|
|
|
UAUCAAUAUCUCUACGUGUGAUUCGGUGAGACCUAAAAUUUCUCCAAAUUCUUUUCUUUCUAGAAACAAAGGUAAAAAGAUUUGAUUGAAUAUAUAUAUUUUCAUUUUUAUUCAGCAUUUGGGUUGAUGAACUAAACCAGAUAGUUAUAUGAGUGAAAGAAAACGGCUUCUAAAUUUGCAGUAAAAAGGUUGAGUCUCAUUUCCUAUGUACAAGAAUCAAAUGGUGAAAAAAGUAAACAUAAGCAAUAGAGAUUGUUUACCCCAAGAUUGGUGAAUUGUCAUGAUAGCUUGAAGCGGGUUCAAAAGAUCAACUGUAUGGAGUUUUUACUGUCUAUUACCAUAGAUGGAUUUCCACAACGGGAGGUUGAAAGCAAAAAUGAGUGGAUGGUUAGGAAGACCAAGAUACACAAAGGAUUAGUAAUUGAGAUUAUGUAAGUUAUCCAAGAGGAUAUUUCUGUACAUAAAAGGAAUUCGAAUUGGGGCUUUACGUUCGUAGAAAUGAUCAAGAAGUACUCCCCAUGAUUCUGAUCCAGAGUAUGUUCCUAUCCACUGAGUAAGUAAAUAACUAUCAAGAACGAAGUAAUCUUUUACUUUGGUUAAAGGCCCUUUUUCUGAGAAAGGAGAAUAGGAAUGAAAUAAAAUAGAAAUAGAAAGAAAAGAAUCUAAUUGCAAAAGCAAAAAGGGGGGAUGUCUUUUUUUUUCUUACUUUUUUCUUUUUUUGUUUUUAUUCUUUCUUUCCUAUAAUUCCAUUUUGAUUUCUAGUUCGAGAGAGAAAUUUUUUGUCAUGAUUCAUGAACUAAUGGACUCUCUAAUUUUUUUCGUAAUUGAGAAUUCGAGGUUGAAAUGUAUAUGUGAUAUUGCUAUAAAGCGCAUUUUAUUUAAUGAUAAGGUUAUUAAUCAACAAAGAAAAAUGAAAAUUCUUAAAAGAUGAGAUCAAUUCAGAAGCCCGUAUUUAUUAGUUUUAAAUAUAGCAGACAGAAUUCCAUUGGUCUAAUUUGGGACCUUAGGAUAGAUUUUUACUCUAUCUGACAAACAUAUCAAGAUAAAGAAUAGGAAAGGGUCCUUAGAUUUAUUUGUGACCUCUGAGGAGCCGUAUGAGAUGAAAAUCUCACGUACGGUUCUGUAAUAGCGAUGGGCACAGUGAUGUUAUCAUCGACUAUGAUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................((((.(................................................................................................................((((((((((((((..........................................)))))((((..................))))................................((((((((....((((....)))).....))))....))))................................................................................(((((..((...((....))...((((.....(((((((........................................................(((((((((((...(((......)))....))).......))))..)))))))))))...))))...))...)))))..........)))))))))...).))))....(((((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).......(((((....((..(((((((.......))))))).)).....))))).....(((........................................................................................))).....(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.((.....((((.........))))..((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))..........(.(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((...((.....))..))))))..))))).)))))))))))...)).)))).))))))))).)........))))))))......((((((((....)))))))).......))((((((.....)))))).))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).))).)) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....(((.....(((((.(((((((...(((((.(((((..(((((((((((((((....((((..........))))........(((....((((((((((((((.......(((((....((((......(((((((((...............((((((((.....((((((.......((((((((......((((..((((..((((..(((........(((((((..............))))))).)))....))))...))))....))))........)))))))).......))))))(((((......((((((((....))))))))..))))).....))))))))...((.......(((((((((...((....))...((((.....(((((((...(((((.(((((((((..((((....))))....)).)))))))......)))))..(((((((((....((((....))))....))))....))))).....)))))))...))))....)))))))))......))..)))))))))......(((((((....)))))))))))...)))))....(((......)))))))))))))))))....)))....)))))))))))))))((..((((....))))..)).))))).)).))).....)))))))....((((((...(((((((((.(((((((..((((....((((((((((((.......((((((....((....(((((...)))))...))....)))))).....((((((....))))))...))))))))))))..))))((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....))))))...)))))....))).((((((..(((((((((........)))...((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))........(((...........)))....))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).)))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((.......))..))))...................((.........................)).........................................(................)........................................................................................................((......(((.(((((((........))))))).)))......)).......................................((((((((....))))))))................................(((((((....((((.........(((.....(((((((.........(((((((((.(((((....)))))...)).)))))))..........((.(((((...(((.(((((....))))......))))..)))))...)))))))))...)))...)))))))))))........................((((((((....)))))))).......((((((................(((((((.((((....((((((((.(.(((((((........((((....))))...................))))))).)..............))))))))..)))).)))))))......(((((((((((...((...((((............((.......))...........))))....................))...)))))))))))..............(((....)))....................................................................(((....((..(((((((.......))))))).)).....))).......(((((......)))))...(((((((.......)))))))............................)))))).........................(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((((..((.......))..))))......))......(.(((((((((((((((....(((((....(((((((...((((.......(((((.....(.(((((((.....................(((.(((((...(((((...........(((((.................)))))....)))))..(((.....((((......(((((.......(((((((..............))))))).(((....)))...))...))).....))))....)))............))))).)))........((((((((....))))))))...(((((........((.....))........)))))(((.((((((....(...........((((............((((((....(((((....))))).......))))))..((((((.....(((((...(((.(((..............))))))..))))).)))))).))))......).)))))).)))))))))))..)))))....)))).........)))))))..))))).........(((((.......)))))..........................))))))))))))))).)......((((((((((((((((((....................))))))))))))))))))......((((((((((......((((((((.(........((((((.....((...(((((...)))))...))....))))))....((((((....((((.((((....((((((......(((((..............)))))....)))))).....)))).....))))....))))))...................(((((......(((..(..((((((.......)))))).........)..)))....)))))..............(((((((.......))))))).......).)))))))).....)))))))))).((((((((.............))))))))((((((.(((((....)))))...))))))......((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((.......))..)))).............((((.(((((((((((..))).....))..))))))))))..((((((....)))..))).............(((((.((.........)))))))((((((..................................((((((((((((.((............................................((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).))))...............))))))))........))))))((((((((....))))))))((((((......))))))..............((((((((....((((.......((((.(...(((((((..((.....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).....))...((((((((...(((.(((((....))......))))))..)))))..)))))))))).).)))).))))))))))))...........)))))).......((((((((....))))))))....((((((((((.(((......((((.(((((((.((((...(((((((((((.((((((((((.((..((((....))))..))(((......))))))))))))).)).............))))))))).)))).)))))))..))))(((((((((((.(((((.((((((..........(((((...))))).........))))))..................))))).)))))))))))((............(((....)))))....(((......))).................((((.........))))..............(((((.(..((..(((((((.......))))))).))...).)))).....)(((((......)))))...(((((((.......)))))))........................))))))))))).)).....................(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...............)))).................((((..[[[[[..))))..]]]]]......(((((..((((((.......(((((((((......(((((((((.(((......))).)))))).)))....)))))))))......(((((....(((((.(((...(((.(((...)))...)))...))).....(((.....))).....)))))...((((......(((.(((((((........))))))).)))......)))))))))..)))))).)))))...........(((((((((((((((....))))))))...[[[[[..........)))))))........]]]]](((((.....)))))...........................((((((((((.((((....)))))))....)))))))..(((((((....(((((...(((.(((........[[[[[.))))))..)))))......]]]]]...........................(((..[[[[)))......((((((((....))))))))]]]].(((.[[[[[[)))..]]]]]]...(((((((.((((...((((((((((((((((.(((((.....((((....)))).(((((((((.......)))))))))...))))).)))))))))))))))).)))).))))))).....(((((..(((((.(((((.(((((((((...))).(((((...))))).........))))))........(((....)))))))).)))))..)))))...........((((((((((((.........((((((((...))))))))..............((((...(((((.....)))))....)))).................))))....))))))))...)))))))...(((((..[[[[)))))...(((((((.......)))))))..]]]]....((((((((((....((((.....))))....))))))).))).......(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((...((((..(((...(((((((...(((((.(((((...(((........)))..))))))))))..((((..........)))).(((((((((((((((((..((......))..)))))).))....)))))))))......(((((((...(((......))).((((((.(((((((.(.((((((((...(((..(((((((....((((((.............(((.(((((((........))))))).))).((((...(((((.....)))))...))))(((......))).)))))).....))))))).))).(((((((......))))))).............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((((((....((((....))))....))))....))))).)))))))))))...)).)))).))))))))).(((.........)))........((((((((....)))))))).........(((((((...)))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......(((....))).((((((((....))))))))........)))))))))))..)))))))))).)))).)))))))..(((.(((((((.(((((((((((((((((.........(((((...))))).....((((...)))).))))))))).)))).)))).))))))).))).)))))))).)....((((....)))).((((((((....))))))))............(((((.........)))))....))))))))))))).))))))).(((((((.......)))))))............(((...(((((......)))))...))).)))))))...)))..))))...)))).((((((((((....((((.....))))....))))))).))).......(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).))))..... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................(((.......................)))...........................................(((.........)))..((((((((..........................................................................................((...[[......[[[))((((((........))))))..]]]......]].......................................((((((((....)))))))).............<<<<<..............(((((((((...aa....))............(((((((.........(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((.((.{{..((........)).....))}}...))))).....)))))))..........AA.)))))))...........)))))))).....((((((((....))))))))......((............(((((..(((((((((((((...............................((((....)))).......................................)))))))))))))...))))).........((((((((((((........(((((..........(((((...))))).........))))).........................)))))))))))).............((......))...............................................................................(((((((.......)))))))..................((((........))))...(((((((.......)))))))..................................))...............>>>>>...(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....((((...(.......)...)))).............((((.((((((((............))...))))))))))...(((..........)))..(((((((((((((((((..((......))..)))))).))....)))))))))......(((((((....((......))..((((((.(((((((...((((((((.............((.....(......(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))..(.((.(((....(((((......((((((.....((((((((....)))))))).(((((......)))))...............(((((((((...((....))...(.((.....(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((((((....((........))....))))....))))).)))))))))))...))...)..)))))))))......(.......).........((((((((....)))))))).........((((((.....))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......(((....)))..(((((((....))))))).........))))))))..))))))))))))).)))).))))))).))))))...))))).........................(((((...)))))......))).)).)...).....))............((......))..))))))))......((((....))))........(....)((...)).............(((...........))).....))))))))))))).))))))).(((((((.......)))))))............(((...(((((......)))))...))).(((.......)))(((.(..........)..)))................((...(........)..)).......(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.......(((((....(((.......(((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((...(((.(((.((....)).....))))))..))))).)))))))))))...)).)))).)))))))))..........))))))))).....((((((((....)))))))))))...)))))...((((.....))))))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).)))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((....bbb........))))...((((......(((((.(((((((((........))))...)))))))))).....................(((((((((((((((((.(((......))).)))))).))....)))))))))......(((((((...((((...).))).((((((.((((((((..((((((((............(((((((((((((..(((((......(((.(((((((........))))))).)))......)))))....{{{{{{{..{{{{{{{....{{{{{{{{))).((((((((....))))))))((((((......))))))..............(((((((((..............((((.....(((((((.(((((...(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............((((((((.....((((....)))).....)))....)))))))))))))))))...))))....))))))))).....(((.....)))........((((((((....)))))))).........(((((((...)))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((......((((....))))((((((((....))))))))........)))))))))..)))))))))))).)))).)))))))}}}}}}}}.}}}}}}}.((((.........(((...))).(((((...))))))))).}}}}}}}....))))))))))................[[[[...))))))))......((((....))))...(((((.<<<<<)))))..>>>>>..]]]].(((((.........)))))...)))))))))))))).))))))).(((((((...ccc.)))))))CCC...aaaa........(((((......))))).....aaaaa))))...AAAAA.......BBB.......................((((..(((......))).))))AAAA.(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).))))))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.......(((((....(((.......(((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))..........(.(((((((((...((....))...((((.(...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((...(((.(((.((....)).....))))))..))))).))))))))))).).))))....))))))))).)........))))))))).....((((((((....)))))))))))...)))))...((((.....))))))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).)))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...((((.(((((((((((((((((.(...).))))))))))).((((((((..)))))))).(((((((((.(.(((((..((((....))))((((..(((.(((((((((((.((..((..))..(((......)))..((......))((((..((((........................))))...))))((.((..)))))).))))))))))).)))(((((((..............))))))).((((..))))))))..((((........))))......((..)).))))))...((..)))))))))))((((......))))..((..)))))).)))))).))))((((........)))).((((.......)))).....((((((((((.((((((....))))))((((.(((((((.((((..))))((..))..((.((((((((.....((((((((((..))))(((.(((((((.((..))....(..)...((((..(((.(.............))))..)))).((((((((((((...(((((((((....)))))))))((((((((((((((......)))))((((.(((((((((.((............((((.(((((((........(((((((((((((((((((..................))))))))))))))))))))))))))))))....)).)).))))))).))))....(((..)))((((..))))((((((.(((..)))..)))).(..(((.((((........)))))))..)..)))))).(((((((..(..............)..)))))))..))))))))))..)))))))((((((.(((((...(...).))))).))))))))))))).)))..)))))).((((((.......))))))........)))))))).))(((((((..))))))))).))))).(..)..(((((.((((((..((.((((..))))))..)))))).))))).)))).)))).))))))....(..((((((((((.((((......))))...))))))))))..(((((((((((((......))))..))))).)))).)... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..((((..(((((...(((.((((....((((.(((.((((((((((....))))(((.(((.....(((((..(((...........((((((((..(((..(((((((((..............)))))).))))))..))))))))......((..........))........)))..))))).....))).)))..))))))....))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))...)))))..))))..)).......((((((((....))))))))............(((((((.............(((((((((...((....))...((((.....(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((..............))))))..))))).)))))))))))...))))....)))))))))....((((((((............((((((((....))))))))....((((((((.((((((....................................................((((....))))......................................................................((((((((.....((...........(...((((((.........((((((........(((((((..((((((..(((((((.((...(((((.................((......))..........((((((.....)))))).)))))...))..........)))))))...))))))..)))).))).............))))))...........))))))..(((...(((((......)))))...)))....)..............))......))))))))......)))))))))).))))..))))))))..)))))))..(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((..(((((...((((.(((....((((.(((.((((((.(((....))).(((.(((.((..(((((..((............((((((((..(((..(((((((((.(((......))).)))))).))))))..))))))))...((.((..........)).))......))..)))))..)).))).)))..))))))....))).))))..........(((((.((...(((..((((((........))))))..)))...)).)))))....)))))))...)))))..)))).((((......(..(((((....)))))..)..))))......(((((((.............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((...((.....))..))))))..))))).)))))))))))...)).)))).)))))))))...(((((((((............((((((((....))))))))....((((.((((((((((....((((((..(((((((((((((((.(((((.((.((((((((((.....((((....))))..((((......)))))))))))))).))..)))))..))))).))))))))))..))))))........((((((((.....(((..((((((((((((((((((.((......((((((((((.((.(((((((..((((((..((((((((((...(((((.........((((...(((........)))..)))).(((((((...))))))).)))))...)).........))))))))...))))))..)))).))))).))))......)))))).........))))))))).(((...(((((......)))))...)))..))))))).))))....)))......))))))))......)))))))))).))))..))))))))).)))))))..(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).))))..... |