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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00731



RNA: CRW_00731
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((.......)))).(((((..((........((((((((((((((((.....))))).((((((..(((....(((((((((((..((...((((((((((.((((.((((((..(((..((.(((....)))))....((((((((...((...((((((((....))))))))))..))))))))....)))...))))))..((((((((...((((((((..(((.((..(((((((((((....((((((((.((((((((..........)))))))).(((((((.(((((((((.........)))))))))........)))))))....(((((.((..((((................)))).....)).(((....)))....)))))....))))))))..)))))....)))))))))))))))).)))..(((((((((((((((((.......))))..))))).))))))))...))))))))....))))))))))))))..(((((((........)))))))((((((((((..((((((((..........))))..)).))....))))))))))..))...)))))).)))))..((((((((((((.....))))..))))))))((((((..((....))..))))))...((((((....))))))...)))..))))))......)))))))))))......))..))))).)))))((((.......))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((.......))))..))))..........(((((.........(((((.((....)).)))))((((.((....)).))))......)))))...........((.((((((((((.......................((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....(((((((((((...(((((((......(.(((((((((.((..(((((.(((((((((((((((((.(((((((((.....)).)))))))..(((((((.(((((((((.........)))))))))........))))))).......................................................................(((((((.........))))))).....))))))).)).((((((((((((.((((.......))))...)))).))))))))...))))))))))))))).))))))))).)....)))))))......(((((((((((((((((....(((((.((....)).)))))....))).))))))))))))))...((((....))))..((((((((((((((.....)))))..)))))))))........)))))))))))......((((((....))))))....(........)............)))))))))).))............(((((.......))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....((((.......)))).(((((.(((.....((((((.((.((...(((((..........)))))((((..........)))))).)).)))))).....(((..((((.....))))..))).......((((..((....(((((((....(...(((((((......))))))))...)))))))......((((((((((....(((((((........(((((((((.((..(((((..(((((((.((.(((((.....))))).))...(((((((((.....)))).(((((((((.........)))))))))..(((((((.........)))..))))................)))))...................((((((...............(((((.........)))))...............(((((((((...............)))).))))).....)))))).....))))))).))))))).)))))))))......)))))))......((((((((((((((((....(.((((..........)))))....))..))))))))))))))...........(((...((((((((((((((.....))))..))))))))))...)))...))))))))))....(.((((((....)))))).).((((....))))..))...))))...........))).))))).))))(((((.......))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((.......))))..)))).........((((((.((.((...(((((.((..())).)))))((((.((....)).)))))).)).))))))(....((((.((.((((((((((....((((...............((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....(((((((((((.(.(((((((......(.(((((((((.((..(((((.(((((((((((((((((((((((((((.....)).))))))))((((((((.(((((((((.........)))))))))........)))))))....((((..............................................))))............)(((((((.........))))))).....))))))).)).(((((((((((((((((.......))))..))))).))))))))...))))))))))))))).))))))))).)....)))))))....).(((((((((((((((((....(((((.((....)).)))))....))).))))))))))))))...((((....))))..((((((((((((((.....)))))..)))))))))........)))))))))))......((((((....))))))...((((....)))).......)))))))))))))).)).))))...)...(((((.......))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.......)))).((((((.......(((((((((((((((.(((((..........)))))...(((((.(((((.(((.((((((((...))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))))).((((((((........((((((((....))))))))....)))))))).....))))))...((((((((..........[[[[[.........))))))))..]]]]].....((((.[[[[[[)))).......]]]]]]....(((((((.(((((((((.........)))))))))..[[[[..)))))))........]]]]..((((................)))).........((((.............[[[[[..(((((((.........)))))))..))))..]]]]]...(((((((((((((((((.......)))..)))))).))))))))....(((((((((...)))))))))((((.[[[[[[)))).......]]]]]].....(((((.....(((....))).......(((((....)))))..)))))(((((..((((....))))....((((((((((((.....)))))..)))))))..[[[[...........))))).....((((((....)))))).]]]].....((((.(((...))).)))).....(((((..[[[[)))))...........]]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))....((((.(((((.(((.((((((((...))))...)))))))))))).)))).))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))...((((((((.((.((.((.......)).)).)))))))))).((((.(((((.(((((.....))))).)).))).)))).....(((((((.(((((((((.........)))))))))........)))))))...((((...((...................)))))).....))).))))))).(((...((((((.((((((((((....(((((((((((.......(((((((.(((((((((.((.........)).)))).)))))..)).)))))........))))))))))).(((.((((.((((((..(((.((((.....(((((((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))))))...((((....)))).))))(((((((((((.....)))))..)))))).((((((..((....))..))))))...((((((....))))))..)))..)))))).)))).)))......(((......))).))))))..))))))))))..))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.......)))).(((((.(((.......((((((((((((..................................................................{{.............................((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....((((((((((....(((((((........(((((((((.((..(((((.((((((((.((aaaaaa...aaaa.aa.))..AA..AAAA....(((((((.(((((((((.........)))))))))..[[[[..)))))))........]]]]...........................................................(((((((.........))))))).....AAAAAA..(((..((<<<<...............))...))).....>>>>.......))))))))))))))).)))))))))......)))))))......(((((((((((((((((...((((((..........))))..)).))).)))))))))))))).................((((((((((((((.....)))))..))))))))).........))))))))))......((((((....))))))....................))))))))))))}}...))).)))))......((((.......))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))....((((.(((((.(((.((((((((...))))...)))))))))))).)))).))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))...(((((((.(((.((.((.......)).)).)))))))))).((((.(((((.(((((.....))))).)).))).)))).....(((((((.(((((((((.........)))))))))........)))))))....((............................))......))).))))))).(((...((((((.((((((((((....((((((((((...................(((((((((((((...(.......).....))))).))))))))......)))))))))).(((.((((.((((((..(((.((((.....(((((((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))))))...((((....)))).))))(((((((((((.....)))))..)))))).((((((..((....))..))))))...((((((....))))))..)))..)))))).)))).)))......(((......))).))))))..))))))))))..))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).(((((......((((((.......(((((((((((((((.(((((.(((..))).)))))...(((((........(((((....)))))..[[[[[[............)))))))))))).....)))))))).((((((((........((((((((....))))))))....)))))))).....))))))...(((((((((((.......))))...........)))))))............(((((.....)))))))))).(((((((((..(((((((.(((((((((.........)))))))))........)))))))...............)))).........)))))....................(((((.............((((((.........((((((((.......((((((((.((((((...............)))))).((((((..............(((((((((...)))))))))...(((((]]]]]]........((((((((((((..(((....)))..............((((((..))))))))))))))))))..........)))))....(((((((((((.....))))))..)))))(((((((............)))))))..((((((....))))))))))))..((((...))))..))))))))...)))))))).)))))))))))((((.......))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.........((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...(((((..((((.....((((((((...))))...))))...))))..)))))))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))....(((((...((((..((..(((........)))..))....((((.(((((.(((((.....))))).)).))).))))...((((((....(((((((((.........)))))))))..((((..(((.......)))..))))..)))))).......)))).))))).....))).))))))).......((((((.((((((((((...(((((....))))).(((((((((((.((.(((((((((((((((((.......))))..))))).))))))))...))........((..(((.((((.((((((..(((.(((((....((..(((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))..))...((((....)))))))))(((((((((((.....)))))..))))))(((((((..((....))..)))))))..((((((....))))))..)))..)))))).)))).)))..)).))))))).))))..))))))..)))))))))).)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).((((.((((((((((((.......(((((((((((((((((((((..........))))).).(((((.(((((.(((.((((((((...))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))))).((((((((........((((((((....))))))))....)))))))).....))))))...(((((((.(((...................)))))))))).((((.(((((.(((((.....))))).)).))).)))).....(((((((((((((((((.........)))))))))..{{{{).)))))))...((((.}}}}.....................)))).....))).))))))).(((...((((((.((((((((((....(((((((((((..........[[[[[[..(((((((((((((((((.......))))..))))).)))))))).....))))))))))).(((.((((.((((((..(((.((((.....(((((((((((((((((..(.(((((..........))))))...))).))))))))))))))...((((....)))).))))(((((((((((.....)))))..))))))(((((((.(((....)).)))))))).(((((((....)))))).))))..)))))).)))).)))]]]]]](((......))).))))))..))))))))))..))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(.((.((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...(((((.(((((.....((((((((...))))...))))...))))).)))))))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))....(((((...((((..((..(((........)))..))....((((.(((((.(((((.....))))).)).))).))))...((((((....(((((((((.........)))))))))..((((..(((.......)))..))))..)))))).......)))).))))).....))).))))))).)).)..((((((.((((((((((...(((((....))))).(((((((((((.((.(((((((((((((((((.......))))..))))).))))))))...))........(..((((.((((.((((((..(((((((......(((((((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))))))...((((....))))))))((((((((((((.....)))))..)))))))((((((..((....))..))))))...((((((....))))))..)))..)))))).)))).))))..).))))))).))))..))))))..)))))))))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).....((((...................(((.(((((((..)))))))))))).)))))))))......(((((((.(((((.(.((((..(((((((...))))).(((((......))).))))((((((((...(....(((((((((..)))))))))..).))))))))((..(((((((.........)))))))...))...((((((..((...((((((.((((((((((((((..((((((((.(.((..(((((((((((((..((((.(((((((.............)))))))......))))..))).).)).((((........))))....).))))..))..).))...))))))))..)))..(((((....(.((((((((.......)))))))).).(........)(((((((((.(............)))))).)))).....))))).).))))))))))))))))...))))))))..))))((((........).))).((((((((((((((..((((((..........))))..))..)..).)))))))(((((((.(...((..((((((((((((((((((((.....))))))..))))))))))))))..))).)).))))).)))))(((((....)))))....(((((..)))))....))))))))))))...(((((......)))))..((((.((..)))))).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.........((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...(((((.(((((.....((((..............))))...))))).)))))))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))....(((((...((((.............................(((.(((((.(((((.....))))).)).))).))).......(((((..(((((((((.........))))))))).........)))))............................)))).))))).....))).))))))).......((((((.((((.(((((...(((((....))))).((((.((((((....(((((((((((((.................))))).)))))))).............(..((((.((((.((((((..(((..(((.....((..(((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))..))...((((....)))).))).(((((((((((.....)))))..)))))).((((((..((....))..))))))...((((((....))))))..)))..)))))).)))).))))..).))))))..))))..)))))...)))))))))).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.........((((.((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...(((((..((((.....((((((((...))))...))))...))))..)))))))))))).....)))))))).((((((((...((...((((((((....))))))))))..)))))))).....))))))....(((((...((((...((..(((...((((((.........((((.(((((.(((((.....))))).)).))).))))......)))))).(((((((((.........)))))))))..((((..(((.......)))..))))....)))...))...)))).))))).....))).))))))).......((((((.((((((((((......(((((......)))))..((((((((.(((..(((.(((((..((((.(((.......)))))))...)))))..((((((((.....)))))))).)))..))).((((........((..(((((((((((((....(((((..........)))))....))).))))))))))..)).....(((.((.((((.((((((((((((((.....)))))..))))))(((((((..((....))..)))))))..((((((....))))))))))))).))))).))))...))))))))............))))))..)))))))))).)))))....