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AGAAACCACUGGCACGUGGAGAAUAAGCUGCACUGGCGUCUGGACGGUGUGCCGCAGGAACACAAGAUAGCUGCAUAAGGAUACGCAGUUAGCUUUUGUAUAAGCUCAUAAAGAGAUGGUGGAAGGCCCACCGGGAUCGGCUGUCGGAAGCAGAUUCCAAACCACUUCAUGCUGCUGUGGUAAAGAGCCAUGGUAGUGAGCGAUGAAGUAAAGCGUGAGUGAAAACUCAGCAGGUAAGAUACUCAUGAGACGAGUGAACCCGAACCCAUGUUGACGCGUCGUAAACCAGAGACUGACAUCAAAACCGAAGGGGCGUCCAGCCUUCGGGAUAAGUCUGCGAGUGAAUUCCGAAUGCUGCGCAGACGGUGUCCGGCGUAAAGUGGGCGUGACGGAGUAUCAGGCUCUUCCUGGGAACUGCGGGAACCUGUCGUUGUGAUGAUAAGGGAGAAAUGCAAGUCACUGAAUUGGCGAGCAUGAAAGUACCGAUGCACAGCACAGGGACGGAGCCGUUCGUAGUAGUGAUGAAGCUUCUGUAAUGGAGGUGGAGCGAAGGGGCGGCAUCAGACAGUCUUUGGACAGUGUUCAACUGAACAUGUUCAGGAGGAGACAAUGACAAAGACAAAAGCGUUUAACAUUGAUAAGUCACUGGUGGUCAGCGCGUACAGGCGAGUGAAGACCAGUGCAGGCGCGGCGGGAAUUGAUAAGCAAUCGCUGGCGGACUUUGAUAAACGGUUAGUUGAUAAUCUGUACAAAAUCUGGAACCGACUUUCUUCAGGAAGUUAUUUCCCACCGGCAGUGAAAGCGGUGGCAAUUCCGAAGAAAUUGGGUGGAGAGAGAAUUCUGGGUAUCCCGACAGUCAGCGAUCGUAUCGCGCAGACGGUGGUAAAACUGGCCUUUGAGCCACAGGUUGAGCCACAUUUUCUGGCAGACUCUUACGGCUACAGACCGAAUAAAUCGGCACUGGAUGCUAUAGGGGUAACGCGUAAGCGUUGCUGGUAUUACGACUGGGUACUGGAAUUUGACAUCAAAGGGCUGUUCGAUAACAUCCCGCACGAACUGAUAAUGAAAGCCGUGGACAAACACAAUCCGGCCCGGUGGGUAAAAUUGUAUAUACAGCGGUGGCUGACAGCGCCGAUGGUGAUGUCAGACGGAGAAGUCAGAGCACGAACAAUGGGAACGCCGCAGGGAGGUGUCAUAAGUCCGUUGCUGGCAAACCUGUUCAUGCAUUAUGUGUUUGAUAAAUGGCUGGCAAAAUAUUAUCCGAAAGUGCCGUGGUAUCGAUAUGCUGAUGAUGGCAUUUUGCAUUGUCACAGCGAAGCAGAAGCGACUGAAAUGCGAGAAGUAUUACGCAAAAGAUUUAGCGAAUGCGGACUGGAAAUGCAUCCGGAGAAAACGCGAGUUAUCUACUGCAAAGAUGGAAGCCGGAAGGGUGAUUAUGAACAUACCAUGUUCGACUUUCUGGGGUACACAUUCAGGCGACGCGUAGUAAAGAACGUUAAGCGAAACAGCCUGUUUGUAAGUUUUACCCCCGCAGCGAGCAAAUCAGCGCUAAAGGCAAUGCGUCGGGAAAUCAAAGCGACAGGGAUAAGGAAAAGAGUGGAUUUAAGCAUUGAGCAGAUAGCGAAAUGGAUAAAUCCAAAACUGAAUGGCUGGAUAAAUUAUUACGGGCGAUAUACCUGUUCGGAAUUAUACAGCGUGUUCAGAUAUAUCAAUAAAGCACUGGUGAGGUGGGGGCGUAAGAAAUAUAAAAUGCUCAGCCGAUACAAGACAAGAGCCUCAAAAUUUCUGGAAGAAAUGGCGAAGCGAAGUCCACAGUUGUUUGCCCACUGGCGUCUGAAGAUGAGAGGCGGACUUGUUUGAUGGGAGCGGUAUGAGCCGAGAGGUUCACGUACCGUUCUGCGAGAGGCUGCGGGGGAGGUUCCUGCGGCCUACUCACCUGGUAAUGAAUGAAGACGACUGCAAAAUAAGAAGAGGAAAUG |
Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
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.....((((......))))........(((((((((((((((..(((....)))(....(((.(((.(((((((.((....)).))))))).))).)))....)(((.....)))..(((((.....)))))((((((.(((......))).))))))..(((((((((((((((((((((.....))))))))))).....)))))))...((.(((((....))))))).)))....(((((.......)))))..............(..((((((.(...(((((.((((...(((((..(((((((..(.....))))))))((((.(((((((((((.........)))).)))))))..))))((((((.......))))..))........(((((((((((.......))))))(((((.((((((.......((.....((((..((((......))))..)))).......))....)))))))))))....))))).......(...(((((..((((((..................))))))..)))))..).(((((((..((.(((((..((((((()))))))..))..))).)).)))))))..............))))).)))).)))))...).)))))))))))))........))))))))).((((((((...(((.....))))))))).))............((((((.....))))).).......(((...(((((.(((((((.((((.....((.((((((.(.......))))))).))))))))))))))).)))..)))..............(((((((.(((.((((.....))))...)))((.((((((((((((......)))...)(((..((((.......)))).)))(((((.(((..(((.((((.....))))..)))...))).)))))(((((((....)))))))(((((((.......)))))))......(.(((((...(((...((((((.(((...((((...(.(((((((..((((((...((((((((.......(((...........(((....))).)))...((((((.((((...)))).))))))((......))....(((.(((((..((..(((((.......))))).....................))))))).)))....))))))))....)))))).......))))))).)...)))).))).))))))...)))..))))).)..((((((((.((...((.........))....))))))))))..(((...(((..........)))..)))...(((((......)))))(((.(((....))).)))................((((((((.(((.((((.......)))).))).)))))))).....(((..(((((..(((.((((.......)))).))).....)))))..)))..)))))))).))((.(((..........)))..........))))))))).............................((((((((..((((..((.....))..))))..))))))))...(((((((((((.((((.((...(((((.......)))))....)))))).)))).)))))))..................(((..(((..((((((............)))))).)))......(((((((.(((((...((((((...))))))(((((..(.............).))))).........(....)....)))))...)))))))....(((((((((((((((....))))))..)))))))))..(((((((((((((((...)))))))))))).)))))).......................................... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
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.....((((.[[[[[))))(((....(((.....))).))).......]]]]]......(((.(((.(((((((..........))))))).))).))).....(((.....)))..(((((.....)))))(((.((((.....((((.....))))..(((((((((((((((((((((.....))))))))))).....)))))))......(((((....)))))...)))....(((((.......)))))...)))).))).....((((((((..........)))...........[[[[[[[.)))))...]]]]]]].....(((((((.....[[[[[[.......)))))))...(((((........)))))....]]]]]]....(((((((((((.......))))).(((((.((((((..............((((..((((......))))..)))).............)))))))))))...)))))).(((((.....[[[[[..((((((.....))))))...))))).......]]]]]....(((((((.......(((..(((((....)))))..)))........)))))))....((((((...(((....)))(((((((..(((.(((......)))..)))..))))))).))))))....(((((((........((((((.(((..(((((((...(((((.....)))))))).))))....((((..(((((((....)))))))..))))..))).)))))).........))))))).......(((((...((((....))))......)))))..(((.(((((...)))))...))).(((((.....[[[[[.....))))).((((..((((.......)))).)))).....]]]]](((.((((.....))))..)))((((((.[[[.((((((((....))))))))))))))....]]]..........((((....))))(((..[[[[[.......)))...]]]]]...........((((((......))).[[[[))).....]]]]....((((....))))(((((.[[[[[[.))))).......]]]]]].............................(((((....[[[)))))......]]].((((((((........(((.((((...)))).)))......)))))))).....(((...[[[[[[[[[[..[[[[[)))...]]]]]]]]]]]]]]]((((((((.........(((..[[[.))).(((((.....))))).]]]......(((((((..(((((............[[[[.(((.(((....))).))).)))))....]]]]....((((((.[[[[[.(((((((...))))))).))))))((((((.(((..(((((..(((....(((......))).))).....)))))..)))......))))))...........]]]]].)))))))))))))))((((...........))))...((((..........((((((((..((((.............))))..))))))))...(((((((((((.((((......(((((.......)))))......)))).)))).)))))))...)))).......((((.....))))..(((................[[[[.)))............]]]].(((..[[[[[)))..]]]]].........((((((.[[[[[[[[[(((....)))((((.........))))))))))........(((((((((((((((....)))))..))))))))))..(((((((((((((((...)))))))))))).)))................]]]]]]]]].................... |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......)))).................((((((((..(((((((.((((.........(((((((..........))))))).............(((.....))).((((((.....)))))).................(((((((((....((((((((((((((((((.....))))))))))).....)))))))...((.(((((....))))))).(((....(((((.......))))).)))...(((((.........((((((((((((.(((((..((((...((((((...........))))))...((((((((.((((((((((...((((((((.((((((.((((aaaa.....((((.(((.......))).)))).(((((.......))))).(((((.((((((.(.((.........((((..((((......))))..))))..........))))))))))))))..))))))))))........(((((..((((((..................))))))..)))))....(((((((.......(((..(((((....)))))..)))........)))))))....AAAA.............(.(((((((..(((.(((......)))..)))..))))))))..)))))))))))))..........))))).))))))))))))...((((((.....)))..............[[[.))).(((((((((............((((((.(.......))))))).....(((.......))).)))))))))...]]](((...)))..))))).(((((...))))).((((..(((((..(((((((.(...)))))...)))..)))))....))))....(((((((.(((..(((.((((.....))))..)))...))).)))))))(((((....))))).))))).))))))))))))..))))))))).(((((...(((...((((((.(((...((((.....(((((....((((((...((((((((.((((..(((....(((........)))....)))...((((((.((((...)))).)))))).)))).........(((.(((((........((((((((((...........))).)))).))).....))))).)))....))))))))....)))))).........))))).....)))).))).))))))...)))..)))))...(((((((((.(((..................)))))))))))).(((((.(((..........))))))))...(((((......)))))....(((....))).((((((....)).)))).......(((........(((((.....)))))..))))))).))))))).)))))))).(((.................)))..................((((.................(((((.(((...........((((.....bbb...)))){{{((((..........((((((((..((((.............))))..))))))))...(((((((((((.((((......(((((.......)))))......)))).)))).)))))))...)))).....))).)))))..<<<..<<<<<<))))........>>>>>>.>>>....(.(((((((.(((((...((((((...))))))((((.(((((.........)))))))))......((((....)))).)))))...))))))))...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..(((((((((((((((...)))))))))))).))).}}}.....BBB................................. |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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