|
|
|
AGUUUAGUGGUAAAAGUGUGAUUCGUUCUAUUAUCCCUUAAAUAGUUAAAGGGUCCUUCGGUUUGAUUCGUAUUCCGAUCAAAAACUUGAUUUCUAAAAAGGAUUUAAUCCUUUUCCUCUCAAUGACAGAUUCGAGAACAAAUACACAUUCUCGUGAUUUGUAUCCAAGGGUCACUUAGACAUUGAAAAAUUGGAUUAUGAAAUUGCGAAACAUAAUUUUGGAAUUGGAUCAAUACUUCCAAUUGAAUAAGUAUGAAUAAAGGAUCCAUGGAUGAAGAUAGAAAGUUGAUUUCUAAUCGUAACUAAAUCUUCAAUUUCUUAUUUGUAAAGAAGAAAUUGAAGCAAAAUAGCUAUUAAACGAUGACUUUGGUUUACUAGAGACAUCAACAUAUUGUUUUAGCUCGGUGGAAACAAAACCCUUUUCCUCAGGAUCCUAUUAAAUAGAAAUAGAGAACGAAAUAACUAGAAAGGUUGUUAGAAUCCCCUCUUCUAGAAGGAUCAUCUACAAAGCUAUUCGUUUUAUCUGUAUUCAGACCAAAAGCUGACAUAGAUGUUAUGGGUAGAAUUCUUUUUUUUUUUCGAAUUUUGUUCACAUCUUAGAUCUAUAAAUUGACUCAUCUCCAUAAAGGAGCCGAAUGAAACCAAAGUUUCAUGUUCGGUUUUGAAUUAGAGACGUUAAAAAUAAUGAAUCGACGUCGACUAUAACCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................((((((..........................................................((((((((....(((((((...)))))))..((((...............................................))))...............(((((((((((....))))........)))))))..(((((((........)))))))................(((((((..(((............(((..(((((.((((.........((((((((((((..........))))))))))))......((((...((((((((.(((..........))).))))........)))).)))))))))))))...))).....)))...))))))).........))))))))))))))....((((((...................))))))......((((((...(((.............................)))....))))))(((...................................................................))).(((((((((((((((....)))))..))))))))))....((((((((((..............))))))).)))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((....(..(((((((........)))))))..)....))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....)))))....) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((....((.(((((((((...((((((.((((....)))).(((((((....((..(((((((((((((((((((...((.((((..((((((((...))))))))....(((...(((((((((((((..........)))))).)))))))((((((...(((.........)))....))))))..)))......))))))...))))))..)))))(((((.......)))))....)))))))))))))))))..))))))..(((((..(((..(((((.((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((...(((((...........)))))..))))))))))))))))))))))...))).......((.(((((.(((((.......))))).(((((((((((..(((((((((((.(((((((............))))..)))))))..((((((((..((((((...((((........))))..))))))..))))))))....)))))))..))....)))))))))..))))))).)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))....)))))))))))....)))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((((((.....(((((.........))))).........(((((..........)))))..............((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).))))))).................................(((((...........)))))......(((((((........)))))))................(((((((...........((((((.....)))))).............((((((((((((.((....)).)))))))))))).......((........((((.((((((....)))))).))))..............))...........................)))))))...............))))))))....((((((...................))))))......((((((...((((..........((((....)))).....))))....))))))....(((((((((((............)))))))))))............................((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))((((((..............))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......(((((((((.(((((.....(((((.........)))))........((((((.((.....)))))))).............(((((((.....)))))))...................))))).))).)))))).((((((((...((((((..(((.....)))..(....).)))))).....)))))))).............(((((((........))))))).................((((((.(((..(((((......((((((..................(((((((((((............)))))))))))........(((.(((((..........))))).)))....))))))...(((((((.........))))))).....))))).)))))))))............................(((((((((............))).))))))....(.((((((...((((....((((...........))))....))))....)))))).).((((((((((((............)))))))))))).........((((.............((((.....))))(((((.(((((....)))))...)))))........))))((((((.(..........).)))))).)))).))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((((((.....(((((.........)))))......((((((((.((.....))))))))..)).((......((((((((...))))))))....))....(((((((((((((..........)))))).)))))))..((((..(((.....))).........))))((((((...........)))))).....(((((((........)))))))................(((((((.((((......((((((.....))))))((((.........((((((((((((.((....)).))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........)))))))))))))...(...........))))..))))))))...............))))))))....(((((((((............))).))))))......((((((...((((.(..(.....((((....)))))..).))))....))))))...((((((((((((............))))))))))))...........................((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))((((((..............))))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((((((((((((((....(((((.........)))))...((((......((((((.((((((.................((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((..........)))))).)))))))....(((.....)))...))))))...)))))).))))))....)))).........))))).)))))).))))))...)))))))............(((((((..(((.((((.((((((.....))))))((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((......((((.((((((....)))))).))))((((...)))).)))))))))............)))))))...)))))))................(((((((((....(((((((((((.(((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))...))))))).........)))))))))....................................(((((((((((((((....)))))..))))))))))..((((..[[[[[[.....)))).....]]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....((.((((((((((((((........))))).(((((((((((..((.(((((.((.....)))))))....((((......((((((((...))))))))....))))..(((((((((((((..........)))))).))))))).((((.(((((..(((..(((.....(((((((.(((((((((.(((((.....))))).))))...)).)))..)))))))........)))..)))..))))).))))....((((((((.....))))).)))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........))))))))).(((.........))).....))..)))))))).))).(((((...((((((((((((.....(((((.((((.(((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))............)))))..)))))))))...)))....)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))....)))))))))))....)))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((..........(((((.........))))).........(((((..........)))))..............((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))............................................................(((((((........)))))))................(((((((............(((((.....)))))..............((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((({{........))).)).}}.....)))))))))))..........................)))))))............................((((.....................))))..................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))......................................................((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))))[[[[.........)))))]]]]............. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....((.(((((((((.......(((((.........)))))...((((......((((((.(((((((((....))))).....((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))........(.........)..........)))).))))))....)))).((((.......(((((((........))))))).......)))).....(((((((..(((....((((((((.....)))))).))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((....((((((.((((((....)))))).))))........))..)))))..(...........).....)))...))))))).....(((((...((((((((((((............((.((((((((..(((...))).))))..))))))...((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))...................)))))))))...)))....)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......)))).)))))....)))))))))))....)))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.............((((((((.....(((((.........)))))....((((.............))))...........(((((((((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((..........)))))).)))))))....[[[[[[........))))))......((((((((...........))))))))...(((((((........)))))))................(((((((...........((((((.....))))))((((.........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.(((((((..))))))).........)))))))))))))))))((((.....]]]]]]))))...)))))))......)))))))..))))))))...))))))..((((((..........(((((..)))))..((((((...((((..........((((....)))).....))))....))))))...((((((((((((............))))))))))))..........................((((.....))))(((((((((((....)))))))..))))............((((((..............))))))....)))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((.......(((((((........))))))).......))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....)))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((....((.((((((((((((((..[[[[[[))))).].]]]]]...((((.(....((((((.(((((((((....))))).....((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).))))))).............{{{.............)))).))))))...))))).((((.......(((((((........))))))).......))))..}}}(((((((..(((.(((((((((((.....)))))).))..........((((((((((((..........))))))))))))......(((((..((((((((.((((((....)))))).))))........))))))))).(((.........))).))))))...))))))).....(((((..(((((((((((((.....(((((.(((.((((((((..(((...))).))))..)))))))..((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))............)))))..)))))))))...))).)..)))))...(((((...((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......)))).)))))....)))))))))))....)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....((.(((((((((.............((((((((..((((((((..((....((((((.(((((((((...((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....))).))))....))))).))))))...))....((((....(..(((((((........)))))))..)....))))....))))))))....((((...((((((.....)))))).))))........((((((((((((..........)))))))))))).....))))))))....((((.((((((....)))))).)))).........(((((((..((((..(((((((.(((.......))).............((((.((((((.(((....(((((((((..((....))..))).)))))).................((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))..))).)))))).))))...)))))))..)))).....................((((......(((((((((((((((....)))))))..))))))))......)))).)))))))..)))))))))))....)))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((......(((((((((..(((((((...((((((......)).))))..(((..((((((......)....((((......))))....(((((..)))))((((((((((((((((.......)).))))((((((.(((......)))))))))(((((((((...)))(((..((..))..))).((((((((((...)))))))))).......)))))).((((((((((..)).).))))))))))))))))).)).)))..))))))))))((((.(((((.(.((...(((((.(((((((((((..(........)))))))))))).......((((((((((..(......))))))))))).(((.........))))))))..)).))))))))))..(((.......)))...(((.....)))((..(((((((((((...(((((((((((......))..))).))))))((((((..((((((.(((((((((((((.(((((..)))))...))))).)).))))))....)..))))))))))))))))))))))..))...)))))).)))..(((........))).(.((((..(((.(((((((((.((((((..))))))...)))))))))...))))))).)((((..))))..(.((((..))))).))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((.((((((((........(((.............))).............((((((.(((((..................((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))............................))))).)))))).....................((((((........)))))).................(((((((.........................................((((((((((((..........)))))))))))).................((((.((((((....)))))).))))...........................................))))))).....................................((..(((((((..((.....)).))))..))).))...((((((((..(((((((..((((........)))).)))))))..))))))))......................................................((((......(((((((((((((((....))))))..)))))))))......))))...........)))))))))).............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....((.(((((((((.......(((((.........)))))..(((..((((..((((((.((((((......((((.......((((((((...))))))))..........(((((((((((((..........)))))).)))))))...)))).(((.....)))........)))))).)))))).................((((..((..(((((..........................(((((((..(((.((((........(((.(((((.((((...(((((.((((((((((((..........)))))))))))).................((((.((((((....)))))).))))..........)))))..))))))))))))....)))))))...))))))).....(((((...((((((((((((..(((((((((..((....))..))).)))))).................(((..(((..(((((((..((((........)))).)))))))..)))..)))...................)))))))))...)))....)))))..)))))..))..)))).....((((((((((((((....)))))))..))))))).))))..)))...........)))))))))))....)))))..... |