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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00737



RNA: CRW_00737
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((.((((....((.((((((...(((((((((((...((((..(((.(((((((..(((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))....................))))))).)))..)))).....(((..((((((((((...................(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((....(.((....)))....))..))))))))))))...)))........)))))..)))))......)))..)))))))))))....)))))).))....))))..))))))..(((((.(((.....)))..)))))..........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).)))........))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((...(((..((((((...(((((((((((.........((((..(((((((.((((((....))))))..((((..((((((((((((......))))))))....))))..))))......((((((((((......)))).....)))))))))))))...((((((((((.........(((((..(((((((.((((..(((((((((((.((((.....(((.....((((((..(((...((((..((((((((.......))))..))))..))))...)))..))..))))...)))....))))((((((((((.......)))))))))).))))))))))))))))))))))..))))).....(((((.....((((((((.............))))))))(((((((..........(((((((.........((((.......((((.......)))).............))))........)))))))....((....))..)))))))...(((((((((((((((...................)))..))))))))))))...)))))......)))))..))))))))).......)))))))))))....))))))......((((((((.....(((((((..............)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))......)))))))).)))....)))).)).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((((((.................(((((.(((((((....))))))).((((.((((.((((((((......)))))))).....)))).))))......................................)))))..(....)............................................((((((......))))))...((((((((........................((((((((((...(((.....)))...))))))))))..........(.(((((((((((.....))))))))))))...........................(((.......)))....((((((((.............))))))))..................................................................................)))))))).................(((..(((.((((((((((((((.......((....))....)))..)))))))))))))).)))................................)))))))))..................................................................((((((((.(((((....)))))...))))))))..............................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.........(((((((.....(((((((.(((....(((((.......)))))((((((....))))))((((........(((((((........)))))))))))..............................((((((((((...........((........)).............(((((..((((((.(((((........(.((((((......)))))).)..((((..(...(((((........)))))...((((((((((...(((.....)))...))))))))))............((((((((((.......)))))))))).....)..))))))))).)))))).))))).............))))))))))................)))))))))).)))))))....(((..............)))................))))))))((((((((((((.((((..............((((....(((....(((......(((((((((((...........................)))))))))))....))).....)))...))))(((((.(((....))).(((((((......((...........))......))))))))))))......)))).)))))....)))))).).((((((((.(((((....)))))...))))))))...(((.(((.......)))..))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......................((((((((((................(((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......)))))))))....)))).)))).((((........((........))...)))).....))))))(((....)))((((...................(((.......)))......((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((((((((...(((.....)))...))))))))))........(((.(((((((((((.....))))))))))))))............((((((((((..(((((.....)))))...((((((((.((..(....)))))))))))((((((.......)))..)))......................))).)))))))..........................))))))))))...........((..(.(((..(((.((((((((((((((.......((....))....)))..)))))))))))))).))).)...)).)))).........(((....)))))))))))))(((..................)))))))))......(((())))......................((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((.((....)).)....))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((............((((((...(((((((((((((((((((.......((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))......((((((((((......)))).....)))))))))))))...(((.(((((........(((......)))(((((((..((((......((((((......))))))....(((((((...(((((........))))).((((((..((((((.(((.....))).........(((((((((...((((.((((((((((.....))))))))))))))..))).......(((((((((((((((((.(((.(((((......))))))))(((....))))))))((((((((((.....))))..)))))).................))))).))))))).))))))........)))))).)))))))))))))))))...)))))))....))))).....((((........)))).....))).....(((.........)))))))))))..............((((.(((...)))))))..)))))))))))....)))))).............))))))(((((((..[[[[........)))))))..]]]]..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((.[[[.....)))..]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((.........((..((((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))......((((((((((......)))).....)))))))))))).))).)).(((((......(((((((......((((.......)))).....((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((..((((((...((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..........((.(((((((((.((((((((((...)))))).)))).(((((.((........))))))).(((((((((.....))))..)))))........................))))))).))..))........)))))).)))))))))))))).....))))))).....)))))...((((((((((((..((......((....)).....))..)))))))))))).((........)).....(((((((...))).)))).)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..))))))....((...((((((((.(((((....)))))...)))))))).)).(((.((....)).)))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((((((.................(((((((((((((....)))))))..(((.((((.(((((([[........)))))).....)))).))).......]].............................))))))......((..((((...........................................................((((((((........................((((((((((...(((.....)))...))))))))))............((((((((((.......))))))))))...............((.............................(((((((.............)))))))(((.(((.......)))...)))..............................))............................)))))))).................(((..((..(((((((((((.((.......((....))....))...))))))))))).)).)))........))))....))..............)))))))))..................................................................((((((((.(((((....)))))...))))))))..............................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((..............(((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).)))).............(..........)............)))))).)).....(((((........((((........(((.......)))......((((((......))))))...(((((((....(((((........))))).((((((..((((((...((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..........((...(((((((((((.((((((...)))))).....((((((.((........))))))))(((((((((.....))))..)))))...................)))).))))))).....))........)))))).)))))).)))))))......)))).......)))))....(((((((((...............................))))))))).......................(((...)))......)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..)))))).........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).)))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........(((((...........(((((((((....((((((((((((((((((((....)))))))..........(((((((((......))))))))).((((((................((((((....[[[[[[[[[[.....))))))..)))))).)))))))......)))))).......(((((((............((((((......))))))...((((((.....(((((..)))))..(((((((((((((((((.................))))))))))...((((((((.(((((((((((.....))))))))))).............................))))))))......]]]]]]]]]]..))))))).........))))))..........))))))))))))))))........)))))...........))))))))...........................))))...((((((((....(((.....((((((((((((...........................))))))))))))...)))................))))))))......(((((((....((((((.............((((((.....(((((((..............)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..)))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((((.((.(((..(((((....(((....(((.(((((.....(((((..(((..((((((....))))))..((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))...)))..)))))..)))))))))))....))))).))).)))))))))))))).(((.(((..(((((.......(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.(((((.((((.....))))...))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((......((....)).....))..))))))))))))...))).....)))))..))).))).........((.((((((....((((((.............((((((.....(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..)))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((((.......((((((...(((((((((((((((.........((((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).)))).......(((((((((......)))).....))))).)))))).)))....((({{{..................(((([[[[...)))).....((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((..(((((((..((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..(((........((((((((((((((((((((...)))))).....((((((.((........))))))))(((((((((.....))))..)))))..................))))).))))))).)).....)))..).)))))).))))))))))))))......]]]]...{{{...)))....(((((((((((......................}}}..)))))))))))))))...........}}}.....(((...)))......)))))))))))....)))))).......))))..))))))(((((((.(((.....)))..)))))))..(((...((((((((.(((((....)))))...)))))))).)))(((..........)))..........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((((.((.(((..(((((....(((......(.(((((.....(((((..(((..((((((....))))))..((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))...)))..)))))..))))).).)))....))))).))).)))))))))))))).(((.(((..(((((.......(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((....(.((....)))....))..))))))))))))...))).....)))))..))).))).........((.((((((....((((((.............((((((.....(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..)))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(..)...((((((....((..))....((..)).((((..))))((.(.(((((.((((((.(((((......)))))((((((((((((((((((((......))))))))..))..)))))))))))))))).))))).).))(((..............))).(((((.((...(((((.((((((((.((((((((((((((.((((...(((((((((((((......))))))....((((..)).((((((.((...))))))))(((((((((((((((((((...)))))))))))))))))..))..).)(((.(((((((((.......))))))))))))..))))))).)))))))))))))))))).....((((((((((((((((((.((........))))))))))((((((.......))))..))(......)..))))))......................))))...((((((..((((((.(((...(((.(..(..((..)).)...)))).)))((((((((..))))))))((((((((((.(((...))(..)((((((......).).)))).))))))(((((((...))).))))((..(((((.(((((((..(((..)))..))))))))))))..)).))))).))))))..))))))))))))))((..))...((.((((((..)))))).))...))))).))))))((((..))).)).))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((((((.((.(((..(((((.....................................((((((....))))))...(((.((((.((((((((......)))))))).....)))).)))...............................))))).))).))))))))))))).......................(((((((............((((((......))))))...((((((((.........................((..(((((...(((.....)))...)))))..)).............(((((((((((.....)))))))))))...............(((((((((((.......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......)))))..)))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((......(((((((((((..........((....)).........)))))))))))....))).......................................................................(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..............................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((...((((..(((.(((..((..(((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))....................))..))).)))..)))).....(((..((((((((((...................(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....(((..(((((...(((.....)))...)))))..)))............((((((((((.......)))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((......((....)).....))..))))))))))))...)))........)))))..)))))......)))..)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..)))))).........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).)))..........