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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00735



RNA: CRW_00735
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .....................((((.(................................................................................................................((((((((((((((..........................................)))))((((..................))))................................((((((((....((((....)))).....))))....))))................................................................................(((((..((...((....))...((((.....(((((((........................................................(((((((((((...(((......)))....))).......))))..)))))))))))...))))...))...)))))..........)))))))))...).))))....(((((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).......(((((....((..(((((((.......))))))).)).....))))).....(((........................................................................................))).....(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.((.....((((.........))))..((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))..........(.(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((...((.....))..))))))..))))).)))))))))))...)).)))).))))))))).)........))))))))......((((((((....)))))))).......))((((((.....)))))).))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).))).))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....(((.....(((((.(((((((...(((((.(((((..(((((((((((((((....((((..........))))........(((....((((((((((((((.......(((((....((((......(((((((((...............((((((((.....((((((.......((((((((......((((..((((..((((..(((........(((((((..............))))))).)))....))))...))))....))))........)))))))).......))))))(((((......((((((((....))))))))..))))).....))))))))...((.......(((((((((...((....))...((((.....(((((((...(((((.(((((((((..((((....))))....)).)))))))......)))))..(((((((((....((((....))))....))))....))))).....)))))))...))))....)))))))))......))..)))))))))......(((((((....)))))))))))...)))))....(((......)))))))))))))))))....)))....)))))))))))))))((..((((....))))..)).))))).)).))).....)))))))....((((((...(((((((((.(((((((..((((....((((((((((((.......((((((....((....(((((...)))))...))....)))))).....((((((....))))))...))))))))))))..))))((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....))))))...)))))....))).((((((..(((((((((........)))...((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))........(((...........)))....))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((..((.......))..))))...................((.........................)).........................................(................)........................................................................................................((......(((.(((((((........))))))).)))......)).......................................((((((((....))))))))................................(((((((....((((.........(((.....(((((((.........(((((((((.(((((....)))))...)).)))))))..........((.(((((...(((.(((((....))))......))))..)))))...)))))))))...)))...)))))))))))........................((((((((....)))))))).......((((((................(((((((.((((....((((((((.(.(((((((........((((....))))...................))))))).)..............))))))))..)))).)))))))......(((((((((((...((...((((............((.......))...........))))....................))...)))))))))))..............(((....)))....................................................................(((....((..(((((((.......))))))).)).....))).......(((((......)))))...(((((((.......)))))))............................)))))).........................(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....((((..((.......))..))))......))......(.(((((((((((((((....(((((....(((((((...((((.......(((((.....(.(((((((.....................(((.(((((...(((((...........(((((.................)))))....)))))..(((.....((((......(((((.......(((((((..............))))))).(((....)))...))...))).....))))....)))............))))).)))........((((((((....))))))))...(((((........((.....))........)))))(((.((((((....(...........((((............((((((....(((((....))))).......))))))..((((((.....(((((...(((.(((..............))))))..))))).)))))).))))......).)))))).)))))))))))..)))))....)))).........)))))))..))))).........(((((.......)))))..........................))))))))))))))).)......((((((((((((((((((....................))))))))))))))))))......((((((((((......((((((((.(........((((((.....((...(((((...)))))...))....))))))....((((((....((((.((((....((((((......(((((..............)))))....)))))).....)))).....))))....))))))...................(((((......(((..(..((((((.......)))))).........)..)))....)))))..............(((((((.......))))))).......).)))))))).....)))))))))).((((((((.............))))))))((((((.(((((....)))))...))))))......((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((..((.......))..)))).............((((.(((((((((((..))).....))..))))))))))..((((((....)))..))).............(((((.((.........)))))))((((((..................................((((((((((((.((............................................((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).))))...............))))))))........))))))((((((((....))))))))((((((......))))))..............((((((((....((((.......((((.(...(((((((..((.....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).....))...((((((((...(((.(((((....))......))))))..)))))..)))))))))).).)))).))))))))))))...........)))))).......((((((((....))))))))....((((((((((.(((......((((.(((((((.((((...(((((((((((.((((((((((.((..((((....))))..))(((......))))))))))))).)).............))))))))).)))).)))))))..))))(((((((((((.(((((.((((((..........(((((...))))).........))))))..................))))).)))))))))))((............(((....)))))....(((......))).................((((.........))))..............(((((.(..((..(((((((.......))))))).))...).)))).....)(((((......)))))...(((((((.......)))))))........................))))))))))).)).....................(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((...............)))).................((((..[[[[[..))))..]]]]]......(((((..((((((.......(((((((((......(((((((((.(((......))).)))))).)))....)))))))))......(((((....(((((.(((...(((.(((...)))...)))...))).....(((.....))).....)))))...((((......(((.(((((((........))))))).)))......)))))))))..)))))).)))))...........(((((((((((((((....))))))))...[[[[[..........)))))))........]]]]](((((.....)))))...........................((((((((((.((((....)))))))....)))))))..(((((((....(((((...(((.(((........[[[[[.))))))..)))))......]]]]]...........................(((..[[[[)))......((((((((....))))))))]]]].(((.[[[[[[)))..]]]]]]...(((((((.((((...((((((((((((((((.(((((.....((((....)))).(((((((((.......)))))))))...))))).)))))))))))))))).)))).))))))).....(((((..(((((.(((((.(((((((((...))).(((((...))))).........))))))........(((....)))))))).)))))..)))))...........((((((((((((.........((((((((...))))))))..............((((...(((((.....)))))....)))).................))))....))))))))...)))))))...(((((..[[[[)))))...(((((((.......)))))))..]]]]....((((((((((....((((.....))))....))))))).))).......(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((...((((..(((...(((((((...(((((.(((((...(((........)))..))))))))))..((((..........)))).(((((((((((((((((..((......))..)))))).))....)))))))))......(((((((...(((......))).((((((.(((((((.(.((((((((...(((..(((((((....((((((.............(((.(((((((........))))))).))).((((...(((((.....)))))...))))(((......))).)))))).....))))))).))).(((((((......))))))).............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((((((....((((....))))....))))....))))).)))))))))))...)).)))).))))))))).(((.........)))........((((((((....)))))))).........(((((((...)))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......(((....))).((((((((....))))))))........)))))))))))..)))))))))).)))).)))))))..(((.(((((((.(((((((((((((((((.........(((((...))))).....((((...)))).))))))))).)))).)))).))))))).))).)))))))).)....((((....)))).((((((((....))))))))............(((((.........)))))....))))))))))))).))))))).(((((((.......)))))))............(((...(((((......)))))...))).)))))))...)))..))))...)))).((((((((((....((((.....))))....))))))).))).......(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).)))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................(((.......................)))...........................................(((.........)))..((((((((..........................................................................................((...[[......[[[))((((((........))))))..]]]......]].......................................((((((((....)))))))).............<<<<<..............(((((((((...aa....))............(((((((.........(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((.((.{{..((........)).....))}}...))))).....)))))))..........AA.)))))))...........)))))))).....((((((((....))))))))......((............(((((..(((((((((((((...............................((((....)))).......................................)))))))))))))...))))).........((((((((((((........(((((..........(((((...))))).........))))).........................)))))))))))).............((......))...............................................................................(((((((.......)))))))..................((((........))))...(((((((.......)))))))..................................))...............>>>>>...(((((((((((((((....)))))..))))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((....((((...(.......)...)))).............((((.((((((((............))...))))))))))...(((..........)))..(((((((((((((((((..((......))..)))))).))....)))))))))......(((((((....((......))..((((((.(((((((...((((((((.............((.....(......(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))..(.((.(((....(((((......((((((.....((((((((....)))))))).(((((......)))))...............(((((((((...((....))...(.((.....(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((((((....((........))....))))....))))).)))))))))))...))...)..)))))))))......(.......).........((((((((....)))))))).........((((((.....))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......(((....)))..(((((((....))))))).........))))))))..))))))))))))).)))).))))))).))))))...))))).........................(((((...)))))......))).)).)...).....))............((......))..))))))))......((((....))))........(....)((...)).............(((...........))).....))))))))))))).))))))).(((((((.......)))))))............(((...(((((......)))))...))).(((.......)))(((.(..........)..)))................((...(........)..)).......(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.......(((((....(((.......(((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((...(((.(((.((....)).....))))))..))))).)))))))))))...)).)))).)))))))))..........))))))))).....((((((((....)))))))))))...)))))...((((.....))))))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....((((....bbb........))))...((((......(((((.(((((((((........))))...)))))))))).....................(((((((((((((((((.(((......))).)))))).))....)))))))))......(((((((...((((...).))).((((((.((((((((..((((((((............(((((((((((((..(((((......(((.(((((((........))))))).)))......)))))....{{{{{{{..{{{{{{{....{{{{{{{{))).((((((((....))))))))((((((......))))))..............(((((((((..............((((.....(((((((.(((((...(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............((((((((.....((((....)))).....)))....)))))))))))))))))...))))....))))))))).....(((.....)))........((((((((....)))))))).........(((((((...)))))))...(((((((.((((...(((((((((((((((((((((......((((....))))((((((((....))))))))........)))))))))..)))))))))))).)))).)))))))}}}}}}}}.}}}}}}}.((((.........(((...))).(((((...))))))))).}}}}}}}....))))))))))................[[[[...))))))))......((((....))))...(((((.<<<<<)))))..>>>>>..]]]].(((((.........)))))...)))))))))))))).))))))).(((((((...ccc.)))))))CCC...aaaa........(((((......))))).....aaaaa))))...AAAAA.......BBB.......................((((..(((......))).))))AAAA.(((((((((((((((....))))))..)))))))))...(((((((((((((......)))..)))))).)))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((...(((.((......(((((.....((..((((..(((((((((((((((....((((..........))))...............((((((((((((((.......(((((....(((.......(((((((((...............((((((((.....((((((.......(((((.(((.((((((((.............)))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))).......)))))).((((......((((((((....))))))))..))))......))))))))..........(.(((((((((...((....))...((((.(...(((((((.((((....(((((((((.(((((....)))))...)).))))))).............(((((...(((.(((.((....)).....))))))..))))).))))))))))).).))))....))))))))).)........))))))))).....((((((((....)))))))))))...)))))...((((.....))))))))))))))))))...........)))))))))))))))....((((....))))...))))..)))))))......)).))).....((((((...(((((((((.(((((((..........(((((..(((((.(((((.((((((..(((.....(((((...)))))...)))...))))))........(((....)))))))).)))))..)))))......((((...(((....)))..((((((((....)))))))).....))))..))))))))))))))))....)))))).)))))..........((((((..((((((.................((((..((((..((((((....((((((((.(((((((.......)))))))..........((........)).......))))))))))))))....)).))..)))).(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))..))))))..(((((((....)))).))).))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((.(((((((((((((((((.(...).))))))))))).((((((((..)))))))).(((((((((.(.(((((..((((....))))((((..(((.(((((((((((.((..((..))..(((......)))..((......))((((..((((........................))))...))))((.((..)))))).))))))))))).)))(((((((..............))))))).((((..))))))))..((((........))))......((..)).))))))...((..)))))))))))((((......))))..((..)))))).)))))).))))((((........)))).((((.......)))).....((((((((((.((((((....))))))((((.(((((((.((((..))))((..))..((.((((((((.....((((((((((..))))(((.(((((((.((..))....(..)...((((..(((.(.............))))..)))).((((((((((((...(((((((((....)))))))))((((((((((((((......)))))((((.(((((((((.((............((((.(((((((........(((((((((((((((((((..................))))))))))))))))))))))))))))))....)).)).))))))).))))....(((..)))((((..))))((((((.(((..)))..)))).(..(((.((((........)))))))..)..)))))).(((((((..(..............)..)))))))..))))))))))..)))))))((((((.(((((...(...).))))).))))))))))))).)))..)))))).((((((.......))))))........)))))))).))(((((((..))))))))).))))).(..)..(((((.((((((..((.((((..))))))..)))))).))))).)))).)))).))))))....(..((((((((((.((((......))))...))))))))))..(((((((((((((......))))..))))).)))).)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((..((((..(((((...(((.((((....((((.(((.((((((((((....))))(((.(((.....(((((..(((...........((((((((..(((..(((((((((..............)))))).))))))..))))))))......((..........))........)))..))))).....))).)))..))))))....))).))))..........(((((.((...(((.(((((((........))))))).)))...)).)))))....)))))))...)))))..))))..)).......((((((((....))))))))............(((((((.............(((((((((...((....))...((((.....(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((..............))))))..))))).)))))))))))...))))....)))))))))....((((((((............((((((((....))))))))....((((((((.((((((....................................................((((....))))......................................................................((((((((.....((...........(...((((((.........((((((........(((((((..((((((..(((((((.((...(((((.................((......))..........((((((.....)))))).)))))...))..........)))))))...))))))..)))).))).............))))))...........))))))..(((...(((((......)))))...)))....)..............))......))))))))......)))))))))).))))..))))))))..)))))))..(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((..(((((...((((.(((....((((.(((.((((((.(((....))).(((.(((.((..(((((..((............((((((((..(((..(((((((((.(((......))).)))))).))))))..))))))))...((.((..........)).))......))..)))))..)).))).)))..))))))....))).))))..........(((((.((...(((..((((((........))))))..)))...)).)))))....)))))))...)))))..)))).((((......(..(((((....)))))..)..))))......(((((((.............(((((((((...((....))..((((.((...(((((((.((((....(((((((...(((((....)))))......))))))).............(((((...(((.(((...((.....))..))))))..))))).)))))))))))...)).)))).)))))))))...(((((((((............((((((((....))))))))....((((.((((((((((....((((((..(((((((((((((((.(((((.((.((((((((((.....((((....))))..((((......)))))))))))))).))..)))))..))))).))))))))))..))))))........((((((((.....(((..((((((((((((((((((.((......((((((((((.((.(((((((..((((((..((((((((((...(((((.........((((...(((........)))..)))).(((((((...))))))).)))))...)).........))))))))...))))))..)))).))))).))))......)))))).........))))))))).(((...(((((......)))))...)))..))))))).))))....)))......))))))))......)))))))))).))))..))))))))).)))))))..(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((((..(((....)))..)))))).)))).....