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GAUCUCGCAGAGGCUGGUUUAAAAUAUCAUAUAAUCUUAGCUUAUUAUUAUAUUACAACCGUAUUUAUUUCAAUUACUAGAUUAAUAAUUAUUAAUUAUAUUUAUAAUAUCACUAUUAUUAGGAAUAUUUACAAUAAUUUUAGUACACUACGUACAUUUUACAAAUUACACUAUGCAUCUGGAAAGGUAAACUUUAAAACAUUCAUAAAAUUAUAUAGUUCCUUAACUCUCAAAGAUAGUUCACUACACCCUGAAUGAAUAACAGGUUUCACAGAUGGGGAAGGUUCCUUUGGUAUUAAGAUUUAUAAAGCUAAGGGCCACAAACUAGGAUGAAGAUUAGAUCCUUUUUUCCAAAUUAAAUUAAAUGCCCGAGAUCUAGAUAUAUUAUAUCGUAUCAAAGAAUAUUUUGGAGGAGUAGGAACUAUAAGUUUUGAGAAAAAUACGGCUAAGUAUAUUAUUAGAAAACUUAGUGAUAUUGUAGAUAUUUUGAUACCGCAUUUUGAAGCUUAUCCUCUAUUAACUAAAAAAUUUGCGGAUUUCGAAUUAUUUAGGCAAAUUAUUUUAAUUAUAAAAAAUGAAUCUUCUUUAAGUGAACAAGGAUUUAUAAAAAUUCUUAACCUUAGAUAUUAUCUGAAUAAAGGAAUAUCAGAGGAAUUAAAAGAAUUAUAUCCUAACUUAGUACCAGUAAUGAGACCUGAAGUUCCAGAAAGAAAAAUCCAACCGGAAUGAUUAGUAGGAUUCAUAGAUGGGGAAGGUAGUUUUAAUAUAAUUACAGUAGAGAAAAAGUCUUCAGAUGCACCAUCAAUACUUAGCACUAGUUACAAAGUAUGAUUACAUUUUCAAAUAACACAACAUAGUCGAGAUACUACUCUCAUGGAAAGAAUAGUUACAUUUUUUGAUUGUGGUAGUGUUAAAAAAAGAAACACCGAUGCUGUUGACUUUAAGUUAAAUAAAUUCGAGUUGUUAGAAAACAUAAUUAUACCUUUUUUUCAAAAAUAUCCACUUCAAAGUGCUAAAGUUUUUGAUUUCUUAUCUUUUAUUGAAGCUGCCAAUGUGAUUAAAAGUAAAAAAACUCGUCAGUGAACUGCAGAAGAAUUUGCUAAAAUUCAAAAUAUUCAAAGUAAUAUGAAUAAAUACAUCAAAGAAAAUCAAAACAAAAAACAGGAUGAUGAAAGUAAUAAAGGUAAAUAACUACCACGGUAAUGGCCAUAUUUAAUGCAGUAUUUCGUAUGUACUUCGCAGGACUGGCAUUUAAUUACUAAUAAUAGUUACAACUAAACUUUAUUUACUCUCGAGGGCUACCAGCCUACCCUCAGCCACCGUUUUUUAUUCUUUAACCUUCUACUAUACUACGUUAGUGGUAUGUAUGGAGAGCUCUAAAUAAUAAAUUUUUUGGUGACGGCCGAGGUAUCUUAAUUUUUUUGUUAGGUUAUAGAUUUUUGAUUAGCGUUAAGAUAGUAUAAAUAUUGAUUUAGCUGAGGCUAUUUAGUAAACAAUACGAUUCGGUCUCGUAAAAAAUUGCUAUAUGCUGGAAAACCCUCGAUCUAAGAUCGAAGACAAUCAGCAGGAAACCAAAGUAAUUUAUUAAUAUUUUAAUAGUUACGAGUAGGAUCCUCAGAGACUAUACGCAAUAAUUAAGUAAAAAAUAUUGUACUUAAUAAGAUAUAGUCCAACCUUGCAUGUGAAUGUAAGAAGUAUGUAUAGGGAUUAGGUUUACUCAGCUAUAAUAAUAGCAAAACAAAUAAUUACCUUCGUAAACAUUUAAUUAAUGCACGAAGAUACUAUUCUACUUAUUCUGAUUCAUCUCCAGAUCCUAUAUCUACUCCUUUACCUAUAAAAAUUUUUAGUAAUUUAGAUAAUAACGAAGUAGUUAUUUCUUAUGCUGAAAUAUUAAGAAAGAAAGCAGGUAUUUAUUGUUUUAUAAAUACAGUAAAUAAUAAAAGGUAUAUAGGUAGUGCUAAAGAUUUGUAUUUAAGACUUAUUGAACAUCUUGCUGGUAAAAAAUCUAAUAUUGCUUUACAAAAUGCCAUAUUAAAAUAUGGUUUAAAUAAAUUUGAUUUUUGCGUAUAUGAGUACUUUACUUAUCACAGUAAAGUAGUAAGUCAUAAAGCUUUAACUGAUUUAGAAACAAGUUAUAUUGAAAAAUAUCCUUUUGACAGCUUGUAUAAUUUUAUGAGAACAGCUACAAGUAUUGAAGGAUAUAAGCAUACAGAUGAAGCUAAGUUAAAAAUGUUAAAUAGGUUUAAAGAUAAAUCUAAUCACCCUAUGUAUGGUAAGAAACAUACAGAGCAAACCUUAAAAUUGAUUAGUAAACUUGGAGAAUUAAAUCCUAUGUACGGUAAGUUACAUAGUGAAGAAACAAAGAAAAAGAUAAGUAAUAGCAUGAGCAAACAUCCUUACGGAGUAGGUAUAUAUGAUUUAGAUGAUAAUUUAAUUGCAAAAUUUCAAAAUAAUAUUGAAUUAUCCUUUGAGUUACUCAAACAAUAUAUCUAAAGUUACAGUAGGGAAAUAUUUAAAUUCAGGCCUUAUUUACAAAAACCAGUAUAGGUUUAAAGUAAAUAAUAAAUAAUAAGAUCAAGUUUUAAUCUUCUUGUUUAUAUACAUUACAUAUGGAAUCAGAACUUGUUAGU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((((((................((((((.....((((((.(((((((.........((((((..........((((((..((((((((((((((((((.....((((((.......(((((((((((((.....)))).....................((((....)))).................)))))))))...))))))....(((((((((((((((.((((.(((..((........(((((((......(((...((..((((((((.(((.......))).))))))))))........(((.((((........))))..)))...............)))))))))).(((((........))))).........))..).)).)))))))))))...))))))))...((((......))))..............)))))))))))))))))).))))))..((((((.(((((((...(((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))...........((((((((.(((((..((((((.((((((....((((((((....))))))))..((((.((((((.(((......))))))))).)))).....................))))))..(((...(((((.((((..(((((.....((....)).....)))))......)))).)))))...))).)))))).)))))..)))))))).)))))))...))).))))))))))...((((((..(((((((((.(((....(((((((((..(((((...((((((..(((((((((((.((((.(((.......))).))))......)))))))))))...))))))........((((((((.....(((((.....)))))......))).).)))).)))))..))))))))).......((((((((...((((....)))).....)))))))).....((((((((((((.(((((.....(((((((((.((......))..((((((...((((....((((((....))))))..........((((((((((((......(((((.........................)))))...(((.((((((((......))))..(((....)))...)))).))).....))))))).))))).)))).)))))).)))))))))......)))))........(((.((((((...(((((((...(((((....((((.(((((((...((((((.((((.((((((((.(((((((....)))))))))).)))).)...)))).)))))).....))))...))).)))).....(((((((((.(((((((((...((((...((((.(.....).))))..))))..))))))))).((((((.....(((.....))).....))))))..)))))))))......)))))....)))))))..........((((((((....((((.......((((((.(((((....)))))))))))..((((((((....(((((((((((.....((((((((.((....)).))))))))...............(((((((....))))))).....)))))))((((((((........(((((....)))))...............((((((...((((.....)))).))))))................)))))))).))))..))))))))......)))).(((((.......(((((((((.(((((..((((((......)))))).......))))).))))))))).......)))))...)))))))).)))))).)))...))))))))))))..))).)))))))))...(((((.....(((((((((.(((((...(((..............(((((((((((.....(((((((....))))))).....................((..(((((((...))))))).)).)))))))))))........(((((((.(((.........(((......)))....(((((((((.....(((((((....(((....)))....)))))))...))))))))).......))).))))))).))).....))))).)))))))))......................((((((........))))))..))))).......))))))))))))....(((........)))...)))))))..........((......))..............))))))..)))))).....(((((((....(((((((((.(((((((((.(((((((((((...................))))))))))).)))))))))........)))))))))........)))))))....))))))))..))))))..((((..(((((......)))))...)))).................((((((((..(((...(((...........)))...)))...))))))))...)) |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...)))...(((......(.....((((.......))......))).....)))((((((((((..((((((.((((((((()))))))))((((((((((((((((((...........................((((.....))))............................(((.....))).......(((.(((((((.((((((((((..((((((.((((((.((..((...((((...((((........)))).)...)))...))...(((((((.(((.......))).)))))((((........(((((.........))))).....................))))........((((.....)))).......)))))))))).).)))))))))))))))))))))).)))..((((......))))..............)))))))))))))))))).(((((...(((((.((((((((.(.(((((((....(((.((((((((((..........)))..))))))).)))((((((((.(((((..(((((((((((((.....(((((..((...(((((((((((((.((((((.(((......))))))))).))))..))..)))))))))))))).))))))..(((.(.(((((.(((((((((((.(...((....))...).)))))..))..)))).))))).).)))))))))).)))))..)))))))).))))))).).))).))))))))))...))))).((((((((((.......(((((((((((..(((((.((((((.((((((((((((((.((((.(((.......))).))))......))))))))))....(((((.........))))).......))))((.....)).............)))))).)))))..))))))))).)).......................)))))))).))((((..........(((((((((.......)))......))))))...))))...(..(((....)))..)..((((((....))))))...........))))))..)))))))))).................................((.((((((((((.....((((((....((((((.((((.......((((((((.......)))))..)))....)))).....)))))).....))))))........)))))).)))).))(((((...(((((.(..((((((((((((...((((((.((((.((((((((.(((((((....)))))))))).)))).)...)))).)))))).....)))))...)).....(((((((((...............................)))))))))....(((......)))...))))).....((((((....(((((.......))))).....)))))).).)))))....)))))((((...)))).............((((..((...(((((.((((((....))))))))))).....)).))))....(((((((..(..(.((((((((.((....)).)))))))).)).)))))))...((((((((....)))))))..)...........(((...........(((((....))))).........)))((.((((((...((((.....)))).)))))).))............(((((((((.......((((.((((((((((((........((.....(((((((.....(((.((((((......)))))))))...)))))))...................((((((((((((....)).))))))))))..........))((((..(((....((((((((.((((.((((((((.(((((.(((((.((.(((((((.(((.....((........(((((((....)))))))...))...))).)))))))))....((((.(((((((((......))))))))).....))))..((((((((((............))))..........(((((((((.((..(((((((....(((....)))....))))))).)))))))))))............)))))).)))..)).))))).)))))))))))).))))))))...)))))))((((((........))))))..........................................(((((((((.....).))))))).)...........................((....))............))))))))))))...))))((((.(((((((((((...................))))))))))).((((((...)))))).......)))).................................((((((((..(((((......)))))...))))))))(((((((.(((((.........))))).)))))))...............)))))))))......... |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((................................((((((((.((((((((((((((..((((((...((((((((.....(((((....)))))......))))))))((((((((...............((((.......((((((.(((((((...........(((((((((((((((....(((.....)))..((((((((((..(((((..((((((.((((((...(((....((((........)))).....)))...)))...((((((((..((((((..........((((.........(((.((((........))))..)))..(((......))))))).)))))).(((((...))))))))))))))))))))))...)))))))))))))))..((((((((((((....(((((((((((((((((.....)))))))))...........(((((.......(((((((......(((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))...........((((((((........(((((((((((((.....(((((..((((...(((((..((((.((((((.(((......))))))))).))))......)))))))))))))).))))))..(((...(((((.((((..(((((..................)))))......)))).)))))...))))))))))........)))))))).))))))).......)))))))......)))))))))))))............(((((((((..(((((...((((((..(((((((((((.((((.(((.......))).))))......)))))))))))...))))))........((((.(((.....((((((...))))))......)))...)))).)))))..))))))))).)))))))))))).....((((....)))).))))))..........)))))))))..............)))))))....)))))).........))))..........((((((....)))))).))))))))..))))))..))))))))))...............(((((((((.((((((.....(((((((((((((......)))...((((((.((((.......((((((((.......)))))..)))....)))).....)))))).....((((....))))..))))).))))).....(((((...)))))..((((.(((((((...((((((.......(((((((.(((((((....)))))))))).))))..........)))))).....))))...))).))))))))))...))))))))).))))......(((((((....))))))))))))))).((((((..((((....)))).))))))........(((((...(((((((.((((((((...((((((.......((((((...))))))......)))))).........)))))))).....(((....))).)))))))..)))))......(((((((.......((((((((..........))))))))....)))))))....(((((((....)))))))...........(((.....[[[[.))).(((((....))))).]]]]......(((.[[[[[))).((((.....))))..]]]]].........((((((((((......(((((((..(((((((.....(((((...........(((((((((.(((((...((((.(((((....))))))))).))))).)))))))))..........((((((((((.........))))))))))...))))).)))))))...((((((((((((((.....(((((((((.((((((((((((...(((((((.....(((.....)))...(((((((....)))))))..(((....)))))))))).............(((((((......))))))))))))))......(((((((.(((.........(((......)))....(((((((((.....(((((((....(((....)))....)))))))...))))))))).......))).))))))).........))))).)))))))))....))))))))..(((.....((((((........))))))(((.....))).....)))))))))...)))))))........(((((((........)))))))...........))).....)))))))................(((((((....(((((((((.(((((((((.(((((((((((......(((....)))...))))))))))).)))))))))........)))))))))........)))))))..............))))))...(((..[[[[[.)))..]]]]]...((((...((((((((.(((((.........))))).)))))))).....))))....................... |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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