|
|
|
AACAGGCUGAUAGCCGGCGAGAGUACACAUUGUCCCGGCUGUUUGGCACCUUGACUAAAAUUAAUAAACAAUAUUACAAAAACUAAAUCUGUUAUGUUAAAUUUUUGUUUUAUUUAGUAAAUGUGUUAUAUUUUUUUUAUAUAAUUAAUAUUUAUUAAACUUAAAAUGACAGAACAUAUACACGAUUCAAGGAUUUUUAUAAUAAAUGAAACACUUUAAUUUUUUUAUAGAAUAAAGUGAUUAUAAUAGAUAUUGAUUUAAACAUCGGGGAAUUUUAAUAGAAAUAUUAACUUAGAAAUUGGCUAUUUGCUGAAACUUCCUUAGAGCUUUUGAAAAUAUUUAAGAAAAAUAUAAUAUCAUUUUAAUUAUUUUUAUAAUUAUCUGAAUAGAAUAAGUUAAUUAAUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUAAAUUUAAAAUUCAAAAUGAUUGGGAAAUUGGCAGGGAAGUUUUAAUUUAGAUAAUUAGUUAUCUUUAACAGAUUAAAACCCCUCAACGAUCACACGCCAACAUCCAGAACUAAAUUUUAAUUGUACUUUAAAAAUGGAUGAAGAUAUGAGCUAAAUUUAUAUGAAAAUAUAGAUGUAAAUUGCGAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
................................................((((((..........((((((((((((...(((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))..))..)))(((((((........(((((((.((((.....)))))))))))))))))))).)))))).))))....))))))....((((((....))))))........(((((....((((((...(((........(((((((((.((((((..((((((.((((......(((((((....)))))))....(((((((((((((....))))))))))))).)))).))))))..))))))))....))))))).....)))...))))))(((..((((((((((((((((....)))))).....)))))))))))))...[.[.[[[...)))))((((((........((((((.......)))))).))))))......]]].]]((.(((((((....)))))))......)).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..)).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((....(((..(...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).)..)))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))((((((....((((............))))....)))))).........((...((((((((....)))))))).......))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((...((.......))...)))))))).((((.(((......((((((((.((((.....(((...........)))..)))).....((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((((((((((((((............((.....((((...((((....))))..)))).....))...(((((((.(((.......))))))))))....))))))))))))))(((((..(((((((((((((((((.....................)))))....)))).)))))).))...))))).......)))))))))))))))).)))))(((((((....))))))).))))))))))))))...))))))))...(((((((.....((((((........))))))..)))))))..)))..((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....((((............))))....))))))........)))).(((((((((..........)))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((...((.......))...))))))))).))).......................................((((((((((((........(((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))).....)))))).))).))).........................(((((((.(((.......)))))))))).........................((((((((.....((......)).............................)))))).)).....................................(((((((....)))))))...((((((((((((((....))))))))))))))............................................((((((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))............)))).((((((..........((((.......))))...))))))..............((((((((....))))))))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((...((.......))...)))))))..)))).((((((................(((..(((((((...................)))))))..)))((((((((((((((((((.......)))))))..)))))))))))............................))))))...................(((((...(((.......)))..))))).............(((((......)))))...(..((((((....))))))..).....(((((....(((((....((((.......((((((....(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))....(((((((((((((....))))))))))))).)))).)))))).))))))).......)))))).....))))...)))))((...((((((((.....(((..........)))....))))))))))..............))))))((((........(((((............)))))))))........(.((...((((((((....)))))))).......))..) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((.((((.......)).))))))))))).)))..)...................................(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).)))).........(((((((........(((((((.(((.......)))))))))))))))))..................((((((((((((((((....)))))............(.......)..))).)))))).))..(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...(((((((((((((((()))))))))))))))))))).)))))).)))))))......)))))))...........(((((((((..(((((((((((((((((()))))))).....))))))))))))))............)))))((((((........((((((.......)))))).))))))..............((((((((....))))))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((....(((....)))...))))))).))))).((((((.......(((((.....)))))..........((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).)))))))))..........((((((((((((((((.((((.....))))))))))).........(((((((.((((((....((((((..((((((....))))))........(((((.....)))))...))))))......))))))..(((((.....))))))))))))....(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).......))))))))).........(((....[[[[[[.))).(((..((((..((((((((((((((((....)))))).....)))))))))))))))))]]]]]]..(((...((((((........((((((.......)))))).))))))..............((((((((....)))))))).......))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((.((.(((....))).)))))))))).((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).((((..(((((((.((((.....))))))))))).))))......))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((.....)))))....((((......(((((((...(((((((.((((((.(((.......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).))).)))))).)))))))......))))))).....)))).((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....((((............))))....))))))........)))).(((((((((..........)))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((............)))))))))).)))).......................................((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))).........................(((((((.(((.......))))))))))...................................((((((....))))))..................((......(((((......((((((..............................(((((......)))))....((((((((((((((....))))))))))))))..........................)))))).....)))))..[[))((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))..............]].((((((....((((............))))....))))))..............((((((((....))))))))............ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((.((.(((....))).)))))))))).((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.((((.....)))))))))))...........))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((.....)))))....((((......(((((((...(((((((.((((((..((.......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))).)))))))......))))))).....))))..(((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))......)))).((((((....(((..............)))....))))))........)))).(((((((((..........)))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((....[[[[[[.......))))))))(((((.(((((((((((................(((((((...................)))))))....))))))....(((((((((((((((((...(((((((((((((((......................................................(((((((..............)))))))....)))))))))))))))........((((((..((((((....))))))........(((((.....)))))...))))))..................)))))))))))))))))..(((((((((((((...........(((((((((((((((..))))))))))))))).((((((.............))))))..)))))))))))))......)))))..(((((((((((((((((..))))))).....))))))))))................)))))((((((........((((((.]]]]]])))))).))))))........)))).(((((((((..........)))))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((.(((....))).))))))))))).))).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....)))))).((((...(((((....((((((...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).))))))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))[[[[[[...))))..(((((.......)))))..]]]]]].........((...((((((((....)))))))).......))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((.((.(((....))).)))))))))))((((.((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..))))))))...)))))).))).))))...)).))))).))))).((((..(((((((.((((.....))))))))))).))))......))))))))).....))))))....((((((....)))))).....(((<<<<<..)))>>>>>...(((((.(((..{{{{{{{...{{{{{{{.{{{{{{.{{{{......(((((((....))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))}}}}.}}}}}}.}}}}}}}......}}}}}}}.....)))))((((..((((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))))...)))).....)))).((((((....(((([[[.........))))]]].))))))........)))).(((((((((..........)))))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..)).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....))))))........(((((....(((..(...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).)..)))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))((((((........((((((.......)))))).)))))).........((...((((((((....)))))))).......))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..(.(((..))))(((((((((..((.(((...)))))..)))((((.................(((((((((((........)))).))))))).....))))...))))))((((((((((.(..(((((((((((((((((((((((((..((.((......).)))...)).))).(..).))))))))))))))(((((((.(..........).)))))))))))))..)((..)).(.((((...((((((((..))))))))....)))))....((((.............))))...((((((.............)))))))))))))))))))))...((((((......)))))).(..((((((((((((((..))))))))))))))..(((((((((((........)))))..(((..(........).)))((((((..((((((((.....((..))((((....))))..)))))))))))).).).(((.((...(((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))...)))))...(((((((......))))))).))))))...). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..((((((((.((.(((....))).))))))))))...)).((((((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((..............)))))))...........))))))))).....))))))....((((((....)))))).........((((.....((..(...(((((......(((((((...(((((((.((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))......))))))).....))))).)..)).(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))).((((((....((((............))))....))))))..............((((((((....))))))))............ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..)).((..((...(((((((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((......(..((((((((((((((((((((((((.......)))))))..))))))))))))..)))))..)...)))))).))).))))...)).))))).))))).......(((((((.(((......))).)))))))...........))))))))).....))..))....((((((....))))))........(((((....(((..(...(((((......(((((((...((((((..((((((.((((......(((((((....)))))))...((((((((((((((....)))))))))))))))))).))))))..))))))......))))))).....))))).)..)))(((..((((((((((((((((....)))))).....))))))))))))).............)))))((((((....((((............))))....)))))).........((...((((((((....)))))))).......))... |