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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00719



RNA: CRW_00719
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (......((...((((.(((((...(((......(((....((((........))))..(((((((...)))))))...(((((......)))))....)))...............((((((((.(((...(((((((....)))))))..)))........((((((.......))))))..))))))))...(((....))).....(((((((...(((....))).((((((((((.........((((((............(((((.((..((...(((((((................)))))))))..)).)))))...((((((((....)))...)))))..))))))..........((((((.((((((...(((((((((((..((.((((......((((.((((((((.((((((..........))))))...)))))))).)))).((((((......(((((((..((((((....))))))....))))))).((.(((((.....(((((((((((((((.........)))))))))))))))...))))))).))))))...................)))).))..))))))))))).)))))).))))))..)))))))))))))))))..)))..))))).))).)...)).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((..(((.....)))....((((((...(((((.((((........)))).((((((((...))))))))((((((((((((..(((((......(((((.((((.....((((((((((((.(((((((((....))))))).))..((((.........))))...)))).....)))))))).((((.....(((.....((((((((....((((........((..(((((.(((....))))))))..))........))))))))))))(((((((................)))))))...)))....))))..))))...((..............))....)))))......((((((..(((((.((((.((((((((..((..(((......(((((.((((((..((((((..........))))))....)))))))))))..((((((......(((((((.(((((...........)))))))))))).((.(((((.....(((((((((((((((.........)))))))))))))))...))))))).))))))...................)))..))..)))))))))))))))))..))))))..)))))...)))))..)))).))).)))))))))))....)).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................((..........))..(((((((.....)))))))..(((((......))))).......(((....))).....((((((((((((.(((((((((....))))))).))..((((.........))))...)))).....))))))))...(((....)))......(((((......(((....((((((((.(.......).))))))))....)))....................(((((((................)))))))..................(((((....)))))........................((((((.((((((...(((((((((((..((............(((.(((((((((((((((..........)))))).).)))))))).)))..............(((((((((((((((....))))).))).)))))))..............(((((((((((((((.........))))))))))))))).........................................))..))))))))))).)))))).)))))).............)))))..........................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..................(((((..................((((...(((((((((.....))))))).))..)))).............((((.((...(((.....(((((((((((..(((((((((....))))))).))..((((.........))))....))).....))))))))...(((....)))....)))...)).))))(((....((((((((...........))))))))....)))))))).......(.......(((((((................)))))))...))))))))).....((((((....))))))..............((((.(...................((((((((((................((((.((((((((.(((((............)))))...)))))))).))))((((........))))........................((((((.((....)).)))))).(((((((((((((((.........)))))))))))))))..............................................)))))))))).............(((((.(..........).)))))..............).)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....(...........)..((((........))))(((((((((...)))))))).)(((((......))))).......(((....))).....((((((((((((.(((((((((....))))))).))..((((.........))))...)))).....))))))))...(((....))).....((((((((....(((....((((((((.((.....)).))))))))....)))............).......(((((((................)))))))...((...........(((((((....)))))...))..........)).......((((((.((((((...(((((((((((..((...........((((.(((((((((((((((..........)))))).).)))))))).)))).((((((((((..(((((((((((((((....))))).))).)))))))....))))......(((((((((((((((.........)))))))))))))))...........))))))........................))..))))))))))).)))))).))))))............))))))).........................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...[[[)))..]]]....((((...[[[[...))))......]]]].((((..[[[[[[[[..........(((((......))))).......))))....]]]]]]]]........(((...(((((((....)))))))..)))(((.....[[[[[[)))....]]]]]]...((((..[[[..))))..]]].....(((((((...(((....))).((((((((((.(((((.....)))))...((((....((((((((....)))(((((((................))))))).......)))))...((((((((....)))...)))))...........))))...((((((..........(((((((((((...............(((((.(((((((.((((((..........))))))...))))))))))))..(((((((((((.(((((((((((((((....))))).))).)))))))...)))))...((((((((((((((((((.........)))))))))))))....)))))....))))))............................)))))))))))........))))))..))))))))))))))))).........(((........)))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....((((((...(((((.((((........)))).((((((((...))))))))..(((((......)))))...((..((((...))))..))(((((((((((....(((((((....))))))).(((.((((.........)))).)))))).....))))))))...(((....))).....(((((((...(((....))).((((((((((.(((((.....)))))...........(((((.((.......(((((((................)))))))....)).)))))...((((((((....)))...)))))..................((((((.((((((...(((((((((((..((.((((......((((.((((((((.((((((..........))))))...)))))))).)))).((((((......(((((((((((((((....))))).))).))))))).((.(((((.....(((((((((((((((.........)))))))))))))))...))))))).))))))...................)))).))..))))))))))).)))))).))))))..))))))))))))))))).......))))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((((.(((..............(((((((.....)))))))........................................((((((((.(((..((((((((....))))))).))))((((....[[[[[)))).....]]]]]..))))))))...(((....))).................(((....((((((((...........))))))))....)))....................(((((((................)))))))...............((((((((....)))))...)))..................((((((.((((((...(((((((((((..((................((((((((.((((((..........))))))...))))))))..................(((((((((.((((......))))..)).)))))))..............(((((((((((((((.........))))))))))))))).........................................))..))))))))))).)))))).)))))).....................)))..))))).............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....((((((...(((((.((((........)))).((((((((...))))))))..(((((......))))).......(((....))).....((((((((((((...(((((((....)))))))...(.((((.........)))).).)))).....))))))))...(((....))).....(((((((...(........)...((((.((.....(.......)..............(((((.((.......(((((((................)))))))....)).)))))...((((((((....))))...))))..................((((((.((((((...(((((((((((..((.((((......((((.(((((((((((((((..........)))))).).)))))))).)))).((((((......(((((((((((((((....)))))).)).)))))))..(.(((((.....(((((((((((((((.........)))))))))))))))...))))))..))))))...................)))).))..))))))))))).)))))).))))))...)).))))..))))))).......))))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................((((((...(((((.((((........)))).((((((((...))))))))..(((((......))))).......((((...))))....((((((((((((...(((((((....))))))).....((((.........))))...))))).....)))))))..................((((((((.(((((((...((((((((...........))))))))...((((((((((((((..........(((((((................))))))).......)))))....((((((....................))))))(((((.........((((((....))))))..........(((((((.........((((...))))..........)))))))....)))))))))))))).((((((......(((((((......................)))))))..............(((((((((((((((.........)))))))))))))))...........))))))....................))))))).............(((((((.........))))))).)))))))).......))))))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...[[[)))..]]]....((((((...(((((.((((......(((..(((((((((.....))))))).))..))).....(((((....((((.((...(((.....((((((((.(((...(((((((....)))))))..)))........((((((.......))))))..))))))))...(((....)))....)))...)).)))).........((((((((((.........((((((............(((((.((..((...(((((((................)))))))))..)).)))))...((((((((....)))...)))))..))))))..........((((((.((((((...(((((((((((..((.((((...........((((((((.((((((..........))))))...))))))))..((((((.(((.((((.(((((((..((((((....))))))....)))))))...)))).......(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)))...)))))).....................)))).))..))))))))))).)))))).))))))..)))))))))))))))...))))..))))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...<<<)))..>>>....((((((...(((((.((((........)))).((((((((...))))))))..(((((.(...)))))).......(((....))).....((((((((((((..((((((((....))))))).)...((((.........))))...)))).....))))))))...(((....)))..((.((((((((..(((....)))((([[[[[[[[...........))).............(((((.......((({{{{{{{))).............}}}}}}}.......)))))...((((((((....))))...))))..................((((((.((((((.(.(((((((((((.....((((......((((.(((((((((((((((.(.......))))))).).)))))))).)))).((((((......(((((((((((((((....)))))).))).)))))).((.(((((.....(((((((((((((((.((....)))))))))))))))))...))))))).))))))...................)))).....)))))))))))))))))).))))))..]]]]]]]].)))))))))).....))))))))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....((((((...(((((.((((......(((..(((((((((.....))))))).))..))).....(((((....((((.((...(((.....((((((((.(((...(((((((....)))))))..)))........((((((.......))))))..))))))))...(((....)))....)))...)).)))).........((((((((((.........((((((............(((((.((..((...(((((((................)))))))))..)).)))))...((((((((....)))...)))))..))))))..........((((((.((((((...(((((((((((..((.((((...........((((((((.((((((..........))))))...))))))))..((((((.(((.((((.(((((((..((((((....))))))....)))))))...)))).......(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)))...)))))).....................)))).))..))))))))))).)))))).))))))..)))))))))))))))...))))..))))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((((..........)))))(((((..(((((((.((((((.(((.((((((((((...)))))))).))((.......))(((((..((.(((((..)))).).))....)))))(((.(.((((((((..))))))))).))).))).))))))).))))))((((((((((((....(((((((..((......))..)))))))(..)((..)).....))))))))).)))((((...))))((.....(((((((......)))))))...............))..((..))..)))))))))))))(..((((((((((..))))).......((((((...((.((..))(((((((((((((..((((((((((((..(.((((((((((((.((((((((...)))))))).))).))))))).((...............))((((.((....(((((((((((((((((..)))))).))).))))))))...))((((((..))))))(((((((....(((((....)))))..)))))..)).))))((((((.(((((........))))).)))))))))..)))))))))))))))))))))))))....).)..))))))).))))((..))...((........)).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....((((((...(((((.((((.............((((((((...))))))))........................................(((((((((((....(((((((....))))))).....((((.........))))....))).....))))))))...(((....))).....(((((((...................................................(((((.((..((...(((((((................)))))))))..)).)))))...((((((((....))))...))))..................((((((.((((((...(((((((((((..((.((((...........(((((((.(((((((..........)))))).)..))))))).......(((((......(((((((((((((((....)))))).)).))))))).....(((......(((((((((((((((.........)))))))))))))))....)))....)))))....................)))).))..))))))))))).)))))).))))))............))))))).))))..))))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.....)))....((((((...(((((.((((......(((..((((((((((...)))))))).))..))).....(((((....((((.((...(((.....((((((((.(((...(((((((....)))))))..)))........((((((.......))))))..))))))))...(((....)))....)))...)).)))).........((((((((((.........((((((............(((((.((..((...(((((((................)))))))))..)).)))))...((((((((....)))...)))))..))))))..........((((((.((((((...(((((((((((..(((((((...........((((((((.((((((..........))))))...))))))))......((((((......(((((((..((((((....))))))....))))))).((.(((((.....((((((..(((((((.........)))))))..))))))...))))))).))))))................)))))...))..))))))))))).)))))).))))))..)))))))))))))))...))))..))))))))))).......