|
|
|
UCGGGUUGCUAACUCAACGGUAGAGUACUCGGCUUUUAAGUGCGGCUAGUCUCUUUUACACAUAUGGAUGAAGUGAGGGAUUCGUCCAUACUCUCGGUAAAGUUUGGAAGACCACGACUGAUCCUGAAAGGGAAUGAAUGGUAAAAAUAGCAUGUCGUAUCAACGGAAAGUUCUGAGAAUAUUUCAUUGUUCCUAGAUGGGUAUAAAACCGUGUUAGAAUUCUUGGAACGGAACAAAAUAAAGUUGGGUCGAAUGAAUAAAUGGAUAGGGCUGCGGCUUCAAUUAAAUUAUAGGGAAAGAAAGAAAAAGCAACGAGCUUUUGUUCUUAAUUUGAAUGAUUCCCGAUCUAAUUAGACGUUAAAAAUUUAUUAGUGCCUGAUGCGGGAAGGGUUUCUUGUCCCAUGAGUGGAUUCUCCAUUUUUUUAAUGAAUCCUAACUAUUACCAUUUUCUAUUACGGAGAUGUGUGUGUAGAAGAAACAGUAUAUUGAUAAAGAAAGUUUUUUCCGAAGUCAAAAGAGCGAUUAGGUUGAAAAAAUAAAGGAUUUCUAACCAUCUUAUUAUCCUAUAACACUAUAACAUAGACCAAUUAAACGAAACGAAAAAAAAAAGAGAUGAUAGAGAAUCCGUUGAGAAGUUUACCUGUAUCCAAGGUAUCUAUUCUUACUAAAAUACUUUGUUUUAACUGUAUCGCACUAUGUAUCAUUUGAUAACCCUCAAAAUCUUCCGUCUUUGGUUCAAAUCGAAUUUCAAAUGGAAGAAAUCCAAAGAUAUUUACAGCCAGAUAGAUCGCAACAACACAACUUCCUAUAUCCACUUAUCUUUCAGGAGUAUAUUUAUGCACUUGCUCAUGAUCAUGGUUUAAAUAGAAAUAGGUCGAUUUUGUUGGAAAAUCCAGGUUAUAACAAUAAAUUAAGUUUCCUAAUUGUGAAACGUUUAAUUACUCGAAUGUAUCAACAGAAUCAUUUUCUUAUUUCUACUAAUGAUUCUAACAAAAAUUCAUUUUUGGGGUGCAACAAGAGUUUGUAUUCUCAAAUGAUAUCAGAGGGAUUUGCGUUUAUUGUGGAAAUUCCGUUUUCUCUACGAUUAAUAUCUUCUUUAUCUUCUUUCGAAGGCAAAAAGAUUUUUAAAUCUUAUAAUUUACGAUCAAUUCAUUCAACAUUUCCUUUUUUAGAGGACAAUUUUUCACAUCUAAAUUAUGUAUUAGAUAUACUAAUACCCUACCCUGUUCAUCUGGAAAUCUUGGUUCAAACUCUUCGCUAUUGGGUAAAAGAUGCCUCUUCUUUACAUUUAUUACGAUUCUUUCUCCAUGAAUUUUGGAAUUUGAAUAGUCUUAUUACUUCAAAGAAGCCCGGUUACUCCUUUUCAAAAAAAAAUCAAAGAUUCUUCUUCUUCUUAUAUAAUUCUUAUGUAUAUGAAUGCGAAUCCACUUUCGUCUUUCUACGGAACCAAUCUUCUCAUUUACGAUCAACAUCUUUUGGAGCCCUUCUUGAACGAAUAUAUUUCUAUGGAAAAAUAGAACGUCUUGUAGAAGUCUUUGCUAAGGAUUUUCAGGUUACCCUAUGGUUAUUCAAGGAUCCUUUCAUGCAUUAUGUUAGGUAUCAAGGAAAAUCCAUUCUGGCUUCAAAAGGGACGUUUCUUUUGAUGAAUAAAUGGAAAUUUUACCUUGUCAAUUUUUGGCAAUGUCAUUGUUCUCUGUGCUUUCACACAGGAAGGAUCCAUAUAAACCAAUUAUCCAAUCAUUCCCGUGACUUUAUGGGCUAUCUUUCAAGUGUGCGACUAAAUCCUUCAAUGGUACGUAGUCAAAUGUUAGAAAAUUCAUUUCUAAUCAAUAAUGCAAUUAAGAAGUUCGAUACCCUUGUUCCAAUUAUUCCUUUGAUUGGAUCAUUAGCUAAAGCAAACUUUUGUACCGUAUUAGGGCAUCCCAUUAGUAAACCGGUUUGGUCCGAUUUAUCAGAUUCUGAUAUUAUUGACCGAUUUGGGCGUAUAUGCAGAAAUCUUUUUCAUUAUUAUAGCGGAUCUUCCAAAAAAAAGACUUUAUAUCGAAUAAAGUAUAUACUUCGACUUUCUUGUGCUAGAACUUUAGCUCGGAAACACAAAAGUACUGUACGCACUUUUUUGAAAAGAUCGGGCUCGGAAUUAUUGGAAGAAUUCUUAACGUCGGAAGAACAAGUUCUUUCUUUGACCUUCCCACGAGCUUCUUCUAGUUUGUGGGGAGUAUAUAGAAGUCGGAUUUGGUAUUUGGAUAUUUUUUGUAUCAAUGAUCUGGCGAAUUAUCAAUGAUUCAUUCUUAGAUUUUCUAAAUGGAAAUUUGUUUCUAAAUGAUGAAGAGAUAAAAAAAUUUCACUAUUCUGAAAUGUUGAUUGUAAUAGUAAUUAAGGGGUAAAUCAACUGAGUAUUCAACUUUUUAAAGUCUUUCUAAUUUCUAUAAGAAAGGAACUGAUGUAUACAUAGGGAAAGCCGUGUGCAAUGAAAAAUGCAAGCACGGCUUGGGGAGGGGUCUUUACUUGUUUAUUUAAUUUAAGAUUAACAUUUAUUUUAUUUAACAAGGAACUUAUCUACUCCAUCCGACUAGUUCCGGGUUCGAAUCCCGGGCAACCCACUAGCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............................................(((....((((((((((((...(((((..........)))))((.(((........))).))...(((((((((...(((...............)))...........)))))........................................................................................))))....((((((..((((.((((....))))...(((....................((((.......)))).((((.......))))..((((((..(((((................))))).........)))))).......................................)))))))...))))))......................))))))))))))...)))...(((((...................)))))....(((((.......((((...............................................................................................................................................))))......))))).((((((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((.......................................................)))).))))..............................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((.((((...(((..(((((((((((((((..(((((((...((((((((.....((((((((((........)))))))))).....((...(((((((....))).))))...)).))))))))....(((.((....)).)))))))))).....)))))..)))))...........((((((.(.((((((.......(((((((...(((((((.(((..(((.......)))..)))..((((((((((((...(((((.((((((..........(((((...((((((((((((.....)))))).........((((((((.....((((.(((((....((((((((((.....(((((..((..(((((.(((((((...........((((((..............))))))...((((((((((((((......))))))).))).))))))))))).........((((((((.((...((((.........((.(((((..((((((((.......(((((((((..((((((..............((((...))))..........((...))..........)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..))))).))..((((((((((((((((..(((((((..((.(((((((..........(((((........))))))))))))((((((.((((((((.....((((..........((((.................))))((((....))))..)))).....))).)))))))))))......))..)))))))..((.....)).)))))..((((........((((((.....).)))))........((((...((((((...(((((((((..............)))))))))..((((((....)))))).))))))....))))))))....)))))))))))....))))...))....((((((((............)))))))).......)))))))))))))..)).)))))...))))))))))......)))))...))))...))))))))....(((((.....)))))...))))))..((((((........)))))).........)))))..(((((((((..(((.((.(((..........(((.((.(((((.(((((.......)))))..))))).)))))........))).)).)))..))...)))))))...............)))))))))))..)))................((((((((((((((...........(((((((((((((((((((..((((..((((((......)))))).............(((((((((((.((((((.((((((.((((...(((.((((.((((((......)))))).(((((...((((..(((((((.((((....(((....))).(((((......((((((((((..((((..(((((((...(((((((((((((((......(((((((((....)))))))))......))))))..)))).)))))......)))))))))))...........(((......))).)))))))))).....)))))...)))).......((((((....)))))).....((((..(((((((.(((((((..(((((((((((.((((....((((((((.....))))))))...((((((.....(((((((.........((.((((((((......)))))))).))...((....)).))))))).....))))))(((...)))....(((((.(((......))).)))))..)))).)).)))))))))..))))))).)))))))...))))...............))))))).)))).......)))))..)))))))......((((((((((....(((((.(.(((((....))))).)))))).....))))).))))).............))))..))))))....(((..(((((((((.......((....))...)))))))))..))).(((((((((((((......)))))))))))))(((.((((.((((((((((((((..(((....))).))))))..)))))))).....................(((((((((.....)))))))))..)))).)))...)))))).......((((((......)))))))))))))))))...........))))...((....))))))))............(((((((.((....)).))))))).......)))))))))))))((((((((((((.(....).)))..)))))))))))))))))))))))....))))))))).))))))))))))))......)))))).).)))))).....)))))...)))...))))(((((.......)))))))))))).........) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....................)))))(((.........)))..((.(((((((((((((((..(...((((((......((((.(((........))).))))...))........((((....))))..(((((((((..(.(((...((((....))))...))).)............(((((((.....(((....................))).....)))))))......((((((..........(((((((.....((((......................(((((....(((((.....)))))..)))))...........((((((.....(((((..(((((.......)))))..))))).))))))(((........)))....))))....)))))))...........))))))..)))))))))....))))..)..))))))))))))))).)).((((......(((((.(((...(...((((((....).((((((.(((((..........((((((((..((((.((((......)))).........................................((((((((.(.........(((.((..(((((.......))))).)).)))........((((............)))).......).))))))))....(.((..(............)..)).)...............)))).))))))))...........))))).....)))))).........)))))....)...)))..))))).....))))...(.(((((((.....(((....((((....((((((((((..(((((((((((...........................(((((........))))).......(((......)))))))))))))...)..)))))))))).....))))...........)))......))))))))..((((((((.(.........((((...((((.(((......(..((.(((((......))))).))..)..))).))))...))))................((((((....))))))............................((((((...))))))..(((......((((((........)))))).....)))..((...((.(.....).)).......))).))))))))..((((.((((..((((((.(((((((..((((((........((((((((....(((.((.((((...(((((((.......((.((((...(((((.......((((((((((((........(((((..........(((((.........))))).......))))).......(((((..(((((.....(.((((.((((...........(((((((((((((((((.........(.((.(((((......)))).).)).)...)))))..........(((((((...(.((((.....((.((.((.(((....))).)).)).))....)))).)....))))))).....))))))))))))...((((((.((........)).))))))...............((((((....((((((..........((.(((((..((((((((((((...............................)))))...)))))))..))))).))..........))))))......)))))).((((((((.....))))))))....)))).......)))).).........((.((((((((......)))))))).))...((....))...........)))))..)))))..............((((.((((((.....((((((...)))))).....)))))).))))(((((((.......((((................))))..................(((((........)))))(((((....(((((.(.((((......)))).)))))).....))))).)))))))..))))))))))))..))))).........(.(((((((.(.....(((.(((((..((((.......))))..))))).))).).)))))))).)))).)).............((((((.(((((((.............)))))))...))))))...(((((..(...(((((..((((((((.......))))))))......)))))...)..))))).........)))))))......(((((((....................)))))))........................)))))).)))....))))))))...))))))..........((((((((((((........)))..)))))))))))))))).)))))).(((((.((..(((..((((.......))))..)))..)))))))........................((.(((((.......)))))))..)))).)))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.((((...((((.(((()))).))...............((.(((((((((((((((((((((.(....).)))))))))).((((.(((.(((((((....))).))))..((((....))))..(((((((((..........((((....))))...(((((((((((....(((.((((((....))).....))).))).....)))))))))))............(((((((......(((.(((((((...((((()))))(((.(((((((...........((((((((((.....))))))..))))))))))).)))((((((.....(((((.((((((.......)))))).))))).))))))(((........)))............))))))).))).......))))))).))))))))).....))).))))....))))))))))).))....................................((.(((((..((((((((...(((((((((((((..((((((.(................................................).)))))).)))).)))))(.(((((((..(((((.......))))).)..)))))))........))))))))))))..))))).))..(((((((((((......(.....((((((((....(((((.....)))))....))))))))...(....)....((...(((.........(((.................................((.(((......))).)))))..(((()))))))..)).((((((((((..(((((((((((...(((..(((..........(((((((((((........)))))..))))))))).).))...))))))))))).....)))))))))).............((((((....)))))))((((((((....).))))))).)))))))))))...((((((((.............)))))))......)....(((....(((((.(((.(((((....))))).))))))))(....))))...(((((((....................(((((.....)))))..............))))))).(((((((.....)))))))......................................................(....)((((((..........((.((((....((((.......))))....)))).))............))))))............................((((((((((((((...........((((((((((((((((.(((((......))))).........(..........)....(((((((((((((......((((((((((....((.......((((((......))))))))......))))((((.......))))....(((....))).(((((......(((((((((((((((((..(((((....(((((((((((((((....(.((((((((((())))))))))).)....))))))..)))).))))).......)))))))))).)).......((((......)))))))))))))).....)))))..............(((((......)))))...........(((((((((((...((......))....)))).....((((((((.....))))))))..............(((((((.......(.((.((((((((......)))))))).))...)........)))))))...((......))(...)...........((((.((((((.((..(((((((.)))))))...)))))))).)))).)))))))...((((....))))............((((((.((..(((((((((((((.....)))))))((.(((((....(((((.(.(((((....))))).)))))).....)))))..)).....))))))))..)))))))))))).((((..........))))...........((((....))))((((.....(((((((((((((......))))))))))))).....))))((((((((((((((.............)))))))..)))))))((((((....))))))........(.(((((....))))))((((((((.........))))))))......((((......))))))))))))))))).............................)))..(((....)))(((((((.((....)).))))))).......)))))))))))))((((((((((((.(....).)))..))))))))))))))))))))))).((((((.....((...................))....))))))..................))...))))(((((.......)))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...............(((((.[[[[....)))))....]]]].......(((.[[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]]].....(((..[[[[......)))..]]]]..((((....))))..............(((((((((((....))))...[[[[[[[[[[[......((((.(((....))).))))...)))))))..]]]]]]]]]]]............((((((((...........((((((((((..........................(((((...((((((.....)))))).)))))...((((((((((((((.....(((((.((((((.......)))))).))))).))))))(((.[[[....)))..]]].((((((..............)))))).......((((((((((......))))))).)))....((((((((......[[[[[.......))))))))....]]]]]....(((((..((((((((.......(((((((((..((((((.((((...))))..((((...))))...........................)))))).)))).)))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).((((....))))))))))))..))))).....(((((((((((.......((((.[[[[[[[[.)))).(((.....)))......]]]]]]]]..(((((...((((((.((((((((.....((((..........(((((((......))).....))))((((....))))..)))).....))).)))))))))))(((((......))))).)))))....................(((((.[[[[[.)))))..]]]]]........((((...((((((...(((((((((..............)))))))))..((((((....)))))).))))))....))))........))))))))))).....(((.........[[[[[[[[...)))......]]]]]]]]....(((........((((....)))).....((((((....)))))).........)))....))))))))....(((...[[[[[[)))............]]]]]]....(((((((.....)))))))....))))))))))..........((((....[[[[...))))..]]]]...........(((((((............((((....((((.......))))....))))(((......)))..)))))))............................((((((((((((((...........(((((((((((((((((((..((((..((((((......)))))).............(((((((((((((((((((((((((((((...(((..(((.((((....)))).)))...))).....)))))..........((((((((.....(((....)))........((((((..((((...))))..))).)))...)))))))).....)))))))))))((((..(((((((((((.....(((((.........(((((((...)))))))........(((.(((((......))))))))...)))))............((((((.(((((...........(((((...(((((((.((((((((((........((((((((((.......((((((((.....))))))))......))).....((((((((((.....))).((((((((......))))))))...............))))))))))))))....(((...))).)))))...((((.((((((.(((.((((((...))))))..))))))))).))))(((....))).((((....)))).(((((((((....((((........))))..))))....)))))..(((((((((....(((((...(((((....)))))..))))).....))))).)))))))))...)))))))......)))))))))).))))))...........)))))))))))...))))((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))....(((((((((((((((((((..(((....))).))))))..))))))))((((((....)))))).....(((((((((.....))))))))).))))).....)))))))).........((((......)))))))))))))))))(((...)))..))))...........))))))............(((((((..........))))))).......)))))))))))))((((((((((((........)))..))))))))))))))))))))))).((((((....(((..((((.......))))..)))...))))))...............))))))))....(((((.......)))))))))))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.......))))......((((((((((((.......(((((((((((((((((((((........)))))))....((((.(((.(((((((....))).))))..((((....))))..(((((((((..........((((....))))...(((((((((..........((((.(((((((........)))).))))))))))))))))............((((((((((..((((.(((((((..((((....)))).((((...((((.(((((((((....(((((.....))))).((((.......))))....(((..(((.(((((.((((((.......)))))).)))))..)))..))).))))).))))))))...)))).))))))).)))).)))..))))))).))))))))).....))).)))).)))))))))))))).(((((((.(((((...((((....))))....)))))....(((((..((((((((.......(((((((((..((((((....................................................)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..)))))((((((.(((((((((......))))).((((((((....(((((.....)))))....)))))))).....(((((((.........((..((...............))..)).........)))))))...(((((............))))).)))))))))).............((((((.(((.((((((.((((..(((((((.((..(((((.......))))).(((.((((((........)))))).)))..(((((((((..............)))))))))...........(((..((((((((.((((((((((((.......(((((((((((((((((.((((((.((((((((............)))))))).)))...........((((....)))))))...(((((....))))).((((((((.((.....))..........((((((...))))))..............))))))))(((((((.....)))))))...............(((((.....(((((.(((((((.((((((((.....(((((....((((..((((((((((((.(((....((((.......))))....)))(((((.(((.((((.(((((((((((((((((((((..((((.........((((....)))).(((.((((((.......)))))).))).(((((......))))).(((((((((.((........((.((((.((......(((...))).....)).)))).))......((((((......)))))).)).)))))))))..))))..))))).....(((....))).(((((......((((((((..((((((..(((((((...(((((((((((((((......(((((((((....)))))))))......))))))..)))).)))))......)))))))))).)))......(((((......))))).)))))))).....))))).................))))))....))))).))))).))))))).)))))...((......))..)))))).)))))).))))....)))))....))))))..))....))).)))).)).)))....)))))...)))))))))))...)))))).......)))))))))))).((......))))))))))..)))...((((.((((((.(((.((((((...))))))..))))))))).))))((......)).((((....)))).)).))))))))))).)))))).)))...(((((((.....))))))).......)))))).(((.(.(((((....))))).)))).........))))))).))))))).....))))).((((((((((((((((((((....(((((((((((((.((((....)))).(((.....(((((((((((((......))))))))))))).....))).((((((((((((((..(((....))).))))))..))))))))((((..(((.(((((.(((((..(((((((.....))))))).((((((.........))))))......((((((......))))))..((((((......)))))).))))).)))))..)))..)))).((((....))))((((((.((....)).))))))...))))))).....)))))).(((((((((((........)))..))))))))...((((((((.....((((((.(..(((..((((.......))))..)))..)))))))......)))).)))).))))).)))))))))))))))......)))))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.((((...(((..((((...............(((((.........((((...((((((((((........))))))))))...............................((((....)))).......)))).........)))))...........(((((((((((....(((.......................))).....)))))))))))........................................((((.((((((........................((((((.....)))))).........((((((((..((({{{{.{{{{{....{{{{{{{{{......{{{{{.....)))......................((((((..............))))))..........(((((((......)))))))..........................(((((........................(((((..((((((((.......(((((((((..((((((....................................................)))))).)))).)))))...(((((...(((((.......)))))....)))))..............))))))))..)))))......((((((((((............((((((((....(((((.....)))))....))))))))..................((((........((.....................................................)).........)))).....((((((((((..(((((((((((.......................((..(((((........)))))....)).............))))))))))).....)))))))))).................................(((.........)))....)))))))))).....((((((...............)))))).......................)))))...........}}}}}....}}}}}}}}}......}}}}}...}}}}...)))))))).........................................(((((((.....)))))))........................................................................................((.........))...((((..............)))).))))))))))......................((((((((((((((...........(((((((((((((.....((((......))))...(((....))).............(((((((((((((...(((........................(((((......)))))...........................................((((.......(((((((((....(((...((((.....(((((((((((((((......((((((((......))))))))......))))))..)))).)))))........)))).)))..........(((((......))))))))))))))......))))...............................................(((((..........<<<<<<.)))))....((((((((.....)))))))).................((...........((.((((((((......)))))))).))..............))...>>>>>>.......................((((.((((((.....((((((...)))))).....)))))).))))...................................((((((.((((......(((((((.....)))))))....(((.....((((....((((......))))...))))......)))..............))))..)))))).......(((((((((.....((((......((...(((......)))..[[..)).(((((((((((((......))))))))))))).....]]..((((((((((((((.............)))))))..)))))))))))...)))))))))..................................................................))).))))))))))))).............................................((((((..........))))))........)))))))))))))((((((((((((........)))..))))))))))))))))))))))).((((((....(((..(((.........)))..)))...))))))..........))))...)))...))))(((((.......)))))))))))).......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.......))))...........(((((((.......(((((((((((((((((((((........))))))))...((((.(((.(((((((....))).))))..((((....))))..(((((((((..........((((....))))...((((((((((..........((.((((((((........)))).))))))))))))))))............(((((((.(...((((.(((((((..((((....)))).((((...((((.((((((((((...(((((.....))))).((((.......))))..((((((.....(((((.(((((.........))))).))))).))))))...)))))).))))))))...)))).))))))).))))..)...))))))).))))))))).....))).))))..))))))))))))).(((((((.........((((........(((((........(((((..((((((((.......(((((((((..((((((..............((((...))))..........((...))..........)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..)))))...........(((((......))))).((((((((....(((((.....)))))....))))))))..........((((((.((((((((.....((((...........(((.................))).(((......)))..)))).....))).)))))))))))......((((...(((.((((((.((((..(((((((.......................(((.((((((........)))))).)))..(((((((((..............)))))))))...........(((..((((((((.((((((((((((.......(((((((((((((((((.(((((..((((((((((......(((((....(........)....((.(((((....))))).))..((((......))))..(((((((.((.....))..........((((((...))))))..............))))))).(((((((.....)))))))......(......................................).....((((.......)))).((((((((((((..((....((((.......))))....)).(((((.((.(((((.((((((((((((((((.((((..((((.........((((....)))).(((.((((((.......)))))).))).(((((......))))).(((((((((..........................................(......).......((((((......))))))....)))))))))..))))..))))......(((....))).(((((......((((((((...(((((..(((((((...(((((((((((((((......(((((((((....)))))))))......))))))..)))).)))))......)))))))))).)).......(((((......))))).)))))))).....))))).................))))))....))))).))))).))))))).)))))...((......))..)))))).)))))).))))).....))))))..)))).)))))..............................)))))))))))...)))))).......)))))))))))).((......))))))))))..)))...((((.((((((.(((.((((((...))))))..))))))))).))))((......)).((((....))))....))))))))))).)))))).)))..))))...(.....)...........)))))..))))..(.(((((....))))).)............))))))).))))))).........(.((((((((((((((((((((....(((((((((((((.((((....)))).(((.....(((((((((((((......))))))))))))).....))).((((((((((((((...((....))..))))))..))))))))((((..(((.(((((.((((....((((((.....))))))((((((((.........))))))))....((((((......))))))..((((((......))))))..)))).)))))..)))..))))..((......)).((((((.((....)).))))))...))))))).....)))))).(((((((((((........)))..))))))))...((((((((.....((((((.(..(((..((((.......))))..)))..)))))))......)))).)))).))))).)))))))))))))))..)...)))))))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.......))))...(((.(((((((((((.......(((((((((((((((((((((.(.....)))))))))...((((.(((((((((((....))).)))).(((((....)))).)(((((((((..........((((....))))...((((((((((..........((.((((((((.(.....))))).))))))))))))))))............((((((((((..((((.(((((((..((((....)))).(((((((bbbb.bbbbbbbbbb..((((((.....))))))bbbb....)))BBBB..(((((((.....((((.((((((.......)))))).))))).))))))...BBBBBB.BBBBBBBB...)))).))))))).)))).)))..))))))).)))))))))....)))).))))..))))))))))))).(((((((.((((....(((<<<...)))ccccc))))....((((((.((((((((...(((.(((((((((..((((((.(((.....)))..((((...))))...........................)))))).))))).))))(.((((((.(.((((((....).)))))...)))))))).........)))))))))))).)))))....(((....(((((......))))).((((((((....(((((.....)))))....)))))))).....(((..dddddd.dddddddd.....dddd..........dddd(((......))).))).DDDD((((....))))..DDDD.....DDD.DDDDDDDDDDD......((((..((((.((((((.((((..(((((((.(((.(((((.......)))))((((.((((((........)))))).))).)(((((((((..............)))))))))...........(((..((((((((.((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((..........(((...................(.(((.(((((....))))).))))(((((....))))).((((((((...................(((((((...)))))).)............))))))))(((((((.....)))))))..(((((.........eeee.....eeeee.eeeeeee.......)))))(((((.......)))))((((((((((((.(((....((((.......))))....)))(((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((..((((.........((((....)))).(((.((((((.......)))))).))).(((((......))))).(((((((((..............((((.(((....)))......{{{{.{{{.)))).}}}.....((((((......))))))....)))))))))..))))..))))).....(((....))).(((((((....((((((((..((((((..(((((((...(((((((((((((((.(}}}}(((((((((....))))))))).....)))))))..)))).)))))......)))))))))).)))....(.(((((......))))))))))))))..)).))))).................))))))....))))).))))).))))))).))))).(.((......))).)))))).))))))[[[[[)))....]]]]]..)))))))))))..EEE.EEEE.EE.EEE....EEEE....)))))))))))...)))))).......))))))))))))...........))))))))..)))...((((.((((((.(((.((((((...))))))..))))))))).))))(((....))).((((....))))))).))))))))))).)))))).)))).))))((((.....))))...)))..CCCCC>>>.((.((.(((((....))))).)))).........))))))).))))))).....))))((((((((((((((((((((((....((((((((((((((((((....)))))(((.(((.(((((((((((((......)))))))))))))).)).))).((((((((((((((..(((....))).))))))..))))))))((((..(((.(((((.(((((...((((((.....))))))((((((((.aaaa....))))))))....((((((.AAAA.)))))).((((((((....))))))))))))).)))))..)))..))))..(((....)))(((((((..........)))))))..))))))).....))))))((((((((((((.(.....))))..)))))))))..((((((((..((.((((((.(..(((..((((.(....)))))..)))..)))))))).)...)))).)))).))))).))))))))))))))).))))))))))))).......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((.......))))...(((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((........)))))))....((((.(((((((((((....))).))))..((((....))))..(((((((((.....(((.(((.((((........((((..(((..........((((..(.((((........)))).)..)))))))..)))).((.(((.......)))..)).............)))).))))))((.((((.(((((.....(((((((((...((((((.....)))))).))))).....((((..((((((.....(((((.((((((.......)))))).))))).))))))..))))....))))..((((((.....)))))).))))))))).))......)))))))))....)))).)))).)))))))))))))).(((((((.......((((((((......((((((.......(((((..((((((((.......(((((((((..((((((..............((((...))))..........((...))..........)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..)))))...((((((.((((((((..........((((((((....(((((.....)))))....))))))))..........((((((.((((((((.....((((..........((((.................))))((((....))))..)))).....))).))))))))))).....(((((..((((.((((((.((((..(((((((.(((.......((.((((((..(((((((((((........))))))......(((((((((..............)))))))))........)))))..)))))).)).....(((........))).(((((((((((((((......(((((.((((((((....(((((((....((((...(((((.(((..((((....))))..)))))))).....))))...........((.....))...................)))))))...))))))))..)))))...(((((((.....)))))))....))).....(((((((((((..((..((((((.((..(((.((((......(((((..((((..((((((((((((........((((.......))))..((((((((((.(((.((((.((((((((((((((((................((((((((..(.((....................((((.((((..(((((......)))))..(((....))).........)))).))))........((((((((((((((((.((.((..(((.((((....)))).)))...))))....)))))..........((((((((.((..(((....)))...))...((((((..((((...))))..))).)))...)))))))).....))))))))))).)).)..)).))))))((((.(.((((......((.((((((.....)))))).)).(((.(((.(((((......)))))))).)))................)))).).))))..))))))....))))).))))).))))))).))))).....))))).....)))))).)))))).)))).................((((((.....(((((((.........((.((((((((......)))))))).))...((....)).))))))).....)))))).))))))))).)))..))..))))))..))))))).))))))))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))......))).))))))))))).)))))).)))).)))))..))))))))...))))))))))))))))))))..(((((....)))))..(....)......))))))).))))))).....))))).((((((((((((((((((((.((((.((((.(((((((....((((((((((((.((..(((((((((((((......)))))))))))))..)).)))))..))))))).......(((((.....))))).....))))))).........(((((.((((((.((((..(((........(((((((((.........)))))))))...((((((......))))))...........))).)))).)))))).)))))..)))).))))............(((((((.((....)).)))))))..((.(((....))).))..((((((((((((.(....).)))..)))))))))..((((((((.....((((((....(((..((((.......))))..)))...))))))......)))).)))).))))).)))))))))))))))...))).))))))).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.......))))...(((.....(((((((.......((((((((((((.((((((((........))))))))...((((.((((.((((((....))).)))...((((....))))..(((((((((.........................((((..(((((......................................)))))..)))).............(((((............(((((............................((((((((....((((((.....)))))).................((((((......((((.(..(((.......)))..).))))..)))))).....)))).)))).............))))).............)))))..)))))))))....)))).))))...)))))))))))).(((((((.......((((((((......((((((.......(((((..((((((((.......(((((((((..((((((..............((((...))))..........(.....)..........)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..)))))....(((((.((((((((..........((((((((....(((((.....)))))....))))))))..........((((((.((((((((.....((((..........((((.................))))((((....))))..)))).....))).))))))))))).....(((((...(((.((((((.((((..(((((((..(.........................((((..........)))).......(((((((((..............)))))))))..............................................(((((((((.(((........((..((((((((...............((.....(((((.(((..((((....))))..)))))))).......)).................................................))))))))...)).....(((((((.....)))))))....)))......(((((.......((..(((((......(((.(((.......(((((....(...((((((((((((........((((.......))))....((.(((((.((.(((((.((((((((((((((((.............................................................(((((......)))))...((....))........................................................((((((......))))))...........................................((........((((((((.....(((..(((((((...(((((((((((((((......(((((((((....)))))))))......))))))..)))).)))))......))))))))))..........(((((......))))).)))))))).......))..................))))))....))))).))))).))))))).)))))......)).......)))))).))))))..).....................((((.....((((((...........(.((((((((......)))))))).)....((....))..)))))).....))))...))))).))).))).......)))))..))......)))))..))))))))).....................................)..))))))))))).)))))).)))..)))))..))))))))...))))).))))))))))))))..(((((....)))))..(....)......))))))).)))))))...........(((..(((((((((((((((..............(....)...................(((((((((((((......)))))))))))))...........(((((.((((((.............))))))...)))))...........................................((((((((.........)))))))).........................................................................................................................((((((((((((.(....).)))..)))))))))...............((((....................................))))................))))).))))))))))..)))...))))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((.......))))...(((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((........)))))))....((((.(((((((((((....))).))))..((((....))))..(((((((((.....(((.(((.((((..((((....)))).......((((((...(((((............((((...((....))....))))............)))))...))))))......)))).))))))((.((((.(((((.....((((((((((..((((((.....)))))).................((((((.....(((((.(..(((.......)))..).))))).))))))...)))))).))))..((((((.....)))))).))))))))).))......)))))))))....)))).)))).)))))))))))))).(((((((.......((((((((......((((((.......(((((..((((((((.......(((((((((..((((((......((((...........))))..........((...))..........)))))).))))).))))..((((((...(((((.......)))))....)))))).............))))))))..)))))...((((((.((((((((..........((((((((.....((((.....)))).....))))))))..........((((((.((((((((.....((((..........((((.................))))((((....))))..)))).....))).))))))))))).....(((((..((((.((((((.((((..(((((((.(((.......((..(((((..(((((((((((........))))))......(((((((((..............)))))))))........)))))..)))))..))....(((((....)))))..(((((((((((((((......(((((.((((((((...(((.........((((...(((((.(((..((((....))))..)))))))).....)))).........)))..................(((((.....)))))....))))))))..)))))...(((((((.....)))))))....))).....(((((((((((..((..((((((.((..(((.((((......(((((..((((..((((((((((((........((((.......))))..((((((((((....(((((.((((((((((((((((....................((((....))))........((((((.....(((.((((..(((((......)))))..(((....))).........)))).))).............((((..(((((..((((((....((((((((....(((..((((((((....((((((........((((((((.((..(((....)))...))...((((((..((((...))))..))).)))...)))))))).....)))))).....))))))))..))).........))))))))...((.(((((((...))))))).))..)))))).(((((......)))))))))).))))........))))))............))))))....))))).))))).)))))...))))).....))))).....)))))).)))))).)))).................((((((.....(((((((.........((.((((((((......)))))))).))...((....)).))))))).....)))))).))))))))).)))..))..))))))..))))))).))))))))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))......))).))))))))))).)))))).)))).)))))..))))))))...))))))))))))))))))))(.(((((....))))).)............))))))).))))))).....))))).(((..(((((((((((((((....(((((((((((((.((((....))))((((((...(((((((((((((......)))))))))))))..(((((((((..((.....((((((((.......((.((((.((((..........)))).)))).))....(((((((((.....)))))))))..)))))))).(((((((........((((((......))))))(((((((....................)))))))...........))))))).......))..)))))))))..)))))).))))))).....))))))((((((((((((........)))..)))))))))..((((((((.....((((((....(((..((((.......))))..)))...))))))......)))).)))).))))).))))))))))..)))...))).))))))).......... |