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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00734



RNA: CRW_00734
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((.((((....(((((((.....(((((.((.((......)))))))))...((((....)))).................)))))))...))))..))).....((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).)))))))(((((.((((((((........(((((((.((((...((((..(((.....)))..))))......))))....(((((((((((..((((((((((...........(((((((...........(((..((((((..(((((((((....))))).........((((((((((........(((....................((((((((((........((........))..(.((.....))).........))))))))))(((((..((.((.((((((((...........((((((((((((((....((((((.........))))))......((((.(((.((((((((.((((((((.((....))))))))))..(((((..(((((((...........)).))))).))))).....))))))))))).))))....))).))))))....))))))))))))).))..))....)))))...........)))........)))))))))).......))))..))).)))..)))............)))))))..........))))))))))..))))))))))).....(((((((((((((((...........((((((((....(((((((((..(((((((..................)))))))..))))....))))).......))))))))...(((((...((....))...)))))...)))))))).))))))).)))))))........((((((((((((((......)))))..)))))))))...)))))...))).))))).....................)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((.((((....(((((((.....(((((.((...........)))))))..(((((...........))))).........)))))))...))))((((((((.......((((.(((..((((.((((((((((......)))))))))).......))))...)))(((((....((((...((((.......))))...))))...))))).)))).......))))))))..(((((((((((((((((.((((......((((((.((((.......((.....(((((((.(((.((((((....))))))..((((.(((((............))))).(((((...........)))))...((((.....................))))))))...))).......((((((..(((.(((((.((((.........))))))).)).)))...........((((..((((((.........))))))(((((.....(((.((((((.((..(((((((.........)))))))...)))))))).))).(((((...((......)).(((((..(((((.(((...((((((((((((((.......(((((((((.........))))).))))..(((((....((((....))))....((((((((((.................)))))))))).........))))).((((....)))).....))))))))))))))...))).(((((....)))))....(((((((......................))))))))))))...))))).....))))).))))).))))....))))))...))))))).....))........))))..)))))).......)))).......))))))..))))))))))))))..((((((((((((((......)))))..)))))))))))))))).(((((.............)))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((((((((((..............))))))))))).....((((...........))))................(((((((((((.......((((.((....)).))))..((((((((((......))))))))))....((((((.......................................)))))).................................(((...........................................))).........((((((((((....))))))...............................((((...........))))((((((((.............................................))))))))....(....................)..................))))..............))))))))))).........(((.((((((....((((((((.((....))))))))))....)))))).)))........................(((((((.((..(((..........)))..)).)))))))(((((.........))))).................(((....))).......((((((((.................)))))))).................((((....))))...........(((((((.........((((....))))....(((((.........))))).......................))))))).............................................(((.......)))..............................(((((((((((........((..((((((((((((((......))))..))))))))))...))......)).)))))))))...................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((...(..(((((((((((..............)))))))))))..)......))).)))))..((((((((((..........(((((((((((((..((((((.(((....(((.(((..((((((((((......))))))))))...............(((((..........))))).....))).)))...(((....)))...............))).))))))(((((.(((((((((..................(((.....(((.........))).....))).((((((....)))))).......(((((............)))))....................((((((((((.(....).................((.....))..........))))))))))..............))))))))).((.(((............))).))..)))))..))..))))))))))).....(((.(((.(((((.....((((((((.........)))))))).....))))).))).(((((.((((.......((((.((........)).........))))................(((((.........))))).....................)))).....((((...(((((............)))))....))))........(((((.(((...........))).)))))...(((((((........(((........)))...(((((.........))))).......................)))))))......)))))((((...(((((((........)))))......((((.......))))(..((..((((((....(((.((.......))..)))(((((........)))))))))))..))...)..))...)))))))))))))))))...(((((.............)))))...........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))..........(((((((((((...(......)...)))))))))))....(((((...........)))))...............(((((((((((((...((((((.((....)).))))..((((((((((......))))))))))................((((((....((((....(((.......)))....))))...))))))..................))...(((((.........................................)))))....(..(((((((((((....)))))).......((((..............))))..((((...........))))(((((((((...........................................)))))))))...(((.((((.........))))))).................)))))..)......))..))))))))))).........(((.((((((.((.((((((((.((....))))))))))..)))))))).)))((...........)).........(((((((.((..(((..((()))..)))..)).)))))))(((((.........))))).((((.....))))..((((....))))....((((((((((.................))))))))))...............((((....))))........(..(((((((..(((...(((((....)))))...(((((.........)))))...................))).)))))))..).................(((............)))......(((((.....))))).............................(((((((((((.((...((((..((((((((((((((......))))..))))))))))...)).)))).)).)))))))))...................
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...((((((((((....(((((((.....(((((.((.((......)))))))))..(((((...........))))).........)))))))...))))...)))))).((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).))))))).((.....((((((....((((....((((......))))...))))...))))))....)).......((((((((((.(((...((((((((((...((((((((((((((((...........(((..((((((..((((.((((....)))).....(((.((((......))))......(((((((((((.............(((......)))....................(((...)))((((..((.((.(((((((((..........)))))...)))).))))..))))......(((..((((..((((........)))).))))..))).))....)))))))))..((((((((.........))))))))..((((((.(((((((...........)).)))))....((((((.((..(((..........)))..)).)))))).(((((.........))))).......))))))......))).((((.((......)).))))........))))..))).)))..)))............)))))))..........)))))))))...))))).))))).....(((((((((((((((...........((((((((....(((((((((..(((((((..................)))))))..))))....))))).......)))))))).......(((((((((...))).)))))).)))))))).))))))).))).)))))))))).((((((((((((((......)))))..)))))))))(((((...(((((.............))))).))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((((....{{{{{.{{........)).}}}}}}}...((((...........))))...........)))).(((((((((((.......((((<<<.......))))..((((((((((......)))))))))).................(((((....((((.....................))))...)))))............>>>........................................................................((((((....))))))..............................(((((...........)))))..........................................................................................................................)))))))))))..........((.((((((....((((((((.........))))))))....)))))).)).................................................................(((((.........)))))......................(((((.......((((((((.................)))))))).........(((((((.........................((((((.......................................[[[[[[......................))))))...........................................]]]]]].............................................))))))).....))))).((((((((((((((......))))..))))))))))........(((((.............)))))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...((((((((((....(((((((.....(((((.((.((......)))))))))...((((...........))))..........)))))))...))))...)))))).((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).))))))).........(((((....((((....(((........)))...))))...)))))............((((((.(((((((((((..(((((((((............(((((((...........(((..((((((..(((((((((....)))))..........((...................(((((...........)))))..(.((..........................(((...)))............)).)..(((((((...........................((((((((((((.((....(((((.........))))))).....(((....(.((((((((.((((((((.........)))))))).......(.(((((((...........)).))))).).........)))))))))....)))......).))))))....)))))...................)))))))..((((....)))).............))........))))..)))).))..)))............)))))))...........)))))))))..))))))))))).(((((....)))))..((((((.........))))).)............(..((......))..)..........))))))....(((((........))))).......((((.....))))((((((.....)).)))).............((((((..((........((..((((((((((((((......))))..))))))))))...))......))...))))))....................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((.((((....(((((((.....(((((.((.((......)))))))))...((((....)))).................)))))))...))))..))).....((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).)))))))(((((.(((.((((........(((((((.((((...((((..(((.....)))..))))......))))....(((((((((((..((((((((((...........(((((((...........(((..((((((..(((((((((....))))).........((((((((((........(((....................((((((((((........((........))....((.....))..........))))))))))(((((.((..((.(((((((...........(((((((((((((((....((((((.........))))))......((((.(((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).((((.((.(((((((...........))).)))).)).....)))))))))))))).))))....))).))))))....))))))))))))).))..))....)))))...........)))........)))))))))).......))))..)))).))..)))............)))))))..........))))))))))..))))))))))).....(((((((((((((((...........((((((((....(((((((((..(((((((..................)))))))..))))....))))).......))))))))...(((((...((....))...)))))...))))))))))))).)).)))))))........((((((((((((((......)))))..))))))))))))).)))[[[[[..)))))......]]]]]...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((((((((....(((((((.((.((((((.((.((......)))))))))..(((((...........))))).....))).)))))))...))))...)))))).((((..........))))..((((((((((......))))))))))))))))))........((((((....((((....((((......))))...))))...))))))..............(((((((((((((((..((((((((((...........((((((((..(((.....(((..((((((..(((((((((....))))).........(((..bbb.)))..........(((((...........))))).(((((((........................(((...)))......<<<.)))))))((((((((.........((((((...........((((((((((.........(((((...........)))))......((((......(((((((.((((((((.((....))))))))))....(.((.(((((((...........)).))))).))).......))))))).....))))..........))))....))))))))))))............)))))))).((((....)))).....>>>BBB............))))..)))).))..)))....)))...).)))))))..........))))))))))..))))))))))).(((((....)))))aaa.((((.........))))aaa.....aaaa...(((([[[[[...)))).........))))]]]]]..((((.....AAAA.))))...AAA............(((((((((...))).))))))...AAA....((((((((...............((((((((((((((......))))..)))))))))){{{{{...{{{{{..))))))))...}}}}}.}}}}}.....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((..(((((.(.....(((((((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))........(((((((((((..........(((.(.((((((.....((((.((....)).))))..((((((((((......))))))))))....((((..(....)..))))........(((((((.((((...((((..(((.....)))..))))......))))....(((((((((((..((((((((((...........(((((((...........(((..((((((..(((((((((....))))).........((((((((((........(((....................((((((((((........((........))..(.((.....))).........))))))))))(((((.((..((.((((((((...........((((((((((((((....((((((.........))))))......((((.(((.((((((((.((((((((.((....))))))))))..(((((..(((((((...........)).))))).))))).....))))))))))).))))....))).))))))....))))))))))))).))..))....)))))...........)))........)))))))))).......))))..))).)))..)))............)))))))..........))))))))))..))))))))))).....(((((((((((((((...........((((((((....(((((((((..(((((((..................)))))))..))))....))))).......))))))))...(((((...((....))...)))))...)))))))).))))))).)))))))....)))))).).))).(((((......))))).....)))))))))))...(((((.............)))))...........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))(((...(((((((((((.(((((((((.((.(........))))))))(((((((.(.......).)))))))...))))))))))).((((.((((.((((..((((..(......)))))((((...))))((..))...(((((((((..(..((((((((...))).)).)))..)((((..))))(((..((((..((((...))))..))))))).)))))))))....))))))))))))))))(((((.((((((((((((.((((((........))..(((((((..(((..((((((((.....((.(........).)).(((.(((....((.(((((.(((........))((((((((...(..(.......)..)..((..))(((...)))((((....)))))))))))).((((..))))((((.....(((((((.((((((((.(((....)))...((((.............)))).(.(..(..)))..((((((.((.((((((((.(((..)))))))))))..))))))))((((((((.......))))).))).((((((((((.((.(..((((..)))).....))).)))))))))))))).)))((((((((((..(((((..(.............)..).)))).(((((((.((.(((....))).))))))))).....((((((((((.((.((......))))))))))))))..))))))))))...)).)))).))((((((...(((((((((..)))).))).))....)))))).))))))))))).)...).)))))((........)).)))))))))))..))))))))..(((((...))))))))..)))))....((((((..)))))).))))))).)..))))........(((((((((.(((((((..)))))))...)))))))))((((...((((((...........)))))).)))).)))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.........((((....(((((((.....(((((.((...........)))))))...(((.............)))..........)))))))...))))..........((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).)))))).(((((.((..............(((((((..(((...((((..(((.....)))..))))......))).....(((((((((((..(((((((((............(((((((...........(((..((((((..(((((((((....))))).........(((((((((.................................(((((((((......................(.(((...)))).........)))))))))((((((.....((.(((((((............((((((((((((((....((((((.........))))))......((((.(((.((((((((.((((((((.((....)))))))))).......(.(((((((...........))).)))).).........))))))))))).))))....))).))))))....))))).))))))).))........))))))....(((....)))........))))))))).......))))..)))).))..)))............)))))))...........)))))))))..))))))))))).....(((..((((((((((...........((((((((.........((((..(((((((...((.....))......)))))))..))))................))))))))....((((...(......)...))))....))))))))))...))).)))))))........(((((((((((((........)))..))))))))))............)).)))))......................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((.((((....(((((((.....(((((.((.((......)))))))))..(((((...........))))).........)))))))...))))..))).....((((.((....)).))))..((((((((((......)))))))))).)))))))(((((.((((((((........(((((((.((((...((((..(((.....)))..))))......))))....(((((((((((..((((((((((...........(((((((...........(((..((((((..(((((((((....))))).....((((((....((((.........(((((((((((.......((((((((((((((........((........))....((.....))..........))))))))))..((((.(((.........)))))))...)))).......(((..((((..((((........)))).))))..))).))....)))))))))..((((((((.((....))))))))))..((((((.(((((((...........)).)))))...(((((((.((..(((((....)))))....)).)))))))(((((.........))))).......))))))...((((....))))..))))...))))))........))))..))).)))..)))............)))))))..........))))))))))..))))))))))).....(((((((((((((((...........((((((((....(((((((((..(((((((..................)))))))..))))....))))).......))))))))...(((((...((....))...)))))...))))))))))))).)).)))))))........((((((((((((((......)))))..)))))))))...)))))...))).)))))......................