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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00713



RNA: CRW_00713
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).))).(((((((((...(((((.(((((...((((......)))).....((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((((.(((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((((((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).(((.(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).)))...))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...))))))))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............))))))......)))))..)))))........)))))))))....))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((((.........))))))).(((((((....)))))))((((((((((((....))))))))).)))..(((((((((((((((....(((((.............)))))...))))).((...((((((...((((...(((((....)))))..))))........(((....)))......))))))...)).......))))))))))..))))(((..(((((((((((...(((((.((((((((((....((((((((...((((.......)))).....(((((((((((...(((((((((..(((((.....((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))..(((((.((((((((((...((..(((((((((..(((((.(((..(((((((.((((...(((((((((.......))))))))).....))))....((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((...............))))....)))))))).))...))))).)))))....))))))))..)))).)))))).(((.(((((((((..((((((...((((((((.(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).)))).)))).((((((.((((....)))).......((((((.........))))))...))))))....(((((((.......))))))).....))))))))))))))).)))...)))))))...))))))))..)).)))))))..)).....))))..)))))))))..)))))))....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))........((..((((((((((....)))))))..((((((((......))))))))............)))..)).))).((((((((.....(((....)))....)))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))..(((((((((....)))))))))......((((.....((((((....(((((.............)))))...))))))......((((((((........................)))))))).......................(((((...............))))).....)))).(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.....(((((((..........((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((.((((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((..(.....(((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).......................(((...((((......(((((((((((....)))))))))))..))))...))).............................(.........................(((((....(((((((((((((((((.((((((....((((((((((.........)))))))))................((...............))..........((((........)))).....((((((((((....))))))))))............)......)))))).)))))))))))))))))......((((((((.((((((.....)))))).))))))))...))))))..........................))))))))..))))))))).)).))))))..))))).........)))))))))..)).........))))))).....))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((...................)))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...((.((((..........)))).))...((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).....(((((((..(.(((((....(((((.............)))))...))))))(((...((((((((........((((....))))....))))))))..)))..................(((((...............)))))...)))))))..............(((((.((((((((((....(((((((....((((.......)))).....(((((((((((.............................((((((((.......)))))))).....(((((((................((((((((((..(((...(....(......(((((((((.((..(((((......((((((...((((((..........(((..((((....))))...))).....(((((..(((((((.....))))))).))))).))))))....))))))......))))).....(((((...(((((.......(((((((((....)))))))))...)))))...))))).........(((...........))).......(((((........))))).........(.(((((((((((((((((.(((((....(((((((((((.........))))))))(((..((((.......((((.............)))).........(((((......))))).....(((((((((......))))))))).)))))))...)))......))))).))))))))))))))))).).............)).)))))))))......)...).)))..((((((((..........)))))))).........))))))))))......((((.(((...............))).))))....................)))))))..)))))))))))..))))))).....)))))))))))))))..))))))))..............((.....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).................)).....((((((((...(.......).......)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))(((((((((((....))))))))).))..(((((((..(((((((....(((((((........)).)))))...)))))))((...((((((((.......(((((....)))))...))))))))..))...................(((((((((....))))...)))))...)))))))(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((..(((....(((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.(....(((((((((.((((((...............)))))))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((..(.....(((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).)))((............)).....(((((...(((((...(.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))...............(((((((.((....)).)))))))(((((.((((((.(((((((.(.(((((((((((((((((.((((((...(((((((((((.........)))))))))...............((((.............)))).........(((((......)))))...((((((((((((....)))))))))).)).........)).....)))))).))))))))))))))))).)....((((((((.((((((.....)))))).))))))))..))))))).)))).)).)))))............))))))))..))))))))).)).))))))..))))).........)))))))))..)))))).....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((....((.......))....)))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((..[[[[[[[[[)))))....((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......]]]]]]]]](((((....(((((.............)))))...)))))((((...((((((((............((((....))))))))))))..))))....((((....[[[[[[[..)))).......]]]]]]].......((((..(((((((((((........(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.........((((((((.......((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).((((....)))).)))..))))))))........(((((((((((......(((((((...((((((.....((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).))))))....(((((((...)))....))))(((((....(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).....)))))........((((....))))(((((((((((...(((((((((((((.((((((.....)))))).)))))))...........)))))).....)))))))))))...)))))))).....))))))....))))))).))))).........))))))......)))))))).((((.....))))))))))))))).)))))))).....))))))))))).........)))))))))))........(((....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))))))..((((...))))....))))((((((((...................)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.((.(((((((.........)))))))..((((((....)))))).((((((((((((....))))))).)))))..((((((....(((((....(((((.((........)))))))...))))).(((...((((((((.......(((((....)))))...))))))))..))).......((....(((((((.............)))))))....)))))))).(((((((((((...(((((.((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((....(((..((((....(((((((((.....))))))))).......(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((((((((((...))))))))(((((((.(((((........))))).((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((...............))))....))))))).)))...))))).)))))....))))))))..)))).))))))....((((.............)))).))))))).(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).((((((((((....((((((((..........(((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...)))))))))))))...))))))))))))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........)))))))).)))).)))....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))...................)).))))).((((....((.......))....)))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))..(((((((((....)))))))))....((((((((...((((((....(((((.............)))))...)))))).((...((((((((........................))))))))..))...................(((((...............)))))...))))))))((((((((((...((((.(((((((((((.....(((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.....(((((((............((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......((((((((((.(((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((...((........((.((((((.(((.((((((((((..{{{.{{{{{{{{{)).....}}}}}}}}}.}}}.........((((((((....(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))........................((((((((((......((((((((....((((........<<<<<<<))))[[[.))))))))......)))))).))))................)).))))))....(((...............))).........(((((......))))).....((((((((((....))))))))))...........................]]]....>>>>>>>........((((((((.((((((.....)))))).))))))))...................................))))))))..))))))))).))....))...))))).........))))))))).............))))))).....))))))))))).)))))))......))))))))))))))).....))))))))))................(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((...................)))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.((.(((((((.........))))))).(((((((....))))))).(((((((((((....))))))))).))..(((((((...((((((....(((((.((........)))))))...))))))......((((((((........................)))))))).......................(((((...............)))))...)))))))(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((..........(.((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((.....(((((((((....((((...............))))....)))))))).)....)))))).))))....))))))))..)))).))))))....((((.............)))).........(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..(((((((((....((((((............................((((((((.((((((.....)))))).))))))))................))))))...))))))))).))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...).........))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))..((.....))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).....(((.....)))...)).)))(((((((....((.......))....)))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...[[[[[[[[)))))).(((((....)))))...]]]]]]]]...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((.(((((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((((((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))))).)))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...))))))))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((....(((((((.........))))))).(((((((....)))))))((((((((((((....))))))))).))).(((((((..(((((((....(((((.((........)))))))...))))))).....((((((((.......(((((....)))))...))))))))....................((({{{{{((((....)))))))}}}}}...)))))))(((((((((((.(.((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....((((((((((((.((.(((((((((((.....(((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......((((((((((.((((((............)).))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((..aaaaa))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((.(((......)))..))))....)))))))).))...)))))).))))....))))))))..)))).)))))).((.((((((........)).)))))).AAAAA.(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).((((((((((((((<<<<<<<<.)))).....((((............((((((((.((((((.....)))))).)))))))).......[[[))))>>>>>>>>]]]))))))))))))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))..)))))))....))))))).))).))))))))))).)))))))).....)))))))))))))))....))))))))))))..(((...)))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).....((((...))))......)))(((((((....((.(....)))....)))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...((((((((.......(((((....)))))...))))))))...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.(((((..(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((............((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.(....(((((((((((...(((..(.....)...)))...)))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........)))))))).............))))))).))..)))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..((((.(((.((((..(((......((((((((((..))))))))).)(((((((((....)))))))))....(((((((.((.((((((....(((((.((........)))))))...))))))))(((......)))..(((((.((((((..((..))..)))))).))).(((((.((...)).))).))(((((...............))))).)).)))))))....)).)..)))).)))(((((((.(.(((((........)((((((((((.((...(((.((((((((((((((..))))))))....(((.((((..)).)).)))...((.(((..((((.(((((((((((((((((....(((....)))(((((((..(..)((((.............))))))))))).......(..)))))))))......((((((.(.(((((...............(((((((((.((.(..(((((((((((...)))))))))))((.............))).)).))))(((((((((((...((((.....)))).))))(((((........)))))))))))).))))).))))).)))))))..))))))))).))))))))))))))).)))....)).))))))))))....((((....)))))))).).))))))).((.((((((((...........)))))))).))..((..((((((.(..)....(((((.((((((((((((((((((......................)))))))))).))).))))).)))))...(((((((((((((....)))).((((((..))))))(((((....(((((((((((.((((((..)).))))(.............))))))))))))..))))))))))))))))))))..))...((.(........).)).))))))....(........)))))))).((((((((...........))))))))(((......)))((((((..))))))...((((..)))).(........)..(((.((((((((((((....)))))))((.......)).((..(((..)))..)).((((...))))))))).)))(.(((((((((((.......))))))))))).)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.............)))))...))))).))).(((((((((....................................((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....(((((((...(((((.....))))).....((((((((((......(((((((............((((..((((((((.....)))))))).))))...(((((((((((.(....(((((((((((....((..(.....)...))....)))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((.......((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((....(.(((((((((((....)))))))))))).))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......)))))).))))....))))))))..)))).))))))..................................(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).................................................((((((((.((((((.....)))))).))))))))...................................))))))))..))))))))).)).))))))..)))))).........)))))))).............)))))))......)))))))))).)))))))......))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............))))))..........................)))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...((((((((.......(((((....)))))...))))))))...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((((.(((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((..((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...)))..)))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))).