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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00709



RNA: CRW_00709
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ................((((((..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))...(((((((....((.((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((....)))....)))....).))))))).(((.(....))))..)))...))))))(((..(((((...(((((((...)))))))..)))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((.......)))))))).......]]]]]]((...(((((....)))))..................................................................................................................)).....................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...(((((((((.......)))..(((..(((((((........(((((.(((((((.......((((((((.....))))))))........(((((((.((...(((((((......((((((((.((((............)))))))))))).....))..)))))))))))))).)))))))......(((((..(((((..........)))))....((((((((....))))))))...(((((.(((((..((((((.(....)))))))..))))).))))).......)))))..))))).....((((((..((((...(((..((((((((...........))))))))...))).....))))..))))))...)))))))..)))..((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))..((((((((((.(((((....((((((((....(((((((...((((.......(((((((((....((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((..((((((((((..(((..((((....(((((((((.(((((.(((((((......((((((((((.......................))))))))))...(((((.(((....))).))))).........))))))).)))))..))))))))).))))....)))..)))))))).)).......((((.......)))).))))))))))).....))))...)))))))))..........))))..(((((((...(((((((((...((((((.((((.(((.((((....)))).))).))))..........((((((((..(((((((((((((((((....))).........(((((((((((((....)))).))))))))).......................)))))))))))))).................................((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))...))))))))...))))))...((((((((((....(((.....)))..((((((...((.(((((.((.((((..(((((((((((((..((.((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))).....((((((......)).))))..))..))))))))))))).(((...((((.((......)).))))...)))....))))..)).))))).)).....))))))..))))))))))...)))))))))..)))))))....))))))).(((((....)))))...))))))))...)))))))))))))))))))))))))))........((.(((((...........(((((((...((......(((((.(((.(((......))).....(((((...................(((((.(((....))).)))))..(((.(((((((.((((((....((.....((....))....))..))).))).)))))))))).((((((...(((.(((((..((((((((.....))))))))...))))).)))....)))))).....)))))...)))..(((....)))....((((((((.....)))))))))))))..((((((((....)))))))).))..))))))))))))))..)))))).......(((((((((........)))))))))........)))).)))))........)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.............(((.......))).......((((((.......................................................................................((((.......................))))(((((((......((((((((((.....)))))))))).....))))))).......................((((((....))))))((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).))))).(((.......)))..............................................................................))))))........((((((((((((......(((((((((((............)))))))))))...(((((((((.(((((....(((((((((((((.....................(((((...((..(((..(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((((..((((((((((...............................................................................................................................................................)))))))).)).......................)))))))))))......)))..))..)))))(((((..................................)))))..((((((((.((((....)))).)))))))).....................((((((((((((((((....)))))...............................................................)))))))))))...(((((..........)))))................((((((((((((((.....))))))))).)))))......................................((.......................)).........................................(((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))......................................................................................................................................................................)))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...((((((((.........))))))))..................................................................................................((((((...((((...........................))))....))))))........................(((((......)))))...((((((((.......))))))))..................(((((....)))))(.((((((((.....))))))))).....(((((((((....)))))))))(((.......)))..............(((((........)))))...........................))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((........(...((.(((.......))).))...)...............((((.((((..(((((((.................(((((((((.............((((((...............................((((((....(((...((((((......((((.((((.......)))).))))......))))))...)))........))))))..(((((((....)))))))...)))))).(((((..((((.(((....)))))))..))))).....)))))))))..........((((......((((((.....(((....((((((...........)))))).....)))......((((((((((..................((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))..((((((((((.(((......((((((((.(((((((((................................((((((((((..(((....((((.((((((.(((((((.(((((....)))))))))................(.((((..............)))).)))).))))))...))))....)))...))))))))))..((((((((((((.........)))).....(((((((....((((..................................((((((.((((......((((((((....................))))))))((((..((((((((.....(((..................))).....))))))))..)))).............)))))))))).......(((((((((((((((....)))))(((((......))))).......)))))))))).......((...((((((((.((((((((..((.(.....((((.((....(((((..((((((..........))))))...............(((((((((((((.......)))))))).)))))..........................)))))....)).))))......(((((((((.((....(((..(((((((...........)))))))..)))............((((((((..((((((....))))))))))))))............)).))))).))))......(((((..........)))))...................................).))..))))))))...))))))))...))))))...)))))))))))))))..............)))))....(((....))))))).))))))))....))).))))))))))))))))))))))..((((((((.........)))))))).......................(((....)))......))))))))))..)))))).....))))..)))))))(((....))))))).))))..(((((...(((((((....(((.........)))...(((........(((((.....)))))......))))))))...(((((......)))))....(((((((.......)))))))................((((((((....)))))..(((((((.......)))))))......(((((((((....))))))))))))......(((((......(((....((((((......))))))..)))....)))))....))...)))))....)))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((........))).(((.......)))(((((..(((((((.....(...((((......((((((((((..(..(.......)(((((....)))))...((.(((.......))).))......((((((.....................))))))((((((......((((.(((((.....))))).)))).....))))))((((....))))............((((((....))))))((((((((((.(((((..((((((.(....)))))))..))))).))))).)))))(((((.....)))))........................(((((((...........))))))))..))))..))))))....)))))...)))))))..)))))((((((((((((.......(((((.(((((((.......)).))))).)))))..((((((((((.(((((....((((((((.(((.(((((.....(.........((((((.((((..((((.(((((((..(((((())))))..))))))).(((((((((((((((((((((((..((((....)))).(((((((((..(((....)))..))))..((((((((((.......................)))))))))).....................................................)))))..............)))))))).)).)))...((((.......))))..)))))))))).....))))..))))))))))............)...(((((((...(((((((((...((.....((((.(((.(((((()))))).))).)))).........(((((((((((((....))))))(((((....))))).........)))))))(((......)))...((((((((((((((((.............((((.(((((((....((((((..........))))))..........((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))....................((((((.((((((.....((.....))...))))))..))))))(.............)(((((((((((((...((((..((((((((..(((((((())))))))))))))))..)))))))).....((.(((((........))))).)).......)))))))))..))))))).)))).......................)))))))..)))))))))(((....))))).......)))))))))..))))))).....)))))...((((....))))))).))))))))...)))))))))))))))))))))))))))..((((((((.........))))))))(((.......((.((.....)).))....)))...........................................(((....)))...........((((((((.((((((....((.....((....))....))..)))).)).))))))).)..((.......(((.......))).((((.......))))((((((((.......))))))))))................(((((....)))))(.((((((((.....))))))))).....(((((((((....)))))))))(((.......)))(.....((((....((((((......))))))..))))...)...............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((......)))).(((.......)))(((((..(((((((.........((((......((((((((((...(((....))).(((((....))))).(((((((((((.......(((((((((((((((.((((............)))))))))))).(((........)))(((((.....))))).)))))))....))))).(((....)))..(((((((..((((((..(((((((((((((((((((.((((((((...((((....)))))))..))))).)))).)))))))..........)))))))).))))))........)))))))(((((....)))))))))))......))))..))))))....))))....)))))))..)))))(((((((((((((......(((((.(((((...(((...)))))))).)))))...(((((((((..........((((((((.........................(((((((((....((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((....((((((((.......((((....(((((((((.(((((.(((((((((((..(((......)))....))))(((.((((.(((((....))))).))))))).(((....)))...............))))))).)))))..))))))))).)))).........))))))))..........((((.......)))).))))))))))).....))))...)))))))))....(((.....))).(((((((...(((((((((.......(((((((.(((.((((....)))).)))....(((.....((((((((((..............((((((....)))))).......)))))))))).....)))....(((((((((((((((((...((((((....((((.(((((((......(((((...(((((.(((((.(((((.....((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))......))))).)))))...((((((.((((((....(((.....)))..))))))..))))))......)))))...((((((((((((.....((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..))))((((.((((...........))))..)))))))))))))))))))))....))))))).)))))))))).................)))))))..)))))))))))))))))...........)))))))))..)))))))............(((((....)))))...))))))))........))))))))))))))))))))))..((((((((.........)))))))).......................(((..[[[)))...]]]......((((.((((..(((....)))..))))..(((....)))...))))..............(((((....(((....[[[..)))...]]]....(((((.(((((((...)))))))))))))))))(((.[[[[[[[[)))..]]]]]]]]...........((((((((....(((...)))...((((((((....)))))..((((((((.....))))))))......(((((((((....)))))))))))).(((..(((((.....((((....((((((......))))))..))))...)))))...))))))))))).............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..((((((.(((.......))).).)))................((((((............))))))...........(((((....))))).......((((.......((((((((.(((((((.((((............)))))))))))((((((((((.((((.((((((...)))))).))))........(((((.....((((((.(((((((...(((((..(((((((((((((((((((.(((((..((((((.......))))))..))))).)))).)))))))..........)))))))).))))).((....)))))))))(((((....)))))...((.(((((((....(((((((((((((((.((.....))........((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))...(((((((((.(((((....((((((((.....(((((((.............(((((((((.(..((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((..((((((((((..........(((..(((((((((.(((((.(((((((....((((((....((((((....(((.(.((((.(((((....))))).)))))))))))))).....))))))........))))))).)))))..))))))))).)))..........)))))))).)).......((((.......)))).))))))))))).....))))..)))))))))).............)))))))((((((...(((((((((.(((((.((((.(((.((((....)))).))).))))..........((((((((..((((((((((((((..((..((((...............(((((((((.....)))))))))...............))))..))..)))))))))))))).((((((..........))))))..........((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))...))))))))...)))))))))))))).)))))).((((.((((((((...((((...((.(((((.((.((((..(((((((((((((..((.((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))).....((((((......)).))))..))..))))))))))))).(((...((((.((......)).))))...)))....))))..)).))))).)).....))))))))))))))))...(((((..((((.........))))..))))).(((((....)))))...))))))))...)))))))))))))).))))))))))))...(((((((.........))))))).(((.(((...((.(((...))).)).)))))).......))))))))))..)))))...))))))))).(((((.(((....))).)))))..(((.(((((((.((((((....((.....((....))....))..))).))).)))))))))).((((((.(((((.(((((..((((((((.....))))))))...))))).))).)).)))))).)))))).....)))))))))).))))).((((.((((((.....))))))))))....(((((((((....))))))))).(((..((((....))))...)))...((((((......))))))....))))))))))))...)).)))).))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.............(((.......)))...................................((..(((..........(((((........................................................................................(((.(((((.....))))).))).......................................((......))...((((((((((.(((((..((((.(((....)))))))..))))).))))).)))))........................................cccc.........))))).CCCC.....)))....))............................((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))..((((((((((.(((((....((((((((.((((....................(((((((.(((..((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((((((((((((((....................((((..............))))...((((((((.........................)))))))).........................................................................)))))))).)).)))...(((.........)))..)))))))))).....))))..))))))))))................(((((((...(((((((((..........((((.((................)).)))).................(((({{{{{{))))((((((....)))))).............................(((((((((.(((((((.....................}}}}}}..((((((..........))))))...............(((((((((((((.......)))))))).)))))...........................................................................................((<<<<<<......((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..))))............(((((........))))).......))>>>>>>.........................................)))))))...)))))))))..................)))))))))..)))))))........................)))).))))))))...)))))))))))))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...........................................................................(((....)))............(((((((...((((....((.....((....))....))..))))[[..)))))))...........]](((.(((...((((bbb.....))))BBBaaaaaaaa))).)))AAAAAAAA...............((((((((....)))))..((((((((.....))))))))......(((((((((....)))))))))))).....................................................................))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.....(((.(((.......))).).)).................((((((............))))))...........(((((....))))).......((.......))((((((...(((((((.((((............)))))))))))(((((((((..((((.((((((...)))))).))))........(((((.....(((((...((......(((((((....)))))))(((((((((.(((((..((((((.......))))))..))))).))))).))))(((((.......)))))..........((.....(((..((((((((...........))))))))...)))......((((((((((.(.......)........((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))...(((((((((.(((((....((((((((....(..((................(((((((((.(..((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((..((((((((((..((((....)))).(((((((((.(((((.((((((..(......................)...(.((((.(((((....))))).))))).............................)))))).)))))..)))))))))..............)))))))).)).......((((.......)))).))))))))))).....))))..))))))))))....(((.....))).(((((((...(((((((((((.(((.(((((((.(((.((((....)))).))).))))................((((((....))))))(((((....))))).............((.(......).))...(((((((((((((((((...((((....((((((.(((((((......(((.....(((((.(((((..((((.....((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))......))))..)))))...((((((.((((((....(((.....)))..))))))..))))))......)))))...((((((((((((..((.((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))).....((((((......)).))))..))..))))))))))))..)))....))))))).)))))))))).................)))))))..))))))))))....))).))).))....)))))))))..)))))))......))..).(((((....)))))...))))))))...)))))))))))))).))))))))))))...(((((((.........))))))).(((.(((...((.(((...))).)).)))))).......))))))))))..))......))........(((((.(((....))).)))))..(((.(((((((.((((((....((.....((....))....))..)))).)).)))))))))).((((((...(((.(((((..((((((((.....))))))))...))))).)))....))))))..))))).....))))).))))).)))).(((.(((((((.....))))))))))....(((((((((....))))))))).(((..((((....))))...)))...((((((......))))))......))))))..........)))).))))).........
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(.((((......)))).).....((((((.(((((..(((((((........(((((.(((((((.......((((((((.....))))))))........(((((((.((...(((((((......((((((((.((((...(....)...)))))))))))).....))..)))))))))))))).)))))))......((((((..((((..........))))..)..((((((((....))))))))...(((((.(((((..((((((.(....)))))))..))))).))))).......)))))..))))).....((((((..((((...(((..((((((((...........))))))))...))).....))))..))))))...)))))))..)))))((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))..((((((((((.(((((....((((((((....(((((((...((((.......(((((((((....((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((..((((((((((..(((..((((....(((((((((.(((((.(((((((......((((((((((.......................))))))))))...(((((.(((....))).))))).........))))))).)))))..))))))))).))))....)))..)))))))).)).......((((.......)))).))))))))))).....))))...)))))))))..........))))..(((((((...(((((((((...((((((.((((.(((.((((....)))).))).))))..........((((((((..(((((((((((((((((....))).........(((((((((((((....)))).))))))))).......................)))))))))))))).((((((..........))))))..........((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))...))))))))...))))))...((((((((((....(((.....)))..((((((...((.(((((.((.((((..(((((((((((((..((.((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))).....((((((......)).))))..))..))))))))))))).(((...((((.((......)).))))...)))....))))..)).))))).)).....))))))..))))))))))...)))))))))..)))))))....))))))).(((((....)))))...))))))))...))))))))))))))))))))))))))).........((.(((.((((((((...(((.(((...((.((.....)).)).)))))).)))))...)))...))).))...............)))))).(((....)))........(((.(((((((.((((((....((.....((....))....))..))).))).)))))))))).((((((...(((.(((((..((((((((.....))))))))...))))).)))....)))))).((..(((((...(((.((((....))))...((((((((.....))))))))......(((((((((....)))))))))))).(((..(((((.....((((....((((((......))))))..))))...)))))...)))........)))))..))....
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.....(((((.........((.(((((..(((((((.........((((.((...((((((((((..............(((((....))))).(((((...(((((..(((.((.((((((..(((.((((....(((((((((((((.....((((((......((((.(((((.....))))).)))).....))))))(((..((......))..))).....))))))........(((((((((((.(((((..((((((.(....)))))))..))))).)))).))))))).)))))))...)))).))).))))))..)).)))))))).(((((....))))).)))))......))))..))))))..))))))....)))))))..)))))((((((((((((.......(((((.(((((............))))).)))))..((((((((((.(((((....((((((((....(((((((...((((.......(((((((((....((((.(((((((..((((....))))..))))))).(((((((((((..((((((((((..(((..((((....(((((((((.(((((.(((((((......((((((((((.......................))))))))))...(((((.(((....))).))))).........))))))).)))))..))))))))).))))....)))..)))))))).)).......((((.......)))).))))))))))).....))))...)))))))))..........))))..(((((((...(((((((((((.(((.(((((((.(((.((((....)))).))).)).(((.(((.(((((((((((((((....)))))((((((....)))))).......)))))))))).))).)))....(((((((((((((((((..((.......((((((.(((((((......(((((...(((((.(..((..((((.....((((.((((((((((((((.....))))))))).)))))......))))......))))..))..)...((((((.((((((....(((.....)))..))))))..))))))......)))))...((((((((((((..((.((((..((((((((..((((((....))))))))))))))..)))).....((((((......)).))))..))..)))))))))))))))))....))))))).)))))).....((....))....))..)))))))..))))))))))..))))).))).)))....))))))))..)))))))....))))))).(((((....)))))...))))))))...))))))))))))))))))))))))))).........))..((....))......))))).....((......(((((.(((.(((......))).....(((((.((((..(((....)))..))))..(((....)))........(((.(((((((.((((((....((.....((....))....))..))).))).)))))))))).((((((...(((..((((..((((((((.....))))))))...))))..)))....)))))).....)))))...))).((((....))))...((((((((.....))))))))))))).(((((((((....))))))))).)).(((..(((((.....((((....((((((......))))))..))))...)))))...)))..)))).))))).........