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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00706



RNA: CRW_00706
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......(((((...((((((..(((((((((.(((((......)))))((.((((((((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........)))))).))))))))..))))..)))))...))))))...)))))...(((..(((((((....))))))).((((..(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((....((((((((((((((.(((((.(((((...............((((((((.......((((((....(((((.((((..........................)))).))))).))))))....))))))))..(((((((((.....(((.....((((((((((((.((((.......(((((....((((((........))))))..))))).............((((.(((((((....(((((..........(((((((((....(((((...((((((((...((((...)))).))))))))...))))).)))))))))..)))))...((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).))))))))))).............))))))).))))..)))))))))))))))).(((((..........))))).......)))..(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))....((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..)).))))))))..)))))))))...............))))))).)).))))))..)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))...))))))))))...))))...........))).))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.........)))).))).(((((((((((((....((((((((.((((((((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........)))))).))))))))))((((((....(((....)))))))))....(((((((((((((....)))))))..(((((((.......((((((((.(((((((....(((((.((....((((((((((((((((.(((((((......(((.........))).......))))))))))))))))..(((((((((....((((((.....(((((......(((((((.....((((((.(((((((((((..(((((......((((((.(((.........)))...))))))........))))).........)))..))))))))..((((...((((((..........))))))..)))).))))))(((((..((((...((((((.((((((.....................))))))(((.(((((((....(((((.((.......(((((((((.....((((...((((((((...............))))))))...))))..))))))))))))))))...(((((((((((.((((((((........(((((..(((..........)))..)))))..)))))))).....))))))))))).............))))))).)))..)))))).((((((((...........))))))))))))...(((((((.......)))))))...))))).((((((.....))))))..))))))).....((((((((......))))))))))))).(((((((...(((.............))).((((..((((((((((((((....)))).))))))))))...)))).........))))))).))))))..)))))))))(((((....))))).))))))).)).)))))...)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))).))))))).))))))..))))....))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((((((((...................((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........))))))((((((((((.(((....)))).)))))))))...............(((((((....)))))))..((...((((((((((((((((..(((((((....(((((.((....((((((((((((((((....)))))....((....(((((((.(((....))))))))))..))))))..(((((((((....(((((((..(((((.((((((.(((........))).))...(((((((..................((((.((((..........................)))).))))............)))))))((((((((((((...........................(((........................((((((.....................)))))).....((((((....)))))).........(((((((((......(.....((((((((....((.....))..)))))))).....)...)))))))))............(((((((((..(((((............................................)))))......))))))))).............................)))((.((((((((...........)))))))).))..............(((((..........((((.((((((.....)))))).)))).........((((((((......))))))))....((.......))....))))).....)))))))))))).(((((((((...............)))))))))........)))).))))..))))))...))..)))))))))...............))))))).)).)))))...)))))))...((.(((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))).))))))))...))))))))))....)).......)))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......(((....(((((((....((((..........((((((......))))))....(((((((....((((........))))...)))))))((...((((((.....))))))..)).....(.(((((((......(((((((((..(((....)))..)))))))))..((((.(((.....(((((((....)))))))..................((((((....))))))))).))))(.....(((........(((((....))))).....)))....)((((((((((.((((....................)))).))))).)))))..........(((((.(((........))).)))))(((((((.........((..((.((((((((..........((((..........)))).......)))))))).))..)))))))))((((((((((((...................................(((((((.((......((.((((((.......(((.....)))...))))))))..((((((.....(((((.....((((.......))))......(((((((((((.........(((.....))).....)))))).)))))........))))).....(((((((((.(((((((.........(((((..(((..........)))..)))))...))))))).....)))))))))................))))))..........((.((((((((...........)))))))).)).)).))))))..)(((((((.........((((.(((((.......))))).)))).........((((((((......))))))))....(((.....)))...)))))))....)))))))))))).((((((((((.............))))))))))...............))))))).....)))))....))))))).....)))...((((((((.............((((((.........(((((((((.....((((......)))).....)))))))))..))))))............)))))))).....)))))))...........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((((((((((..(((((((.((......)((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........))))))((((((((((.(((....)))).)))))))))........).)))).(((((((....))))))).((((..((((((((((((((((..(((((((..(.(((((.((....((((((((((((((((....)))))....((((..(((((((.(((....))))))))))))))))))..(((((((((.(..((((((((((((((.((((((.(((........))).))...(((((((.............((.((((((.((((..........................)))).)))))...).))....)))))))((((((((((((.((..........((((((((((((.((((........................((((((.....................)))))).....((((((....)))))).........(((((((((..(.(((((...((((((((...((((...)))).))))))))...)))))))))))))))..((.......(((((((((((((((((((......((..............))................))))))))...).)))))))))).................)).........)))))))))))))))).(((((..........)))))............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...))))))).)).)))))))))))).((((((((((((((....)))).))))))))))........)))).))))..)).))))))))).)))))))))(((((....))))).))))))).)).))))))..)))))))...((.(((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))).))))))))...))))))))))...))))..))).))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((...((((((..(((((((((...............((((.((((((((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........)))))).))))))))))))))..)))))...))))))...)))))..(((((((((((((....)))))))................((((((((.(((((((.....((((.......((((((((((((((((((((.........))))...((((((.(((....))))))))))))))))))..(((((((((....((((((((...((((.((((((.......((((....)))).....((((.((((.((((((....(((((.((((..(((((.......))))).......)))).))))).))))))....))))(((((((((((((((.............((((((((((((.((((.......(((((....((((((........))))))..))))).........(((((.....((((((....(((((..........(((((((((....(((((...((((((((...((((...)))).))))))))...))))).)))))))))..)))))...(((((((((((.((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))).....))))))))))).............)))))))))))...)))))))))))))))).(((((..........)))))............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).........((((((((......))))))))....(((.....)))...)))))))....)))))))))))))))...))))..(((....))))))))).))))....((((....)))).......))))))))..)))))))))(((((....))))).)))))))....))))....)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))).........))))))...............)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.........))).)))).(((((((((((((.(((((.(((((......))))).....(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...(((((.((......((((((((((.(((....))))).))))))))...)).)))))....(((((((....))))))).((((..(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((.((.((((((((..((((.(((((.(((((...((((....)))).(((((((.......(((((..((.(((((.((((..........................)))).))))).)))))))...)))))))((((((((((((.((....((.(((((((((((((((.((((.(((((.......)))))((((..((((((.....................)))))))))).((((((....)))))).........(((((((((....(((((...((((((((...((((...)))).))))))))...))))).)))))))))..(((((..(((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).)))))))))..........)))..))))).........)))))))))))))))).(((((..........)))))....((((((.......)))))).((..((((.((((((.....)))))).))))..))...((((((((((......)))))))).)).(((.....))).....))).)))).)))))))))))).((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..)))))).)).)).))))))))).((((....))))..))))))).)).))))))..)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))...))))))))))...)))).)))))))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((((((((((....(((((.((....((.((((((...(((((((....((((........))))...)))))))(({{.(((((((...)))))))..))}}............))))))<<))((((...(((....)))...))))..>>.......)).)))))(((((((....))))))).((((..(((((((((((((((((.(((((((.....((((.((....(((((((((((((([[......)))....(((....((((((.(((....)))))))))]])))))))..(((((((((....((((((((..((((.(((((..(((..................((((............................................................................aa))))(((((((((((((............................................................................................((((((....)))))).........(((((((((.....((((...((((((((...............))))))))...))))..)))))))))............(((((......................................................................)))))................................((.((((((((...........)))))))).)).............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).........((((((((......))))))))....((.......))...)))))))....)))))))))))))..AA...............................)))..))))).)))).....))))))))..)))))))))...............))))))).)).))))....)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..))))))...)))))))))))...))))......))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.........)))).))).(((((((((((((.(((((.(((((................(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))..)))))..........((((((((((.(((....))))).))))))))...(......)....(((((((....))))))).((((..(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((.((.((((((((..((((.(((((.(((((...((((....)))).(((((((.................(((((.((((..........................)))).)))))...........))))))).(((((((((((.............((((((((((((.((((.......(((......((((((........))))))....)))...................((((((....)))))).........(((((((((.....((((...((((((((...((((...)))).))))))))...))))..)))))))))..(((((..(((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).)))))))))..........)))..))))).........)))))))))))))))).(((((..........)))))............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))..((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..))))))).).)).))))))))).((((....))))..))))))).)).))))))..)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))...))))))))))...)))).)))))))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((...((((((..(((((((((.(((((......)))))((.((((((((((((...(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...))))...........)))))).))))))))..))))..)))))...))))))...)))))..(((...(((((((....))))))).......(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((....((((((((((((((.(((((.(((((...............((((((((.......((((((....(((((.((((..........................)))).))))).))))))....))))))))(((((((((((.....(((.....((((((((((((.((((.......(((((....((((((........))))))..))))).........(((((.....((((((....)))))).........(((((((((....(((((...((((((((...(((.....))).))))))))...))))).)))))))))..(((((..(((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).)))))))))..........)))..))))).)))))...)))))))))))))))).(((((..........))))).......)))..(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))..((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..)).))))))))..)))))))))...............))))))).)).))))))..)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..))))))))...))))))))))))...............)))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.........)))).))).(((((((((((((.(((((.((((((...............(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...)))).))))))..........((((((((((.(((....))))).))))))))...............(((((((....))))))).((((..(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((.(..((((((((((((((((.(((((((.(((.(((((.....))).)).)))...))))))))))))))))..(((((((((....((((((((..((((.(((((.(((((...((((....))))(((((((((((.....((((.....(((((.((((..((((.........)))).......)))).)))))..)))))))..))))))))(((((((((((.............((((((((((((.((((...(((.{{{{{.)))((((((..[[[[[[))))))..}}}}}........]]]]]].....((((((....)))))).........(((((((((..((.((((...((((((((...((((...)))).))))))))...)))))))))))))))..(((((..((((((((((((((((((((((((.((((......)))).))).(((((......))))).)))))))...)).)))))))))..........)))..))))).........)))))))))))))))).(((((..........)))))............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))..((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..))))))).)....)))))))))(((((....))))).)))))))))).))))))..)))))))......(((((((((((...(.(((((....))))))....)))))))))))..)))))))...))))))))))...)))).)))))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((...((((((..(((((((((..(((..(((((((((((((...............(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...)))).))))))).....))))))....)))..))))..)))))...))))))...)))))..(((...(((((((....))))))).......(((((((((((((((((.(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((....((((((((((((((.(((((.(((((...............((((((((.......((((((....(((((.((((..........................)))).))))).))))))....))))))))(((((((((((.....(((.....((((((((((((.((((.......(((((....((((((........))))))..))))).........(((((.....((((((....)))))).........(((((((((....(((((...((((((((...(((.....))).))))))))...))))).)))))))))..(((((..(((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).)))))))))..........)))..))))).)))))...)))))))))))))))).(((((..........))))).......)))..(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))..((((((((((((((....)))).)))))))))).))))).))))).))))..)).))))))))..)))))))))...............))))))).)).))))))..)))))))......(((((((((((.....(((((....))))).....)))))))))))..)))))))...)))))))))))))...............)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((............))))))....((((((((((..((((..((((.((((((((((((.(.((((((((....(((........)))...))))))))..((.((((((.....)))))).))((....))...)...)))))).))))))))))..((...))..(((((...)))))....(...((..((((((......)))))).))...)((((((((((((((((......))))).((((((((((((((((((((.(..((((((..))))))((((((((..((((((.............))))))))))))))(((((((........).))))))...((((((((((..((........))..)))))..((.(((.((.((((((((((((((((((((..)).(((((((.((((.((....((((.............))))...))))))..)))))))...)))))))))....(((((((((((((...(((..)))..(((((.(..)(((..)))..(((..((((((..)).((((((...(....).))))))..))))..)))..(((((...((((((((((.((((..)))).((((((...(((..)))((((......))))))))))...)))))))))).(((((((((((.((((((((((((((...))))..(((((((((((.(((...))))))))))))).)..)))...(..).))))))).)..........))))))))))...).))))))))))))))))))))).).)))))))))))))..((((((((......)))))))..))))(..((((((((((((...))))))))))))..)......((((((((((..)))))))))))))))..))))))).((((((......)).((((((((((((.(((........)))))))))))))))...)))).((((((..))))))..))))))).).))))))..(.(((((..))))))..(((((((....(((..)))...(((..)))((...))(((((((((((.(.(((((....))))).).))))))))))))))))))......)))))))))))..))))...)))))).)))).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................((((((...............(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...)))).))))))............(((((....(((....)))....)))))...........(((...(((((((....)))))))........(((((((((((((((..(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((...........................................)))))))))..(((((((((..............((((.(((((..((.........................................................................................................(((((((((((((.............((((((((((((............(((((....((((((........))))))..)))))...................((((((.....((((..........(((((((((............((((((((...((((...)))).)))))))).........)))))))))..))))....((((((((((((.(((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))....).))))))))))).............))))))............)))))))))))).(((((..........)))))............(((((((.........((((.((((((.....)))))).)))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))))....................................))..))))).))))...............)))))))))...............))))))).)).))))))..)))))))...((..((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))..))))))))...))))))))).)))........................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.(((((...((((((..(((((((((..(((..(((((((((((((...............(((((((....((((........))))...))))))).(((((((((((...)))))))...)))).))))))).....))))))....)))..))))..)))))...))))))...)))))........(((((((....))))))).((((..((((((((((((((((..(((((((..((.((((.((....((((((((((((((((.(((((((.(((.((............)).)))...))))))))))))))))..(((((((((....(((((((((((.....(((((.(((........))).)))))...............(((((..(((((...(((((((.(((((.((.((((....((((.(((.......))).))))..((((.(((((((((((((((.....(((.....((((((((((((...((.......(((((....((((((........))))))..))))).............((((.(((((((....(((((..........(((((((((....(((((...((((((((...((((...)))).))))))))...))))).)))))))))..)))))...((((((((((((((((((((....((((......)))).....(((((......))))).)))))))...)).))))))))))).............))))))).))))..))..)))))))))))).(((((..........))))).......)))..(((((((.........(((..((((((.....))))))..))).......((((((((((......)))))))).)).(((.....)))...)))))))....)))))))))))))))))))....)))))).))))).))))))).......)))))..)))))..))).))))))))..)))))))))...............))))))).)).))))))..)))))))...((..((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))..)))))))))...)))))))))...))))..)))))))...........