RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00721

RNA: CRW_00721
Rfam family: -

			GUGGUGACCCUGUACUUUACCAACAUUUAUUCUGGUUCUUUGGUCAACGGAUGGCCCAAAAUAAAGAUUGCAAUGUGCUAUAAGCUGGAAAUCUAUGUAUUCAAUUUUAAAUACUUCCACGUAAAAAUUUUAAAUAUUGGUAGAUAAUCAGCUGGUAACCAAUUAUCCUUUUAAAUAAUAUUAUCCUUUUAAUAUGGAAUAUUUUAUUAUGGAUUUAGUAGGAACCUCAGAGACUAUAUGCACAUCACUUUAUUUUUAAAGUGAAGAGAUAGUCCAAAAAUAUUUACAUUUUUAAAUAUUUGCAUCCAGAGGUCAAUUUUAUAGGCCUCUUAACGUUGCUAUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.........................................(((((.....)))))(((........)))..((((((....((((((..((((((.....(((((((((((((......)))......))))))))))))))))..))))))(((........((((..........................................)))).........)))...[.[[[[[...))))))(((((((....)))))))......]]]]]]..(((((((((......)))))))))..........................................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((..((((.....(((..((((((.(((..(((((.....)))).)..))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((........(((((..(((.........)))))))).......))))...((((.(((....(.((((((...(...((((((((....)))))))).)..)))))))..(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....))).)))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((..((((..........)))).....)))....(((((............(((((...(((((....((((((..(((((((((((..(((((...............)))))....)))))..))))))..))))))(((.....(((((((.....(((((...(((((.........))).))..)))))..)))..))))....))).............)))))((((((((....)))))))).....)))))...(((((((((......))))))))).))))).((((((.........)))))).....)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((...........(((((.....)))))....))))...............(..((((((..(((((((((((...............................)))))..))))))..))))))..)..........(.................((.........))..............)...................((((((...(.(.((((((((....)))))))).).)))))))...(((((((((......))))))))).(....(((((((.........))))))).......).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................((((((....((((((....(.................................................)....))))))((.....................................................................)).............))))))(((((........)))))................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.................((((((.(((.((..............)).))).))))))...((((.((((((((((((((...((((((.....((((((((((.................)))))).))))))))))...)))))(((..((....((((...((((..((((((......)))))).......))))....))))......)).)))........)))).)))))((((((((....))))))))..............((((((((......))))))))))))...(((((((.........)))))))....)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...........))))..((((((((.((.......(((((.....))))))).))))))........))...(((.((((((..(((((((((((.((((((....((......)).))))))...)))))..))))))..)))))).))).......((((.......((((((..(((.........)))))))..))....)))).................((((((...(.(.((((((((....)))))))).).)))))))...(((((((((......)))))))))(((...(((((((.(.....).)))))))......)))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((..........((((((.(((...((((.....))))....))).)))))).........))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((...............(((...[[[[[.)))......]]]]].))))...(((...........[[[[[[.)))...((((((((....))))))))....]]]]]]...(((((((((......)))))))))(((...(((((((.........)))))))......)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........))))).)).((((((.(((((.((((.....)))).)).))).)))))).((.(((((((......((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))(((..((.(((((((........(((((..(((.........)))))))).......)))..)))).)).))).....((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))..))))))).)).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................(((.......)))...........................((((((..((((((((((([[.............................)))))]]))))))..))))))...........((((.........((((..(((.........)))))))........)))).................((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........))))))).............
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........))))))...((((((.(((((.((((.....)))).)).))).))))))....(((((((......((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))(((..((.(((((((.........(((...(((.........))).)))........))))..))).)).))).....((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))..)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........))))))..............((((((((((.....)))))......)))))..(((((((........(((((((((((((((((........)))))(((((.........((((((.((((((................))))))......))))))...................))))).........))))))))..........)))).((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))..)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.jjjj.jjjjjjj(.bbbb(eeeeeeeeeee.)))))..fffff(((.cccccc((((((llllllllllllllllll(aaaaaaaaaaaaa.)))))).AAAA.<<<<(.hhhhhhh([[[[[({{)JJJJJJJ)EE)AAAAA)))kk))))}AAA...)}]]]]((.(((((dd....))))))]HHHHHHH>>EEALLLLLLLLLLLEEEEEEE...DD((((((.JJJJ..((((((((ii..))))))))BBBB)))))).((ggggggggg..KK))GGGGGGGGG.FFFFF(((((((II>>CCCC.)))))))CCLLLLLLL..))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((.....(((..((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((........(((((..(((.........)))))))).......))))...((((.(((......((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....))).)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........))))))...((((((.(((((.((((.....)))).)).))).))))))....(((((((......((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))(((.....(((((((.....((((((((..(((.........))))))))..)))..))))..)))....))).....((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))..)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........................(((((((.(((((.....))))).........(((((.....((((...((((((..(((((.....(((((((((((.................)))))).))))))))))..))))))))))..)))))((((....(((((((((((......))))))....)))))......)))).....))))))).....((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((.....(((..((((((.(((..(((((.....)))).)..))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((........(((((..(((.........)))))))).......))))...((((.(((....(.((((((...(...((((((((....)))))))).)..)))))))..(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....))).)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((..((((.....(((..((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))..)))).(((......)))........((((...(((((..........))))).))))...((((.(((......((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....))).)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((.....(((..((((((.(((..(((((.....)))).)..))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((........(((((..(((.........)))))))).......)))).((((((((......(.((((((...(...((((((((....)))))))).)..)))))))..(((((((((......)))))))))...)))(((((((.........)))))))......)))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((((((((((((((((((((((((((..(((((..))).)).....)))))))))).(((.............)))((((((....(.............)...))))))(.((((...))))).)))))))))).))))))..)).)))))....(((((((((((.((((((......))))))...(((......)))..)))))))))))(((((.(.((((((((.....((((((((....))))))))..))))))))...(((((((((((..))))))))))).....).)))))......(((((..(..........))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((.....(((..((((((.(((..(((((.....)))).)..))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((..........(((......))).........)))))..))))))..))))))))).))))...((((...............(((.........)))............))))...............(.((((((.......((((((((....))))))))....)))))))..(((((((((......)))))))))......(((((((.........))))))).............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((.....(((..((((((.(((..((..(.....)..).)..))).))))))..)))....))))....((((((..(((((((((((.((((((...(((......)))))))))...)))))..))))))..))))))))).))))...((((........(((((..(((.........)))))))).......))))...((((.(((......((((((.......((((((((....))))))))....))))))...(((((((((......)))))))))......(((((((.........)))))))....))).)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((......))))..((((..........))))..((((((((.....))).)))))....(((((....................)))))..(((((........))))).((((.........((((((...((((.....))))...(((((....)))))..))))))....((((......)))).))))............(((....((((............))))..(((..((((((((....))))))))...............(((((((......))))))).))).))).((((((.........))))))..............
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.........))))).((((.<<<((((....[[[[[....)))).<<<]]]]]............))))>>>>>>.(((((((((....aaaaa..))))).AAAAA.......(((.....)))..((((....))))..)))).(((((....)))))..........((((((......))))))..(((.....)))..(((....((((............))))..(((..((((((((....))))))))...............(((((((......))))))).))).))).((((((.....{{{{))))))..........}}}}

---