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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00741



RNA: CRW_00741
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .....................((((((..........................................................((((((((....(((((((...)))))))..((((...............................................))))...............(((((((((((....))))........)))))))..(((((((........)))))))................(((((((..(((............(((..(((((.((((.........((((((((((((..........))))))))))))......((((...((((((((.(((..........))).))))........)))).)))))))))))))...))).....)))...))))))).........))))))))))))))....((((((...................))))))......((((((...(((.............................)))....))))))(((...................................................................))).(((((((((((((((....)))))..))))))))))....((((((((((..............))))))).)))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((....(..(((((((........)))))))..)....))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....)))))....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((....((.(((((((((...((((((.((((....)))).(((((((....((..(((((((((((((((((((...((.((((..((((((((...))))))))....(((...(((((((((((((..........)))))).)))))))((((((...(((.........)))....))))))..)))......))))))...))))))..)))))(((((.......)))))....)))))))))))))))))..))))))..(((((..(((..(((((.((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((...(((((...........)))))..))))))))))))))))))))))...))).......((.(((((.(((((.......))))).(((((((((((..(((((((((((.(((((((............))))..)))))))..((((((((..((((((...((((........))))..))))))..))))))))....)))))))..))....)))))))))..))))))).)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))....)))))))))))....))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((.....(((((.........))))).........(((((..........)))))..............((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).))))))).................................(((((...........)))))......(((((((........)))))))................(((((((...........((((((.....)))))).............((((((((((((.((....)).)))))))))))).......((........((((.((((((....)))))).))))..............))...........................)))))))...............))))))))....((((((...................))))))......((((((...((((..........((((....)))).....))))....))))))....(((((((((((............)))))))))))............................((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))((((((..............))))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((......(((((((((.(((((.....(((((.........)))))........((((((.((.....)))))))).............(((((((.....)))))))...................))))).))).)))))).((((((((...((((((..(((.....)))..(....).)))))).....)))))))).............(((((((........))))))).................((((((.(((..(((((......((((((..................(((((((((((............)))))))))))........(((.(((((..........))))).)))....))))))...(((((((.........))))))).....))))).)))))))))............................(((((((((............))).))))))....(.((((((...((((....((((...........))))....))))....)))))).).((((((((((((............)))))))))))).........((((.............((((.....))))(((((.(((((....)))))...)))))........))))((((((.(..........).)))))).)))).)))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((.....(((((.........)))))......((((((((.((.....))))))))..)).((......((((((((...))))))))....))....(((((((((((((..........)))))).)))))))..((((..(((.....))).........))))((((((...........)))))).....(((((((........)))))))................(((((((.((((......((((((.....))))))((((.........((((((((((((.((....)).))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........)))))))))))))...(...........))))..))))))))...............))))))))....(((((((((............))).))))))......((((((...((((.(..(.....((((....)))))..).))))....))))))...((((((((((((............))))))))))))...........................((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))((((((..............))))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((((((((((((((((....(((((.........)))))...((((......((((((.((((((.................((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((..........)))))).)))))))....(((.....)))...))))))...)))))).))))))....)))).........))))).)))))).))))))...)))))))............(((((((..(((.((((.((((((.....))))))((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((......((((.((((((....)))))).))))((((...)))).)))))))))............)))))))...)))))))................(((((((((....(((((((((((.(((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))...))))))).........)))))))))....................................(((((((((((((((....)))))..))))))))))..((((..[[[[[[.....)))).....]]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....((.((((((((((((((........))))).(((((((((((..((.(((((.((.....)))))))....((((......((((((((...))))))))....))))..(((((((((((((..........)))))).))))))).((((.(((((..(((..(((.....(((((((.(((((((((.(((((.....))))).))))...)).)))..)))))))........)))..)))..))))).))))....((((((((.....))))).)))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........))))))))).(((.........))).....))..)))))))).))).(((((...((((((((((((.....(((((.((((.(((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))............)))))..)))))))))...)))....)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))....)))))))))))....))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((..........(((((.........))))).........(((((..........)))))..............((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))............................................................(((((((........)))))))................(((((((............(((((.....)))))..............((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((({{........))).)).}}.....)))))))))))..........................)))))))............................((((.....................))))..................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))......................................................((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))))[[[[.........)))))]]]].............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....((.(((((((((.......(((((.........)))))...((((......((((((.(((((((((....))))).....((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))........(.........)..........)))).))))))....)))).((((.......(((((((........))))))).......)))).....(((((((..(((....((((((((.....)))))).))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((....((((((.((((((....)))))).))))........))..)))))..(...........).....)))...))))))).....(((((...((((((((((((............((.((((((((..(((...))).))))..))))))...((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))...................)))))))))...)))....)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......)))).)))))....)))))))))))....))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.............((((((((.....(((((.........)))))....((((.............))))...........(((((((((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((..........)))))).)))))))....[[[[[[........))))))......((((((((...........))))))))...(((((((........)))))))................(((((((...........((((((.....))))))((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.(((((((..))))))).........)))))))))))))))))((((.....]]]]]]))))...)))))))......)))))))..))))))))...))))))..((((((..........(((((..)))))..((((((...((((..........((((....)))).....))))....))))))...((((((((((((............))))))))))))..........................((((.....))))(((((((((((....)))))))..))))............((((((..............))))))....)))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((.......(((((((........))))))).......))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((....((.((((((((((((((..[[[[[[))))).].]]]]]...((((.(....((((((.(((((((((....))))).....((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).))))))).............{{{.............)))).))))))...))))).((((.......(((((((........))))))).......))))..}}}(((((((..(((.(((((((((((.....)))))).))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........))))))))).(((.........))).))))))...))))))).....(((((..(((((((((((((.....(((((.(((.((((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))............)))))..)))))))))...))).)..)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......)))).)))))....)))))))))))....))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((....(..(((((((........)))))))..)....))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((......(((((((((..(((((((...((((((......)).))))..(((..((((((......)....((((......))))....(((((..)))))((((((((((((((((.......)).))))((((((.(((......)))))))))(((((((((...)))(((..((..))..))).((((((((((...)))))))))).......)))))).((((((((((..)).).))))))))))))))))).)).)))..))))))))))((((.(((((.(.((...(((((.(((((((((((..(........)))))))))))).......((((((((((..(......))))))))))).(((.........))))))))..)).))))))))))..(((.......)))...(((.....)))((..(((((((((((...(((((((((((......))..))).))))))((((((..((((((.(((((((((((((.(((((..)))))...))))).)).))))))....)..))))))))))))))))))))))..))...)))))).)))..(((........))).(.((((..(((.(((((((((.((((((..))))))...)))))))))...))))))).)((((..))))..(.((((..))))).)))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((.((((((((........(((.............))).............((((((.(((((..................((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))............................))))).)))))).....................((((((........)))))).................(((((((.........................................((((((((((((..........)))))))))))).................((((.((((((....)))))).))))...........................................))))))).....................................((..(((((((..((.....)).))))..))).))...((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))......................................................((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))))...........))))))))))..............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....((.(((((((((.......(((((.........)))))..(((..((((..((((((.((((((......((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....)))........)))))).)))))).................((((..((..(((((..........................(((((((..(((.((((........(((.(((((.((((...(((((.((((((((((((..........)))))))))))).................((((.((((((....)))))).))))..........)))))..))))))))))))....)))))))...))))))).....(((((...((((((((((((..(((((((((..((....))..))).)))))).................(((..(((..(((((((..((((........)))).)))))))..)))..)))...................)))))))))...)))....)))))..)))))..))..)))).....((((((((((((((....)))))))..))))))).))))..)))...........)))))))))))....))))).....