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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00714



RNA: CRW_00714
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((....((((....(((...(((((....(((((((.......)))))))..)))))....)))...)))).....((((......(((((((...(((((.......(((((.....(((((((((((...(((((((..((((....)))))))))))..))))))))))).....))))).)))))..)))))))...(((((((((.....((((((....................))))))))))))))).))))........)))))))).....(((((...((((.((((((...((((......(((((...((((...((((..........))))...))))...)))))..........))))..)))))).(((....)))....))))..((((.....((((...(((((((((((((..((((((.(((...(((((((......)))))))..))).))..))))..)))).))))))))).(((((((....)))))))..(((((((........)))))))......))))..)))).))))).(((((((((...((.......))...)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((.......))))))((((((........))))))........(((((.....(((((.....(((........(((((.....(((((((((((...((((((((((......)))))))..)))..))))))))))).....)))))..)))....)))))......((((((((...........))))))))...............(((((....((((.......)))).)))))........))))).................................(((((((((...(((((((..........................................................)))))))..))))))))).((((....)))).......................................................................(((((((....)))))))..(((((((........))))))).......................(((((((((...((.......))...)))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((...((((((.................((((((.(..((((((..(((((((((((........)))))..........(((.....)))....)))))).))))))..(((((.....(((((((((((.....(((((.............))))).....))))))))))).....)))))..............(((...((((((((...........))))))))..))).......(..(((((....................))))).)....).)))))).....(((((((.....((..(..((((((...((((...((((..........))))...))))...))))))..)..))........)))))).)...)))))).....(((((.((....(((((.(((....)))))))).......)).))))).(((((((......)))))))...............................(((((((....)))))))..(((((((........)))))))........................((((((((...((.......))...)))))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((....))..............(((((((.....)))))))((((((.(....).))))))........((((((....((((((...(((((.......(((((.....(((((((((((...((((((((((......)))))))..)))..))))))))))).....))))).)))))..))))))(((...((((((((...........))))))))..)))..........(((((...(((((.......)))))))))).......))))))........(((((....(((((((........((((((((((..(((((((((........................................................))))))))).))))))))))(((((..))))).......................((((......))))))))))))))))...(((.........)))....(((((((....)))))))..(((((((........))))))).....................(.(((((((((.((((.......)).))))))))))).).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((....(((....)))....)))...))).((((...(((((((....((((((........)))))).)))))))((((((...(((((((...(((((.......(((((.....(((((((((((.....((((((((......))))))))......))))))))))).....))))).)))))..))))))).....((((((((...........))))))))..(((...)))....(((((...(((((.......)))))))))).......))))))(((((...((((((....((((((((((....((((((((((..(((((((((.......((((........((((((......))))))........)))).......))))))))).)))))))))).(((..((((((....))))))..)))..................))))))))))))))))..)))))........))))...(((((((....)))))))..(((((((........))))))).........((((((........[[[[[[[[[))))))...........]]]]]]]]]...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((....(((....)))....)))..(((.(((((((.....))))))).(((((........))))).(((..........))).(((((((...(((((.......(((((((......((((((((..((.((((((((......)))))))).))...))))))))))))))).......)))))..))))))).....((((((((...........))))))))...((((((.((((((((((((((((((((((................((.(((...))))))))))))))))))...)))))))))...((((((((((..(((((((((.......((((........((((((......))))))........)))).......))))))))).))))))))))....(((((((((((((.(((((.((..(((((((((((......))).))))))))..)).))))).)))).))))))))).(((((((....)))))))..(((((((........)))))))............)))))).))).(((((((((.((.(((....))).)))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...(((((..((((....................................((((((........))))))........((((((....((((((...(((((.................(((((((((((...((((((((((......)))))))..)))..)))))))))))...........)))))..))))))(((...((((((((...........))))))))..)))..........(((((....((((.......)))).))))).......))))))(((((...((((((....((((((((....................................................................(((((((((.........(((((.((..((((...((((....))))....))))...)).)))))......))))))))).))))))))))))))..)))))...............(((((((....)))))))..(((((((........)))))))...................((.....[[)).............))))))))).]]))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((....(((....)))....)))..((..(((((((.....))))))).(((((........)))))...................((((((...(((((........((.......(((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...))))))))))).))........)))))..))))))......((((((((...........))))))))...(..((..((((((((.((.(((((((.......................((...))......))))))).))....))))))))...((((((((((..(((((((((.........((........((((((......))))))........)).........))))))))).))))))))))....(((((((((((((.(((((.....(((((((((((......))))).)))))).....))))).)))).))))))))).(((((((....)))))))..(((((((........))))))).............))..)..)).(((((((((.((.(((....))).)))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((.............((((((((.....)))))))).))))))))..................((((...................(((((((((((.......(((((((((((.......[[[[[[[[[[[[[[............)))))))))))...........)))))))))))((((....((((((((...........))))))))...((((((.((((((((((((((((((((((..................((((...)))).)))))))))))))))...)))))))...((((((((((................(((((((((....]]]]]]]]]]]]]]........................))))))))).))))))))))....(((((((((................((((((((((...((((((...))))))..))))))))))....))))))))).(((((((....)))))))..(((((((........)))))))............))))))..))))((((((((.................))))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((..((((((......((((......((((.....(((..((..(((((((....((((((((.((.......(((.....))).......))))))))))..(((((.....(((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...)))))))))))....((((((((((((((..((.(((((((.((((.(((((..........................((((((((((((((..((((((.......((.......))((((...)))).))))))..)))))...)))))))))...((((((((((..(((((((((.......((((........((((((......))))))........)))).......))))))))).)))))))))).......)))))...)))).)))))))...))..))))))))))))))....)))))..))))))).))..)))..))))...(((((((....)))))))..(((((((........)))))))..))))...((((((....(((.....)))..))))))..)).))))))))).))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...(((....(((.[[[)))....)))......(((((((.....)))))))((((((........))))))..]]]............(((((((...(((((........(((......(((((((((((.....((((((((......))))))))......))))))))))))))........)))))..))))))).....((((((((...........))))))))...{{{{{{.{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{...........))))...((((...)))).}}}}}}}}}}}}}}...}}}}}}}}...((((((((((..(((((((((.....(.((((......(.((((((......))))))).......)))))......))))))))).))))))))))....(((((((((((((.(((((.....(((((((((((......))))).)))))).....))))).)))).))))))))).(((((((....)))))))..(((((((.(.....))))))))............}}}}}}.....(((((((((.((.(((....))).)))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(.((((.((((((......((((......((((.....(((..((..(((((((....((((((((.((.......(((.....))).......))))))))))..(((((.....(((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...)))))))))))....((((((((((((((..((.(((((((.((((.(((((..........................((((((((((((((..((((((.......((.......))((((...)))).))))))..)))))...)))))))))...((((((((((..(((((((((.......((((........((((((......))))))........)))).......))))))))).)))))))))).......)))))...)))).)))))))...))..))))))))))))))....)))))..))))))).))..)))..))))...(((((((....)))))))..(((((((........)))))))..))))...((((((....(((.....)))..))))))..)).)))))))).)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((((..((..))..)))))).((.......))..(..).(((.....(((((........)))))..))).))))))..(..)..(((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((..((((((......))))))((...((...)).)).((((((((((..(((((((.((((((.((((((((..((..))...)))))))))))))))))..))))((((((((..............))))))))(((..)))((.............))))).)))))))(((((((.((..)).)))))))......)))))))...)))))))))))))))))((((..)))).((.(((((..)))((.((......))))).).)).)))))))))))))))((..))...)))))))..((((((((((........))))).)))))(((...(((...........)))...((((((......))))))..(((((((.((..)).))))))).....(((....)))(((((.((((....(((((..)))).).....).).))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..............................((((((.....))))))..(((((........)))))....................((((....((((..................(((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...)))))))))))............))))...)))).....................................................................................................(((.....................((((((((...(((((((((...................((((((......))))))...................)))))))))..))))))))..........................................................))).......................(((((((....)))))))..(((((((........))))))).....................................................))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((..((((((......((((......((((.....(((..((..(((((((....((((((((.((.......(((.....))).......))))))))))..(((((.....(((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...)))))))))))....((((((((((((((..((.(((((((..((..(((((..........................((((((((((((((..((((((.......((.......))((((...)))).))))))..)))))...)))))))))...((((((((((..(((((((((.......((((........((((((......))))))........)))).......))))))))).)))))))))).......)))))..))....)))))))...))..))))))))))))))....)))))..))))))).))..)))..))))...(((((((....)))))))..(((((((........)))))))..))))...((((((....(((.....)))..))))))..)).))))))))).))))))..