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AUAGAUUAAUUAACUCUCCUGAUAAAAAUCCAAGAUCAAAUUAUUCUUAUUCACAUUUUAAUUUAUUACCUACAAUUUCACGGCGAAGUCGUAAUUUAAUCCAAUCAAGGAAUUAUUCUAGCCUUUCGCCUAGGACUAGCGCUGUAUGCAGUGUUAGAUCAGAGGGUGAAAGGAAAAUAGUUUUAAAUCCUUCAUUUAUAAGUGGGUUCUCUGAUGCUGAAGGUUCUUUUGUUGUAACUAUUUUAAAUAAUCCUAGAUAUAAAAUAGGAUGAAAUGUACAAGCUAGAUUUCAAAUAAAGUUACAUGAGAAAGAUAGAGCUUUAUUAUUAUUAAUUCAAAAUUAUUUUUAUAAUGUUGGAUAUAUAUCCACCCUAAAGGGUGGAUCUACGGUUGAAUUUAGAGUUAGUGAUAUAACUAGUUUAAAUAAUAUAAUUAUACCUCAUUUUGAAAAGUAUACAUUAAUAACUAAUAAAUAUAAAGAUUUUAUAAUAUUUAAACAAAUUGUAUCGUUAAUGUCAGAAAACAAACAUACUACUUUAGAAGGGUUAAAAGAAAUUUUAGAAUAUAGAGCAUCUCUUAAUUGAGGUUUAUCUAAAAAUUUAAAGGAAUCUUUUCCUUCAAUAGUACCAGUUAAAAGAGUCGAAAUUGAGGAUAAUAUAUUAAGUAAUUUACCUUCUAACUGAGUAGCUGGUUUCUCAGCAGGAGAAUCCAAUUUUUUUAUAACUAUAUCUGGUAAUAAAGUAUGAUUACGUUUUUCUAUAGCUCAAGACUCAAGAGAUAUAUUGUUAUUAAAAAGUUUAGUUGAAUUUUUUAAUUGUGGUUAUAUAGCUCAAUAUAAAAACCGUAAAGUAUGUGAAUUUAUAGUUACAAAAAUUAAUGAUAUAAUUAUAUAUAUAAUUCCUUUUUUUGAAAAAUACAAAAUUGAAGGUUCUAAAUAUAAGGAUUAUGUUAAUUUUAAAGAAGCUGCUAUUCCUAUUAAGAAUAAAGAACAUUUAACUGAAAAAGGUUUAAAUAAAAUAAUAGAAUUAAAAAAUUCUAUGAAUAAAAAUGAUUAAUAUUUUCUUGAUUAAAAGGAAGUUUUCAUCUUGAUCACCAAAGGCGAAGUGAACCUUCGUCUAGUCUUAUACAAGGCGAAACUCUCAAAUUGCGGGAAAUUCUUAAAAACAAAUCUACCAAGUUAAUAUAGUAAUAUAAUUAAUGGAACAAGUAAUGAUUCGUUGUAUGGUAAAAACGAUUUGUAUAUAUAGAAGAUCUGCAGCCAAGCACCAAGUAUUCUUGCUACGCAGGAAUAACGGUGUGCAGUUAAUCGGCUAAAUGUGAGUUGGUUUUUUAUUAAUAUGGGCUGCACAAACUAAAGCUCGGAUAUUAAUAAUUAGCUUAAGAUAUAGUCAGUCUCAAUAUGAGAAUAUUGAGGUAAAACGAAGAGGAAGUAUAGCAAUAGAG |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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.............((((..((.......(((..((((((.......(((((((.((((((.(((...((((.....((((.((((..((((((..(((..(((...(((((((((((....((((((((((..(((((((((((....))))))))).))...))))))))))..))))))......)))))...(((((((((((((((((..((((((((((((((((..(((((((...........(((((.........)))))((((((...........)))))).....)))))))...))))))..(((((((((.(((((((((((.(((((.......((((..((((......(((((((....)))))))))))..))))))))).)))))))))))))))..)))))...(((((((.((((.(((((((((((.......((((((((......(((((((............))))))).............)))))))).....(((.....(((((.....((((((...(((((..(((((((...((((..(((((......)))))...))))....)))))))...)))))))))))..)))))...))).......))))))).)))))))))))))))........))))))......))))(((((....))))).)))))))))).....))))))).......)))...)))..))))))..)))).((((.((((((..((((..(...(((((((...((((((((((((....))))))))))))..((((..((((......))))...))))...)))))))...)....))))...(((((((((.......((((((........((((((((((.......)))))..)))))......)))))).......)))))))))...)).)))).(((((.......))))).))))........))))..))))..)))))))))..(((((((....))))))))))))))..((((.....((((((((......))))))))..)))).))))))(((..((((((((.....))))))))..(((((((..((((..((((......(((((((...((((((...((((((((((((.(((((((((....)))).)))))...((((...........)))).))))).....)))))))...)).))))..)))))))....(((((...(((((((((...)))))))))..)))))..))))....(((((....(((((((((....((((((((((((((...........))))))..))))))))))))))))).....))))).))))...))))))).......)))..........))).......))..)))) |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................(((((...))))).............................((((((((((.((.(((((((((....))))))))).))...)))))))))).............................((((((((((..((((((....((((((..(((((((..........((((((.........))))))(((((...........)))))......)))))))...))))))...................((((((.(((((....))))).))))))....((((((((....))))))))...............(((((((((((((((.(.(((((((((.(((((...................................................))))).))))))))).).))))))))))))).))....................(((((((.....................((((..(((((......)))))...))))........((((((....)))))).....................................................))))))).....(..........)))))))))))))))))............((......))......................................................((((((((((((....)))))))))))).......................................................(((((((...((((((....((.......((((((((((.......)))))..))))).......)).....))))))))))))).............((((.......))))....................................((((((((....))))))))....................................(((.(((.(((((........((((((((.....)))))))).........))))).)))))).........(......((((.....(((((((((((.................................................)))).....)))))))......)))).....).......(((((..((((((((((...))))))))).))))))...........((.........)).......(((((((((((((((...........)))))..))))))))))...................((((((((((....))))))))))............................ |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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..(((.........)))..............((((.........)))).(((((((((..(((((..((((.(((((..((((.....))))..............((((((((((.....((((((((((....(((((((((....)))))))))......)))))))))).............................((((((((((..((((((...(((((....(((((((..........((((((.........))))))(((((...........)))))......))))))).))))).(((((((((((((........((((((.(((((....))))).)))))).....(((((((....)))))))((((..........))))(((((((((((((.(.(((((((((.(((((.(((((.............)))))........(........).........))))).))))))))).).)))))))))))))................................(((((....)))))....)))))))..((........)).))))))..........((((((....)))))).......(((((((...((..........((((....................))))....))....)))))))...))))))))))))))))...(((((.((((((((............(((...(((((.((((....(((((.........))).(((((.((((((((((((((......)))))))))))...))).))))).)).......)))).)))))....))).....)))))))).)))))......((((....))))..))))))))))................))))).))))..)))))..........................(((((..(((((.............................................((((((((....))))))))..........((.........)).........)))))((.(((.(((((........((((((((.....)))))))).........))))).))))).......(.((((....((((((...(((((((((((..(((((((((....))).))))))..........((((....)))..))))....).)))))))...)).))))...))))).....(((((.....(((((((...)))))))....)))))))))).........)))))))))..((((..((((((((.((((((...........)))))).)..)))))))..)))).............((((((((((....)))))))).....))..........(.((....)).). |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((..........(((....))).........)))).)).................................(((((...)))))..............(((((((((((....((((((((((.((.((((((((((())))))))))).))...))))))))))..))))))......)))))..........((((((((((..((((((.(((((((((..(((((((((((......((((((.........))))))(((((...........)))))))))..)))))))...))))))....)))............((((((.(((((....))))).)))))).((.((((((((....)))))))).))..((((..(((.(((((((((((((((.(.(((((((((.(((((...................................................))))).))))))))).).))))))))))))).)).)))..)).))...(((((((((((((....(((....)))((((...((((..(((((......)))))...))))....))))((((((....)))))).....................................................))))))))...)))))(())....)))))))))))))))).....(((((.((((....)))).)))))......((((((((....................(((.((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))...))))).))).......))).)))))......................((((((((...(((((((.(((((.((...((((((((((.......)))))..)))))...)).)))))..)))))))))))))))...........(((((.......)))))........((((((......)))).))........((((((((....))))))))....................(((((......)))))(((.(((.(((((........((((((((.....)))))))).........))))).)))))).......(((((....((((.....((((((((((((.(((((((((....))).)))))).......................))))).....)))))))......))))...)))))((...(((((..((((((((((...))))))))).)))))))).......(((((.......)))))(((..(((((((((((((((...........)))))..))))))))))..)))..............((((((((((....))))))))))............................ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((...(((...(((....)))..)))...))))).))).......................(((.(((((.....))))).)))....((((((.....(((((((((....((((((((((....(((((((((....)))))))))......))))))))))..)))))))))....[[[[[[........)))))).........]]]]]].((((((..(((((((((((......((((((.........)))))).....................))))..)))))))...))))))..(((((....((((((((((((...(((((....)))))....(((....((((((((....)))))))).....))).......)))))))))))).....)))))........(((((((((.(((...)))...))))).))))........(((((((............))))))).............(((.[[[[.....)))..]]]].........((((((...(((((..(((((((...((((..(((((......)))))...))))....)))))))...))))))))))).....(((((((((.(((.....((((((..((((...))))...))))))..))).)))))).)))(((...[[[[[)))..]]]]]...............(((((((((.(((((........)))))(((((..[[[[.[[[)))))....]]].]]]].....((((((((((((....))))))))))))..........(((((.............((((..((((......)))).)))).....((((((((((((((.(((((......((((((((((.......)))))..)))))......)))))..))))))))))...))))...)))))...(((((((((((((.......(((((((((......))))...........((((((((....))))))))......))))).........))))))))....))))).............(((....[[[[[[[[)))..]]]]]]]].(((((....))))).............((((((...((((.....((((((((((((......((((....))))..(((((((...........)))))))..))))).....)))))))......))))..)))))).....((((....(((((((((...))))))))).[[[[)))).....]]]]......((((....[[[[..[[[[[[[[[[[[[[[.))))......]]]]]..]]]]]]]]]]..]]]]..)))))))))...(((((((((....)))))))))............................. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
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.................................................(([[[[.......((((((((..........((((...))))................((((...(((<<..((((((((((..(((((((((((....))))))))).))...))))))))))..)))>>.......))))...........((((((((((..((((((.....((((...(((((((..........((((((.........))))))(((((...........)))))......)))))))....))))....................((((((.(((((....))))).))))))....((((((((....)))))))).................(((((((((((((...(((((((((.(((((...................................................))))).)))))))))...))))))))))))).................(((((((((((((..(((((....)))))............((((......))))................((((((....)))))).....................................................))))))))...)))))........))))))))))))))))....................))))))))................................................(((((((((((......)))))))))))........................................))............(((((((((...(((((...(((.......((((((((((.......)))))..))))).......)))....))))))))))))))...............................................................((((((((....)))))))).............................................((((........((((((((.....)))))))).{{......))))}}.............(((((....((((.....(((((((.(((..(((((((((....))).))))))........................)))......)))))))......))))...))))).....(((((...(((((((((...)))))))))..))))).................]]]]....((((..(((((((((((((((...........)))))..))))))))))..))))..............(((((((((....)))))))))............................. |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((...(((...(((....)))..)))...))))).)))....................((((((......(((((...)))))................(((((((((....((((((((((..(((((((((((....))))))))).))...))))))))))..))))))......)))...........)))))).(((((.(((((....(((((((.((((((((((.........(((((.........))))).(((((.((.....)).))))).(((((((((..((.......))..))))))))).......((((((.(((((....))))).))))))....((((((((....)))))))).(((((((.......((((((.((((((((...(((((((((.(((((.(((((.(((...)))...)))))...........................))))).)))))))))...)))))))).....(........)........((((...((((((...(((((..(((((((...((((..(((((......)))))...))))....)))))))...)))))))))))...)))).((((((.(((.((...(((((..(((.....)))...))))).))))).))))))......(((.(((((.....))))).)))......((((.((((....)))).))))..(((((((((.......(((..(((.........)))..))).....((((((((((((....)))))))))))).)))))))))))))))........)))))))..............)))))))))).......((((((((((.(((((.(....((((((((((.......)))))..)))))....).)))))..))))))))))..........((((((.((((.......))))........(((((((......)))).))).......((((((((....)))))))).................((((((((......))))))))..................((((((((.....)))))))).(((((....)))))............(((((((...((((.....((((((((((((....(..(((....)))...)((((((.((.....)).))))))...))))).....)))))))......))))..)))))))....(((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))....(((((..(.(((((((((....((((((((((((((...........)))))..))))))))))))))))))..)..)))))..(((((((((....))))))))).......)))))))....))))).))))) |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((((.((((......(((.(((((...(((((((.((((((..(((((.(((((..((((...(((((..((((.(((((((.((((..(((...(((((.(((..(((.((((((((((..(((((((((((....))))))))).))...))))))))))....)))...))).)))))...(((((((((((((((((......((((((((((((..(((((((..........((((((.........))))))(((((.((.....)).)))))......)))))))...))))))..(((((....((((((((((((...(((((....)))))(((.(((....((((((((....)))))))).....))).)))...)))))))))))).....)))))...((((((.(((((.(((((((((((.......((((((((......(((((((............))))))).((.....))...)))))))).........(((....((((...((((((...(((((..(((((((...((((..(((((......)))))...))))....)))))))...)))))))))))...))))...))).......))))))).)))))))))))))))........))))))..........(((((....))))).)))))))))).....))))))).......)))...)))).))))))).))))..(((........))).....))))).................(((((((((((((((((...((((..(((((((((............((((..((((......)))).)))).........((((((((((.(((((.((...((((((((((.......)))))..)))))...)).)))))..))))))))))........)).)))).)))..))))......))))))..)))))))))))..)))).)))))))))).((((((((....)))))))))))))).))))))).......))))))))...))))))))......))))))..((.{{{{{{{{))...}}}}}}}}.(((((.[[[)))))....((((....(((((((...((((.....((((((((((((......((((....))))..(((((((.((.....)).)))))))..))))).....)))))))......))))..)))))))....(((((...(((((((((...)))))))))..)))))...(((....(((((.((.(((((((((....((((((((((((((...........)))))..))))))))))))))))))..)).)))))..(((((((((....)))))))))...)))..))))...]]]........... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((...(((...(((....)))..)))...))))).)))....................((((((.(((..(((((...))))))))...........(((((((((((....((((((((((..(((((((((((....))))))))).))...))))))))))..))))))..[[[.)))))...]]]...)))))).(((((.(((((....((((((((((((((((((((((.(((((((((.........))))))(((((...........))))).(((((((((....<<<<.......)))))))))..(((..((((((.(((((....))))).))))))))).((((((((....)))))))).(((((((.......(((((((((((((((...(((((((((.(((((.(((((.(((...)))...))))).((((.....)))).............))))).)))))))))...)))))))))...(((......))).......((((...((((((...(((((..(((((((.(.((((..(((((......)))))...))))...))))))))...)))))))))))...))))(((((((.(((.((..((((((..((((...))))...))))))))))).)))))).)....(((.(((((.....))))).))).....(((((.((((....)))).))))).(((((((((.......((((.(((.........))).)))).....((((((((((((....)))))))))))).)))))))))))))))........)))))))...))).))))...))))))))))((((...((((((((((.(((((......((((((((((.......)))))..)))))......)))))..))))))))))))))......(((((((((((.({{{.))))))......((((((((......))).)))))......((((((((....))))))))..........(((....((((((((}}}...))))))))....)))...........((((((((.....)))))))).(((((....))))).....>>>>...(((((((...((((((...((((((((((((....((((((....)))).))((((((...........))))))...))))).....)))))))...)).))))..)))))))....(((((..((((((((((...))))))))).))))))))))))....(((((....(((((((((....((((((((((((((...........)))))..)))))))))))))))))).....))))).((((((((((....))))))))))....).)))))))....))))).))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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