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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00726



RNA: CRW_00726
Rfam family: -

GCGAAUAUGAAUUUGUGAUUGCAACCCACGUCGAUCGUGAACACAUCCAUAACGUGCGCCCAGAUAGGGUGUUAAGUCAAGUAGUUUAAGGUACUACUCUGUAAGAUAACACAGAAAACAGCCAACCUAACCGAAAAGCGAAAGCUGAUACGGGAACAGAGCACGGUUGGAAAGCGAUGAGUUACCUAAAGACAAUCGGGUACGACUGAGUCGCAAUGUUAAUCAGAUAUAAGGUAUAAGUUGUGUUUACUGAACGCAAGUUUCUAAUUUCGGUUAUGUGUCGAUAGAGGAAAGUGUCUGAAACCUCUAGUACAAAGAAAGGUAAGUUAUGGUUGUGGACUUAUCUGUUAUCACCACAUUUGUACAAUCUGUAGGAGAACCUAUGGGAACGAAACGAAAGCGAUGCCGAGAAUCUGAAUUUACCAAGACUUAACACUAACUGGGGAUACCCUAAACAAGAAUGCCUAAUAGAAAGGAGGAAAAAGGCUAUAGCACUAGAGCUUGAAAAUCUUGCAAGGGUACGGAGUACUCGUAGUAGUCUGAGAAGGGUAACGCCCUUUACAUGGCAAAGGGGUACAGUUAUUGUGUACUAAAAUUAAAAAUUGAUUAGGGAGGAAAACCUCAAAAUGAAACCAACAAUGGCAAUUUUAGAAAGAAUCAGUAAAAAUUCACAAGAAAAUAUAGACGAAGUUUUUACAAGACUUUAUCGUUAUCUUUUACGUCCAGAUAUUUAUUACGUGGCGUAUCAAAAUUUAUAUUCCAAUAAAGGAGCUUCCACAAAAGGAAUAUUAGAUGAUACAGCGGAUGGCUUUAGUGAAGAAAAAAUAAAAAAGAUUAUUCAAUCUUUAAAAGACGGAACUUACUAUCCUCAACCUGUACGAAGAAUGUAUAUUGCAAAAAAGAAUUCUAAAAAGAUGAGACCUUUAGGAAUUCCAACUUUCACAGAUAAAUUGAUCCAAGAAGCUGUGAGAAUAAUUCUUGAAUCUAUCUAUGAACCGGUAUUCGAAGAUGUGUCUCACGGUUUUAGACCUCAACGAAGCUGUCACACAGCUUUGAAAACAAUCAAAAGAGAGUUUGGCGGCGCAAGAUGGUUUGUGGAGGGAGAUAUAAAAGGCUGCUUCGAUAAUAUAGACCACGUUACACUCAUUGGACUCAUCAAUCUUAAAAUCAAAGAUAUGAAAAUGAGCCAAUUGAUUUAUAAAUUUCUAAAAGCAGGUUAUCUGGAAAACUGGCAGUAUCACAAAACUUACAGCGGAACACCUCAAGGUGGAAUUCUAUCUCCUCUUUUGGCCAACAUCUAUCUUCAUGAAUUGGAUAAGUUUGUUUUACAACUCAAAAUGAAGUUUGACCGAGAAAGUCCAGAAAGAAUAACACCUGAAUAUCGGGAACUUCACAAUGAGAUAAAAAGAAUUUCUCACCGUCUCAAGAAGUUGGAGGGUGAAGAAAAAGCUAAAGUUCUUUUAGAAUAUCAAGAAAAACGUAAAAGAUUACCCACACUCCCCUGUACCUCACAGACAAAUAAAGUAUUGAAAUACGUCCGGUAUGCGGACGACUUCAUUAUCUCUGUUAAAGGAAGCAAAGAGGACUGUCAAUGGAUAAAAGAACAAUUAAAACUUUUUAUUCAUAACAAGCUAAAAAUGGAAUUGAGUGAAGAAAAAACACUCAUCACACAUAGCAGUCAACCCGCUCGUUUUCUGGGAUAUGAUAUACGAGUAAGGAGAAGUGGAACGAUAAAACGAUCUGGUAAAGUCAAAAAGAGAACACUCAAUGGGAGUGUAGAACUCCUUAUUCCUCUUCAAGACAAAAUUCGUCAAUUUAUUUUUGACAAGAAAAUAGCUAUCCAAAAGAAAGAUAGCUCAUGGUUUCCAGUUCACAGGAAAUAUCUUAUUCGUUCAACAGACUUAGAAAUCAUCACAAUUUAUAAUUCUGAAUUAAGAGGGAUUUGUAAUUACUACGGUCUAGCAAGUAAUUUUAACCAGCUCAAUUAUUUUGCUUAUCUUAUGGAAUACAGCUGUCUAAAAACGAUAGCCUCCAAACAUAAGGGAACACUUUCAAAAACCAUUUCCAUGUUUAAAGAUGGAAGUGGUUCGUGGGGCAUCCCGUAUGAGAUAAAGCAAGGUAAGCAGCGCCGUUAUUUUGCAAAUUUUAGUGAAUGUAAAUCCCCUUAUCAAUUUACGGAUGAGAUAAGUCAAGCUCCUGUAUUGUAUGGCUAUGCCCGGAAUACUCUUGAAAACAGGUUAAAAGCUAAAUGUUGUGAAUUAUGUGGAACAUCUGAUGAAAAUACUUCCUAUGAAAUUCACCAUGUCAAUAAGGUCAAAAAUCUUAAAGGCAAAGAAAAAUGGGAAAUGGCAAUGAUAGCGAAACAACGUAAAACUCUUGUUGUAUGCUUUCAUUGUCAUCGUCACGUGAUUCAUAAACACAAGUGAAUUUUUACGAACGAACAAUAACAGAGCCGUAUACUCCGAGAGGGGUACGUACGGUUCCCGAAGAGGGUGGUGCAAACCAGUCACAGUAAUGUGAACAAGGCGGUACCUCCCUACUUCACCAUAUCAUUUUUAAUUCUACGAAUCUUUAUACUGGCAAACAAUUUGACUGGAAAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..........................................................(((((....(((((((((((..(((((.......)))))(((((........))))).((((.((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((....(((((..........))))).......)))))..))))..((((((....(((((.(((.......)))...(((..(((((..(((((((.......))))((((((.............))))))(((((((...(((((((((.........)))))))))............))))))))))(((((((....)))))))....)))))....))))))))....)))))).........)))))))))))..)))))..((((((...(((((...(((..........)))....(((((..........))))).....)))))..))))))....((((((......(((((.((((((.....)))))).)).)))....))))))..(((((((..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((........)).))))...........(((((........(((...(((((.(((.....)))(((((.....((((((.......))))))........)))))...................(((...(((....)))....))).......)))))..)))...)))))..((((((...((((...(((((((..(((....((((.(((..(((((((...((((...........))))((((....))))(.(((....)))..)................)))))))...(((((((..............(.(((((.(((((...............))))).))))))...(((((((....))))))).............((...(((..................................(((....)))............(((.......)))........)))....)))))))))......))).)))).......))).))))))).....))))......))))))((((((..........)))))..).((((((((...((((((((....((((......((((....)))).............))))...)))))))).........((((((((((((...........((.(((((((.....))))))).))...(((((((((((.........(((.((((.((((((((......(((((((......(((...)))......)))))))....)))))).))((((((....(((...(..........(((((((....)))))))......)...)))..))))))................)))))))............(((((((((.(((.....(((.....................((((((..((((((((((((((((((.....((((..(..((((........)))).)..))))....))))))))))))..........((((((((...))))))))............((((.((.(...........(.(((((...(((((.(((((.......((((((......................((((((..........(((((.......))))).....))))))......((..........))...))))))((...(((.........)))....))................((((....))))......))))))))))...))))).)).)).))))......))))))..))))))((((...(((....((((((((..((((...((.................)).....))))))))))))....))).))))......((.(((((.(((.........))).))))).))..))).....))).)))))))))..........)))))))))))............(((((.(((.(((((........(((.((.....((((((.....))))))....)).))).)))))...))).....(((((((((((..((((((((((..............))))))))))..............(....((((((.........)))))).....)...))))))............(((((((.(((((((((.((((..(..((((.((((...........(((.............)))...........((((((.....))))))..)))).))))....)...................(((((........(((((((.........)))))))....((((((........))))))((((((((((.....((((.........................))))...((((.(((((((((((.....((((........((((((...........)))))).(.(((((((((..........((((((.......))))))((.....((((.(((....(((......(((((((((((........)))))))))))....)))....))).))))......)).))))))))))...))))....))))))...(((.......))))))))))))........))))))))))..))))))))).)))))))))........)))))))..)))))....)))))............(((((((((((((((((..................(((((((....(((.((.(.....(((((.......)))))).))....)))..)))))))((((((((((.((((...((((...........))))..)))).))))))))))..))))))))))))).))))...))))))))))))......)))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((.......(((((....))))).....)...)))).)))).)))).........(((((.(.((.......((.......))..........)).)))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((......))))...........((((.....))))...................(((((.(..(((((((((((.((((((.......))))))((((........))))...((..((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........))))..))))..)))))...))...((((((....(((((..(((((((((...))))))))(((((.....(((((.....)))))((((((.............))))))(((((((...(((((((((.........)))))))))............)))))))..((((((((....))))))))...))))).....).)))))....)))))).........)))))))))))).)))))..((((((...(((((...(((.......)))........((((..........))))......)))))..))))))(...)(((((......(((((.(((((((...))))))).)).)))....)))))..((((((((...((((((((....((((....((((((....)))).........))..))))...))))))))......((.((((((((((((..((((((((.((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((...(((((((....(...((((((((...((((((((((......(((()).))......))))))).))))))))).)))...(((((((((..((..........(((((((....)))))))...........))...............((((.......))))...........(((((((..((((.......)))).))))))).......(.........((((.....((((((((((((((.(.((((((((..(((........)))))))).)))))).)))))))))))).....))))(((((((((...))))))))).((((..((....))..))))......(((((....))))))(.((((((((.......((((((.......................(((((((.((((((((((((.......))))).))...)))))))))).))...............)))))).............(((..(((........)))..)))..(..((((....)))).....))))))))))...............((((.........)))).(((((.(((((...((((...((((((((..((((.......(((............)))....))))))))))))...)))).))))).)))))(((((((.((.((......)))).))))).))....)))))))))......))))))).......)))))))))))...((((.((((.((((.(((.(((((........(((.((((...((((((.....))))))..)))).))).)))))...)))..)))..)..((((((..(((((((((((...........).)))))))))).))..((((....((....((((((.........))))))...)..))))))))).....((((((..((........))...))))))..))))..)))))))))))))..).))).)))))(((...(((((........(.((((((.....))))))..)..)))))...)))..)))))))).)..)))))))...........(((((((.........))))))).....(((((.(....).)))))((((((((((((....((((.(((.((((.......)))).))).))))(((((((.((((((((((.((((((.(((.(.(((((((......((..(((...(((((((((((((((..((((.....((((((.......)))))).))))..((((.((((...((..((..((((((((((((.(....).))))))))))))..))))...)))).))))))))).))))))))))..)))...)))).))))).)))).)))))).))))))))))))))...))).))))))))))))......((((((((................................))))).....)))....(((((((((((((((((.........((.......(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..)))))))((((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).))))))))))))))))))))))))).))))...))))))))))))))....)))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))..((((((((.(((((...((.((((((....))))).)..))..))))).)))).)))).........................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((......))).))))....((((.....))))..............((((.(((((....(((((((((((.((((((.......))))))........(((((..........((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........))))..))))..)))))..))))).((((((....(((((...((((((((...))))))))((((.((((....))))(((.(((.((((((.............))))))(((((((...(((((((((.........)))))))))............)))))))..((((((((....))))))))..))).))).)))).)))))....)))))).........)))))))))))..))))).....(((...........(((.......))).......))).....)))).(((.[[[[....)))..]]]]..(((...[[[[[[)))...(((...(((((((...)))))))....)))....]]]]]].((((((((...((((((((........(((...((((....))))..)))....(((....))).)))))))).........((((((((((((..............(((((.........(((((((....(((((((((((...(((((((....(((...((((((...((((((((((......(((...)))......)))))).)))))))))).)))...(((((((((......(((((((((((((((....))))))).......(((........))).....(((((..........(((((((......(((((((..((((.......)))).))))))).........(((((((.(((...)))((((((((((((.......((((((..(((........))))))))).......))))))))))))...(((...(((((((((...))))))))).....((((((....((((.(((((........(((((((((((((................)))).....)))))))))))))).)))).((((.((((((((((((.......))))).)))...)))))))))))))).................))))))))))........))))))).........))))).(((.((((....))))..........))).............(((((...........)))))...))))))))....((((...((((((((..((((.......(((............)))....))))))))))))...))))..........(((((((((....(((....)))...)))).)))))..)))))))))......))))))).......))))))))))).............((((.....))))....))))))).........((((((.....)))))))))))......((((((......(((......((((((..(((((((((((............)))))))))))............(((....((((((.........)))))).....))).)))))).....)))....(((((((......(((((((...(((((.....((((((.........((((....(((((((((((....)))...((((((.....)))))).............(((.......)))......))))))))...(((..(((((((.........))))))).....))))))).....((((....))))..))))))....((((((....(((((..((((...))))......((((.((((((((((.((((((.......(((((......((((..(((...(((((((((((((((((((((.....((((((.......)))))).)))........((((....((((...((((((((((((........))))))))))))...))))..))))..))))))).)))))))))))..)))...)))).)))))......)))))).))))))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))......)))))))..........))))))(((.....)))...(((((((((((((((.........(((......(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..))))))).(((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).)))))))))))))))))))))))))))......))))))))))))......)))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((.......(((((....)))))........))))).)))).)))).................................((((((((...)))).))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...((((((((((((.........((((.....)))).(((((...(((((((((.(((((....(((((((((((.((((((.......))))))((((........)))).......((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........))))..))))..)))))........((((((....((((.((.((((((((...)))))))).)).......(((.((.(((.(((.((((((.............))))))(((((((...(((((((((.........)))))))))............)))))))..((((((((....))))))))..))).))).)).)))))))....)))))).........)))))))))))..)))))..((((((...(((((..((((.................))))...(((......)))......)))))..))))))((((.((((...)))).)))).(((((((...))))))).............)))).)))))))))).....((((((((((.(((..((((((....))))(((((....(((....)))..))))).((.....)).((((((((((((.((((.(((..((.((((((((...)))))))).))..))).)))).........(((..(((((((((((..............((((......)))).((((......))))(((((((((.(((((((..(((((((..((((((...(((((......)))))...))))))......(((........)))..(((((((...((((.((((...)))).....(((((((..((((.......)))).))))))).(((((((..........(((.....((((((((((((.((..(((((((..((((........)))))))).)))..)))))))))))))).....))).(((((((((...))))))))).............))))))).(((((........((..(((((.((((((((.((.((.((((((.((...((((((...........(((((((.((((((((((((.......))))).)))...)))))))).)))))))))....))...)))))).)).((((.....(((..(((........)))..))))))).((((....))))...)).)))))))).(((((((.((((.((((((.........)))).))..))))......((((...((((((((..((((.....((.((............))))...))))))))))))...))))..........(((((((((.((.(((....))))).)))).)))))..))))))).(((((((.................)))))))....)))))..)).((((.....)))).............((((...((((((.....))))))..))))...(((.((((......)))).))).((((((..(((((((((((............)))))))))))............(((....((((((.........)))))).....))).))))))...))))).((.(((((((.((((.(((((((...(((((..((.(((((((((.((......))...(((...(((((((........((((((.....))))))..)).)))))...))).......(((((.......)))))......(((((((((.........))))))).)).((((((........))))))...))).)))))).)).((((((....(((((..............(((..((((.((((((((((.((((((.(((...(((((((((........(((...(((((((((((((((((((.......((((((.......))))))............((((....(((((..((((((((((((........))))))))))))..)))))..)))).)))))))).)))))))))))..)))...)))).)))))..))).)))))).))))))))))))))))).......)))))..))))))...)))))...)))))))..))))))))))).))))))....))))))).)))))))..)))))))............)))))))))........((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..)))))).((((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).)))))))))))))))))))))..))).......))))))))))))...............((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).))..))))))))))))).)))))))..)))))...))...................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.....)))....................(((((....(((((((((((.((((((.......))))))((((........)))).......((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........)))))..)))..)))))........((((((....(((((...(((((.......bb))))).BB.......cc.............((((((.............))))))(((((((....(((((((...........))))))).............)))))))..((((((((....))))))))...............)))))CC..)))))).........)))))))))))..)))))..((((((...(((((...((.........))................................)))))..)))))).........(((((..(((((.((((((.....)))))).)).))).....((((((aaaaaaa))))))..(((((((((.((((..((((((....)))).........(((....)))..................((((((((((((...........................(((((((((...(((((((((((...((((((...........((((((......(((((((......(((...)))......)))))))....))))))........((((((((..............(((((((....)))))))......................................................(((((((...(((.......)))..)))))))..........................((((((((((((.....((((((((..(((........)))))))).)))....)))))))))))).........(((((((((...)))))))))..................................(((.........(((((.......................................(((((.((((((((((((.......))))).))...))))))))))..................................................................((((....)))).......)))))........))).......................................((((...((((((((..((((.......(((............)))....))))))))))))...))))..........(((((((((.((...........)).))))).))))..))))))))........)))))).......)))))))))))...((((...((...........................((((...((((((.....))))))..))))..........................((((((..(((((((((((...........)).)))))))))...................((((((.........)))))).........))))))......((.{{.{{{{{{{......{{{{{{))...))dd..))))................))))))))).((...............((((((.....)))))).......................[[[[.......))]]]]........(((((((.........)))))))((((((.........(((((...((((((((((((....((((<<....((.........))......))))...((((.((((((((((.((((((.(((...((((........(((..(((...(((((((((((((((((.((......((((((.......))))))..)).....((.((((.....((((..((((((((((((........))))))))))))..))))...)))).))))))))).))))))))))..)))...)))...))))..))).)))))).)))))))))))))).......))))))))))))>>.....DD)))))..}}}}}}))))))}}}}}}}.}}.........................(((((((((((((((((..................(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..)))))))((((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).))))))))))..)))))))))))))).)))...)))))))))))).......AAAAAAA.((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).))..))))))))))))))))))..........((((((.......)).))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(....((((((.........((((.....)))).(((((...(((((((((.(((((....(((((((((((.((((((.......))))))((((........)))).......((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........)))))..)))..)))))........((((((....(((..((.((((((((...)))))))).)).......(((.((.(((.(((.((((((.............))))))(((((((...(((((((((.........)))))))))............)))))))..((((((((....))))))))..))).))).)).))).)))....)))))).........)))))))))))..)))))..((((((...(((((..((((.................))))...(((......)))......)))))..))))))((((.((((...)))).)))).(((((((...))))))).............)))).)))))))))).....(((((((((.((((..((((((....)))).........(((....)))..................((((((((((((...(..(((..((.((((((((...)))))))).))..)))..)......(((..((.....))..)))(((((((...((.(((((((......(((...)))......)))))))..)))))))).).....((((((...(..............((((((....)))))))....((.(((........))))).((((((...(((...(((((((((......(((((((..((((.......)))).)))))))....((((.(((((((..((......((((((((((((.((..(((((((..((((........))))))))).))..))))))))))))))......)).(((((((((...))))))))).......((......((((.(((((........(((((((((((((.((..........)).)))).....)))))))))))))).)))).((((.((((((((((((.......))))).)))...))))))))..))......................)))))))))))....))))))).)).........(((((..((((....))))..........((((((............((.............)).................((((...((((((((..((((.....(.(((............))))...))))))))))))...))))..........(((((((((.((.(((....))))).))))).)))).................................(((......)))............((.....))(((........(((.((((...((((((.....))))))..)))).))).)))..............)))))).(((..(((((((((((............))))))))))).))).((((..........((((((.........)))))).......)))).......))))).((.(((((((.((((.(((((((...(((((..(..(((((((...((......))...(((....((((....)))...((((((.....))))))........)....))).......(((((.......)))))........(((((((.........)))))))....((((((........)))))).....).))))))..).((((((....(((((...................((((.((((((((((.((((((.(((...((((((......(((..(((...(((((((((((((((((((((.....((((((.......)))))).)))........((((.....((((..((((((((((((........))))))))))))..))))...))))..)))))))).))))))))))..)))...)))).)))))..))).)))))).))))))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))..))))))))))).)).)))....))))))..))))))...(((((((((((((((((....((....)).......((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..)))))).((((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).))))))))))..)))))))))))))).)))...))))))))))))...............((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).))..))))))))))))).))))))......).(((((((.....))).))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..{{{{{{{{{{{.))))....((((.....)))).(((((...(((((((((.(((((....(((((((((((.((((((.......))))))((((........)))).......((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........)))))..)))..)))))..(((.((((((((....((((....((((((((...))))))))..........(((....(((.(((.((((((.............))))))(((((((...(((((((((((....)).)))))))))............)))))))..((((((((....))))))))..))).)))....)))))))....)))))).).))).).)))))))))))..)))))..((((((...(((((.(((((.................)))).).(((......)))......)))))..))))))((((.((((...)))).)))).(((((((...))))))).............)))).)))))))))).....(((((((((.((((.(((((((....)))).((((....(((....)))..)))).........((.((((((((((((......(((.....((((((((...)))))))).....))).........(((....aaa......)))(((((((...((((((((((......(((...)))......))))))).))))))))).)....(((((((...........(((...bbbbbbb))).BBBBBBB....((.(((........)))))(((((((...((((.(((((...........(((((((..((((.......)))).)))))))....((((.(((((((..(((.....((((((((((((.(((.(((((((..((((........)))))))).)))).)))))))))))))).....))).(((((((((...))))))))).....(((((.....((((.(((((........(((((((((((((...ddd..........)))).....)))))))))))))).))))(((((.((((((((((((.......))))).)))...))))))))))))))....................))))))))))).[[[..[[[)).)))..]]]..]]](((..((((....))))......DDD.(((((((.((((.....(((.............)))..........(((...((((...((((((((..((((.....(.(((............))))...))))))))))))...)))).)))<<<<<<(((((((((.((.(((....))))).))))).))))..))))...>>>>>>..AAA.............(((......)))..........((((.ccc.)))).........(((.((((...((((((.....))))))..)))).))).........CCC.....))))))).(((..(((((((((((............))))))))))).))).((((..........((((((.........)))))).......)))).......)))......(((((((.((((.(((((((...(((((.....(((((..................(((.....(((....)))..(((((((.....)))))).)...........))).(((eeeeeeee)))....EEEEE..EEE.(((((((((.........))))))).)).((((((........))))))........)))))....((((((....(((((...................((((.((((((((((.((((((.(((...((((((......(((..(((...(((((((((((((((((((((.....((((((.......)))))).)))........((((....(((((..((((((((((((.((...))))))))))))))..)))))..))))..)))))))).))))))))))..)))...)))).)))))..))).)))))).))))))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))..)))))))))))...))))....))))))).)))))))..(((((((((((((((((..................(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..)))))))((((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).))))))))))..)))))))))))))).)))...)))))))))))))).............((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((......((((((....))))).)......))))).)))).)))).)).)))))))))))))).}}}}}}}..}}}}.((((((((...)))).))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((......))).))))...(((.(((((...((...((.(((..........(((((....(((((((((((.((((((.......))))))..(((((.(((((..........((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.(((((((..(......)..)))..))))..)))))..))))).((((((....(((((...((((((((...))))))))(((((........((.(((((..(((((.(((....(((((.((((.....(((........)))......)))).)))))...))).)))))..)))))....))..((((((((....))))))))...))))).......)))))....)))))).)))))...)))))))))))..)))))..((((((...(((((...(((.......))).......(((((.((....)).))))).....)))))..)))))).)))))..((((((..(((((.((((((.....)))))).)).)))...((......((((((((...((((((((..............((((....)))).........(((....))).)))))))).........((((((((((((.........(((..(((((.....(((.(((((((.((.((((((((((((..(((((((....(((...((((((......(((((((......((.....))......)))))))....)))))).)))...(((((((((......((((((((.....(((((((((..((((((((.(((................((((...(((..((((((((((......(((((((..((((.......)))).)))))))....((((.((((((...........((((((((((((...((..(((((..((((........)))))))))..))...))))))))))))..(((((..((((((((.....)))))))).....((((((....((((.(((((.(....)..((((((((((((.((..........)).)))).....)))))))).))))).))))..(((.((((((((((((.......))))).)))...))))))).))))))...............).))))))))))))))....))))))).)))...)))...))))..((((....))))..........)))))))))))....(((........))).))))))))).))))))))....((((...((((((((..((((....((.(((............))).)).))))))))))))...))))..........(((((((((.((.(((....))))).)))).)))))..)))))))))......)))))))..))....)))))))))).))..........((((.....))))....))))))).))).....((((((.....)))))))))))......((((((.(((..(((......((((((..(((((((((((............)))))))))))............(((....((((((.........)))))).....))).)))))).....))).((.(((((((.((((.(((((((...(((((..((.((((((......((.((((....((((((((..(((........((((((.....))))))........)))..(((.......)))......))))))))........(((((((.........)))))))........)))).))..((((....))))..)))))).)).((((((....(((((...(((((......)))))((((.((((((((((.((((((..((...(((((......((((..(((...((((((((((((((...((((.....((((((.......)))))).))))..((((.((((....(..((..((((((((((((........))))))))))))..))..)..)))).)))).))).)))))))))))..)))...)))).)))))..))..)))))).))))))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))..))))))))))).)).)))...)))))).......)))..(((((((((((((((((..................(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..))))))).(((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).)))))))))...))))))))))))).))))...))))))))))))......)))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).))...............)))))).................))..))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((......))).))))...(((.(((((........................(((((....(((((((((((.((((((.......))))))..((((..(((((..........((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.(((.((((..........))))...)))..)))))..))))).((((((....(((((...((((((((...)))))))).................((((..(((((.(((....((((..((((.....(((........)))......))))..))))...))).)))))..)))).........((((((((....))))))))...............)))))....))))))..))))...)))))))))))..)))))..((((((...(((((.......................(((((.((....)).))))).....)))))..))))))........((((((..(((((.(((((((...))))))).)).)))...........((((((((...((((((((..............((((....)))).........(((....))).)))))))).........((((((((((((............................((((((..((.((((((((((((..(((((((........((((((((......(((((((......((.....))......)))))))....)))))).)).............................((((......))))........................................((((((((((......(((((((.....(.......)....)))))))....((((.((((((...........((((((((((((...((..(((((...(((........))).)))))..))...))))))))))))...(((...(((((((((...))))))))).....((((((....((((.(((((.(....)..((((((((((((.((..........)).)))).....)))))))).))))).)))).((((.((((((((((((.......))))).)))...)))))))))))))).................))).))))))))))....))))))).))).........................................................................................................................................................................((((((((.((.(((....))))).))))).)))..................)))))))..)....))))))))))).))..........((((.....)))).....)))))).........((((((.....))))))............(((((..(((..((......((((((..(((((((((((............))))))))))).............((....((((((.........)))))).....))..)))))).....))..((.(((((((.((((.(((((((...(((((..((.((((((......((.((((....((((((((.............((((((.....)))))).............(((.......)))......))))))))........(((((((.........)))))))........)))).))..(((......)))..)))))).)).((((((....(((((...................((((.((((((((((.((((((..((...((((.......((((..(((...(((((((((((((((((.(((.....((((((.......)))))).)))........((((....(..((..((((((((((((........))))))))))))..))..)..))))...))))))).))))))))))..)))...))))..))))..))..)))))).))))))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))..))))))))))).)).)))...)))))..............(.((((((((((((((..................(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..))))))).(((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).)))))))))...))))))))))))))..)....))))))))))))......)))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).))))..................)))))).....................))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....)))))).........(((.(((((...((...((.(((..........(((((....(((((((((((.((((((.......))))))..(((((.(((((..........((((((...(((...(((....)))....)))...........))))))...(((((.((((((((..........))))..))))..)))))..))))).((((((....(((((...((((((((...)))))))).((((...(((((...(((((..(((((..((....((((..((((.....(((........)))......))))..))))...))..)))))..)))))........((..((((....))))..))..))))).))))...)))))....)))))).)))))...)))))))))))..)))))..((((((...(((((...(((.......))).......(((((.((....)).))))).....)))))..)))))).)))))..((((((..(((((..(((((.....)))))..)).)))...((......((((((((...((((((((..............((((....)))).........(((....))).)))))))).........((((((((((((................((((((((............((.((((((((((((..(((((((........((((((((......(((((((......((.....))......)))))))....)))))).))...(((((((.((((((..........(((((((....)))))))..................((((....((((...(((..((((((((((......(((((((..((((.......)))).)))))))....((((.((((((...........((((((((((((...((..(((((..((((........)))))))))..))...))))))))))))..((((...((((((((.....)))))))).....((((((....((((.(..((........(((((((((((((.((..........)).)))).....)))))))))))..).)))).((((.((((((((((((.......))))).)))...)))))))))))))).................))))))))))))))....))))))).)))...)))...))))......(((.((((..(((((.(((.((.((((((......((...((((((((.(((...............))).)))...)))))...)))))))).))...))).)))))..))))))).....)))).)))))).................((((((((.((.(((....))))).)))).)))))))))))...........)))))))..))....)))))))))).)).........(((((.(((.(((((........(((.((((...((((((.....))))))..)))).))).)))))...))).....(((((((((((..(((((((((((............)))))))))))............(((....((((((.........)))))).....))).))))))............(((((((.((((.(((((((...(((((..((.((((((......((.((((....((((((((..(((........((((((.....))))))........)))..(((.......)))......))))))))........(((((((.........)))))))........)))).))..((((....))))..)))))).)).((((((....(((((...(((((......)))))((((.(((((((..(.((((((..((...(((((......((((..(((...(((..((((((((((((((((.....((((((.......)))))).)))........((((....(..((..((((((((((((........))))))))))))..))..)..))))..))))))).))))))..)))..)))...)))).)))))..))..)))))).)..)))))))))))..........)))))..))))))...)))))...)))))))..)))))))))))..)))))....))))).))))))))...(((((((((((((((((..................(((((((....(((....((((..((((((.....))))))..))))..)))..))))))).(((((((((.((((..((((((.........)))))).)))).)))))))))...))))))))))))))).))...))))))))))))......)))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.(((((...((..(((((....)))))....))..))))).)))).)))).))...............)))))).................))..))))))))....