|
|
|
AAUAAAAGUUACGCUAGGGAUAAUUUACCCCCUUGUCCCAUUAUAUUGAAAAAUAUAAUUAUUCAAUUAAUUAUUUAAUUGAAGUAAAUUGGGUGAAUUGCUUAGAUAUCCAUAUAGAUAAAAAUAAUGGACAAUAAGCAGCGAAGCUUAUAACAACUUUCAUAUAUGUAUAUAUACGGUUAUAAGAACGUUCAACGACUAGAUGAUGAGUGGAGUUAACAAUAAUUCAUCCACGAGCGCCCAAUGUCGAAUAAAUAAAAUAUUAAAUAAAUAUCAAAGGAUAUAUAAAGAUUUUUAAUAAAUCAAAAAAUAAAAUAAAAUGAAAAAUAUUAAAAAAAAUCAAGUAAUAAAUUUAGGACCUAAUUCUAAAUUAUUAAAAGAAUAUAAAUCACAAUUAAUUGAAUUAAAUAUUGAACAAUUUGAAGCAGGUAUUGGUUUAAUUUUAGGAGAUGCUUAUAUUCGUAGUCGUGAUGAAGGUAAACUAUAUUGUAUGCAAUUUGAGUGAAAAAAUAAGGCAUACAUGGAUCAUGUAUGUUUAUUAUAUGAUCAAUGAGUAUUAUCACCUCCUCAUAAAAAAGAAAGAGUUAAUCAUUUAGGUAAUUUAGUAAUUACCUGAGGAGCUCAAACUUUUAAACAUCAAGCUUUUAAUAAAUUAGCUAACUUAUUUAUUGUAAAUAAUAAAAAACUUAUUCCUAAUAAUUUAGUUGAAAAUUAUUUAACACCUAUAAGUUUAGCAUAUUGAUUUAUAGAUGAUGGAGGUAAAUGAGAUUAUAAUAAAAAUUCUCUUAAUAAAAGUAUUGUAUUAAAUACACAAAGUUUUACUUUUGAAGAAGUAGAAUAUUUAGUUAAAGGUUUAAGAAAUAAAUUUCAAUUAAAUUGUUAUGUUAAAAUUAAUAAAAAUAAACCAAUUAUUUAUAUUGAUUCUAUAAGUUAUUUAAUUUUUUAUAAUUUAAUUAAACCUUAUUUAAUUCCUCAAAAUGAUAUAUAAAUUACCUAAUACUAUUUCAUCCGAAACUUUUUUAAAAUAAUAUUCUUAUUUUUAUUUUAUGAUAUAUUUCAUAAAUAUUUAUUUAUAUUAAAUUUUUAUUUGAUAAUGAUAUAGUCUGAACAAUAUAGUAAUAUAUUGAAGUAAUUAUUUAAAUGUAAUUACGAUAACAAAAAAUUUGAACAGGGUAAUAUAGCGAAAGAGUAGAUAUUGUAAGCUAUGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).....(((((((...((((((....(((((.............)))))...))))))(((...((((((((......(((((((....)))))))))))))))..)))...[.[[[[[(((((...((.......))......)))))......)))))))(((((((((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))))))......]]]]]].(((((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)).............................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).))).(((((((((...(((((.(((((...((((......)))).....((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((((.(((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((((((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).(((.(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).)))...))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...))))))))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............))))))......)))))..)))))........)))))))))....)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.(((((((.........))))))).(((((((....)))))))((((((((((((....))))))))).)))..(((((((((((((((....(((((.............)))))...))))).((...((((((...((((...(((((....)))))..))))........(((....)))......))))))...)).......))))))))))..))))(((..(((((((((((...(((((.((((((((((....((((((((...((((.......)))).....(((((((((((...(((((((((..(((((.....((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))..(((((.((((((((((...((..(((((((((..(((((.(((..(((((((.((((...(((((((((.......))))))))).....))))....((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((...............))))....)))))))).))...))))).)))))....))))))))..)))).)))))).(((.(((((((((..((((((...((((((((.(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).)))).)))).((((((.((((....)))).......((((((.........))))))...))))))....(((((((.......))))))).....))))))))))))))).)))...)))))))...))))))))..)).)))))))..)).....))))..)))))))))..)))))))....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))........((..((((((((((....)))))))..((((((((......))))))))............)))..)).))).((((((((.....(((....)))....)))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))..(((((((((....)))))))))......((((.....((((((....(((((.............)))))...))))))......((((((((........................)))))))).......................(((((...............))))).....)))).(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.....(((((((..........((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((.((((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((..(.....(((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).......................(((...((((......(((((((((((....)))))))))))..))))...))).............................(.........................(((((....(((((((((((((((((.((((((....((((((((((.........)))))))))................((...............))..........((((........)))).....((((((((((....))))))))))............)......)))))).)))))))))))))))))......((((((((.((((((.....)))))).))))))))...))))))..........................))))))))..))))))))).)).))))))..))))).........)))))))))..)).........))))))).....))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((...................)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((...((.((((..........)))).))...((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).....(((((((..(.(((((....(((((.............)))))...))))))(((...((((((((........((((....))))....))))))))..)))..................(((((...............)))))...)))))))..............(((((.((((((((((....(((((((....((((.......)))).....(((((((((((.............................((((((((.......)))))))).....(((((((................((((((((((..(((...(....(......(((((((((.((..(((((......((((((...((((((..........(((..((((....))))...))).....(((((..(((((((.....))))))).))))).))))))....))))))......))))).....(((((...(((((.......(((((((((....)))))))))...)))))...))))).........(((...........))).......(((((........))))).........(.(((((((((((((((((.(((((....(((((((((((.........))))))))(((..((((.......((((.............)))).........(((((......))))).....(((((((((......))))))))).)))))))...)))......))))).))))))))))))))))).).............)).)))))))))......)...).)))..((((((((..........)))))))).........))))))))))......((((.(((...............))).))))....................)))))))..)))))))))))..))))))).....)))))))))))))))..))))))))..............((.....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).................)).....((((((((...(.......).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))(((((((((((....))))))))).))..(((((((..(((((((....(((((((........)).)))))...)))))))((...((((((((.......(((((....)))))...))))))))..))...................(((((((((....))))...)))))...)))))))(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((..(((....(((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.(....(((((((((.((((((...............)))))))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((..(.....(((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).)))((............)).....(((((...(((((...(.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))...............(((((((.((....)).)))))))(((((.((((((.(((((((.(.(((((((((((((((((.((((((...(((((((((((.........)))))))))...............((((.............)))).........(((((......)))))...((((((((((((....)))))))))).)).........)).....)))))).))))))))))))))))).)....((((((((.((((((.....)))))).))))))))..))))))).)))).)).)))))............))))))))..))))))))).)).))))))..))))).........)))))))))..)))))).....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((....((.......))....)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..[[[[[[[[[)))))....((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......]]]]]]]]](((((....(((((.............)))))...)))))((((...((((((((............((((....))))))))))))..))))....((((....[[[[[[[..)))).......]]]]]]].......((((..(((((((((((........(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.........((((((((.......((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).((((....)))).)))..))))))))........(((((((((((......(((((((...((((((.....((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).))))))....(((((((...)))....))))(((((....(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).....)))))........((((....))))(((((((((((...(((((((((((((.((((((.....)))))).)))))))...........)))))).....)))))))))))...)))))))).....))))))....))))))).))))).........))))))......)))))))).((((.....))))))))))))))).)))))))).....))))))))))).........)))))))))))........(((....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))))))..((((...))))....))))((((((((...................)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.((.(((((((.........)))))))..((((((....)))))).((((((((((((....))))))).)))))..((((((....(((((....(((((.((........)))))))...))))).(((...((((((((.......(((((....)))))...))))))))..))).......((....(((((((.............)))))))....)))))))).(((((((((((...(((((.((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((....(((..((((....(((((((((.....))))))))).......(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((((((((((...))))))))(((((((.(((((........))))).((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((...............))))....))))))).)))...))))).)))))....))))))))..)))).))))))....((((.............)))).))))))).(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).((((((((((....((((((((..........(((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...)))))))))))))...))))))))))))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........)))))))).)))).)))....))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))...............(((((((....)))))))..((((((((......))))))))...................)).))))).((((....((.......))....))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.........)))))))((((((((....))))))))..(((((((((....)))))))))....((((((((...((((((....(((((.............)))))...)))))).((...((((((((........................))))))))..))...................(((((...............)))))...))))))))((((((((((...((((.(((((((((((.....(((((((...(((((.....))))).....(((((((((((.....(((((((............((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......((((((((((.(((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((...((........((.((((((.(((.((((((((((..{{{.{{{{{{{{{)).....}}}}}}}}}.}}}.........((((((((....(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))........................((((((((((......((((((((....((((........<<<<<<<))))[[[.))))))))......)))))).))))................)).))))))....(((...............))).........(((((......))))).....((((((((((....))))))))))...........................]]]....>>>>>>>........((((((((.((((((.....)))))).))))))))...................................))))))))..))))))))).))....))...))))).........))))))))).............))))))).....))))))))))).)))))))......))))))))))))))).....))))))))))................(((((((....)))))))..((((((((......))))))))........................((((((((...................)))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((.(((((((.........))))))).(((((((....))))))).(((((((((((....))))))))).))..(((((((...((((((....(((((.((........)))))))...))))))......((((((((........................)))))))).......................(((((...............)))))...)))))))(((((((((((...((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((..........(.((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......(((((((((((.((((...............)))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((.....(((((((((....((((...............))))....)))))))).)....)))))).))))....))))))))..)))).))))))....((((.............)))).........(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..(((((((((....((((((............................((((((((.((((((.....)))))).))))))))................))))))...))))))))).))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...).........))))))).))..))))))))))).)))))))).....))))))))))))))).....)))))))))))..((.....))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).....(((.....)))...)).)))(((((((....((.......))....))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...[[[[[[[[)))))).(((((....)))))...]]]]]]]]...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((.(((((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((((((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))))).)))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...))))))))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((....(((((((.........))))))).(((((((....)))))))((((((((((((....))))))))).))).(((((((..(((((((....(((((.((........)))))))...))))))).....((((((((.......(((((....)))))...))))))))....................((({{{{{((((....)))))))}}}}}...)))))))(((((((((((.(.((((.(((((((((((....((((((((...(((((.....))))).....((((((((((((.((.(((((((((((.....(((((((.(((((((((.....)))))))))))))...(((((((((((......((((((((((.((((((............)).))))))))))))))......)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((..aaaaa))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((....((((((((((....((((.(((......)))..))))....)))))))).))...)))))).))))....))))))))..)))).)))))).((.((((((........)).)))))).AAAAA.(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).((((((((((((((<<<<<<<<.)))).....((((............((((((((.((((((.....)))))).)))))))).......[[[))))>>>>>>>>]]]))))))))))))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))..)))))))....))))))).))).))))))))))).)))))))).....)))))))))))))))....))))))))))))..(((...)))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).....((((...))))......)))(((((((....((.(....)))....))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...((((((((.......(((((....)))))...))))))))...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.(((((..(((((.....))))).....(((((((((((..((.(((((((............((((((.(((((((.....)))))))))))))...(((((((((((.(....(((((((((((...(((..(.....)...)))...)))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...(((((.....(((((((((((....))))))))))).)))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((.(((......)))..))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........)))))))).............))))))).))..)))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.(((.((((..(((......((((((((((..))))))))).)(((((((((....)))))))))....(((((((.((.((((((....(((((.((........)))))))...))))))))(((......)))..(((((.((((((..((..))..)))))).))).(((((.((...)).))).))(((((...............))))).)).)))))))....)).)..)))).)))(((((((.(.(((((........)((((((((((.((...(((.((((((((((((((..))))))))....(((.((((..)).)).)))...((.(((..((((.(((((((((((((((((....(((....)))(((((((..(..)((((.............))))))))))).......(..)))))))))......((((((.(.(((((...............(((((((((.((.(..(((((((((((...)))))))))))((.............))).)).))))(((((((((((...((((.....)))).))))(((((........)))))))))))).))))).))))).)))))))..))))))))).))))))))))))))).)))....)).))))))))))....((((....)))))))).).))))))).((.((((((((...........)))))))).))..((..((((((.(..)....(((((.((((((((((((((((((......................)))))))))).))).))))).)))))...(((((((((((((....)))).((((((..))))))(((((....(((((((((((.((((((..)).))))(.............))))))))))))..))))))))))))))))))))..))...((.(........).)).))))))....(........)))))))).((((((((...........))))))))(((......)))((((((..))))))...((((..)))).(........)..(((.((((((((((((....)))))))((.......)).((..(((..)))..)).((((...))))))))).)))(.(((((((((((.......))))))))))).).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.............)))))...))))).))).(((((((((....................................((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....(((((((...(((((.....))))).....((((((((((......(((((((............((((..((((((((.....)))))))).))))...(((((((((((.(....(((((((((((....((..(.....)...))....)))))))))))....).)))..))))))))....(((.(((((((((((.......((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((....(.(((((((((((....)))))))))))).))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......)))))).))))....))))))))..)))).))))))..................................(((((......))))).....((((((((((....)))))))))).................................................((((((((.((((((.....)))))).))))))))...................................))))))))..))))))))).)).))))))..)))))).........)))))))).............)))))))......)))))))))).)))))))......))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............))))))..........................)))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.......(((((((((.........((((((((....))))))))..(((((((((....))))))))).......)))))))))(((((....(((((.((........)))))))...))))).)))...((((((((.......(((((....)))))...))))))))...((((((.(((((........(((((...............))))).......((.(((((((((((...((((.(((((((((((.....((.(((((..(((((.....)))))..........((((((((((((..................((((((.(((((((.....))))))))))))).((((((((......((((...(((..((((((........))))))..)))..)))).....((((((..((((((........))).(((.(((((((((((......(((((((((.((((((.(((.((((((((....(((.(((((((((.......))))))))).))).........((((((((((..(((((...((((...((.(((((((((((....)))))))))))))))))...)))))................((((((((((((((((((......((((((((....((((...............))))....))))))))......))))).)))))....))))))))..)))).)))))).....(((((((((.........((((((.....(((((......))))).....((((((((((....))))))))))..............))))))..........((((((((..(((((....((((((((.((((((.....)))))).)))))))).)))))...))))))))..))))))))).......))))))))..))))))))).)).))))))).)))))).........))))))))...)))..)))))).)))))))).))))))))))))..))))).))....))))))))))))))).....))))))))))).))...)))))....(((((((....)))))))..((((((((......)))))))).............)))))).....((((((((....((.......))....)))))))). |