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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00740



RNA: CRW_00740
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ....................................((((.......((((((...((((((......))))))((((((...........))))))((((...(((((((((..(((..................................................))).))))....))))).......................))))...((((((..((((.((....))............((((....(((((................................................................................................((((((..............................................(((((((........))).))))............))))))))))).....))))))))...))))))...................)))))).....))))....((((......................................................................))))........((((((...((((....................................)))).....))))))...(((...................................................................................................................................................)))((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((((.........)))))).)))).......................................................................................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((..(((.(((((....((((((((((..(((((((.((.((((((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..............(((((.((((..........))))))))).)).))))..((((((((((..........)))))))...........)))..)))..))))))))))))))).)))...((((((....((......)).......(((((((.(((((((...(((.((((.((.(((((.(((........)))....))))).)).)))).))).....)))))))..(((((((........((((((...((....((((((..(((((((((.....((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))...........))..))))))..((((((((......((((((.............(((((......)))))..(((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......)))))))))...(((((((((.......)))))))))..)))))).....(((((.((((.((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))....))))..))))).)))))))))))))))....)))))))...)))))).........))))))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((.(((((....((((((((((...((((((((.....(((((((((((((..((((((((.(((((.......)))))..(((.......))).((((.((..(((((((......))))))).........)).)))).)))).))))...)))))))))))))((((((((.((((((((..((((((......((((....)))).(((((....(((((..........)))))...))))).))))))))))))))....((((...........)))))))))))).....)))..)))))....((((((((.((((..........))))))))..(((((((....((((((((..........)))))))).....)))).)))...))))))))))))))))))).)))...((((((....(((.........)))..(((((((...((((............))))...(((((...(((((.....((((((((((((...(((((.(((((...(((...(((((............)))))..)))..((((((.....(((((((((......((((.......))))........)))))))))....)))))).(((((....))))).))))))))))..(((.(((((((((((((.......))))))))...(((((((.(((((......))))).((((((((((((.(((((((((.....(((((........)))))...)))))).))))).......))))))))))..)))))))...)))))...((((.......))))...)))...)))))))))))))))))....((((((((..((((((.............))))))..))))))))..)))))((((((...........)))))).....)))))))...)))))).........))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((.....................))))((((((......)))))).(((.........))).......(((((..(((..((((((.((..((((((((((..........................)))).)))))).)))))))))))((((((....................))))))..))))).............((............((((((((......((.........(((((((......)))))))..........)).......))))))))............)).....((((......(((((((((......(((....((((((((..........)))))))).....))).........................................................................................................................................))))))))).....)))).....................((((((..(...(((((((.......((((.......)))).........))))))))....))))))...............................................................................................................................................................................(((.((((..((((.......)))).)))).)))..................((.((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..))..(((((((...........)))))))......................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).......((..((((((..(((((((.......((((((...((((((......))))))((((...............(((((.....((((((.......((((((........)))))).(((((...(.(((((.((((..........)))).)))))).((((((....................))))))..)))))............................(((((......((((...((((.......))))......)))).....)))))))))))....((((((............))))))...........((((.(((((...(.(((((....((((((((..........)))))))).....))))))...((((.((((......)))).))))....))))).))))))))).....))))....................................)))))).....))))......((((((...(((((((......((((...................))))........)))))))....))))))......(((.(((((.........................((((.(((.((...(.(((((.(((..((((((..(.((............((((((((...(((....)))...))))))))...(((((......))))).((((((.......(..((((((.(.(.((..........)).).)...)))))).)(((.......)))..))))))..)).).))))))........)))...))))).)....)).))).))))((((((.((........)).).)))))..))))).)))..)))...)))))).........))..(.(((((((...........))))))).)...((((((....................)))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).((........))((((.....(((.......)))...))))((((((......))))))(((((.......))))).....(((((((.(((..((((((.((..((((((((((..........................)))).)))))).)))))))))))((((((....((((....))))....)))))).))))))).......((((.((((...((.....((((((((..((((((........((((((((......)))))))).........))))...)))))))))).....))...)))).))))((((......(((((((((..(((((((..(.((((((((..(....)..)))))))).)...))))).))............(((((.(....................)......)))))...................................(((((.(((........)))....))))).................))))))))).....)))).....................((((((.....(((((((((..((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))......................((((((.....((((.....)))))))))).....((((......))))...(((((((((......((((((............(((.......))).))))))....(.......)))))))))).((((((.((((((.((((..(((((.....))))).)))).)))..)))))))))......(((.((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..))).(((((((...........))))))).....((((.......))))..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((........))).)))..........((((.((((((((((((((((..((((((((.((((((.....)))))).....(((...)))..((((.....(((((((......)))))))............)))).))).)))))...)))))))))))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((...........)))))))))))).....))).........((((((((((.((((..........))))))))..((((...)))))))))).....))))...(((((((((......((((.(((((..((((...[[[)))).)))))....)))).....]]].......................................(((((((..[[[[[.((((.((((.....)))))))).))))))).......]]]]].....)))))))))....((((((.........((((((..(((((((((.........((((.......))))........)))))))))....)))))).(((((....)))))....(((....))).))))))....((((((.[[[[[.))))))..]]]]].....(((((......))))).((((((((((......((((((.....(((((........)))))...))))))..[[[[.......))))))))))......]]]](((.((((..(((((..[[[))))).)))).)))..........]]].((((((.((((((((..((((((.............))))))..))))))))..))).[[[[[[[)))........]]]]]]].(((.[[[[[)))..]]]]](((.....))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...((((((.......((((((...((((((.....)))).)))))))).......))))))((((..(((((......))))))))).((((...(((..(((((.(((((((......)))))))(((((((((((((((((((.....((((...((((...)))).((((((....(((((......)))))))))))............(((....)))............(((((((((...((((........((((((((......)))))))).........))))...).))))))))...........((((.(((((((......(((((((((..(((((((....((((.(((.((((((....((((((((((...((((.(((...(.(......).)))).))))))))))))))....)).).))).....(((((..........................)))))..)))))))........))))))).....((((((...)))))).))))))))).....)))).))).)))).))))..)))))).)))).))))))))).(((((((((((((.......))))(((((.(((((((((((.((((.......))))......((((((..(((((((...(((....))).))))))).))))))................(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..(((((((........)))))))((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..)))))))).((....))....)))))))..)))))))))..))).)))))).))))).)))..)))).))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((......................................((((((((((((...((((.((............................................((((((........))))))..................))..))))....)))))))))))).((((((....................))))))...........((((((((.(((...........(((((((...(((............((([[...[[[[..[[.)))]].]]]]...]]....))).)))))))...........))).))))))))...................))))).............((.(((((((((((((.((..((((((.((((...((((.....((.......................))......................(((((.............((((......................................................................................((((((...((...((((........((((.......))))..........)))))).....))))))...................(((....))).....................................................))))...........))))).......))))..)))).))))))..)).))))).)).))))))))........................(((....{{{..))).........(((((.}}}....)))))................((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))......(((((((...........)))))))......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((.(((........))).))).......((.((((((.((((...((((((......))))))((((((.....))))))...(((((((((((((((.......(((((((......)))))))(((((((((((((((((((............((((...)))).((((((......(((......)))..))))))((....))....(((....))).............((((((......(((........((((((((......)))))))).........))).......))))))............((((.(((((((......(((((((((..(((((((....(((.((((.((.(((....((((((((((...((((.(((...(.(......).)))).))))))))))))))....)).)..))......(((............................)))...)))))))........))))))).....((((((...)))))).))))))))).....))))).)).)))).......))))))).))).))))))))).............................(..........)...(((.......)))........)))))))..)))))))).......((((((((..............))))))))....(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))...((((((((.......)))))))).....(((((........))))).)))).)))))).)).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))......(((((((...........))))))).....(((((.....))))).........))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((.(((((....((((((((((..(((((((.((.((((((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..)))).))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..............((((.(((((..........))))))))).)).))))..((((((((((..........)))))))...........)))..)))..))))))))))))))).)))...((((((....((......)).......(((((((..((((((...(((.((((.((.(((((.(((........)))....))))).)).)))).))).....))))))...(((((((........((((((...((....((((((..(((((((((.....((..((((.......)))).)).....)))))))))....)))))).(((((....)))))...........))..))))))..((((((((......((((((.............(((((......))))).((((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..)))))).....(((((.((((.((((.....)))).((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))....))))..))))).)))))))))))))))....)))))))...)))))).........))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((.(((.ccccc..))).)))..........((((((.(((((((((((((......))))))((((((.....))))))...(((((((((((((((.......((((((((...).)))))))((((((((((((((((((((((.........((((...))))((((((.....(((((......)))))....((((....))))..(((....)))............bbbbbbbb..bbb...........((((((((.<<<<.))))))))..>>>>..)))))).BBBBBBBBBBB...........((((.(((((((......(((((((((..(((((((....(((.((((.((((((....((((((((((...((((.(((...............))).))))))))))))))....)).).))).....(((((...........(((.....)))....)))))..))))))).....[[[)))))))]]]..((((((...)))))).))))))))).....))))).)).)))))))....))))))).))).)))))))))...(((((((((.....)))ddd.)).)((((DDD...)))).aaaa)))....AAAA.......)))))))..)))))))).)))..(((((((((..(((....)))..)))))))))...(((((......))))).((((((((((......((((((.....(((((........)))))...)))))).............))))))))))..(((((((((.......)))))))))....(((((........))))).)))).))))))....((((((((..((((((....CCCCC....))))))..))))))))......(((((((...........)))))))....(((((({{{{{))))))}}}}}...))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((.(((((....((((((((((...((((((((.....(((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.((((....)))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..))))).....(((((((.((((..........)))))))...(((((((..(..(((((((..........)))))))..)...)))).)))..)))).))))))))))))))).)))...((((((((((((.(((..(.((((((......(((((((((......................(((........(....).((((((...(((((((...((.(((((.................))))).)).....)))))))....)))))).))).((((.(((((......(((((......(((.((((((((((.((.((((((...........((((((..(((((((...(((....))).))))))).))))))..((((((.((.....(((((......)))))..(((((((((((.((.((((((.....(((((........)))))...)))))).)).)).......))))))))))).)))))))))))).)).))))).)))))))).......)))))..((((.(((((.(.....).)))))..))))..))))).))))...))))))))).....)))))))....(((((((...........)))))))....))))))))).)))))).........))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.......(((((.((..((((((..).((.((((..(((..(((((........)))))(((.(........)))).((..(((((((.((((((..((((((((((.......).)))))((................))))))(((((.(((((...))))((((......).)))...))))))...)))).)))))))))))).))..))))))...(((........)))(((((((((((((..(.((((.(((((((((((.(((.((((((((((...((((..)))).(((((((((((((((..))))))..(((((((((((((((((((((((((((.(((...)((..))((((((..(((((((((.(.(..(((..(((((((((((...)))).)).))))).....)))..)((..))((((..))))(((....(((.(.......).).).)...))))))))))))))))))).)))))))).))))..................))))))))(((((((........(((((...(((((..(((((..(((((((((..(((.(..((.......))).))))).(((..))))))))))....))))).))))).(((((((..))))).)).(..)..)))))...........))))))).))))))))).......(((((......))))).)))))))))..(((...)))...(..))))..)))))))....))).))))))))))))))).)..)))))).......((((((((..........))))))))(((((((((........))))))))))))))))(((..(((((((.(((((((.((........)))))))).))))))))...))).(((((((...........))))))))))))))))))).((......))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((.(((((....((((((((((................(((((..((((((..((((.(((.......................((.....))...........(((((((......))))))).................)))..))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((.(((......))).)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).))))))))))))........................((..((((..........)))).))...(((((((..(..(((((((..........)))))))..)...)))).))).......))))))))))))))).)))...((((((.(((((.((.........................................................................................................................................................................(....)...........................................................................................(((((......)))))..(((((((((((....((((((.....(((((........)))))...))))))....)).......)))))))))...................................................................(((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))).......(((((((...........))))))).....)))))))..)))))).........))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((..((((....((((((((((...((((((((.....(((((..((((((..((((((((..((..((...((((.....((((.((.......))))))...(((((((......)))))))..))))...))..))..))).)))))...))))))..)))))((((((((.((((((((..((((((..(((..(((....)))..)))......(((((..........))))).........))))))))))))))....((((..((....)).)))))))))))).....)))..))))).....(((((((.((((..........)))))))...(((((((.....(((((((..........)))))))......)))).)))..)))).))))))))))))))..)))...((((((....((......)).......(((((((..........................(((((...((((((.......((((((...(((((((...((.(((((.................))))).)).....)))))))....)))))).......(((.(((......(((((.((..((((((....((((((.(((.((...(((((....))))).......)).))).)))).))..)))))).)).)))))(((((.............(((((......))))).((((((((((((.(((((((((.....(((((........)))))...)))))).))))).......))))))))))..(((((((((.......)))))))))..))))).............))).))).))))))....((((((((..((((((..((.....))..))))))..))))))))..)))))((((((...........)))))).....)))))))...)))))).........))))))...