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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00730



RNA: CRW_00730
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ............................................................((((.....(((((((.((((.((((........))))((((..............))))...(((((((((...((((((((((....))))))))))...........))))))......((((((..........................))))))..)))..((((((.....((((.(((((.....)))))...((((.......(((((((.......))))(((((((................)))))))((((((((((((((((...........)))))))))........))))))))))........................................))))))))...))))))...)))).))))))).....))))..((((((...(((.(((...))).)))..))))))....(((((..........((((((((..............................))))))))......))))).(((((((((................................................................)))))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((((((((((........................................)))))))))))).))))..............................................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((((((.((.........(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.......((((((((..((((..(((...)))...)))).....(((((((((.((((((((.(....).)))))))))).........)))))))..........))).))))).(((((((.(.(..((((((.((((((((..((((((..(((((((.(((((.....)))))...((((((.((((((.(((((.....)))))..(((((....(((....)))..))))).........(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((.......((((((((((..(((.(((...))).)))..(((((.(.(((..(((((((....(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))...(((((((.((.(((((((((((((((((.....))))))))..(((..(((....((....((((..((((((....))))))))))...)).((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))).))))))))).)).)))))))))))))).......))).)..)))))....)).))))))))..))))))).))...)).)).))))..).).))))))))))))))))))).)).))))))......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((....((((((..(((((((...(((((((((..(((((...)))))..)))))))))(((.....(((((((.(((((........))))).(((....((((((((((((((........(((((((...((((((((........)))))))).((......))))))))).....(((....))))))).)))..)))))))....)))...((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((.((((((...))))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((((....))...)))))))))..))))))..(((((.....(((..((........))..))).....)))))....)))))))))))))))))))))))))..))))))).....)))..))).))))..(((.(((...))).)))..(((((((((.((((((...((...(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))))..))))))..((((((...(((((.(((((((......(((....)))((((((......))))))......))))))))))))))))))((((((((((((((((((....)))))..)))))))....((((((((((((((((.(((..(((((((...............))))).))))).)))))))))))).))))..(((((((.............)))))))..))))))..)))))).))))))))).....))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((............................................(((((((.(.(((((((..........))))))).........).)))))))......(((((...(((...........)))......)))))((((((..((((((..(((((((.(((((.....)))))...((((((..((((.....(.......)((((((((((.((..((....)))).))))))))..))(.((((((((((......)...))))))))).).))))...(((((....((((..((.....))....)))).....)))))....)))))))))))))))))))))))))....(((((...))))).....(((((..(((.(((...))).))).)))))................................((((..((....))..))))((((((((((.........(((((((.((.(((((((((((((((((.....))))))........(((((........))))).....................((.....((((((((((((((....)))))..))))))))).....))))))))))))).)).))))))).....................))))))))))...........................(((((.......)))))....)))))))))))).................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((.......)).)))...(((((........)))))((((((........)))((((.(...(((((((.((((.........((.((((..((.(.(((...))).))).)))).))(((((((.(.((((((((.(....).)))))))).........).))))))).....((((((..........................)))))).......((((((...((((((.((((.......))))...((((((........((((..(((..(((((((((((....(((....)))..))))))))..)))..((((((((...........)))))))).)).)...)))).......(((((..((........))......)))))........)))))))))))).))))))...)))).)))))))...).))))....(((((..(((.(((...))).))).)))))..)))....((((((((...((........))............((((((((.........))))))))...((((...((.((((((((((((((((.......)))))))....((((((..(..((........)).......)..))))))((((((...((((((((((((((....))))).).))))))))...))))))))))))))).))...)))))))))))).((....((((.((((((...........))))..))...)))).....))(((((.......)))))...((.....(((..........))).....))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((..........((.(((((((((..(((((...)))))..))))))))).)).....(((((((((((((........)...................((((...........(((((((.(.((((((((........)))))))).........).)))))))......(((((...((((.........))))......)))))((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((....(((...)))((((((((((.((..((....)))).))))))))..))(.(((((((((((....))...))))))))).)))))))..(((((....(((((.((.....))..).)))).....)))))....)))))))))))))))))))))))))....(((((...))))))))).(((((..(((.(((...))).))).)))))................................((((..((....))..))))((((((((((...(.....(((((((.((.(((((((((((((((((.....))))))....((..((((((......))))))..))..........((...))((((...((((((((((((((....)))))..)))))))))...))))))))))))))).)).)))))))..............)......)))))))))).(((.........))).....((....(((((.......)))))..)))))))))))))).....))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((............(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.......((((((((..((((..(((...)))...)))).....(((((((...((((((((........))))))))...........)))))))..........))).))))).(((((((......((((.....((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((..(((((...)))))((((((((....(((....)))..))))))))......(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..(((...)))....)))).....)))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((.......((((((((...(((...((((((((....(((((((((((.((((((........(((((((((.((((((............)))))).....)))))))))....))))))....(((((((((((((((((.....)))))))...(((..(((..........((((..((((((....))))))))))......((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))))))))))))).))).)))))))).((((...)))))))))))).))).......))))))))..)))))))............))))......)))))))))))))))))))....)))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.(((.(((....((((........))))))).))).((((((......)))))).((((((((((((.((((........)))).....((((((((((((((........(((((((((.((((((((........)))))))))).........))))))).....(((....))))).)))))..)))))))..........((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((.((((((...))))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((......(((((..(((.(((...))).))).)))))......((((((...((...(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))))..)))))).((.((((((((.((((((((.....))))))))....((.(((((......))))))).((((((....))))))(((((((...((((((((((((((....)))))..)))))))))...))))))))))))))).))....((((((..(((....((....))...)))..)))))).))))))...))))))).)).....(((((.......)))))....))))))))))))....)))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((........((((................................(((((((((.((((((..........))))))..)).........)))))))..............))))...............(((......((((((..((((((..(((((((.((((.......))))...((((((.(((((...((((.....)))).(((((((.((..........)).))))))).......(((((((((...........)))))))))...)))))..(((((....((((...((.....))...)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((..........(((((....(((..[[[[[[[[.))).((((((.....((((((<<<((...(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))))..))))))....(((((((((((((((((.....)))))).........((((........)))).............................((((((((((((((....)))))..))))))))).......)))))))))))......))))))>>>..........]]]]]]]]...........))))).....))))))).)).....{{{{{)))....}}}}}....)))))))))))).................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((............(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.((((........)))).....(((((((((((((.........(((((((((.((((((((........)))))))))).........))))))).....(((....))).).)))))..)))))))..........((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((.((((((...))))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((......(((((..(((.(((...))).))).)))))......((((((...((...(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))))..)))))).((.(((((((((((((((((.....))))))))......((((((......))))))...(((((....)))))..((((((...((((((((((((((....)))))..)))))))))...))))))))))))))).))....((((((..(((....((....))...)))..)))))).))))))...))))))).)).....(((((.......)))))....))))))))))))....)))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((............(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.............((((((....................((((((((((((...((((((((........))))))))...........))))).....((((((((...((((.....[[[[))))......)))))((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((..(((((...)))))((((((((....((((..))))..))))))))......(((((((((]]]].......)))))))))..))))))..(((((................................)))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((.......((((((((.........((((((((....((((((((....((((((........(((((((((.((((((............)))))).....)))))))))....))))))....(((((((((((((((((.....))))))....((((((((((......))))))...........(((((...)))))))))((((((((((((((....))))))..)))))))).......))))))))))).....))))))))............)))))))).(((...))).))))))))..))))))).....)))..)))))))...))))))...))))))))))))....)))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..[[[[[[.)))).......(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.......((((((((..((((..(((...)))...)))).....(((((((((.((((((((........)))))))))).........)))))))..........))).))))).(((((((......((((((.((((((((..((((((..(((((((.(((((.....)))))...((((((.((((((.(((((.....)))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((.......((((((((((.(((...((..((((....((((((((((..((((((...((...(((..((((.((((((..((....))..)))))).....))))..)))))..))))))....(((((((((((((((((.....))))))))..(((..(((....((....((((..((((((....))))))))))...)).((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))).)))))))))..))).)))))))..(((...))).))))..)).)))....)).))))))))..))))))).))...)).))).)))......)))))))))))))))))))....]]]]]].......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((............(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.((((........)))).....((((((((((((((........(((((((((.(((((((((.....).)))))))))).........))))))).....(((....)))))).))))..)))))))..........((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((.((((((...))))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((...........)))))))))..))))))(.(((((....((((...............)))).....))))))...))))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((......(((((..(((.(((...))).))).)))))......((((((........(((((((((.((((((.(((....)).))))))).....)))))))))....))))))....(((((((((((((((((.....))))))......(.((((((......))))))).((((((....))))))....(((...((((((((((((((....)))))..)))))))))...))).))))))))))).......((((((..(((...............)))..)))))).))))))...))))))).)).....((((((....).)))))....))))))))))))....)))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.((.(.(((...(((((((((..(((((...)))))..))))))))).))).)..((((((((((((.......((((((((..((((..(((...)))...)))).....(((((((((.((((((((.(....).)))))))))).........)))))))..........))).))))).(((((((.(.(..((((((.((((((((..((((((..(((((((.(((((.....)))))...((((((.(((((..(((((.....)))))(((((((....(((....)))..))))))).....(.(((((((((..(.....)..))))))))).).)))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((.......((((((((((..(((.(((...))).)))..(((((.(.(((..(((((((....(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))...(((((((.((.(((((((((((((((((.....))))))))..(((..(((....((....((((..((((((....))))))))))...)).((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))).))))))))).)).)))))))))))))).......))).)..)))))....)).))))))))..))))))).))...)).)).))))..).).))))))))))))))))))).)).)))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...)).(((.((((((((((((...(((((..((((((...(((((((..((((......))))..((((...((..))....))))....((((.(......(((..)))(........)..((((((..((((((..((((..))))(((......))).))).)))))))))....((((((((..(((((.......)))))...)..))))))).((.((((((((..((((((((((((((...)))))))..((((((..((....((((((...))))))(((((((.((.(((....)))))))))))).(((.(((((((((((.((......))))))))))).).).)))..((((((...(((((.............)))))...).)))))))..)))))))))))))))))))..))))(((((((((((((..(...).((((((.((((.(((...))).)))))))))).(..).((.(((((((((((((.....................(((((((((((..)))).)))))))))))))((((((.(((((((.((((.((((.(...)....((((((.(.(((((........)))))).)))))).))))))))((((((((((((((((((((((((((..)))))))..)))))))))))))))))))))))))).))))))...))))))).)))))))))))))))))))))))).)))...))))))))).))(((....(........)...)))..)))))))...............)))).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(.........(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.......((((((((..((((..(((...)))...)))).....(((((((...((((((((.(....).))))))))...........)))))))..........))).))))).(((((((.(.(..((((((.((((((((..((((((..(((((((.((((((...))))))...((((((.((((((.(((((.....)))))(((((((....(((....)))..))))))).....(.(((((((((...........))))))))).)))))))..(((((....(((((.((.....))..)).))).....)))))....))))))))))))))))))))))))).(((((((((.......((((((((((..(((.((.....)).)))............((((((...((...(((((((((.((((((..((....))..)))))).....)))))))))))..)))))).((.(((((((((((((((((.....))))))))..(((..(((....((....(((....................)))...)).((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))).))))))))).))......................................)).))))))))..))))))).))...)).)).))))..).).))))))))))))))))))).)..)))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(.........(((((((((..(((((...)))))..)))))))))........((((((((((((.........((((..(((....((((((((((((..........(((((((((.((((((((........)))))))))).........))))))).....(((....)))...)))))..)))))))....)))...((((((..((((((..(((((((.(((((.....)))))...((((((.((((((.(((((.....)))))(((((((....(((....)))..))))))).......(((((((((...........)))))))))..))))))..(((((....((((..((........)).)))).....)))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((((((((......(((((..(((.(((...))).))).))))).((((.((((((...((...(((..((((.((((((..((....))..)))))).....))))..)))))..))))))....(((((((((((((((((.....))))))))..(((..(((....((....((((..((((((....))))))))))...)).((((((((((((((....)))))..))))))))))))..))).))))))))).))))..((((((.((((...))))...((....))..)))))).))))))...))))))).))))...(((((.......)))))....)))))))))))).)..)))))).......