|
|
|
UUCGUUUGAAACGAUGUGGUAGAAAGCAACGUGCGACUUGAAGGACAGGAUCCGUUGUGGAUUUGUACAUCCACCAUUUUAUGUAGGAAUGAAGGUGCUCUUGGCUCGACAUCAUUGGUUCUGUUUCAUUAGAACCCCUCUUUUUUGUUGUCUUGGAAUGUAAAUAGUCCAUGAUGGAGCUCGAGUAGAAAGUAUUAAUUUAUUUCUCGGGGCAAGAGUCUAGGGUUAAUGCCAAUCAAUAAAAAAAUUGGAACAACUUCGUAAAUAUAUUUUCGGUAUGGAAAUCGAAAGAAUCCAAUUCGAGCAAGUUUCCAAUUCAAAAAUUCCUUGGAAUUGAUUCAAACUUUUCGAUCCAAAGUGUUUCACGCGGGAAUCCAUCGUCUGUAGGAUUCUUUCAUAGAAAUCGCAAAAGGGGUAUGUUGCUGCCAUUUUGAAAGGAUUAAAAAGCACCGAAGUAAUGUCUAAACCCAAUGAUUUAAAAUAAAACAAAGAUAAAGGAUCCCAGAACAAGGAAACACCUUUUUUAUUGUCUUAAUAACUGGAUCGAACUGAAGAAUCCAAAUCCAUUUUAAACGAGACAAACAUAAAAGGAGGAAAGACCGCUCAAUAAAUGAAAUUGCCGAAAGAUUUUCCUUUGAACUGUUUGAAAGUUAUCCAACUUGAGUUAUGAGAGUACGAAUGGUUUCUUUUUCAUUUUCAGGAAGAAAGAAGAAAAAAAAAGACUUACAUCUUUAAUUGAUUUGAUCAUUUUAUGGACCCAGUUGUCAUUUCUUAGAUAGAAUUCCAUACAGAGAUAAAACCUCGAAUCAAUCAUUUUUCUCGAGCCGUACGAGGAGAAAGCUUCCUAUACGUUUCUAGGGGGGGUGUUGUUCAUCUACAUCAAUCCCAAUGAGCCGUCUAUCGAAUCGUUGCAAUUGAUGUUCGAUCCCGAAGAGAAGGAAAAGAUCUUCGGAAAGUGGGUUUUUAUGAUCCGAUAAAGAAUCAAACUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....................................((((.......((((((...((((((......))))))((((((...........))))))((((...(((((((((..(((..................................................))).))))....))))).......................))))...((((((..((((.((....))............((((....(((((................................................................................................((((((..............................................(((((((........))).))))............))))))))))).....))))))))...))))))...................)))))).....))))....((((......................................................................))))........((((((...((((....................................)))).....))))))...(((...................................................................................................................................................)))((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((((.........)))))).)))).......................................................................................................
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((..(((.(((((....((((((((((..(((((((.((.((((((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..............(((((.((((..........))))))))).)).))))..((((((((((..........)))))))...........)))..)))..))))))))))))))).)))...((((((....((......)).......(((((((.(((((((...(((.((((.((.(((((.(((........)))....))))).)).)))).))).....)))))))..(((((((........((((((...((....((((((..(((((((((.....((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))...........))..))))))..((((((((......((((((.............(((((......)))))..(((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......)))))))))...(((((((((.......)))))))))..)))))).....(((((.((((.((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))....))))..))))).)))))))))))))))....)))))))...)))))).........))))))..) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((.(((((....((((((((((...((((((((.....(((((((((((((..((((((((.(((((.......)))))..(((.......))).((((.((..(((((((......))))))).........)).)))).)))).))))...)))))))))))))((((((((.((((((((..((((((......((((....)))).(((((....(((((..........)))))...))))).))))))))))))))....((((...........)))))))))))).....)))..)))))....((((((((.((((..........))))))))..(((((((....((((((((..........)))))))).....)))).)))...))))))))))))))))))).)))...((((((....(((.........)))..(((((((...((((............))))...(((((...(((((.....((((((((((((...(((((.(((((...(((...(((((............)))))..)))..((((((.....(((((((((......((((.......))))........)))))))))....)))))).(((((....))))).))))))))))..(((.(((((((((((((.......))))))))...(((((((.(((((......))))).((((((((((((.(((((((((.....(((((........)))))...)))))).))))).......))))))))))..)))))))...)))))...((((.......))))...)))...)))))))))))))))))....((((((((..((((((.............))))))..))))))))..)))))((((((...........)))))).....)))))))...)))))).........))))))... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.....................))))((((((......)))))).(((.........))).......(((((..(((..((((((.((..((((((((((..........................)))).)))))).)))))))))))((((((....................))))))..))))).............((............((((((((......((.........(((((((......)))))))..........)).......))))))))............)).....((((......(((((((((......(((....((((((((..........)))))))).....))).........................................................................................................................................))))))))).....)))).....................((((((..(...(((((((.......((((.......)))).........))))))))....))))))...............................................................................................................................................................................(((.((((..((((.......)))).)))).)))..................((.((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..))..(((((((...........)))))))...................................... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).......((..((((((..(((((((.......((((((...((((((......))))))((((...............(((((.....((((((.......((((((........)))))).(((((...(.(((((.((((..........)))).)))))).((((((....................))))))..)))))............................(((((......((((...((((.......))))......)))).....)))))))))))....((((((............))))))...........((((.(((((...(.(((((....((((((((..........)))))))).....))))))...((((.((((......)))).))))....))))).))))))))).....))))....................................)))))).....))))......((((((...(((((((......((((...................))))........)))))))....))))))......(((.(((((.........................((((.(((.((...(.(((((.(((..((((((..(.((............((((((((...(((....)))...))))))))...(((((......))))).((((((.......(..((((((.(.(.((..........)).).)...)))))).)(((.......)))..))))))..)).).))))))........)))...))))).)....)).))).))))((((((.((........)).).)))))..))))).)))..)))...)))))).........))..(.(((((((...........))))))).)...((((((....................)))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).((........))((((.....(((.......)))...))))((((((......))))))(((((.......))))).....(((((((.(((..((((((.((..((((((((((..........................)))).)))))).)))))))))))((((((....((((....))))....)))))).))))))).......((((.((((...((.....((((((((..((((((........((((((((......)))))))).........))))...)))))))))).....))...)))).))))((((......(((((((((..(((((((..(.((((((((..(....)..)))))))).)...))))).))............(((((.(....................)......)))))...................................(((((.(((........)))....))))).................))))))))).....)))).....................((((((.....(((((((((..((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))......................((((((.....((((.....)))))))))).....((((......))))...(((((((((......((((((............(((.......))).))))))....(.......)))))))))).((((((.((((((.((((..(((((.....))))).)))).)))..)))))))))......(((.((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..))).(((((((...........))))))).....((((.......)))).................. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((........))).)))..........((((.((((((((((((((((..((((((((.((((((.....)))))).....(((...)))..((((.....(((((((......)))))))............)))).))).)))))...)))))))))))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((...........)))))))))))).....))).........((((((((((.((((..........))))))))..((((...)))))))))).....))))...(((((((((......((((.(((((..((((...[[[)))).)))))....)))).....]]].......................................(((((((..[[[[[.((((.((((.....)))))))).))))))).......]]]]].....)))))))))....((((((.........((((((..(((((((((.........((((.......))))........)))))))))....)))))).(((((....)))))....(((....))).))))))....((((((.[[[[[.))))))..]]]]].....(((((......))))).((((((((((......((((((.....(((((........)))))...))))))..[[[[.......))))))))))......]]]](((.((((..(((((..[[[))))).)))).)))..........]]].((((((.((((((((..((((((.............))))))..))))))))..))).[[[[[[[)))........]]]]]]].(((.[[[[[)))..]]]]](((.....)))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((...((((((.......((((((...((((((.....)))).)))))))).......))))))((((..(((((......))))))))).((((...(((..(((((.(((((((......)))))))(((((((((((((((((((.....((((...((((...)))).((((((....(((((......)))))))))))............(((....)))............(((((((((...((((........((((((((......)))))))).........))))...).))))))))...........((((.(((((((......(((((((((..(((((((....((((.(((.((((((....((((((((((...((((.(((...(.(......).)))).))))))))))))))....)).).))).....(((((..........................)))))..)))))))........))))))).....((((((...)))))).))))))))).....)))).))).)))).))))..)))))).)))).))))))))).(((((((((((((.......))))(((((.(((((((((((.((((.......))))......((((((..(((((((...(((....))).))))))).))))))................(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..(((((((........)))))))((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..)))))))).((....))....)))))))..)))))))))..))).)))))).))))).)))..)))).))))))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((......................................((((((((((((...((((.((............................................((((((........))))))..................))..))))....)))))))))))).((((((....................))))))...........((((((((.(((...........(((((((...(((............((([[...[[[[..[[.)))]].]]]]...]]....))).)))))))...........))).))))))))...................))))).............((.(((((((((((((.((..((((((.((((...((((.....((.......................))......................(((((.............((((......................................................................................((((((...((...((((........((((.......))))..........)))))).....))))))...................(((....))).....................................................))))...........))))).......))))..)))).))))))..)).))))).)).))))))))........................(((....{{{..))).........(((((.}}}....)))))................((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))......(((((((...........)))))))...................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((.(((........))).))).......((.((((((.((((...((((((......))))))((((((.....))))))...(((((((((((((((.......(((((((......)))))))(((((((((((((((((((............((((...)))).((((((......(((......)))..))))))((....))....(((....))).............((((((......(((........((((((((......)))))))).........))).......))))))............((((.(((((((......(((((((((..(((((((....(((.((((.((.(((....((((((((((...((((.(((...(.(......).)))).))))))))))))))....)).)..))......(((............................)))...)))))))........))))))).....((((((...)))))).))))))))).....))))).)).)))).......))))))).))).))))))))).............................(..........)...(((.......)))........)))))))..)))))))).......((((((((..............))))))))....(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))...((((((((.......)))))))).....(((((........))))).)))).)))))).)).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))......(((((((...........))))))).....(((((.....))))).........))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((.(((((....((((((((((..(((((((.((.((((((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..)))).))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..............((((.(((((..........))))))))).)).))))..((((((((((..........)))))))...........)))..)))..))))))))))))))).)))...((((((....((......)).......(((((((..((((((...(((.((((.((.(((((.(((........)))....))))).)).)))).))).....))))))...(((((((........((((((...((....((((((..(((((((((.....((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))...........))..))))))..((((((((......((((((.............(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..)))))).....(((((.((((.((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))....))))..))))).)))))))))))))))....)))))))...)))))).........))))))... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((.(((.ccccc..))).)))..........((((((.(((((((((((((......))))))((((((.....))))))...(((((((((((((((.......((((((((...).)))))))((((((((((((((((((((((.........((((...))))((((((.....(((((......)))))....((((....))))..(((....)))............bbbbbbbb..bbb...........((((((((.<<<<.))))))))..>>>>..)))))).BBBBBBBBBBB...........((((.(((((((......(((((((((..(((((((....(((.((((.((((((....((((((((((...((((.(((...............))).))))))))))))))....)).).))).....(((((...........(((.....)))....)))))..))))))).....[[[)))))))]]]..((((((...)))))).))))))))).....))))).)).)))))))....))))))).))).)))))))))...(((((((((.....)))ddd.)).)((((DDD...)))).aaaa)))....AAAA.......)))))))..)))))))).)))..(((((((((..(((....)))..)))))))))...(((((......))))).((((((((((......((((((.....(((((........)))))...)))))).............))))))))))..(((((((((.......)))))))))....(((((........))))).)))).))))))....((((((((..((((((....CCCCC....))))))..))))))))......(((((((...........)))))))....(((((({{{{{))))))}}}}}...))))))... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((.(((((....((((((((((...((((((((.....(((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..))))).....(((((((.((((..........)))))))...(((((((..(..(((((((..........)))))))..)...)))).)))..)))).))))))))))))))).)))...((((((((((((.(((..(.((((((......(((((((((......................(((........(....).((((((...(((((((...((.(((((.................))))).)).....)))))))....)))))).))).((((.(((((......(((((......(((.((((((((((.((.((((((...........((((((..(((((((...(((....))).))))))).))))))..((((((.((.....(((((......)))))..(((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))).)))))))))))).)).))))).)))))))).......)))))..((((.(((((.(.....).)))))..))))..))))).))))...))))))))).....)))))))....(((((((...........)))))))....))))))))).)))))).........))))))... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.......(((((.((..((((((..).((.((((..(((..(((((........)))))(((.(........)))).((..(((((((.((((((..((((((((((.......).)))))((................))))))(((((.(((((...))))((((......).)))...))))))...)))).)))))))))))).))..))))))...(((........)))(((((((((((((..(.((((.(((((((((((.(((.((((((((((...((((..)))).(((((((((((((((..))))))..(((((((((((((((((((((((((((.(((...)((..))((((((..(((((((((.(.(..(((..(((((((((((...)))).)).))))).....)))..)((..))((((..))))(((....(((.(.......).).).)...))))))))))))))))))).)))))))).))))..................))))))))(((((((........(((((...(((((..(((((..(((((((((..(((.(..((.......))).))))).(((..))))))))))....))))).))))).(((((((..))))).)).(..)..)))))...........))))))).))))))))).......(((((......))))).)))))))))..(((...)))...(..))))..)))))))....))).))))))))))))))).)..)))))).......((((((((..........))))))))(((((((((........))))))))))))))))(((..(((((((.(((((((.((........)))))))).))))))))...))).(((((((...........))))))))))))))))))).((......))))))))))))))... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((.(((((....((((((((((................(((((..((((((..((((.(((.......................((.....))...........(((((((......))))))).................)))..))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.(((......))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).))))))))))))........................((..((((..........)))).))...(((((((..(..(((((((..........)))))))..)...)))).))).......))))))))))))))).)))...((((((.(((((.((.........................................................................................................................................................................(....)...........................................................................................(((((......)))))..(((((((((((....((((((.....(((((........)))))...))))))....)).......)))))))))...................................................................(((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))).......(((((((...........))))))).....)))))))..)))))).........))))))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((..((((....((((((((((...((((((((.....(((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((..(((....)))..)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..))))).....(((((((.((((..........)))))))...(((((((.....(((((((..........)))))))......)))).)))..)))).))))))))))))))..)))...((((((....((......)).......(((((((..........................(((((...((((((.......((((((...(((((((...((.(((((.................))))).)).....)))))))....)))))).......(((.(((......(((((.((..((((((....((((((.(((.((...(((((....))))).......)).))).)))).))..)))))).)).)))))(((((.............(((((......))))).((((((((((((.(((((((((.....(((((........)))))...)))))).))))).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..))))).............))).))).))))))....((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..)))))((((((...........)))))).....)))))))...)))))).........))))))... |