|
|
|
CUAGUAUACUGCGAUGUGUGAUUUGAUCGAAAUUCUGAUUUUACAGACUCGGAAGGAGAAACUGUCAUCCCAGUCAAUCCAAUUGGGAUGCCCUGGACCUGACAUGUGCACUUGGAAAGAGUAACAUGAAGCUCAGAAUUGGGGUGUAGUCAAUACUCCCAAAUAAAAAGGGAAUUGAUCUAUGGUCGAUUUCGUAACAAAUCAAAUAAAGAGGAAUUUCUAUUUGUACCUCGUAAAAAAAGCUUUUUAUUUUGUAGAAUGAAACAUUUCCUUUCUUUUCGUGGAAAGAAAUUAUGUUCAAGUAAGCAAAUAUGUCAUGGUUCUAGGAGUCUAUCUAUCGCGUAUAGACUUUAAGGGCGUGGUGGCCUAACCAUCGAGGUGAAGUCGGGACCUAAAAGAUCGAAUGGAACAAUAUAUAGACAAGUAAAUCCCUUAUGGGUUCCAAGGUAUUCCUUUAAUUAUUAAGAGUUAAGGGAUUUAUCAUUCAAAGGGAAGUAGACUACUCAAGAAUUUUCUAUUUUAUUUGUUGGAAUUGAAUUUGAAUAAAGAAUUAAUAGAAGACGGAAUCACUGAAAUCUUGUUUCGUCUUCACUGGGAACUUGAGUAAGGAGUAGACCUUUUUAUUUUGGGAUUUUCUAGAGUUUGAAAACGAGAACUCCUUUCCUUAUUUGGUGUACCUACUUGAGCCGGAUGAAAGGAAACUUUCACGUCCGAUUUUGAAGGGGGGGAGAUCCUAUAGAAUCCUAUCCCAAUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....................(((((........(.(..((((((((...............))))((((((.............))))))((((...((((((((((..((((.....)))).)))))....)))))(((.((((((.....)))..))).)))....))))..(((((((..((((.........................(((.............(((((...................................................................................((((((..((.(((((((.........)))))))))................)))))))))))....)))..))))....)))))))..))))..).)......)))))...(((((..((((((((.............................))).......))))).))))).......(((((((...((((...............................................................................))))..)))))))....(((.................................................................)))..((((((((((((((....)))))..)))))))))....(((((((..(((((..)))))))).)))).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((..(((.(.((((((((....((((((((((((.((((.(((.((........)).))).))))..(((.....)))((((((((((((((((((((((((((...(((((((...((((((..((.(((((((((.....)))).)))))........(((((((((.....)))))))))........)).......((((.((........)).))))........))))))))))))).........(((((....((((((((....))))))))..))))))))))..)))..))))))).)))))..((((((((((......).))))))))).))))))((((((.....))))))..)))))))))))).......)))))))).).))).................((((((.(((((.....((((.((((((((((......))))))))))..))))))))))))))).))))..((((((((...((((((.....((((((.((((...)))).)))))).........(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))))).((..(((...(((..((((((((....))))))))..))).....((.(((((..((((....((....)).........((((((((((....))))))..))))......))))..))))).))..........)))..))....) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......(((...((((((((....((((((((((((...(((((.(((....(((...((((((((.......))))))))((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((((......(((((((..((((((..((((.........)))))))))).(((((......)))))......(((((..((((....)))))))))))))))).......)))))))))))))..........((((....((((((((....))))))))..))))))))))..)))..))))))).)))))..(((((((((.........))))))))).)))))..)))..))).....))))))))))))))))).......))))))))...))).))))).((((((((((((((((.(((((.....(((..((((((((((......))))))))))...)))))))))))))).(((((..............)))))))))))))))...(((((.(((.......)))))))).(((((((((((............)))))))))))..(((((....((((((((((.....))))))))))(((((((((.(((.(((....))).....(((((((((((....((((....)))).....((((((((((....))))))..))))......)))))))))))...))).)))))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((((....((((((((((((...(((...............(((((((((.......)))))))))........((((((((((((((((....((((........))))...........((.......))((((.........))))((((((.....))))))...........................................(((((......)))))..............((((....((((((((....))))))))..)))).)))))..))..)))))))).)(((((.(((((((((.........))))))))).)))))...(........)....))))))))))))))).......)))))))...................((((((((((((........((((....))))..((........))))))))))))))...................((((((((................................................(((((((((((.(.........))))))))))))........)))))))).....................((((....(................((.(((((((((((...................(.((((((((((....))))))..)))).)....))))))))))).)).....).......))))..... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((.....)).)((((.((((.((.......)).)))).))))((((.(((.((........)).))).)))).....((((((((.(((((((..(((((((((..((((.....)))).)))))....))))..))))))...........(((((................((.(((((((..................(((((((((...(((.(((.........))).)))...)))))))))((((.......(((((....((((((((....))))))))..))))).......))))....))))))).))...((((((((.........))))))))...(((((((((((.....)))))..(((..(((.((...(((((.....(((.(((.(((.(((..((...((((((((((((.(((............)))....((.....))..))))))))))))...))(((((........(((((((((.(..(((.((((((.....)))))).)))..)................(((((((.((.((.........)).)))))))))........)))))))).).......))))).))).)))...(((((........))))).......))).)))....)))))....)).)))...)))....(((((....))))))))))).........))))).................)..)))))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((....((((((((((((...((((............(.(((((((((.......))))))))).)......(((((((((((((((((...((((........))))........(..(((.....))))(((.........)))((((((((...))))))))...................((((..............))))(((((((....))))))).............((((....(((((((((..)))))))))..))))))))))..))..)))))))).)(((((.((((((((((......).))))))))).)))))(((((......))))))))))))))))))))).......))))))))..................((((((((((((........((((....))))..(((......)))))))))))))))...................((((((((.........(((.........)))....((((.......)))).....(((((((((((.(.........))))))))))))........))))))))(((((.....)))))....(((((((.((((((.(((....)))..((.(((((((((((....((....)).....(((.((((((((((....))))))..)))).)))..))))))))))).)))..)))))....)))))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..[[[[))))).....]]]]...((((((((((((.(((.....[[[.......)))((((((((.......))))))))..]]](((((((((((((..(((((((..((((........)))).(((...(((.(((.....))).)))((((((((((((((((((((...)))))))))).................(((((((....)))....))))..........))))))))))(((........))).))).((((((((....)))))))).....)))))))......)))))))).)))))..(((((((((.........)))))))))..(((...[[[[[)))..]]]]]...))))))))))))..............((((((....(((......)))..[[[[[[....)))))).((((.((((((((((......))))))))))..)))).....]]]]]]...((((....(((((.(((((((((...((((((.((((...)))).)))))).....)))))))))(((.....)))...)))))....))))....(((((....((((((((((.....))))))))))(((((((((.(((.(((....))).....(((((((((((....((((....)))).....((((((((((....)))))..)))))......)))))))))))...))).)))))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((......))))).(((((((....((((((((((((...(((((.((......))..(((((((((.......))))))))).(((((((((((((((((((((((((..((((........))))....(((((((((.....)))).)))))........((((((((((...)))))))))).................((((.((........)).))))............((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))....)))))))..)))..))))))).)).)))))).((((((.........)))))).....((((......)))).....))))))))))))))))).......)))))))((((((..((((.................)))).)))))).((((.((((((((((......))))))))))..)))).......((((..(((....((((((......(((((...((((((.((((...)))).)))))).....))))).(((((((((............))))))))).....(((.((((((((((((((.((...(((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))...)))))))))))))).)).))).)))))).((((((((((....))))))..))))((((((.((((.......)))).)))))).)))))))..... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((....((((((((((((...((((...............((((((((.......))))))))((((((((((((((((((((((((((...(((..........)))...........((.......))......(((((((((((((((((.....))))))))).................((((..............))))..........))))))))..............((....((((((......))))))......)).))))))..)))..))))))).)))))..(((((((((.........))))))))).)))))..((........))..)))))))))))))))).......))))))))...................(((((................[[....((((((((........)))))))))))))]]...................(((((((................................................(((((((((((............)))))))))))........)))))))......................((((........................(((((((((((.....................((((((((((....))))))..))))......)))))))))))................))))..... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(......((...((((((((....((((((((((((...((((..............(((((((((.......)))))))))((((((((((((((((((((((((((..((((........))))....(((((((((.....)))).)))))........((((((((((...)))))))))).................((((.((........)).))))............(((((((......))))))).((((.((((((......))))))))))....)))))))..)))..))))))).))))).))((((((((.........))))))))....))(......).........)))))))))))))))).......))))))))...))..................((((((..(........((((.((((((((((......))))))))))..))))...).)))))).......((((((((...((((((.....((((((.((((...)))).)))))).........(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))))).(((((.......((.((((((((....))))))))...)).......)))))............)...............((((((((((....))))))..))))........(((.((((..((.....)).))))..)))..... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((....((((((((((((...(((((..............((((((((.......))))))))((((((((((((((((((..(((((........(((((((...........(((((((.....))))))).((((((((((((((((((((...))))))))))...((((((...................))))))..[[[[[........))))))))))....(((((...)))))..(((((((((..)))))))))))))))))))))......)))))))).)))))..(((((((((.........))))))))).))))).((((......))))))))))))))))))))).......))))))))..................((((((((((((........((((....))))..............)))))))))))).....((((((........((((((((...(((((((((((((((.............)))))))))........(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))))).........))))))....(((((((.(((((..........]]]]]..(((((((((((....(((..))).........((((((((((....))))))..))))......)))))))))))......)))))....)))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..(((...((((((((....((((((((((((...(((((..(((...((((......))))...)))..)))))..(((((((((((((((((((((((((...(((((((...((((((..((.(((((((((.....)))).)))))........(((((((((.....)))))))))........)).......((((.((........)).))))........))))))))))))).........(((((....((((((((....))))))))..))))))))))..)))..))))))).)))))..(((((((((.........))))))))).)))))..(((((.....)))))...)))))))))))).......))))))))...))).................((((((.(((((.....((((.((((((((((......))))))))))..))))))))))))))).))))..((((((((...((((((.....((((((.((((...)))).)))))).........(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))))).((.[[[[[))..]]]]].(((((((.(((((..(((....)))..((.(((((..((((....((....)).........((((((((((....))))))..))))......))))..))))).))...)))))....)))))))... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((({{{...{{{{{{{{....{{{{{{{{{{{{...{{{{..............(((((((((.......))))))))).(((((((((((((((((((((((((..((((........))))....(((((((((.....)))).)))))........((((((((((...))))))))))...(((....(((((..<<<<......)))))...>>>>............aaaaaaaa))).AAAAAAAA.((((.((((((......))))))))))....)))))))..)))..))))))).))))).))){{{{{{{...))))..}}}}}}}..........(((......)))..}}}}}}}}}}}}}}}}.......}}}}}}}}(((}}}.................[[[[[[.[[[[[)))..((((.((((((((((......))))))))))..))))]]]]]]]]]]].......((((((((...((((((.(((.((((((.((((...)))).)))))))))......(((((((((((.(.........))))))))))))..))))))))))))))((((((.....(((((((((((((....))))))))..))))).....))))))...........................((((((((((....))))))..))))........((((((((............)))).))))..... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(...((((..(((.(.((((((((....((((((((((((...(((((..(((...((((......))))...)))..((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((........))))......(..((((..(((.(((....(((((((((((((((((((.....))))))))).................((((.((........)).))))..........)))))))))).)))...))).))))..).((((((((....)))))))).....)))))))..)))..))))))).)))))..((((((((((......).))))))))).))))))).....)))))...))))))))))))))))).......)))))))).).))).................((((((.(((((.....((((.((((((((((......))))))))))..))))))))))))))).))))..((((((((...((((((.....((((((.((((...)))).)))))).........(((((((((((....(....)..)))))))))))..))))))))))))))...).)))...........(((((((.(((((..(((....)))..((.(((((..((((....((....)).........((((((((((....))))))..))))......))))..))))).))...)))))....)))))))... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((......))))(((...))).((((....)))).(((((...((((((((((((((((...(((((((..(((..)))..))).))))....))))...((((..)).))(((((.((.(((((((......).)))))).).).)))))(((((((((((((((((..))).(((..(((..)))...)))(.((((((((......)))..)))))..((((((((((((..)))))))((......)).((((..))))((((((((..))))))))(((..(((.(((..(((..)))..))))))..)))..((((((((...........)))))))))))))..(((........))))(.((((((((.((((..(((((...(..........)...)))))((((.(((((((((((.(((..((..))..)))((((((...)))).)).))))))))))).((((((((...((.......))((((.((........))..((......)))))).))))))))...((.......(((((..)).)))(..).)))))))))).)))))))))..(((..)))((..))...))))))))).))))).((((((........)))))).)))))))))).))...)))))...((((.((..)).(((.(((((((..)))))))...)))(..)...))))..(((..))).))))(.(........).).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..(((.(.((((((((....((((((((((((...((((................(((((((.......))))))).(((((((((((((((((((((((((((...........((((((..(..(((((..............)))))........(((((((((.....))))))))).........).......((((.((........)).))))........))))))..........................(((((((....)))))))......)))))))..)))..))))))).)))))..((((((((((......).))))))))).)))))................)))))))))))))))).......)))))))).).))).................((((((...........((((.((((((((((......))))))))))..)))).....)))))).))))..((((((((....((((......((((((.((((...)))).)))))).........(((((((((((....(....)..)))))))))))...)))).))))))))..............................................((.(((((..((((....((....)).........((((.(((((....)))))...))))......))))..))))).))...................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..(((...((((((((....((((((((((((...(((((..((.....(..((.(((((((.......))))))).(((((((((((((((((((((((((...(((((((...((((((..((.((((((.(((.....))).)))..........(((((((((.....)))))))))....))).)).......((((.((........)).))))........))))))))))))).........(((((....((((((((....))))))))..))))))))))..)))..))))))).)))))...((((((((.........))))))))..)))))..))..).....)).))))))))))))))))).......))))))))...))).................((((((.((..(.....((((.((((((((((......))))))))))..)))))..)))))))).))))..((((((((...((((((..............(((((.(((......))).))))).(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))))).((..(((...(((..((((((((....))))))))..))).....((.(((((..((((....((....)).........((((((((((....))))))..))))......))))..))))).))..........)))..))..... |