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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00718



RNA: CRW_00718
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((((...((.......))...)))))))).((((.(((......((((((((.((((.....(((...........)))..)))).....((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((((((((((((((............((.....((((...((((....))))..)))).....))...(((((((.(((.......))))))))))....))))))))))))))(((((..(((((((((((((((((.....................)))))....)))).)))))).))...))))).......)))))))))))))))).)))))(((((((....))))))).))))))))))))))...))))))))...(((((((.....((((((........))))))..)))))))..)))..((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....((((............))))....))))))........)))).(((((((((..........))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((...((.......))...))))))))).))).......................................((((((((((((........(((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))).....)))))).))).))).........................(((((((.(((.......)))))))))).........................((((((((.....((......)).............................)))))).)).....................................(((((((....)))))))...((((((((((((((....))))))))))))))............................................((((((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))............)))).((((((..........((((.......))))...))))))..............((((((((....))))))))............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((((...((.......))...)))))))..)))).((((((................(((..(((((((...................)))))))..)))((((((((((((((((((.......)))))))..)))))))))))............................))))))...................(((((...(((.......)))..))))).............(((((......)))))...(..((((((....))))))..).....(((((....(((((....((((.......((((((....(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))....(((((((((((((....))))))))))))).)))).)))))).))))))).......)))))).....))))...)))))((...((((((((.....(((..........)))....))))))))))..............))))))((((........(((((............)))))))))........(.((...((((((((....)))))))).......))..)
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((.((((.......)).))))))))))).)))..)...................................(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).)))).........(((((((........(((((((.(((.......)))))))))))))))))..................((((((((((((((((....)))))............(.......)..))).)))))).))..(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...(((((((((((((((()))))))))))))))))))).)))))).)))))))......)))))))...........(((((((((..(((((((((((((((((()))))))).....))))))))))))))............)))))((((((........((((((.......)))))).))))))..............((((((((....))))))))............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((....(((....)))...))))))).))))).((((((.......(((((.....)))))..........((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).)))))))))..........((((((((((((((((.((((.....))))))))))).........(((((((.((((((....((((((..((((((....))))))........(((((.....)))))...))))))......))))))..(((((.....))))))))))))....(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).......))))))))).........(((....[[[[[[.))).(((..((((..((((((((((((((((....)))))).....)))))))))))))))))]]]]]]..(((...((((((........((((((.......)))))).))))))..............((((((((....)))))))).......)))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((((.((.(((....))).)))))))))).((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).((((..(((((((.((((.....))))))))))).))))......))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((.....)))))....((((......(((((((...(((((((.((((((.(((.......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).))).)))))).)))))))......))))))).....)))).((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....((((............))))....))))))........)))).(((((((((..........))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((.((............)))))))))).)))).......................................((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))).........................(((((((.(((.......))))))))))...................................((((((....))))))..................((......(((((......((((((..............................(((((......)))))....((((((((((((((....))))))))))))))..........................)))))).....)))))..[[))((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))..............]].((((((....((((............))))....))))))..............((((((((....))))))))............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((((.((.(((....))).)))))))))).((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.((((.....)))))))))))...........))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((.....)))))....((((......(((((((...(((((((.((((((..((.......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))).)))))))......))))))).....))))..(((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))......)))).((((((....(((..............)))....))))))........)))).(((((((((..........))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((((....[[[[[[.......))))))))(((((.(((((((((((................(((((((...................)))))))....))))))....(((((((((((((((((...(((((((((((((((......................................................(((((((..............)))))))....)))))))))))))))........((((((..((((((....))))))........(((((.....)))))...))))))..................)))))))))))))))))..(((((((((((((...........(((((((((((((((..))))))))))))))).((((((.............))))))..)))))))))))))......)))))..(((((((((((((((((..))))))).....))))))))))................)))))((((((........((((((.]]]]]])))))).))))))........)))).(((((((((..........))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((.((.(((....))).))))))))))).))).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....)))))).((((...(((((....((((((...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).))))))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))[[[[[[...))))..(((((.......)))))..]]]]]].........((...((((((((....)))))))).......))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((.((.(((....))).)))))))))))((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).((((..(((((((.((((.....))))))))))).))))......))))))))).....))))))....((((((....)))))).....(((<<<<<..)))>>>>>...(((((.(((..{{{{{{{...{{{{{{{.{{{{{{.{{{{......(((((((....))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))}}}}.}}}}}}.}}}}}}}......}}}}}}}.....)))))((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....(((([[[.........))))]]].))))))........)))).(((((((((..........))))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..)).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((....(((..(...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).)..)))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))((((((........((((((.......)))))).)))))).........((...((((((((....)))))))).......))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..(.(((..))))(((((((((..((.(((...)))))..)))((((.................(((((((((((........)))).))))))).....))))...))))))((((((((((.(..(((((((((((((((((((((((((..((.((......).)))...)).))).(..).))))))))))))))(((((((.(..........).)))))))))))))..)((..)).(.((((...((((((((..))))))))....)))))....((((.............))))...((((((.............)))))))))))))))))))))...((((((......)))))).(..((((((((((((((..))))))))))))))..(((((((((((........)))))..(((..(........).)))((((((..((((((((.....((..))((((....))))..)))))))))))).).).(((.((...(((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))...)))))...(((((((......))))))).))))))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((..((((((((.((.(((....))).))))))))))...)).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((..............)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....)))))).........((((.....((..(...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).)..)).(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))).((((((....((((............))))....))))))..............((((((((....))))))))............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..)).((..((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))..))....((((((....))))))........(((((....(((..(...(((((......(((((((...((((((..((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).))))))..))))))......))))))).....))))).)..)))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))((((((....((((............))))....)))))).........((...((((((((....)))))))).......))...