|
|
|
UUCUGGUACAGAAGUUCCUAUAAAAAUGGGAAAUGCCCUACCUUUGAGUGCGGUUUGAACUAUUGAUUUACGUAAUUGGAAAUAACCAAUUAGGUUUACGACGAAACCUAGAAAUCGAUCACUGAUCCAAUUUGAGUACCUCUGCAGGAUAGACCUCAACAGAAAACUGAAGAGUAACGGCAGCAAGUGAUUGAGUUCAGUAGUUCCUCAUAUAAAAUUAUUGACUCUAGAGAUAUAGUAAUAUGGAGAAGACAAAAUUGUUUCAAGCACCGACAGAACCGGAAGCGCCCCUUCUUUCAAAGAGAGGAGGACGGGUUAUUCACAUUUCAUUUGAUGGUCAGAGGCGAAUUGAAAGUUAAGCAGUGGGAAUUCUAAAGAUUCCCCGGGGGAAAAAUAGAGAUGUCUCCUACGUUACCCAUAAUAUGUGGAAGUAUCGACGUAAUUUCAUAGAGUCAUUCGGUCUGAAUGCUACAUGAAGAACAUAAGCCAGAUGACGGAACGGGAAGACCCAGGAUGUAGAAGAUCAUAACAUGAGUGAUUCGGCAGAUUUGGAUUCAUAUAUAUAUCCACCCAUGUGGUACUUCAUUCUACGAUAUAUAUAAGAUCCAUCUGUAUAGAUAUCAUCAUCUACAUCCAGAAAGAAGUAUGCUUUGGAAGAAGCUUGUACAGUUUGGGAAGGGGUUUUGAUUGAUCAAAAGAAGAAUCUACUUCAACCGAUAUGCCCUUAGGCACGGCCAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....................................................(((....((((.((.((((((.(((((......)))))((((((........))))))...(((((((((................(((....)))...........(((....))).................)))))).......................................)))...(((((..((((.(((((....)))))...(((............((((.........))))..............((((((((....(((((((((...........))))).))))..........))))))))............................)))))))...))))).....................)))))).)).)))))))........(((...(((..............)))))).....((..........))..(((((((..............................................................................................................)))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..(((((((((((..............))))))).))))............................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((......(((((((....)))))))......))))...(((((.(((((...((.((((((.((.(((((((......))))))).))......((((((((.(((.(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........))))))))).)))....(((((((............(((((((((((((.......(((((..............((((((...(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))...((....)).((((......))))......))))..))))))....(((.((((((..(((.....(((((...)))))......)))....)))))))))..))))).(((((.((....)).)))))))))).))))))))....(((((...(((..(((.....))).)))))))))).))))).......(((((((((((((.((((((.......))))))..(((((..((((((..((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).))))))))))).............)))))))))........(((((((((....)))))..))))....))))...))))))))...)))))).))..))))))))))...(((...((((....)))))))..).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...(((((((((((....))))))....((((.(((....(((((....((((((((((........(((((......)))))(((((((......)))))))....((((((((((..((...((((((((((....))).))...)))))......(((....)))...))...)).))))))))..))))))))))...((((....((..(((((((((((((.......(((((....(((...(((((((..(((.(((.......)))....(((((((((((......)))))))..))))..((((.((((..(((((...)))))...)))))))).))))))))))(((((((.....))))))).((((((............))))))..)))..))))).(((((.((....)).)))))))))).))))))))(((((((((...(((..............))))))))..))))..(((....))).(((((((((.((((((.......))))))..(((((..((((((...(((((((((........(((....)))......)))))))))..))))))))))).............)))))))))..))....))))(((((....))))).))))).....))).)))).((((((....)))))).........)))))........((((....))))..)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(((((((....)))))))........................((((((((((.......((((((......))))))((((((......)))))).....(((((((((............((..((((.(((...................))).))))..)).......)))))))))..))))))))))...................(((.........................................(((.......)))....((((((((((((...)))))))))...)))................................................(((((((.....)))))))..............................((((((.....))))..))................)))((((((.(((........................))).)))))).....(((....))).(((((((((.((((.......)...(((((.(((((..((((((..((((((((((.....(((.(....).))).....)))))))))).)))))))))))...)).)))))).)))))))))............(((((....))))).............((((....(((((....)))))...........))))...(....((((....)))).)...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.......(((((((....)))))))..(((..((......))..)))..((((((((((...((.((((((........)))))).))...................((((((((..((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))............))))))))..)))))))))).............(.((((((((((((...(....)....((.(((((...(((((.......(((........((((..((((((((((((...)))))))))...)))..))).).((((.((((...........))))..))))..........((((((.(....))))))))))......)))))...))))).)).((.((((((((...)))))..))).))......)))).)))))))).)............................)))))).........(((....))).(((((((((..............(((((...((((((..((((.(.((((((((((......((........))......)))))))))).)))))))))))......)))))..))))))))).(...((((((.(((((....)))))............(.......((((((....)))))).......)))))))...)..((((.((........)).)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).(((((((....)))))))........................((((((((((.......((((((......))))))((((((......))))))...(.(((((((((...((.......((..((((.(((...................))).))))..)))).....))))))))).))))))))))).((((((...........(((())))........)))))).....(((....)))........(((.......)))((..((((((((((((...)))))))))...)))..)).....(((......................)))...........(((((((.....)))))))()((..........(((()))))).(((.(((((((.....))))..))).)...))...........((((((.(((.....((............))...))).)))))).....(((....))).(((((((((.(((((.....))).((((((.(((((..((((((..((((((((((.....(((.((())).))).....)))))))))).)))))))))))...)).)))))).)))))))))........(((((((((....)))))..)))).......((((((((((((((()))))))......)))).))))..(((...((((....)))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..[[[[(((((((....))))))).))))....]]]].....((((.[[[[[[)))).......(((((((......)))))))]]]]]]................(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........)))))))))..(((((((((.[[[......))))))))).....]]].((((....)))).............(((........[[[)))....]]]...(((((((((((((...)))))))))..............[[[[[(((((...)))))))))...]]]]]........((((((.(((((....(((((...)))))...)))))[[[[[)))))).....(((((...))))).......]]]]]...........((((((.[[[[[....(((..(((.....))).)))..)))))).........]]]]]..(((((((((...((((...))))(((((...(((((..((((((..(((((((((((((....)))(((........))))))))))))).)))))))))))......)))))..)))))))))........(((((((((....)))))..))))...((((.[[[[[.((((((....))))))((((......))))..))))....]]]]].(((...)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).(((((((....)))))))...((((.(((....(((((....((((((((((.........((((......)))).(((((((......)))))))....(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........)))))))))..))))))))))...............(((((((((((((.......(((((.((.((((....)))))).....(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))...((....)).((((......))))......)))).((((.........))))(((((((.....))))))).(((((.............)))))........))))).(((((.((....)).)))))))))).)))))))).((.(((.....(((..(((.....))).))).....))).))..(((....))).(((((((((.((((((.......))))))..(((((..(((((.(.((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).))))))))))).............)))))))))............(((((....))))).))))).....))).)))).((((((....))))))((((......))))..(((...((((....)))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((....)))))))........................((((((((((.......((((((......))))))((((((......)))))).....(((((((((..............................................................)))))))))..)))))))))).................................................................................((((((((((.....))))))))...)).................................................(((((((.....)))))))..((((..............)))).....((((((.......)))..)))...................................................................(((....))).(((((((((...............((((((.(((((..((((((..((((((((((.....((([[[.....))).]]].)))))))))).)))))))))))...)).))))...)))))))))........(((.(((((....)))))...)))....................................................((((....))))........ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).(((((((....)))))))...((((.(((....(((((....((((((((((........(((((......)))))(((((((......)))))))....(((((((((..(((.....(((...)))....))).....(((..(((....)))..)))...........)))))))))..))))))))))...............(((((((((((((.......(((((.((.((((....)))))).....(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))...((....))...((......))........))))..................(((((((.....)))))))..((((..............))))........))))).(((((.((....)).)))))))))).)))))))).((.(((.....(((..(((.....))).))).....))).))..(((....))).(((((((((.((((((.......))))))..(((((..(((((.(.((((((((((.......(((......))).....)))))))))).)))))))))))...((.....)).)))))))))............(((((....))))).))))).....))).))))..(((((....))))).((((......))))..(((...((((....)))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..(((((((....))))))).((((...((((((((((((((..((((((((((.......((((((......))))))((((((......)))))).....(((((((((...........[[[[[[.(((((((.....)))...(((....)))..........))))..)))))))))..))))))))))..................(((((..............))))).((((((..)))))).....))))......(((........(((((((((...))))))))).)))......)))..............))))))).....(((((..........(((((((.....)))))))..(((((............)))))((((((..(((((...))))).......)))))).)))))..((((((((((((((.....((((((..........................(((....)))...)))))).))))).......)))))))))))))....((((((..((((((((((.........]]]]]].........)))))))))).))))))))))))(((((......)))))...)))))).((((((.(((((....)))))....................(((((((..)))))))........))))))..(((...((((....)))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((......(((((((....)))))))......))))...(((((.(((((...((.((((((.((.(((((((......))))))).))......((((((((.(((.(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........))))))))).)))....(((((((............(((((((((((((.......(((((..............((((((...(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))............((((......))))......))))..))))))....(((.((((((..(((.....(((((...)))))......)))....)))))))))..))))).(((((.((....)).)))))))))).))))))))....(((((...(((..(((.....))).)))))))))).))))).......(((((((((((((...((((...))))(((((((.(((((..((((((..((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).)))))))))))...)).)))))..)))))))))........(((((((((....)))))..))))....))))...))))))))...)))))).))..))))))))))...(((...((((....)))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).(((((((....)))))))...((((.(((....((((((...((((((((((........(((((......)))))(((((((......)))))))....((((((((((((((.....(((...)))....))))..(.(((..(((....)))..))))........).)))))))))..))))))))))...(((......)))(((((((((((((.......(((((.((.((((....)))))).....(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))............(((....[[[[)))..]]]])))).((((.........))))(((((((.....))))))).((((((............)))))).......))))).(((((..........)))))))))).))))))))(((.(((....((((..(((.....))).))).)...))).))).(((....))).(((((((((.((((((.......))))))..(((((..(((((.(.((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).))))))))))).............)))))))))............(((((....))))))))))).....))).)))).((((((....))))))((((......))))..(((...((((....)))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(...(((((((....)))))))...)..))))...(((((.(((((...((.((((((.((.(((((((......))))))).))......((((((((.(((.(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........))))))))).)))....(((((((............(((((((((((((.......(((((..............((((((...(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))............((((......))))......))))..))))))....(((.((((((..(((.....(((((...)))))......)))....)))))))))..))))).(((((.((....)).)))))))))).))))))))....(((((...(((..(((.....))).)))))))))).))))).......(((((((((((((...((((...))))(((((((.(((((..((((((..((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).)))))))))))...)).)))))..)))))))))........(((((((((....)))))..))))....))))...))))))))...)))))).))..))))))))))...(((...((((....)))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((.(.((((((((((......)))))))..((((.((((....((.((((..).((...(.((.((.(((((((((..))))))))))).(((((.(((.(((...((((..))(((((.(((((((..(..)(((((((((((((((((((((((((..))))))))...((((((((..)))....((..((..))..))(((...........)))(((((.............).)))).((((((..))))))))))...((..))((((..))))..)(((((((((...))))))))))..)))))))).....(((..)))))..))))))..)))))..(...))))))))..((..(((....(((((...)))))...))).....)).))........((.........))).)).)).)))))).(((((((.(.(((.(......))))).))))))).)))...)).((..)).(((......))))))))(((((((((.(((((.....))).((((((((((((...((((((.((((((((((.((((((((......)))))).)))))))))))))))))).)))))..))).)))))).))))))))).(((((((..)).))))).))(((((.((..)))))))..))))))(((((((..))))))).((......)))))))))))((((((((...).).)).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((......(((((((....)))))))......))))...(.(((.(((((...((.((((((.((.(((((((......))))))).))......((((((((.(((.(((((((((...............................(((..(((....)))..)))...........))))))))).)))....(((((((((..........(((((((((((((...((((................................................(((((((((...)))))))))......................................................((((((.......))))))............................))))......(((((.((....)).)))))))))).))))))))...................................)))).))))).......(((((((((((((....(.......)...(((...(((((..(((((.(.((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).)))))))))))......)))....)))))))))........(((((((((....)))))..))))....))))...))))))))...)))))).))..))))))))..)..(((...((((....)))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((......(((((((....)))))))......))))...(((((.(((((...((.((((((.((.(((((((......))))))).))......((((((((.(((.(((((((((.((((.....(((...)))....))))....(((..(((....)))..)))...........))))))))).)))....(((((((............(((((((((((((...((((..(((.((.((((..(((((((..(((.(((.......)))...(((((((((((((...)))))))))...((....)).((((......))))......))))........))))))))))(((((((.....))))))).................)))))))))..))))......(((((.((....)).)))))))))).))))))))....(((((...(((..(((.....))).)))))))))).))))).......(((((((((((((.((((((.......))))))..(((((..((((((..((((((((((.......((((....)))).....)))))))))).))))))))))).............)))))))))........(((((((((....)))))..))))....))))...))))))))...)))))).))..))))))))))...(((...((((....)))))))..... |
