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AUUGUAACUGCUUUCCUGGGUUAUGAAUAUAGCCCAAAAUGGUUUAAUAUAAGUAAUAAAGAAAAUAUAAUAAAGCAUAAUAAAAUAAACAAUCAUAGACUGUUUAAUAAAAGCAUAGUUAAAAGAGGAUAUUGUACAGGCCGUCCAAAAGAUAAUAUUGAAAUUUCUGAAAGACUAAAAACAAUUAUUCAAGAAUUAGGUUUAAACCCUGUAUAUGUUUAUGAAAAUUUAAAUUUAGAAGAUACUAGAAAACAAAUUUUAAACGAUACUAGAGGUUUAAGCGGUAUAUAUAUGAUAGUUAAUAAAGUAACUAAAGAUUAUUAUAUAGGUUCUGCGUCGACUAAUAGAUUUUACGCUAGAUUCAGUAAUCAUGUUAUUUAUUUCAGAGGAAGCAAAAUAGUUAAAUUAGCAAUAAAAAAAUAUGAUUUAAUAAAUUUUGCUUUUAUUGUAUUAGAUUUAUAUCCUAAUAUUGUUACUAAGGAAAAUAACAAAGAAUUAUUGGAUUUAGAAGAUAAAUAUUUAAAAUUGUUAGUACCUAAUUAUAAUAUUUUGACAGAAGCAGGUUCUAGUUUUGGUUACAAACACACUGAGAUUGAUCGUCAAAAGAUGAAAGAUAUUUAUAGUGACGCUAGACGUGAAAGAAUCGGUAAUCUAAACAAAGAUAAAAAGCUUUCUCCUGAAACCAUAGAAAAAAUAAGAGAAAAGGCUUUAAAUAGACCUUCUAUGUCUGAUGUAACUAAACAAAAGUGUAUAACUAAUACAAGACCUGUUGUGUUGUAUAAUUUAAAUGGAACUGUUUACGGUGAAUAUUCUACUAUUUUAGAUGCAGCUAAAUCUAUAAACUGUGACGAAAAAACUAUUAGAAGAGCAUUAAAAACAGAAAAAAGAUUAGUAAAAAGACAAUGAAUAGUAAAAGAUUUCAAGUAAAUAGUUAUUUUAUUAUCAAGGCUGCGCUAUCCUUUGGAUAGUGAAACAGCUAAAGCUCUUUAUUAUACUUUAUUUUUAUAUUAAAUUAUAGUUCCAUGAGUAACAAUCUUUUUGUAAUCUUUAUAGAAAAAAAAAGAUUAAAGUGGUAUAUCCCGACAGGGAUAUAGAAUAGUCUUUAUGAUUAUUUGGCAAUGUUAGUGAAAACGAUCAAAGAAGUUUAAACUUCAAGAUCGUCGGUUAUAUAAAUGAUCGCGACAGACUGGGUCACUAAUGGGUGGCUGAAAUGCUGCUUAAUGCACAGGCGAAACUUUUGGUUAGGUGCAAGCUCUUCAUUUAACUAAUAGAAUAUACGAAUUUAAAGUUAUUCUAGCUUAUUAUCUAUAUAUAAUAAGUAAGUUUGUAUGUUCUGCCUUACGGGCAAAUGUCCUUAUGAGGUGCUACGGUUAUUACUAAC |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((....))))))))...................................................(((...........)))...........((((((((.(((((..((((((....(..(((((((..................(((((((.........((((((..((....(((((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))))))..................(((((((((..(((((..((((((((((((.(.........((((.((((((.(.(((((((((((((((.((((((((........(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((((....)).)))))))............))))))))..).))))))))))))))..)..........))))))))))).)))))..)))))))....((((..(((((((.((.((.(((((((...((((...........(((((....)))))..........((((.(((.((((((((..((........((((......))))..(((((((((((.....................)))))..))))))........))..)))))))).))).)))).......)))).))))))).)).))))))))).))))...(((.........((((((((((..(((((.((.((((((((........(((.(((((.....((((..............................)))).....))))))))...........)))))))).)).).)))).))))))))))......)))....(((((((((((((...))))))))...)))))......)))))...))))))))).................))...))))))..(((((((((....(((....)))...))))))))).......((((((((....))))))))....)))))))..........................((((((...(((((....)))))..))))))(((((((....)))))))..........(((((((....)))))))...........................)))))))...)))))))..))))).))))))))..(((((((((((((((............(((((((((......))))))))))))))))))))))))((((((.((((....))))...)))))).................. |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...........((((((((....)))))))).....(((((((((((..(((((((.....(...............................((.(((((.....(((....((((((.((.(.(........(((((..(.................(((...........((((.........(......((.......))......)))))..))).(((((((((.....(((((.......................(((..((((...((((..(.((((((((((((...............)))))))))))).)..))))...))))..)))....((((((........................((((((((((((...............(((((((((.......................))))))))).(.(((((((.((((.(((.((((((..........))))))...)))...)))).)))).....((((((...(((((........)))))..))))))...............))))((((.((((((.....(((...(((...(((((....))))).....)))....)))........((.........)))))))).))))...........))))))).)))))..(((((((.....(((........)))..........)))))))...................))))))....................)))))....))))))))).......)..)))))......).).)).)))))).....))).......))))).))................(((((((.....................................(((((((((((((..........)))).)))))))))....((((.(((((((...)))))))....))))....))))))).)....))))))).))))))))))).......((((........((((((((.................))))))))....))))((((((((....))))))))((((((((.....)))))))).))))).((((.....((((((...(((((....)))))..))))))..........((((((((..........((((((......))))))....(((........)))............(((((((((((.........)))))))))))..(((((((((((....((....))((.(((((((((......))))))))).)))))))))))))..(((((.((((....))))...))))).....)))))))).)))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.....((((((((....)))))))).....)...........................................((((((.........)))))).........((((((((.(((((..((((((....(..(((((((.((((((((.(((.((..((((((((.......(((((((.((((((.(((((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))))))...........((((...(((((((((..((((((.((((((((((((.........((((((.((((((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))((.(((((((((....)).))))))).))..))..)))))))))))..).))))))))))))))..).........))))))))))))))))))..)))))))....((((..(((((((.((.((.(((((((...((((..(...(((..(((((....)))))..))).....((((.(((.((((((((.(((..((....((((......))))..(((((((((((.....................)))))..)))))).....)).))).)))))))).))).))))......))))).))))))).)).))))))))).))))(.(((((..((((..((((((((((..(((((.((.((((((((........(((.(((((.....((((..............................)))).....))))))))...........)))))))).)).).)))).)))))))))))))).))))))..(((((((((((((...))))))))...))))).....))))))...)))))))))....))))......))))))..))))))).(((((((((....(((....)))...))))))))).......((((((((....))))))))...))))))))..))..)))...))))))))......((((((...((((((()))))))..))))))(((((((....)))))))..........(((((((....)))))))...........................)))))))...)))))))..))))).))))))))..(((((((((((((((...(.....)..(((((((((......))))))))))))))))))))))))((((((.((((....))))...)))))).......((......)). |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((...((((((((....))))))))..(((((((((((((((.(((((((....((((((((((.((((((((((((...........((((((((....(((((((((((((..(((((((((.......(((....(((.(((......))))))....))).....)))).)))))...(((((((((((((((..((((.((((((...((((((...(((((......)))))....))))))))))))))))....)))))))((((....((((((((((((...............))))))))))))....))))....((((((((........((((((((((((((..((((((((..(((...(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((.........))))))).........)))))))))))....)))))))))))))).((((....))))....))))))))))))))))......)))))))....((((((.......(((((((...((((......(((..(((((....)))))..))).....((((.....((((((((...(((..(((.((((......))))..((((((((((((((......))).........)))..))))))))......)))))))))))))).....)))).......)))).)))))))......)))))))))))).......))))))))..((((((((..((((.....((((((((........(((((.(((.....((((.............((((.......))))..)))).....))))))))...........))))))))......)))).))))))))))))))))))))...(((((((((((((...))))))))...)))))......))))))))))))))))))))))))))))))))........)))))..(((((((((....(((....)))...))))))))).......((((((((....))))))))((((((((.....))))))))......((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))(((((((....))))))).(((...[[[.))).....((((((((......)))))))).....]]].........(((((((((((..[[[....))))))))))).(((((((((((((((............(((((((((......))))))))))))))))))))))))((((((.((((....))))...))))))]]].......)))))))) |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((((....))))))))..(((.((((.((((..............)))).)))).))).......((((((.((...)).)))))).....(((.((((((((.(((((..((((((.......(((((((.((((((((((((.((..((((((((.......(((((((.((((((.(((((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))))))..........(((((...(((((((((..((((((.((((((((((((.(((((......((((.........(((((((((((((((.((((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((((....)).))))))).....)).))).))))))))..).))))))))))))))........))))......)).))).)))))..)))))))...(((((..(((((((.((.((.(((((((...((((...((((((..(((((....)))))..))).))).((((.(((.(((((((...((((..(((.((((......))))..((((((((.((((..................)).)).))))))))......)))))))))))))).))).)))).......)))).))))))).)).))))))))).))))).(((((..(((((..(((((((((..((((..((.((((((((........(((((.(((.....((((..........((......))..........)))).....))))))))...........)))))))).))...)))).)))))))))))))).)))))...(((((((((((((...))))))))...))))).....))))))...)))))))))....))))).....))))))..))))))).(((((((((....(((....)))...))))))))).......((((((((....))))))))...))))))))..))..))))..))))))))......((((((...(((((....)))))..))))))(((((((....))))))).(((.......))).....((((((((......)))))))).(((....)))...)))))))....))))))..))))).)))))))).((((((((((((((((............(((((((((......)))))))))))))))))))))))))(((((.((((....))))...))))).))).)))))))....... |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((...((((((((....))))))))..(((((((((((((((.(((((((....((((((((((.(((((((((((...........................................................................................................(((((..(((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))))((((....((((((((((((...............)))))))))))).[[.))))....................((((((((((((((..((((((((........(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((.........)))))))............))))))))....)))))))))))))).........................]])))))............((...(((((((.((.((.(((((((....((............(((((....)))))............((......((((((.............((((......))))..(((((((((((.....................)))))..)))))).............))))))......))..........))..))))))).)).)))))))))..)).................(((((((((..((((.....((((((((........(((..((((.....((((..............................)))).....)))).)))...........))))))))......)))).))))))))))))))))))))...(((((((((((((...))))))))...)))))......))))))))))))))))))))))))))))))))...............(((((((((.....((....))....))))))))).))))))((((((((....))))))))((((((((.....))))))))......(((((((...((((((...(((((....)))))..))))))(((((((....)))))))...........{{)))))))(((((}}........)))))...................((((((((((.........))))))))))..(((((((((((((((............(((((((((......))))))))))))))))))))))))(((((..((((....))))....))))).................. |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((...((((((((....))))))))..(((((((((((((((.(((((((....((((((((((.(((((((((((((((..(...)..))))).....................................(((....(((.............)))....)))..................((((((((.((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))).((((....((((((((((((...............))))))))))))....))))....((((((((.(((((..(((((((((((((((.((((((((..(((...(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((((....)).))))))).........)))))))))))..).))))))))))))))............)))))))))))))))))))))..........((((..(((((((.((.((.(((((((...((((...((.(((..(((((....)))))..)))..)).((((.(((.(((((((...((((..(((.((((......))))..(((((((((((.(..................))))))..))))))......)))))))))))))).))).)))).......)))).))))))).)).))))))))).))))...............((((((((((..((((.....((((((((........((((.((((.....((((..........((......))..........)))).....))))))))...........))))))))......)))).))))))))))))))))))))...(((((((((((((...))))))))...)))))......))))))))))))))))))))))))))))))))...............(((((((((....(((....)))...))))))))).)))))))(((((((....))))))).((((((((.....)))))))).)))).((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))(((((((....))))))).....((((............((((((......))))))....((....)).......(((((((((((.(......)))))))))))).(((((((((((((((............(((((((((......)))))))))))))))))))))))).(((((.((((....))))...)))))......)))).)))))))) |
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((((....))))))))..(((.((((.((((..............)))).)))).))).......((((((.((...)).)))))).....(((.((((((((.(((((..((((((.......(((((((..................((((((((...((..(((((((.((((((.(((((((((((((((.((((((...((((((...(((((......)))))....)))))))))))))))).)).)))))))))..........(((((...(((((((((..............(((((((((((((((....(((((........((((((((((((((..((((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((..............)))))))))..)))))))))))...(((((((.........))))))).....)).))).))))))))....))))))))))))))......((((((((.......((((.((.(((((((.......((((..(((((((.((.((.(((((((...((((......(((..(((((....)))))..))).....((((.(((.((((((((.(((........((((......))))..((((((((.((((..................)).)).))))))))........))).)))))))).))).)))).......)))).))))))).)).))))))))).)))).))))))).....)).)))).......))))))))...)))))...)))))))...))))))))......................(((((((.................(((.(((((((.(((.((.......................)).))).))))))))))..(((((((((((((...))))))))...)))))...)))))))....)))))))))....))))).....))))))..))))))).(((((((((....(((....)))...)))))))))...))..((((((((....))))))))...))))))))....(..(((((((..((((((((...((.((...(((((....)))))....(((.(((((((....))))))))))..)).))..))))))))(((..((......))..)))..))).))))..)..)))))))....))))))..))))).))))))))..(((((((((((((((............(((((((((......))))))))))))))))))))))))((((((.((((....))))...))))))))).)))))))....... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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