........((((.(((.(((((((....((((((....))))))..(((((.........)))))...(((((((....((((((((((((((((((.(..(((((((((......))))))...)))....)))))))...))))....))))))))))))))).....))).)))).))))))).......))))))).)))))...))))........(((.....(((((.((((.......)))).)))))))).....)))))))))))).............).)))))))).)))))..))))).[[[[[.........))))))))))........((((((.((((((((((((.(((((............))))).).))))))))))).))))))..]]]]]....)))).)))))))...))))))))......)))))((.((((.(((....))).))))))(((((((((((.......)))))))))))))).}}}.}}}}}}.}}}.))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((.(((..((((((((....)))))))).......((((((.....(((((...((..((((.((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).))))..))))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).............))))))((((((((..(((((((.((((.((.((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.((((((..((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).((((((.(((((..((((((....))))))....((((..((((((((......(((((((..(.((((.((.((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...)))).)).)))).)..)))))))...))))))))....(..(((((..(((.((((((....)))))).))).......((.......)).)))))..)))))..)))))..))))))...)))))))))......)))))....))))..)))))).)))))..)))))...............))))))))))....((..((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).))))))..))....)).)))).)))))))...))))))))..)))....(((..((((.(((....))).))))..(((((((((((.......)))))))))))............)))..))).))).
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((........)))))((((((((....))))))))......((..(((((...(((((...((.......((((((((((.(((.((((.......)))))))......)))))))))).....))..))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).....(((((.((.(....((((((((..(((((((.((((.(..((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((.((((((..((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).((((((.(((((..((((((....))))))....(((....(((((((......(((((((.....(((.((.((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...)))).)).))).....)))))))...))))))).....(..(((((..(((.((((((....)))))).)))...................)))))..).)))..)))))..))))))...)))))))))......)))))....))))..)))))).)))))..)))))...............))))))))))........((((((.(((((((((((..(((((............)))))...))))))))))).)))))).........).)))).)))))))...))))))))..))).)))))((.((((.(((....))).))))))(((((((((((.......)))))))))))........)))))..))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((.(((..((((((((....)))))))).......((((((.....(((((...((..(((..((((((((((.(((.((((.......)))))))......))))))))))..)))..))))))).(((..((((((((.((.......(((.....))).....)).))))))))..))).............))))))((((((((..((..(((.((((.((.((((((((((..((((((......)))))).......(((((.....(((((..(((((..((((..(((((..(((((((((........((((..(((((...)))))..)))).(((..(.(((((..((((((....))))))....((((..((((((((......(((((((....((((((((((((((((((....(((((((((......))))))...))).....))))))...))))....)))))))))))))))...))))))))....(..(((((..(((.((((((....)))))).))).......((.......)).)))))..)))))..)))))..)..)))...)))))))))......)))))....))))..)))))..)))))..)))))...............))))))))))....((..((((((..((((((((((..(((((............)))))...))))))))))..))))))..))....)).)))).)))..))...))))))))..)))....(((..((((..((....))..))))..(((((((((((.......)))))))))))............)))..))).))).