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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00733



RNA: CRW_00733
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..........(((((((((((((..((((..(((((...(((......))).(((((.((.(((((((((.((((........(((((.....)))))..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.(((((......).)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...))).)))).)))))))))))))).............(((.((.((((((..(((.......)))..)))))).)).))).........))))))))).)).)))))..)))))))))...........((((.(.((((.((.((((....((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))..))))))..((((((((.......)))))..))).....((((((((.((((((....(((....)))...)))))).))))))))..)))).)))))).)))))))))...)))))))))....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((..((((..(((((...(((....)))...(((((.((..((((((((..(((.(((.(((((((.......))))..))))))))).((((.((...........)).))))((((....((...((((..(((((((((((...(((((.((((.........)))))))))..)))).......((((..(((((.......((((..((((.(((((((........)))))....)).))))....)))).......))))).....))))...)))))))..(((..((((((((((.((((..................))))))))))))))...)))((((((..(((.......)))..)))))).))))...)).)))).))))))))..)).)))))..)))))))))....((...)))))).....(((((....((((.((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))..))))))((((((((((.......)))))..)))))...((((((((.((((((.................)))))).)))))))).....)))).....))))).......))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((...(((..(((((...(((....)))...(((((.((.(((((((((((((((........((.........))........................................................(((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..))))............((((......................((((..........)))).................)))).......))))).........)))))).((((....((((((((((.((((..................))))))))))))))....))))...((((.((((...........)))).))))...........))))))))).)).)))))..))))))))............)))).......(((((.........(((((((((....))))))))))))))....(((((((((....)))))))))...((((.((((((((((.......))))..))))))))))(((((((.((((((....((......))...)))))).)))))))..............(((.......)))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((((..((((........))))....(((........)))((((.((.((((..(((.((((...............((((((.....(((((....)))))........((....((((..(((........)))...)))).....))..)))))))))).))).....(((((((..............(((......))).((((((((..((...(((((..(((((........))))).....(((....................))).....................)))))((((((((((....((((.....))))..........)))))))))).........(((..(((.....))))))...))...)))))))).....))))))))))).)).))))...(((((...............)))))...(..((((((.........((((((((....))))))))))))))...)..(((((((....))))))).....((((.((((((.(((.......)))...)))))))))).((((((.((((((..((........))...)))))).)))))).(((.....))).(((((.......))))))))))))...).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((.(((((..(((((.(.(((....))).).(((((.((.((((((((((((((((((.(((((((.......))))..))))).................((.........))(((........)))(((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..))))..........((((((.((((.....(((....)))..(((((........)))))............)))).)))))).....))))))..)))..)))))))(((((.((.((((((((((.((((..................)))))))))))))).).)))))).(((((.((((.(.......).)))).)))))..........))))))))).)).)))))..))))))))).........).)))).......(((((.........(((((((((....)))))))))))))).((((((((((((....)))))))))...((((.((((((((((.......))))..))))))))))(((((((.((((((....(((....)))...)))))).)))))))..(.....))))..(((.......)))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((.[[[[[[.))))....(((......))).]]]]]]..........(((((........................(((.[[[[)))...]]]].....)))))...(((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..)))))))))..((((((((((.(((((((.....))).......))))))))))))))....(((.((((.[[[[.)))).)))...(((....))).]]]]...................(((((...[[[[[)))))..........]]]]]...((((....))))...(((.....[[[[[[[))).......]]]]]]].(((((((((....)))))))))...(((((.(((((((((.......)))..)))))))))))(((((((.((((((....(((....)))...)))))).))))))).....(((.....[[[[)))....]]]].............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((.((((......)))).(((......))).(((((.((.(((((((((.((.......)).(((((.....))))).((((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..)))).....(((..((((((.(((.(((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))...))).))))))..)))))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...))).)))).)))))))))))...((........)).(((.((.((((((..(((.......)))..)))))).)).))).........))))))))).)).)))))..(((((...............)))))......(((((((.........(((((((....))))))))))))))....(((((((((....)))))))))...(((((.(((((((((.......)))))..))))))))).((((((.((((((.(((........)))..)))))).)))))).(((((((...))).))))..))))...))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((([[........[[)).................(((((.((.(((((((((.(((((.....................................................(((((..((........))...))))).....((((...(((((.((((.........)))))))))..)))).......................................(((......{{..)))}}.........................................)))))..((((....((((((((((.((((..................))))))))))))))....))))...((((.((((...........)))).))))...........))))))))).)).)))))..(((]].................)))......((((((.........((((((((....))))))))))))))....(((((((((....)))))))))...((((.((((((((((.......))))..))))))))))(((((((.((((((.................)))))).)))))))..............(((...]]..)))))))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((.((((......)))).(((......))).(((((.((.(((((((((.............((((.......)))).((((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..)))).((....)).((((((.(((.(((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))...))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...)))).))))).)))))))))....................((.((((((..(((.......)))..)))))).)).............))))))))).)).)))))..(((((...............)))))......((((((.........((((((((....))))))))))))))....(((((((((....)))))))))...(((((.(((((((((.......))))..)))))))))).((((((.((((((...(........)....)))))).)))))).(((((((...))).))))..))))...))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((........)))).(((((...........(((((....((((((((((((((((..........(((((.....(((((((((((((((((((.....((((....((((((((.........)))..)))))......(((((...))))).........)))).........[[[[[....))))))))).....))))))))))((((((.......))))))((((...))))..((((.........))))..........))))).....)))))))...((((..((((((((((...........................))))))))))....(((((((..)))))))..........)))).................)))))))))....)))))..(((((...............)))))......(((((((.........(((((((....))))))))))))))....((((((((((..))))))))))...(((((.(((((((((.......)))))..)))))))))(((((((.((((((.................)))))).)))))))((((....]]]]].)))).)))))...))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((....[[[[[[[[[)))((.((((..(((((...(((......))).(((((.((.(((((((((.((((........(((((.....)))))..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...))))).))))))).))))))))).............(((.((.((((((..(((.......)))..)))))).)).))).........))))))))).)).)))))..)))))))))....)).....((((...((((.((.((((....((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))..))))))((((((((((.......)))))..)))))...((((((((.((((((....(((....)))...)))))).))))))))..)))).))))))..)))).......]]]]]]]]].....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((((((((((......)))))(((......))).(((((....(((((((((.............((((.......))))(.(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((((.((((...(((((.((((.........)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).))))))..)).))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...)))).))))).)))))))))................(((....(((((((.(((.......)))).))))))....))).........)))))))))....)))))..(((((...............)))))......((((((.........((((((((....))))))))))))))....(((((((((....)))))))))...(((((.(((((((((.......))))..))))))))))(((((((.((((((.(((........)))..)))))).)))))))(((((((...))).))))..))))...))))))))).))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((..((((..(((((...(((......))).(((((.((.(((((((((.((((........(((((.....)))))..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.(((((......).)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...))).)))).)))))))))))))).............(((.((.((((((..(((.......)))..)))))).)).))).........))))))))).)).)))))..)))))))))...........((((.(.((((.((.((((....((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))..))))))((((((((((.......)))))..)))))...((((((((.((((((....(((....)))...)))))).))))))))..)))).)))))).)))))))))...))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((..)))(((((((((........))))..((((((..(((.(..(((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((...)))))..))))))))))..)..(((((..((.((......)).))...((.(((((((((((((((((.(((....(((((.((((........).))))))))...))).(.(((......))))(((..))).(((((((((.......)))))))..))(....((.(((((......).)))).)).)))))))))..)))).)..((((.((((((((.(((((...((....))....)))))))).((.((........)).))..))))))))).).)))))....)))))((.(.((......))).))..)))))))))))))))))))))))....(((...))))).).))).((..)).(((((((.(.(.((((..........)))).)).)))))))..(.((((((((((..))))))))))...((((.((((((.(((((...)))))...)))))))))).((((((..((((((...............))))))..))))))..((...))((((((((((...)..))))).))))))))).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((..((((..(((((................(((((.((.(((((((((..............................(((((((.(((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.(((((......).)))))))))..))))..........((((((.(((((((..(((....)))..)))((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...)))).)))))..))))))).....................((.((((((..((.........))..)))))).)).............))))))))).)).)))))..)))))))))...........)))).......(((((..........((((((((....)))))))).)))))....(((((((((....))))))))).....((..((((.((((.......))))...)))).))..(((((((.((((((.................)))))).)))))))...........................))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((..((((..(((((...(((......))).(((((.((.(((((((((.((((........(((((.....)))))..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((....((((...((((((((((...((((...(((((.((((.........)))))))))..))))..........((((((.((((.....(((....))).....((((((((((...))))..))))))..)))).)))))).....))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...))).)))).)))))))))))))).................((.((((((..(((.......)))..)))))).)).............))))))))).)).)))))..)))))))))...........((((...((((.((.((((....((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))..))))))((((((((((.......)))))..)))))...((((((((.((((((....(((....)))...)))))).))))))))..)))).))))))..))))))))...))))))))).....