|
|
|
GACGUAUACGAAGGAGUGCGGUUCGUUCGAGAAAUUCCUACCUCUCUAUCUAUCUCUGAGAUGUUUGGAUUUUUCAAAACUCCAUGGACAUGCAGAAGAGAAAUGCUAUCCCCACUCGGACCAAGACAGAACUUUUACUUGUUCAAAUAACAAUUAAGGUGAAGCAGGGUCAGGAACGACGAAUCUCUUUAUGAUAAACAGAUCCAUUUUGCAAGUUCGUUAUUACGGGUAGUUCCUACAAAGGAUCGGACUAAUGACGUAUACAAUACUUGAAUUCUCGAUGUAGAUGCUACAUAGUUGGUUCUCAUCCUUCAGAGACUACGAGUGUAAUAAGAGCAUCCGUCGACAAAAGGAUCACCCUAAGAUGAUCAUCUCGUGGCUAUUGAGAACGAAUUAAAUCAGAUGGUUCUAUUUCUCAAUCUUUCUGACUUGCUCCUACGAAACCAAGGUCGAAAAGAUUGAAAAAAUCAGUCAUUCACAACCACUGAUGAAGGAUUCCUCGAAAAGUUAAGGAUUAGUAAUCCUUUUUAGAAAUCGAAUGGAUUCGGUCUUAUACAUACGCGAGGAAGGUAAUCAAAAAAGAAAGAAAAUGGGUUCUUCUUUCUUUUAUCACUUAGGAGCCGUGUGAGAUGAAAGUCUCAUGCACGGUUUUGAAUGAGAGAAAGAAGUGAGGAAUCCUCUUUUCGACUCUGACUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................((((.....((((.(((............................))).)))).....(((.((((.(((..((..........)).((........)).(((((....(((((((((((((.....)))).....))))....)))))....................................))))).......((((((..((((...((((.................(((((..........................((((((.....((.((((.............))))))............))))))))))).....))))..))))...))))))......))).)))).)))..))))....(((((.(((((.......................................................................))))))))))......(((((((...........................................................)))))))(((......(((((((((((.........)))))))))))...)))..(((((((((((((((....)))))..))))))))))....(((((((((....((....))...)))))).)))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((.((((((..((((((...(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))..........(((...(((.........)))..))).....))))))....(((((.((((((((................))))))))...(((((.((.(((((.((((.((((...)))).))))...........((((.((((((((.(((((..((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).))..)))))...))))))))))))...))))).......(((((........)))))...)).)))))((((((((.((((((.......))))))...))))))))..)))))....)))))).))....((..(((((((((.((((....((((((...........))))))......(((((((....((..((((((.(.(((((.(((.(....).))).))))))))))))..)).....))))))).....))))..............(((((((((((((((((.(((.((..((((((((((((((....)))))..)))))))))..)))))..)))))))).))))))))).)))))))))..))..)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((..(((((((..((((..........))))..(((...((((((.((..(((((((....))).)))).(((...(((.........)))..))).))))))))...)))....(((((...((((.......))))..)))))..((((((.(((((((..((((((....((((........(((((.((((((((((.(((((((((((.....((((....)))))))...))))))))........))))).....((((((..((((((((((..(((..((((........))))...)))))))......))))))))))))))))))))))........))))..)).))))....(((((((..((((((.......))))))....))))))).)))))))))))))...))))).))..((((((((((.........((((((...........))))))..(((((((((((..........(((((....(((((.......((((((....)))))).............)))))...))))).....................((((((((((((((((.....((((((((((((((....)))))..)))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((...........))))((((((((...........))))..))))................................................((((.......))))...............................................(((((.(((((....(((..((((((..(((((((((....)))((.((((((((...((...............................))...))))))))..))........))))))....)))))).)))..........))))))))))......((((....)))).........................................(((((((((.((((((...............)))))).)))))))))....((((((...........))))))......(((((((....((...((((..(.(((((................)))))).))))...)).....))))))).................(((((.(((((((((((((((((.(((....(((((((((((((((....))))))..)))))))))...)))..)))))))).)))))))))..)))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((....(((.((((((.((.(((((((((..((.((((...........)))).))..))))))))).)).......((((.(((((((.............(((..(...(((......((((........)))).............)))...)..))).............((((.............))))...))))))).))))........(((.....))).....)))))).))).....))))))..((((((....((((.(((((.....)))))....((.......))....))))....)))))).....(((.((((..........))))...((((((.((((((((..((((......(((((...............))))).(((.(((((((((.(((((((............))).)))).))))))))).)))...............)))).)))).....(((((((......(((((.......((((.(((.(....).))).))))....)))))........))))))).........(((((((((((.........)))))))))))))))))))))(((((((.(((((....)))))...)))))))......(((.(((((.((.((....)))).)))))..)))...))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................((((((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))......(....)..............................)))((........((((.((.(((((.....))))).)))))).......))...............................(((((.(((((...((((.((((((((.((((((.((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).)))(...))))...))))))))..)))))).)).))))))...)))))))))))).........))))))))))..(...(((((())))))...)........(((.(((((.........)))))...)))(((((((((.(((((((............).)))))).)))))))))....((((((...........))))))......(((((((....((..((((((.(.(((((.(((........))).))))))))))))..)).....))))))).................(((((.(((((((((((((((((.(((.((.(((((((((((((((....))))))..))))))))).)))))..)))))))).)))))))))..)))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......[[[[[)))........(((((((((.....((((...........)))).....)))))))))...]]]]]..(((...(((...[[[...)))..)))...]]].((((......((((.[[[[[[[))))............]]]]]]]....)))).....(((((.((((.((((...)))).))))...........((((.((((((((.(((((.......((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).....)))))...))))))))))))...))))).....(((.[[[[))).((((....)))).]]]]..((((((((.........[[[[[.........))))))))...]]]]]...................(((((((((((.((((...[[[[[[..)))).....]]]]]]......(((((((.((((...((((((...))))))))))....((((((....))))))............))))))).......................(((((((((((((((((.(((....(((((((((((((((....)))))..))))))))))...)))..)))))))).))))))))))))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((.((((((((.(((((((((..((.((((...........)))).))..))))))))).....(((.(((..(((((.........))).))..)))...)))....))).)))))..))))).)))..................(((((((((.....(((((.((((.((((...)))).))))...........((((.((((((((.((((((.((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).)).))))))...))))))))))))...))))).......(((((........))))).(((((((.....(((((.((((((...((.(((..(((((.((.(((((((((.((((((...............)))))).))))))))).))..(((((...........))))).(((((((((((.((....)).))))......))))))).))))))))))...)))))).)))))......)))))))...............((((((....(((((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((....)))))..)))))))))))).)))..)))))))).))))))))))))))).))))))).)). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((......<<<<<<)).........(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))................(((.........)))................................(((((.....)))))..............((((((((..........................((((...((...........((((...(((((.((....aa))((..(((((((......................[[[[[[((ccccc))[[..)))))))bbb))..AA..BBB)))))...]]))))....CCCCC]]]]]].))..))))((........))..............((((((((.(((((.........)))))...))))))))..)))))))).>>>>>>..........(((((((((((........((((((...........))))))......(((((((.........(((((...(((((.(((........))).))))).)))))..........))))))).......................((((((((((({{((dd.(((....(((((((((((((((....))))))..)))))))))...)))))DD))}}...))))))))))))))))))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((....((((....(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))................(((.........)))...((......)).........)))).....)).....................................(((((..................(.........)....((((.((((((((.((((((.((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).)).))))))...))))))))))))...))))).......(((((........))))).(((((((.....(((((.((((((......(((...((......(((((((((.((((((...............)))))).))))))))).....(((((...........)))))..((((...(((..........)))((.....))))))....)).))).....)))))).)))))......)))))))...................(((...(((((((((((((((((.(((.(..(((((((((((((((....)))))..)))))))))).).)))..)))))))).)))))))))....)))........... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..))).(((((((.((((((((((((...........(((((.......((((.....((((((...))))))....((((..))))))))))))).............))))))).......)))))....((((((...................))))))(((((((((((((...(((((......................(((((.((((((((...((((...)))).[[[[[[.....))))))))........)))))....((((((((((...)))))).......((((]]]]]]..))))...))))......)))))....))))).........((((....(((((..))))).))))..((((((((.((((((.......))))))...)))))))).)))))))).)))))))..........((((((((((.........((((((...........))))))..(((((((((((.......(((((((...))))))).......(((((((..)))))))...............................................((((((((((((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....))..(((((..{{{{{{...(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))...)))))..(((...(((.........)))..))).....}}}}}}......((((.[[[[[[[))))............]]]]]]]...((((((((...........(((((..........(((((.(((((...((((.((((((((.(((((..((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).))..)))))...)))))))))))).((....)))))))))))).......(((.(((.(((((((.....(((((.((((((..(((((.(((((((((((.(((((((((.((((((...............)))))).)))))))))..)))).))........))))))))))..........((((......((((((.....))))))........))))...)))))).)))))......)))))))..))).)))...)))))..(((((.(((((((((((((((((.(((....(((((((((((((((....)))))..))))))))))...)))..)))))))).)))))))))..)))))...)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..................(((.(((((((((.....((((...........)))).....)))))))))................(((.........)))..(((......)))....))).((((........))))................................{{{{{.(((..[[[..)))]]].(((.....)))....{{{{.{{{{{{{{.{{{{{{......{{{{{{.{{{{{{{{...{{{)))..(((((((....)))).)))(((..}}}...}}}}}}}}..}}}}}}....}}}}}}...}}}}}}}}}}}})))}}}}}.......(((((........))))).(((((((.....((((..((((((............((((....(((((((((.((((((...............)))))).)))))))))....((((((...........))))))....................(((((((...)))))))..)))).........))))))..))))......))))))).........................(((((((((((((((((.(((.((.(((((((((((((((....)))))..)))))))))))).)))..)))))))).))))))))).................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((((..((((((...(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))..........(((...(((.........)))..))).....))))))....(((((.((((((((................))))))))...(((((.((.(((((.((((.((((...)))).))))...........((((.((((((((.(((((..((...((((((.((((((((...(((.....(((((((....)))).))).....)))...))))))))..)))))).))..)))))...))))))))))))...))))).......(((((........)))))...)).))))).(((((((.((((((.......))))))...)))))))...)))))....)))))).))....((..(((((((((.((((....((((((...........))))))......(((((((....((..((((((.(.(((((.(((.(....).))).))))))))))))..)).....))))))).....))))..............(((((((((((((((((.(((.((..((((((((((((((....)))))..)))))))))..)))))..)))))))).))))))))).)))))))))..)).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.......)..(((((.((((((...(((((....(..(((..((.(((.(((((((.((.((((((...))))))))(((..)))(..)...(((((((((((..(((((((((((...)))).))((..)).((((((((((.(((...)))..))))).))))).)))))..).))))))))))........((.(((((.(((((.(.((((.((((((((((((((..(((((..((.((.((.((.(((....).)).)).))))...))...)))))(((((((...)).)))))((........)).))))).)).))))))))))).).(....)))))))))))))((((((.(((((((((..(....................)..)))))..((.((((.((((((((((...(((((.(......)).))))...))).)))))))))))(((((.............))))).))..(((((((((((.((((((((...(.(((((((...........)).)))))).)))))).)).))).))))))))........((((((((((...........))))))))))))))))))))((((((((((((((..)))))))..)))))))(..).))))))).)))))..)))).)))))....)))))).))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((((...........(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))................(((.........))).......................................................................(((..................................((((.((((((((.(((((..((...((((((.((((((((...(((.....((((((......))).))).....)))...))))))))..)))))).))..)))))...))))))))))))....)))........(((((........)))))............(((((((.((((...........))))...)))))))............)))))).))....((..(((((((((..........((((.............))))........((((((...........................................................))))))........................(((((((((((((((((.(((.....((((((((((((((....)))))..)))))))))....)))..)))))))).))))))))).)))))))))..)).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....(((.((((((....(((((((((..((.((((...........)))).))..)))))))))........((((((.(((((((((((..((((.((.((..((.......))..((((........)))).............)).))))))..(((......)))...)))))))..(((......))).....)))).))))))......(((....)))......)))))).))).....)))))))..(((((......((((((..((((((..(((.(((..((((........))))...))).)))......))))))))))))......(((((........))))).(((((((.....(((((.((((((...((.(((..(((((....(((((((((..(((((...............)))))..)))))))))....((((((...........)))))).((((((((((..(....)..))))......))))))..))))))))))...)))))).)))))......))))))).)))))........(((..(((((.(((((((((((((((((.(((.((..((((((((((((((....)))))..)))))))))..)))))..)))))))).)))))))))..)))))...)))..... |
