|
|
|
UUCCGGAGUAUGAGUGUGUGACUUGUUAUAAUUGAUCCUAUUGAUAGUACAGAGAAUGGGUCUGUCAUCUUGAUAGAGAUGGUUCUACUUCGUCAGAUAUUUAUUCUAAUAUUUGGAACACGAAAUAGAUUAAGAAAUAUUUGAACUAUGAUUCAUACUUAAUAUUCAGACCUCGUGUCCGGGCUCCAAAAAAUUUUCAAACAAAGAAUUCUAAUUUCUAAAUCGAAAGAUUCUUUUCUUUCAACCCCUAUUUAUAUUUUGACCAAAAGCAAAACCUUUCUUUGAAUUUUUAGUCAUUCUAUUUAUUCAGGGAAUAAGUGAUGAUCCGAGGAUUCUUACUCAGGGAAUCCUUGAUUUGAUUUAGGUUAGGUUUUUUUAUUGAAUCAUCGUGGUUCUAGUAUGAAUCUGAGGUUUUAAUCGAUUCAUAGGGUCUUAACAAGAGAAUUCCUAUCAAUAAUAAAGAAAACAAAUAAUAAAAGCCAUAUUCCACAAAAACAAAUUCUAGAAAGAAAUAGGGAAAAAGAGAAUUCAAGAGGCCCAUAAGUAUCAAAAUAAAGAUAAAGACGACUGCGCCAACUUGAUAUUUUGGUAUUAUCGCCACAAAGAAGAGCUUUCGGAUUUUCCAGAGAAGAUGGGAUCAGAACUUAAUAAAUUUAAAACUUUCUAUUCCAUAUCCGUUGCAACUAGUAUUUGGGUGUUUUUGCUUGAGCUGUACGAGAUGAAAGUCUCAUAUACGGUUCUCAGAGGGGGAGUUCCGCCUAUCUCAAUAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................((((((......((((((((.......(((...........)))((((((....))))))(((....(((((((((((((......))))))))....)))))...)))..........(((((((..((((((((((...........(((((.................................................................................................................................................(((((.(((((((((.........))))))))).............................))))))))))....))))))))))...)))))))........))))))))..))))))....(((((((............................................................)))))))..........((((..(((..................................)))...))))......((((..............................................................................................................)))).((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((.......))).)))).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((.((((....((.((((((...(((((((((((...((((..(((.(((((((..(((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))....................))))))).)))..)))).....(((..((((((((((...................(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((....(.((....)))....))..))))))))))))...)))........)))))..)))))......)))..)))))))))))....)))))).))....))))..))))))..(((((.(((.....)))..)))))..........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).)))........)) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((...(((..((((((...(((((((((((.........((((..(((((((.((((((....))))))..((((..((((((((((((......))))))))....))))..))))......((((((((((......)))).....)))))))))))))...((((((((((.........(((((..(((((((.((((..(((((((((((.((((.....(((.....((((((..(((...((((..((((((((.......))))..))))..))))...)))..))..))))...)))....))))((((((((((.......)))))))))).))))))))))))))))))))))..))))).....(((((.....((((((((.............))))))))(((((((..........(((((((.........((((.......((((.......)))).............))))........)))))))....((....))..)))))))...(((((((((((((((...................)))..))))))))))))...)))))......)))))..))))))))).......)))))))))))....))))))......((((((((.....(((((((..............)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))......)))))))).)))....)))).)). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((.................(((((.(((((((....))))))).((((.((((.((((((((......)))))))).....)))).))))......................................)))))..(....)............................................((((((......))))))...((((((((........................((((((((((...(((.....)))...))))))))))..........(.(((((((((((.....))))))))))))...........................(((.......)))....((((((((.............))))))))..................................................................................)))))))).................(((..(((.((((((((((((((.......((....))....)))..)))))))))))))).)))................................)))))))))..................................................................((((((((.(((((....)))))...)))))))).............................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.........(((((((.....(((((((.(((....(((((.......)))))((((((....))))))((((........(((((((........)))))))))))..............................((((((((((...........((........)).............(((((..((((((.(((((........(.((((((......)))))).)..((((..(...(((((........)))))...((((((((((...(((.....)))...))))))))))............((((((((((.......)))))))))).....)..))))))))).)))))).))))).............))))))))))................)))))))))).)))))))....(((..............)))................))))))))((((((((((((.((((..............((((....(((....(((......(((((((((((...........................)))))))))))....))).....)))...))))(((((.(((....))).(((((((......((...........))......))))))))))))......)))).)))))....)))))).).((((((((.(((((....)))))...))))))))...(((.(((.......)))..)))..... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......................((((((((((................(((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......)))))))))....)))).)))).((((........((........))...)))).....))))))(((....)))((((...................(((.......)))......((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((((((((...(((.....)))...))))))))))........(((.(((((((((((.....))))))))))))))............((((((((((..(((((.....)))))...((((((((.((..(....)))))))))))((((((.......)))..)))......................))).)))))))..........................))))))))))...........((..(.(((..(((.((((((((((((((.......((....))....)))..)))))))))))))).))).)...)).)))).........(((....)))))))))))))(((..................)))))))))......(((())))......................((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((.((....)).)....)))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((............((((((...(((((((((((((((((((.......((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))......((((((((((......)))).....)))))))))))))...(((.(((((........(((......)))(((((((..((((......((((((......))))))....(((((((...(((((........))))).((((((..((((((.(((.....))).........(((((((((...((((.((((((((((.....))))))))))))))..))).......(((((((((((((((((.(((.(((((......))))))))(((....))))))))((((((((((.....))))..)))))).................))))).))))))).))))))........)))))).)))))))))))))))))...)))))))....))))).....((((........)))).....))).....(((.........)))))))))))..............((((.(((...)))))))..)))))))))))....)))))).............))))))(((((((..[[[[........)))))))..]]]]..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((.[[[.....)))..]]]..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((.........((..((((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))......((((((((((......)))).....)))))))))))).))).)).(((((......(((((((......((((.......)))).....((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((..((((((...((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..........((.(((((((((.((((((((((...)))))).)))).(((((.((........))))))).(((((((((.....))))..)))))........................))))))).))..))........)))))).)))))))))))))).....))))))).....)))))...((((((((((((..((......((....)).....))..)))))))))))).((........)).....(((((((...))).)))).)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..))))))....((...((((((((.(((((....)))))...)))))))).)).(((.((....)).))).......... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((.................(((((((((((((....)))))))..(((.((((.(((((([[........)))))).....)))).))).......]].............................))))))......((..((((...........................................................((((((((........................((((((((((...(((.....)))...))))))))))............((((((((((.......))))))))))...............((.............................(((((((.............)))))))(((.(((.......)))...)))..............................))............................)))))))).................(((..((..(((((((((((.((.......((....))....))...))))))))))).)).)))........))))....))..............)))))))))..................................................................((((((((.(((((....)))))...)))))))).............................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((..............(((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).)))).............(..........)............)))))).)).....(((((........((((........(((.......)))......((((((......))))))...(((((((....(((((........))))).((((((..((((((...((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..........((...(((((((((((.((((((...)))))).....((((((.((........))))))))(((((((((.....))))..)))))...................)))).))))))).....))........)))))).)))))).)))))))......)))).......)))))....(((((((((...............................))))))))).......................(((...)))......)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..)))))).........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).))).......... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..........(((((...........(((((((((....((((((((((((((((((((....)))))))..........(((((((((......))))))))).((((((................((((((....[[[[[[[[[[.....))))))..)))))).)))))))......)))))).......(((((((............((((((......))))))...((((((.....(((((..)))))..(((((((((((((((((.................))))))))))...((((((((.(((((((((((.....))))))))))).............................))))))))......]]]]]]]]]]..))))))).........))))))..........))))))))))))))))........)))))...........))))))))...........................))))...((((((((....(((.....((((((((((((...........................))))))))))))...)))................))))))))......(((((((....((((((.............((((((.....(((((((..............)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..)))))))...... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((((.((.(((..(((((....(((....(((.(((((.....(((((..(((..((((((....))))))..((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))...)))..)))))..)))))))))))....))))).))).)))))))))))))).(((.(((..(((((.......(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.(((((.((((.....))))...))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((......((....)).....))..))))))))))))...))).....)))))..))).))).........((.((((((....((((((.............((((((.....(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..))))))))..... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((((.......((((((...(((((((((((((((.........((((((((((((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).)))).......(((((((((......)))).....))))).)))))).)))....((({{{..................(((([[[[...)))).....((((((......))))))...((((((((...(((((........))))).((((((..(((((((..((((((..((((((((...)))))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))..(((........((((((((((((((((((((...)))))).....((((((.((........))))))))(((((((((.....))))..)))))..................))))).))))))).)).....)))..).)))))).))))))))))))))......]]]]...{{{...)))....(((((((((((......................}}}..)))))))))))))))...........}}}.....(((...)))......)))))))))))....)))))).......))))..))))))(((((((.(((.....)))..)))))))..(((...((((((((.(((((....)))))...)))))))).)))(((..........))).......... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((((.((.(((..(((((....(((......(.(((((.....(((((..(((..((((((....))))))..((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))...)))..)))))..))))).).)))....))))).))).)))))))))))))).(((.(((..(((((.......(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....((((((((((...(((.....)))...))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((....(.((....)))....))..))))))))))))...))).....)))))..))).))).........((.((((((....((((((.............((((((.....(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))).))))))..))))))))..... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..)...((((((....((..))....((..)).((((..))))((.(.(((((.((((((.(((((......)))))((((((((((((((((((((......))))))))..))..)))))))))))))))).))))).).))(((..............))).(((((.((...(((((.((((((((.((((((((((((((.((((...(((((((((((((......))))))....((((..)).((((((.((...))))))))(((((((((((((((((((...)))))))))))))))))..))..).)(((.(((((((((.......))))))))))))..))))))).)))))))))))))))))).....((((((((((((((((((.((........))))))))))((((((.......))))..))(......)..))))))......................))))...((((((..((((((.(((...(((.(..(..((..)).)...)))).)))((((((((..))))))))((((((((((.(((...))(..)((((((......).).)))).))))))(((((((...))).))))((..(((((.(((((((..(((..)))..))))))))))))..)).))))).))))))..))))))))))))))((..))...((.((((((..)))))).))...))))).))))))((((..))).)).)))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.((((((.((.(((..(((((.....................................((((((....))))))...(((.((((.((((((((......)))))))).....)))).)))...............................))))).))).))))))))))))).......................(((((((............((((((......))))))...((((((((.........................((..(((((...(((.....)))...)))))..)).............(((((((((((.....)))))))))))...............(((((((((((.......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......)))))..)))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((......(((((((((((..........((....)).........)))))))))))....))).......................................................................(((((((.(((.....)))..)))))))........((((((((.(((((....)))))...)))))))).............................. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((((....((.((((((...(((((((((((...((((..(((.(((..((..(((((((....))))))).((((.(((((((((((((......))))))))....))))).))))....................))..))).)))..)))).....(((..((((((((((...................(((((((............((((((......))))))...((((((((......(((((.(((.((((....(((..(((((...(((.....)))...)))))..)))............((((((((((.......)))))))))).)))).))).)))))((((((((((((......(((.(((((......)))))))).(((((.....(((.((((((((((.....))))..)))))).))).......))))).))))).)))))))............................))))))))......)))))))....(((.....((((((((((((..((......((....)).....))..))))))))))))...)))........)))))..)))))......)))..)))))))))))....)))))).))....))))..)))))).((((((.(((.....)))..)))))).........((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.((....)).))).......... |