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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00723



RNA: CRW_00723
Rfam family: -

ACCUCUGGUCAAUGAUAGUCUUAACUAUAAGGAUUCUAAGGUAGCUGAAUGAAAAUAUAAUAUAUUUUCAUUCACUUUAGCUGCCCUUAUAAUAACAAAUAUGAUAAAAUGUUAUCGUUCGAACCUCACUAUAUGCGGGAAAAUCCUAAAGCUUUAACUACUAAUAGUAAUAAUGUUAAAGAUAAUACAAUGGCCAAUCCGCAGGAAACCAAAGCAAAAAAAAAGAAUAUUGGCUGAAAUAUAAGAUUUUUAAAGUAGGUUCCUCAGAGACUACACGUGAGAAAUAAACGAUUAAGGUACUUUUUUUAACAAAAUUAACAAACUACCUAAAGUAUAUGUUUAUUAAGAUAUAGUCCAAAACUAUUGUGAAAAUAAUAGUUAAGUAAGAGCGAAAUUCCUGUCAGGAUGUCUAGGAAACAUUCUAUAUAUGGGUAUUAAACUACCAAACUACGGGGACCCCCUAAAGCUUAUGCUACCAAGCCAUCAUGGAAACAUGGUGUGUGGCUGGAGUAAUUACCCAGGUAAUAUGAUUUUAAUUUUAAUUGUAGUGGUAACAACGCAUGAGAUUUACGAAAGUAGAAUGGGCUAUCGCGUAUCUAAGUCAGACGUGCAGAAGUCUGUAAAAGAGCAACGAGUAGACGGUAGUUGUUGCAAUACUAAUUCUAGUAUGCAAUUAAGGUGUACUCUAACGUCCCAUGAAAAUGGGAAUCUAACCGAAAUCCUUUCUAACCCUGGUAACAACAAUGCAUCAAUUAAUUCAGUUAAACCGUCUUUACCUGUAGACCCUUGGGCUAUUACUGGAUUUACUGAUGCUGAAGGAUCUUUUAUGCUUAAAAUCGCUAAGUUAGUGCGAGUUCAAUUAGAAUUUUGCAUUGGUUUACAUGUUAAAGAUUUAGCUUUACUUAAAGCUAUUCAAAGACAUUUUGGAGUAGGUAACAUUCGUGUGUCUGGUAACACAGCAUACUUUUCUGUUAAAAGACUUGAUGAUAUUCUAAAUGUUGUCAUUCCGUUUUUUGACAAAUAUCCUCUUCAAACCGCUAAAUCAGCAGACUAUCUUUUAUUCAAACAAAGAGCUCUUUUAAUGCAAGAAAAACAUCACCUCAAAAAUAUUUUAAACUUUUGUAGCCAUCAAAAGCUAGUAUUAAUUGGGGGAUUAAGUGGUGCUUUACUUAGAAGAUAUCCUAAUGUUGUAGCAGUUGAUCGACCUAGUGUAACGUUCACUCUGCCAUUAGACCCUAAUUGGGUUGCUGGAUUUACAUCUGGCGAUGGUAGUUUCACUAUCACAAUUAGCGUGGAAAAUGGACGAUCUCGGGUGCGAUUUAAAUUUAAUUUAACUCAACACAUUCGAGACACUAAACUUAUCAAUUAUUUUACUACUUUCUUCAAUUGUGGUUCUGUUUAUAUUAACCGUGAAACAGCUAGUUUUAAUGUGUAUGAUUUCCCUUCAUUAAAUGAAAAUAUUAUUCCUUUCUUCACACAAUAUCCCUUACUUGGAGUUAAACAAUAUAAUUUCAAACUAUGGGUGGAAGCAAUGGAGAUCGUUAAUCGAGGAGAGCAUAAUACUGCAAAAAAAUUAGCUCAGAUUAAAGCGCUUAAAGAACAGAUGAAAUAAUUUAGUACUGCCAGGUAUGAUAAAUUCGGCCGCCGUGUGGCCGUUAAAUGCGGUCCUGCAUGAAUAGAGUAACAAUGCCUCUGCUGUCUCAUAUAGUAUCUCAGUGAAAUUGAAUUAGCCGUGAAGAUGCGGUUUACGUGCGGGUAGACGGGAGGGCGACGAGAAGUG
Reference structure (ext) [ sec struct ] .............................................(((((((((((((...)))))))))))))..............((((((...............)))))).........(((((....((((((.....((.....(((((((................)))))))..........))....))))))(((.(((...............................................)))))).....[[[[[...))))).((((((((..(((((((........................)))))....))..))))))))......]]]]]...(((((((((....)))))))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((.((((((((....(((.(((...(((((((((((((((((((...)))))))))))).....)))))))...............(((((((....)))))))..)))))).(((((....(((....)))...((......))....)))))......))).))))).)).)).))))).(((((((.((((((................(((((......)))))...(((((((..((..((((.(((((((.(((..((((((............(((((.(((..((((.....)))).))).)))))..((((..(((((..(((((.((((((...(((((((((....)))))))))..(.(((((.((....(((((((((((((((..(((....(((.....((((((....(((.(((......(((....)))...(((....))).(((...(((((((....)))))))..))).))))))...))))))..(((((((................(((((((......(((((((((((((....)))))..((......((...(((....(((((........)))))....)))))...(((((.((..(((((((....((((((....)))))))))))))..)).))))).....((((((....))))))......))...(((((((...((....)).........((((((...((((((((....((((((........))))....))......))))))))...)))))).))))))).)))))))).....)))))))..(((((((((((((.....))).))))))))))....))))))).)))..(((((((....))))))))))..)))))))))))..))))........(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..)))))))))))....)))))))).....(((.....))).)))))).)))))...)))))....(((((....(((((.((....(((.((((...............((((((.......)))))).((((((((...((..((((((.((.(((..((.((((........))))))..))).)).))))))..))..((((..((((((..(((((((..(((((.....)))))((..(((....)))..)).)))))))((((((.............))))))..))))))..((((((((.((.((((((...)))))).))....))))))))))))..........((((((((((((((...........)))))(((((((...((((.(((.....((((((((((..(((((((...(((((((.(((((.(((........((((.((((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....))))))))).)).)))).)))))))).)))).)))....)))).)))..)))))))))).........))).)))).))))))).)))))))))))))))))..))))))).......(((((((...)))))))..........)).)))))....)))))...........)))).))))))...)))))))..)))....))))..))..)))))))..))))).).))))))).....)))))............)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((....)))(((((........(((((((((((((((((((...))))))))))))).....)))))))))))............((((......))))...................................(((((((................)))))))..........((((((................................))))))...................((((.(((....))).))))...........(((......(((((.(((..(((.......))).))).)))))..........))).................(((((((((....)))))))))......................(((((((.......))))))).............................((....))...................(((((((((....)))))))....))(((.........))).................................................((....))..................(((....(((((........)))))....)))....................(((((.((((((....))))))))))).................((((((....))))))......................................((((((.(.((((((((......((((........))))............)))))))).).))))))...........................(((((((((((((((((.....))))).)))))))))))).(((((...((..(((((((....))))))).))...))))).((((((............(((((..((......)).))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..)))))))))))........))))))...................(((((..........((((....))))...............(((.((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..)))))))))...................))))).............................((((...(((((...((((((((.(((((.....)))))(((((((....)))))))))))))))............................))))).(((((((((.((.(((((.....))))).))....))))))))))))).......................................(((((((....(((.(((.....((((((((((..(((((((....(((((..((((...................((((((........(((.((.(((((((((.......)))))))))..)).))).........))))))....))))..))).)).....)))).)))..)))))))))).........))).)))..))))))).........((.(((((....)))))...))...(((((((...)))))))..........................................................................(((((......)))))...................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((..(.(((((....))))))..))))....)))....((((((((((((...))))))))))))(((((.(.(((((((......................((((((............(((((...((((...(((((...((((((((((.....))....).)))))))...........(.((.(((.((((((......((..................................((((((.((((.(((...........(((.........)))....))).)))).)))))).....((((.((((...(....).....)))).))))............(((((((((....)))))))))........))....))))))...))))).))))))....))))...)))))......(((((((......((.((...(((.....(((((((((((....(((((((....))))))).....((((.........))))....(((((((........)))))))..)))....).))))))).(((((....)))))..)))...)).))..(((....(((((........)))))....))).............)))))))((((((.(((((....)))))))))))...((............((((((....))))))......))..................))))))...........................((((((...((((((((((....(((((.....((.((((((((....(.(((((.(.............((((.........)))).........((((((..(((........)))....))))))((((((....)))))).......(((((((.(((..............((((.(((......)))))))(((((.....)))))...........))).)))))))((((..........))))..).))))).).......((((...(((((((...(((((.........))))).((((.(..(((((............(((((.....((......((((((.......)))))).....))....)))))...(((((((((((((.....)))).....(((((......((((...(.((...........)).)....)))).....(((((.....)))))(((((((....)))))))..(((((((...)))))))..)))))................(((((((((.((.((((((...)))))).))....)))))))))))))..)))))(.(((((((..(((((...........)))))(((((((...((((.(((.....((((((((((((((...............)))))).............(((...(((..........(((....(((((((((.......))))))))).....)))...)))....)))..(((.....)))......................)))))))).........))).)))).)))))))...))))))).)(((((....))))).............(((((((.........)))))))..)))))..).))))..........))))))).......))))...)))))))).))....)))))..........))))))))...))..))))))))))))).)..))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((....)))(((((........(((((((((((((((((((...))))))))))))).....)))))))))))..........(((((((....)))))))......((...........(.......).....(((((((((....))........)))))))..........(((((((..............................)))))))...................((((.(((....))).)))).....)).(((((((..((.(((((.(((..((((.....)))).))).))))).))......)))))))..............(((((((((....)))))))))......................(((((((.......))))))).......((((......)))).......(((....))).....(((((((......(((((((((....)))))))....))(((.(((..))))))......................................)))))))..((((....)))).....((((((((((.(((....(((((........)))))....))))...))......))))))).(((((.((((((....))))))))))).................((((((....))))))...........((((((.....................((((((.(.((((((((....((((((........))))....))......)))))))).).))))))..))))))..((((....)))).....(((((((((((((((((.....))))).)))))))))))).(((((...((..(((((((....))))))).))...)))))(((((((.((((.......(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..((((((((.....)...)))))))..)))))))))))...).))))))))))..(((............((((((((........(((((())))))...............(((.((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..))))))))).(((((......)))))))))))))............))).((((((.....(((((...((((((..((((((((.(((((.....)))))(((((((....)))))))))))))))..((((.............))))....)))))).(((((((((.((.((((((...)))))).))....)))))))))))))).....))))))((((((.((((...........)))).(((((((...((((.(((.....((((((((((..(((((((.(((((((((.(((((.(((..............((((((........(((.((.(((((((((.......)))))))))..)).))).........)))))))))))))).)))).))).)).)))).)))..)))))))))).........))).)))).))))))).))))))((((((((((....)))))..))))).(((((((...)))))))(.....)(......).......((((.........)))).((((((............(.........)....(((((((....)))))))...........)))))).................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((...(((((....))))).(((.(((((((((((((((((((((((((...)))))))))))).....))))).)))))...........(((((((....)))))))..))))))..........((((...))))....(((((((((((...)))).....))))))).........)))))..(((...))).............(((((..(((((......)))))....)))))...((((....[[[[....))))...]]]].((((((((....(((((......((((.....)))).....)))))........))))))))........((((..(((((((((....)))))))))..............[[[[[[...))))...]]]]]]..............((((......))))..((((((((....)))....((((..[[[[[.))))(((((((....))))))).]]]]]((((((.(((((....)))))...))))))............)))))......((((....(((((....)))))...[[[[[[[[[[[.[[[....[[[[[))))....]]]]]....]]]...]]]......]]]]]]]]((((((.(((((.[[[)))))))))))...(((...........((((((....)))))).....)))]]](((((((........(((((.......[[[[[[...[[[[[[[[......[[[[)))))...]]]]............]]]]]]]]...]]]]]].))))))).......(((((...[[[[)))))....]]]].............(((((..(((((((.(((((.......(((((((....)))))))......)))))(((((((..((((......(((((.(((......)))))))).....(((((((((((.((((((((((...))))))))))....)))))))))))..))))..)))))))....)))))))))))).(((((((((.......((((....))))....(((........(((.((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..))))))))).......)))......))))))))).............(((((.........((((((..((((((..((((((((.(((((.....)))))(((((((....)))))))))))))))((((((.............))))))..))))))..((((((((....((((((...)))))).......))))))))))))))........((((((((((((((...........)))).(((((((........(((.....((((((((((..(((((((......((((.....(((((........((((...((((.........(((....(((((((((.......))))))))).....)))..))))....)))).)))))....))))........)))).)))..)))))))))).........)))......)))))))))))))))))....)))))..(((.......[[[[.)))..(((((((((((.....))))))..)))))....]]]]......(((....((((((......((((.(((((...)))))...((((((......))))))...))))....))))))...)))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((....(((((....))))).((((((.((((((((((((((((((((((...)))))))))))).....))))).)))))...........(((((((....))))))).....((.((.....)).))...))))))....(((((((((((...)))).....)))))))...............(((((((..(((((....................((((((((.(((............((((..((....))..))))..((((((.((((((((((.(((((.(((..((((.....)))).))).)))))..)))...)))))))......((((((((.(((((((((....)))))))))..............(((((((.(((((((.......))))))).......((((......)))).....)))))))..........((((((((((((.((.((((((....)))))))).((.((((.((....)))))).)).(((((((........))))))).))))).....))))))).(((((....))))).)))))))).((........))(((((........)))))(((((((((...(((((((.(((((((((((((.(((((....)))))))))))....((........)).((((((....))))))...........(((((((.......((....)).....((((((...((((((((((..((((((........))))....))..))..))))))))...)))))).))))))).(((((....)))))....(((((((((((((((((.....))).)))))))))))))).(((((...((..(((((((....))))))).))...)))))(((((((.(((........(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..))))))))))).....))))))))))..(((.....))).))))))).))))))).........))))))))).................((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..))))))((((((.((.(((...((((((........)))).)).))).)).)))))).....((((.......))))((((((((..((((.....)))).(((((((....))))))))))))))))))))).(((((((((((.(((((((((((..(((((((((((.((.((((((...)))))).))....)))))))))...........))..))))))).))))...))..)))))))))(((((((...((((.(((.....((((((((((..(((((((...(((((((.(((((.(((........((((.((((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....))))))))).)).)))).)))))))).)))).)))....)))).)))..)))))))))).........))).)))).)))))))............(((((....))))).)))..)))))))).(((((((((((.....))))))..)))))...((((((....)).))))((.(((((((....((..(((((...)))))..))...))).)))))))))))...))))))).))).))))).............
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..............................((({{{{{{(((((((((((((...)))))))))))))..)))}}}}}}..................................................................(((((((................))))))).................................................................................................................(((((........................)))))..............................(((((((((....)))))))))................(((....aaaaa...)))...AAAAA.......((((.................................ccccccc........(((((((....))))))).....cc.........))))CC.....................................CCCCCCC..((((....))))................(((....(((((........)))))....)))....................(((((.((((((....)))))))))))........((.......((((((....)))))).......((..............((((((.........((((((...((((((((......((((........))))............))))))))...))))))............................(((((((((((.((((.....))))..)))))))))))..............(((((((....)))))))............((((((.(((........(((((.(((......)))))))).....(((((((((((...((((((..........))))))...))))))))))).....)))))))))..........[[[[[[....(((((.........)))))..[[[......[[.............((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..)))))).............................................(((((.....(((((...((((((..((((((((.(((((.....)))))(((((((....)))))))))))))))...(((.............))).....)))))).(((((((((.((.(((((.....))))).))....)))))))))))))).....))))).........................(((.<<<<<.......))).......((((((((((..(((..(((.....((....((...............(((...((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....)))))))))....))).......))....))....)))......)))..))))))))))...................>>>>>..................))))))...........))(((((.bb)))))(((.....))).....]]BB....]]]))..........]]]]]]...............................(((((......))))).................))))).............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((....(((((....)))))..(.....((((((((((((((((((((((...)))))))))))).....)))))).))))...........(((((((....)))))))......)...........(((....))).....((((((((((.....))).....))))))).................................................(......)................((((..((....))..))))...........(((((....(((((.(((..((((.....)))).))).)))))........)))))..........((((((.(((((((((....)))))))))......................((((.............)))).......((((......)))).......(((....))).....((((((((((((...(((((((....)))))))...(.((((.((....)))))).)..(((((((........))))))).))))).....))))))).(((((....))))).))))))...............(((((........))))).((((((((...(((((((.((((((((((((.((((((....))))))))))).................((((((....))))))...........(((((((........(....)......((((((...((((((((((..((((((........))))....))..))..))))))))...)))))).)))))))....................((((((((((((((((.....)))).))))))))))))..(((((...((..(((((((....))))))).))...))))).((((((.(((((......(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..)))))))))))..)).)))))))))...(((.....))).))))))).))))))).........))))))))..................((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..))))))((((((.((.(((....(((((........)))).)..))).)).))))))..............................((((.....)))).((((((((((.((((((((.(((((((...))))))).......(((.........))).(((((((((.((.((((((...)))))).))....))))))))).((((.........(((((((..((((...........)))).(((((((...((((.(((.....((((((((((..(((((((...(((((((.((((.((((........((((.((((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....))))))))).)).)))).)))))))).)))).)))....)))).)))..)))))))))).........))).)))).)))))))..))))))).))))..)))))))..)..))))))))))(((...))).((((.....)))).((((((((...(((((......).)))).((((.....))))....(((((...)))))...((((((......))))))..))))))))..))).))))).............
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((..((.((.(((........(((.(((...(((((((((((((((((((...)))))))))))).....)))))))...............(((((((....)))))))..)))))).....(((((((((....((.....((((((((((.....))).....))))))).......((((((((...(((.(....)......................(((((((.....(((((......((..((((....(.(((((..(....).((((((((.((.(((((.(((..((((.....)))).))).))))).)).....))))))))......))))))..(((((((((....)))))))))......(((((......(((..(((((((.......))))))).....((((((....(((.(((......(((....)))...(((....))).(((...(((((((....)))))))..))).))))))...))))))((((((((((....(((..((((((.((((((((((((........(((((....))))).((((.((((.....((((((((((((........)))))(((((((((...(((((((.(((((((..((((.(((((....))))))))).((((.(((((..((((..((((((....))))))..(((((....(((((((...((....)).........((((((...((((((((....((((((........))))....))......))))))))...)))))).))))))).......((........))...))))).((((((((.....))).))))).))))..))))).)))).((((((((..........(((......)).)..(((((((..((((......(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..)))))))))))..))))..)))))))..))))))))....))))))).)))))))...(...).)))))))))..(((........(((.((((((.((((((.....((((((.......))))))..))))))..))))))))).......)))...))))))).)))).))))..)))))...(((((((.....((((((..((((((..(((((((..(((((.....)))))((..(((....)))..)).)))))))((((((.............))))))..))))))..((((((((.((.((((((...)))))).))....)))))))))))))).....)))))))....))))))).....))))))..)))....))))))).))).......((((((((((..(((((((...(((((((.(((((.(((........((((.((((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....))))))))).)).)))).)))))))).)))).)))....)))).)))..))))))))))))).......)))))...))))..)).....))))).(((((....)))))......)))))))...)))))))))))......)))))))))))...))).)).))..(((.((.((((((.((...((((.(((((...)))))...((((((......))))))...))))..)))))))).)))))))).))).)).
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((..((.((.(((........(((.(((...(((((((((((((((((((...))))))))))))).....))))))...............(((((((....)))))))..)))))).....(((((((((...........((((((((((.....))).....))))))).................(((((....(((...(((......(((((...(((.(((((((...(((........((((((..((((...((((((((....((((((((((..(((((.(((..((((.....)))).))).))))).....)).))))))))..(((((..((...(((((((((....)))))))))(((((.(((((...(((((((.(((((((.......))))))).......((((......)))).....)))))))(((((.....((((((((((((.(((((((((....))))))).))..((((.((....))))))....((..(((........)))..)).))))).....))))))).(((((....)))))..(((((...(((..(((.....)))..))).(((((((((....(((((..(((((.((..(((((((....((((((....)))))))))))))..)).))))).....((((((....))))))...........(((((((...((....)).........((((((...((((((((....((((((........))))....))......))))))))...)))))).)))))))......)))))......((.(((..(((((((((((.....))).))))))))..)))..(((((...((..(((((((....))))))).))...)))))(((((((.(((........(((((.(((......)))))))).....(((((((((((..(((((((..........)))))))..))))))))))).....))))))))))..)).......))))))).))................)))))..(((((((..((......))...................((((((.......))))))...)))))))..))))).........)))))))))).))..)))))...))).)))))...))))..))))))((((..((((((..((((((((..((((.....)))).((..(((....)))..))))))))))((((((.............))))))..))))))..((((..((.((.((((((...)))))).))....))..)))))))).......)))...))))))))))..))))).((((((...(((((((...((((.(((.....((((((((((..(((((((...((((((..(((((.(((........((((.((((((.((......(((....(((((((((.......))))))))).....))))))))).)).)))).))))))))..))).)))....)))).)))..)))))))))).........))).)))).)))))))....))))))......)))..)))..........(((((((...))))))).....))))))))))))))...))).)).))..(((.((.((((((.((...((((.(((((...)))))...((((((......))))))...))))..)))))))).)))))))).))).)).