RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00727

RNA: CRW_00727
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((..(((.((((((((((......((..((((((((..(((((((..((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........)).))))).))))).....))))))...))))))).......))))))))..))........)))).)))))).)))((((..(((((((((((.......((((((.(((((((.(((((......)))))...))))))).......(((((...(((..((..((((((((((.......))))..........(((((((((((((.((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))).)))))............((((.......))))........))))))..))...))).(((((((((.((((.(((((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((................))))))).))))).)))((((.....((......)).....))))...))))))))))))).)))))....))))))..((.(((((.....((((((........))))))...((((.....)))).))))).)).((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))......)))))))))))..))))......)))..)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((....((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((..(((.(((((((((((((..........)))).))).)))))).....(((((((....(((((((....))))))).....((((..........)))))))))))...((((((.(((((....)))))........))))))..(((..((((((....))))))...)))..)))..))..))))))...((((((((((.......))))..((((((..(((((((((((((.((((.....((((((((((((((.........)))))))))))))).)))))))))))).)))))))).))).(((.((((......)))).))).....)))))).........))))))))))))))......((((((...............))))))..)))))).)))........))))))))))..))))...))))))))).....)))))...)))))))))))..(((((((((((...((((...(((((.(((...........(((((.((((.((((((........)))))).......(((((....))))).)))))))))..(((((((....))))))).))).)))))((((((((((((........................))))))).))))).........))))..))))).))))))..)))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.......))))).............................((((...........((((......((((((.....))))))((((((((((((((....))..)))))).).)))))((((..(((((((....(((((((....)))))))....((((.......))))....))))))).)))).....(((((....)))))......((((((....................))))))............))))((....))...))))((((.......)))).(((((....))))).(((((((.((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))...................((((.......))))............................((.......))....................................(((((.(((((((................))))))).))))).............................((.((((((((((....((((((.......(((........)))......)))))).))))))))))..)).........................((((((((((((((....))))))..)))))))).((((((((((((...((((.......))))......))))))).)))))...................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((..((...(((((((((......((((.((((((((.((((((((.(((((((((.......))).....((((((.....))))))(((((.((((((..........))))))...))))).....)))))).)).)))))).......................(((((((.................((((((.......................)))))).((((....(((....((((((........))))..)).....))).....)))))))..)))).(((((.(((((....))))).))))))))))))).))))(((((((((((((.........)))))))))))))..........(((((..(((((..........((((.......)))).....((((((................((((.....))))...((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((................))))))).)))))......(((((....))))).)))))).(((.(((((((((.....((((((.......(((........)))......))))))..)))))))))..))))))))..))))).)))))))))..((((((((.(((((....)))))...)))))))).((((((((((((....(((.......))).......))))))).)))))...........................))..))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((.....))))))................(((((..((((((((((..(.......(((((((....((((((.....))))))(((((((((((((((())))..)))))).).)))))((((..(((((((...((((((((....)))))))....((((.......)))))...))))))).)))).((..(((((....)))))..)).(((((((....(((..........)))))))))).........)))))))((())))...)))).)))))))))))....((((((()))))))((((((((.((((.(...((((((((((((((((....)).)))))))))))))))))))))))))))..............(((.((((.......)))))))........................((((.....))))...((((((...............)))))).....(((((.(((((((................))))))).)))))............................(((.((((((((((....((((((....((.(((........))).))...)))))).))))))))))..))).....(((((....))))).....((((((((((((((....))))))..)))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))...................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((.((((((((((..........((((((((..(((((((..((((((.....(((((...)))))((((((.....))))))(((((.((((((..........))))))...))))).....))))))...))))))).......))))))))(((....)))..)))).)))))).))).....((((((.(((((....))))).[[[[[..))))))...]]]]]....((((.((((((......))))))))))....((((...[[[[[[[[......))))..]]]]]]]]..(((((((((((((.((((.....((((((((((((((.........)))))))))))))).)))))))))))).)))))............((((.......))))......(((((((((((((........((((.....))))(((((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((....(((.....))).))))))).))))).))))))....))))))))))......(((((.(((((((((....((((((.......(((........)))......)))))).))))))))))))))..(((((((((....))))).))))((((((((((((((....)))))..))))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))......(((((........)))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((....(((((((.((((((((((....(((((((((....(((((..(((....(((((((..(((((((((.....))))).((((((((((((..........)).))))).))))).(((..((((((.....(((((((....))))))).....((((..........)))).)))))).))).(((..(((((....)))))..))).((((((.(((((......)))))...)))))).......)))))))))))...)))...)))))...)))))))))...(((((....))))).(((((((.((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))....(((....(((((...((((......)))).)))))....))).))))))).....))).)))))))......)))...))))))))....................((((.(((((((................))))))).))))((((((((.(((((....(((((.(((.((((.((((((((((....((((((....((.(((........))).))...)))))).))))))))))))))...((((((((....))))).))).((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))..)))))))).....))))).)))......)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................((((...((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........))))).)).))))).....))))))....))))(((((....))))).................................................................................((((((((((.............................[[[.(((((.......))))))))))))))).....(((((((.(((.((...((((((((((((((((....)).))))))))))))))))))))))))))...................((((.......))))..........]]]..............................................................(((((.(((((((................))))))).)))))................................((((((((((....((((((.......(((........)))......)))))).))))))))))..........(((((....))))).....((((((((((((((....))))))..)))))))).((((((((((((....(((((........)))))..))))))).)))))...................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((........((((((..................((((..(..(((.((((((...(((((((((.....))))).((((((((((((..........)))).))).))))).(((..(((((((....(((((((....)))))))......((............)).))))))).))).(((..(((((....)))))..))).((((((.(((((......)))))...)))))).......)))).))))))...))).).))))(.((.......)).).(((((....)))))(((((((.(((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).))))))))))))..................((((......))))..............))))))..........(.......).....................................((((..(((((((................)))))))..))))..............)))))))))))...(((.((((((((((.....(((((.......(((........)))......)))))..)))))))))))))....((((((((....))))).))).((((((((((((((....))))))..)))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))...................................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.................((((((...(((........(((((((((.(((((((((((((((((.....)))))((((((.((((((..........))))))...)))))).....(((((((....((((((((..)))))))).......................)))))))..((((((.....((((((.....(((((....(((......)))...(((((((((((...(((((...)))))...(((..)))......(((((.......)))))))))))))))))))))((((((([[[[[[[..((((((((((((((.........))))))))))))))....))))))).......)))))).......((((......))))......)))))).............)))))))...(((((((..)))))))....)))))...........)))))))))..(((((((................))))))).....)))))))))]]]]]]])))))))))).......((((((((((....((((((.......(((........)))......)))))).))))))))))..........(((((..............((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((........................))))))).))))).))))).))))))).....................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((..(((.((((((((((.(((..((..((((((((..(((((((..((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........)))).))).))))).....))))))...))))))).......))))))))..))..)))...)))).)))))).)))((((..(((((((((((.......((((((.(((((((.(((((......)))))...))))))).......(((((...(((..((..((((((((((.......))))..........(((((((((((.((((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))).)))))............((((.......))))........))))))..))...))).(((((((((.((((....((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((................))))))).)))))....((((.....((......)).....))))...))))))))))))).)))))....))))))..((.(((((.....((((((........))))))...((((.....)))).))))).)).((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))......)))))))))))..))))......)))...
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((..(((.((((((((((.(((..((..((((((((..(((((((..((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........)).))))).))))).....))))))...))))))).......))))))))..))..)))...)))).)))))).)))((((..(((((((((((.......((((((.(((((((.(((((......)))))...))))))).......(((((...(((..((..((((((((((.......))))..........(((((((((((((.((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))).)))))............((((.......))))........))))))..))...))).(((((((((.((((....((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((................))))))).)))))....((((.....((......)).....))))...))))))))))))).)))))....))))))..((.(((((.....((((((........))))))...((((.....)))).))))).)).((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...(((((.....)))))......))))))).)))))......)))))))))))..))))......)))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(...((((((.....))))))....)((.((((....((((((((.(.((((..............))))....((((((((...)))))))).)))))))))((((((..((((((((.(((........)))((...))(((((((((((....))))))).......)))).(((((.(.((.............)))..((((((..))))))....((((((((.(((..........)))...))))))))(((..(((((..........).))))..))).(((((..(((.(((...)).).)))))))))))))...((((((((((((((((((((...........)))))))))))).))))))))(((((((((.(((((((((((.(....)))))))((((((...((((((.(.(....((((((..(((.((..)))))..((((((........)))).))...((((((..))))))..((((((................)))))).)))))).).(((((...)))))....)))))))........(((((((((......).)))).)))).)))..(.(((((((((.(...((((((((......))))))))....).)))).))))))...((((((((.((((((..))))))...)))))))))))((((((........))))))((..((.(...).))...)).)))))))))))))).)))))))))))).)))))))).....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((((..........((((((((..(((((((..((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........)))).))).))))).....))))))...))))))).......))))))))............)))).))))))....(((....((((((((((........(((((..(((((......................))))).........((((........((..(((((.((((.......))))...............(((((((.(((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).))))))))))))..................(((........)))..........)))))..))........(((((((..........................................(((((.(((((((................))))))).)))))........................................)))))))..)))).....)))))......((((......((((((........))))))..................))))....((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...((((.......))))......))))))).)))))......))))))))))....)))............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.(((.((((((((((......((..((((((((..(((((((..((((((..................((((((.....))))))((((((((((((..........)).))))).))))).....))))))...))))))).......))))))))..))........)))).)))))).))).........((((((((.......((((((.(((((((.(((((......)))))...))))))).......(((((...(((..((..((((((((((.......))))..........(((((((((((.((((((.....((((((((((((((((....)).)))))))))))))).)))))))))))).)))))............((((.......))))........))))))..))...))).(((((((((.((((....((((((...(((....)))..)))))).....(((((.(((((((................))))))).)))))....((((.....((......)).....))))...))))))))))))).)))))....))))))..((.(((((.....((((((........))))))...((((.....)))).))))).)).((((((((((((((....)))))))..))))))).((((((((((((...((((.......))))......))))))).)))))......)))))))))))))................

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