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CGCGUUGCCUCCAGGGGGACGGGAAACUUAAAUAAACCUGGAUAAAAUUGCGACUAGCUAAGUUUAUAUUAAUAAUGUGGUGAAACCCCACCAAAUAAUCCAUUAUUUGAACUCUAAACAGCAUGCGUUAGAAGUAAUUUUAAAGCAUGAAGCCUGUAAAUUAAAUUAAGAGUUAGAUACUUAUGGAUAAUGUAAUGUGAAUUCACGGUUGAAGUGUAAAUAUUAAGAGUAGGAAAAUUUCCCGCAUUUUCCUUAAUGGGUCCGCAUGUUAAUAUUACAUAUAGUGGAAUCCUAAGAGUAUCAUUAAAGUGUUAAUAUAAAAACUAGGUAACCCCAAUUACAUCCAAUUUUUAUAUUGGAGGUUUCAUUUGUGAAGGUGAAAUAACUGUAAGUGGGUAAAGGAAAUUCAAAAAAGCAAAAGCCCUAUUGUAAUGAUAGGGAUAGGUUAUUUUUAACUAAUCUGAAAGGAUGCCUACUUUGAAUUAGUGUAAGUUUAUAUUAGAAAGAUCAAAAACUCCACCUAGCAGCUUAAAAGCAAGUCCUUGCUUUGCUAGGAUUAAAAAAGCUACAAUGUAUUAGUCAGCAGCUAAUAUUUUAUGUUAUGGAAAAAAAUAAAUUUAAUUUAAAUACAAUAAGGAAUUAUACAACAUUAAAAUCAUCUUAUGAUUUAUUACCUUGGCAAAUUACAGGUUUAACCGAUGGUUGCUUUGUUUUUACCUUAUGGUAAAAACCAUAAGGCUAGGAGGGUUUUAUUGUUCUAUUUUAAAAACUGGAACUGGUGCUACUGGUUUUAGAGUUAAAUUAGAAUUUAAAGUUGUACAAAAAAGCCAUUCUGAAGAAGUAUUAGUAAGUUUACAGAAUUAUUUUUCUUGUGGAAGUGUGGUUAUUGAUAAUAGAAAAACAGAUACUAAAAAAUAUCAUGUUACUUCUAUAUCUGAUAUACUUAAUAUCAUUAUACCACAUUUUGAUACUUAUCCUUGCUUAACUUCAAAAUUUUUAAAUUUUGACGAUUGGAAAAGCAUAGCUUUUUUAUUAAAAAAUAAAGAACAUUUGACAAAAGAAGGAUUGCCCUCUGGUUUGUAACCAUUCGGGUUUAAAACAAAAAAUAAGAGAAAUAAGCUCUAAGAUGAAUUCAAAAAGAAGUUUUUUAGAAAAAUAUGAAUAUUUAAAAAAAGCUUUAAAUGUAGAUUCAGAUGGUAAUGCCAACUAUAAACUACCAGAACACUGGGUACAAACAUUUAUAGAUGGUUGCUUUGUUUGUACCUUAUGGUAAAAACCAUAAGGCUAGGUAUGUUUUAUAAUUACCUAUUUGAUAAUAGUACAACUUUACAAAAUAAAAUAAUUGUUGAUUCUUCAUUAGAAAUUGCUCAAGGAAAUCACGAUGUUUUUAUUUUAUUAGCCUUAAAACAAUUCUUUGACGGAGGUUAUAUUAAACCUAAAUACAAUGUAAAUUCUAUAACUGAAUGUAAAGAAUCUAGAGAUGUUAAUAGGUAUAUACUUAGAGAUAGUAAGAAAAUUAUCGAUUUUGUGAAUAAAUUUCCAAUGCUUACUAGAAAACAGUUAGACUUUUUGGACUGGAAAACUAUUGUUGAAUUAAAAAAUAAUGGUUUACAUAAAACUCCUGAAGGUUUAACUUUAAUCAAGGAAAUUAAAGCUAAAAUGAAUUCUAAAAGAGAUUAAUUGAAUAAUUGACCUUAAAUUUAGGGAUUAAACUAAUAUUGAAACUUAUGCUUGAGCUGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACAGUUCUUAGAGGAUGUUAAUAUAGUAAUAUUUAACGUAGCCUCAACAGACCCUAUGCAGCUUUACUGUAGUUAGUUAUCAUAUGAAUCUAGAACA |
| Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.....((....))........))))))......(((..((((.....((((((((((((.(((((.......))))......((((((....(.((((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........))))))..).....)))))).(((((((((.....(((.......)))...............(((((((.......)))))))...................)))))))))...........................).))))))))))))..)))).....((((.(((((((((((......)))))).(((((((((....)))))))))...))))).))))..................)))....((((((.......)))))).((((((.....((((((((((....)))...............((((((((((.(((((((...((((.(((((.((.(((((((((((........(((((.((...)).))))).....))))).....((((((((.....))))))))(((((.............)))))...........................................((((((.............((((......(((...))).....))))...(((((((((....))))))))))))))))))))).)))))))...((((((.(((((...((((((((((.....))))))))))..))))).)))))).(((((((((((......(((((.(((((...(((..........)))((..(((((((((((((.(((((((((....((((...((.....((((((........................)))))).....))....)))).....))))))))).......(((((..........(((((((....))))))).......(((((((...)))))))...............................)))))..((...((((.....))))....)).............))))))))))))).))..................((((((((......(((((....)))))....)))))))).........))))))))))...(((.......................((((((((((.................))))))))))(((((((....))))))))))((((((...........))))))..........)))))))))))...............(((...((((..((((((....(((.((........(((((((((((((((.......)))))...(((((((.....(((((((.........................))))))).....)))))))..))))))))))............))..))).(((((((.(.......((..((.......))..))...).))))))).......(((((((((((.(((.(....((((((((((.........))))))))))........).))).)))))))))))..............................))))))..))))..)))...........((.........))))))...)))))))...)))))))))).((((((((.(((((....)))))...))))))))(..((((.(((....(((....))).....))).))))...).......(((((.....))))).))))))).......))))))..... |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((......(....).........))))))...)).))))....(((.((((((((((((((..((((.......))))(((((((....)))))))((((((.((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))).........).)))))).(((((((..((((.....(((((.(())(((.......)))...)))))......((((((((.......)))))))).......(((((((((.......))))...)))))))))...))))))).......))))))))))))..)).)))...((((.(((((((((((......))))))((((((((((....)))))))))..)))))).)))).......((((((((..........(((((((.....))))))).(((((((....))))...(((....)))...))).))))))))((((((((((((((((((....((..(((((((..((((((......((((((((..))))))))))))))..............((.((((((((.....)))))))).))........................................................((((((.....))))))...((((...........)))).........................(((((((((....)))))))))......)))))))...((((((.(((((...(((((((((((...)))))))))))..))))).)))))).(((((((((((......(((((((((....................)))))(((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((.((((((((........)))).))))..))))))........(.....)))))).)).)))))))))).......((((((.(((..(.((((((((....)))))))).)...((((((((...))))))))(((....)))................))))))))).((((..(((((...)))))...))))............))))))))))))).........((((((......((((((((((....(((((....)))))..)))))))))).......))))))..))))..................((((....)))).((((((((.................))))))))(((((((((....))))))))).((((((.(((....)))))))))..........))))))))))).(((((((((..(((((.(((((((................))).)))))))))..)))))))))((((((.........((((((((.....(((((((.........................))))))).....))))))))........))))))((((....)))).....(((((((..........(((.........)))........)))))))......((((((((((((.(((.((..(((((((((((.........))))))))))).))......))).))))))))))))(((((.......)))))...........................((......))...(((((....)))))))....)))))))..))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...((((((((((((((....))).)))))))..))))............((((.....))))........................... |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...[[[[[[..))))...............]]]]]].........((((((((((((((((((((......(((((......)))))....(((((((((((((.((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....)))).(((...))).)))))))))))...))))))....)))))))))))..((((.(((((......((((((.....((((((.......))))))))))))(((((.(((((((((((((((((...))).((((((.................(((........)))((((((..((((.(((((((((((......)))))).(((((((((....)))))))))...))))).))))....(((((((.......((((((.(((((((.....)))))))...(((((....)))))..(((((....(((((((.......(((((.((((((((((((.....))).......((((((((((((......(((((....)))))))))))))........(((......((((((((.....)))))))).....))).)))).....)))))))))(((.......)))..((((((.....(((((....((((((((....(((..(((((((....))).)))).)))(((((((((((...(((((((((....)))))))))....(((((((.(((((((((..((((((.(((((...(((((((((((...)))))))))))..))))).)))))).)))).((((...................(((((...((((((..(((((((......))).))))((((((((((....((((.(((((.((((((((........)))).))))..)))))))))((((((.....))))))....))))))))))(((....)))))))))..)))))....((((((..((((((....(((((((((...)))))))))))))))..)))))).......))))..........))))))))))))))))))).))))(((...))).........(((.......))))))))))).........((((((((((....(((((....)))))..)))))))))).))))).........((((...)))).(((((((...((((....)))).........))))))).....(((.((((.....(((((((((....))))))))).((((((.(((....)))))))))(((((((...(((......)))(((((((((..(((((.(((((((................))).)))))))))..)))))))))..(((((((....(((....)))...)))))))))))))).......)))).)))))))))...)))))...(((...(((....))).))).)))))))....)))))((((((......))))))..)))))).....)))))))..)))))).........((((((((((((.(((.....(((((((((((.........))))))))))).........))).))))))))))))................................((((.(((.((((((....)))))).)))...))))))))))....)))))))))....)))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((((((.(((....))))))))))..))))....)))))......))))))))))))))))))................... |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((((((.....((....))........)))))).......))).(((((.....(((((((((((....((((......))))(((((bbbbbb))))).((((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........)))))).(((((..BBBBBB..........................................((((((((.......)))))))).......(((((((((.......))))...))))).........))))).......))))))))))).................((((.((((((......)))))).(((((((((....)))))))))..{{))))............((((((((..........(((((((.....)))))))..................((((....))))......))))))))((((((((((((((((((...((((..........(((((((......((((((....))))))))))))).................((((((((.....))))))))................................................................................(((((((...................(((((((.....((((.<<<<<<<<<))))>>>>>>>>>....((((........((((((.(((((...(((((((((((...)))))))))))..))))).)))))).ccccccccccc.......ccc..cc...........................ccccc...cc...((((((((((...((((.((((((.((((((((........)))).))))..))))))))).(((((.....))))))....)))))))))).......((((((........((((((((....)))))))).....((((((((...)))))))).............................)))))).cc))))......))))))).....CC..............CC(((CCCCC..)))......(((........((((((((((....................)))))))))).........)))CC.CCC....((((.(((((((...((((....)))).aaaaaaaa))))))).)))).....AAAAAAAA(((((((((....)))))))))..(((((...........)))))...........CCCCCCCCCCC..[[[[[[[[..[[[[..[[[...............)).)))))..]]].]]]]..]]]]]]]]..............................................................................................................(((dddddd......)))........................DDDDDD.......((((((((((((.(((.....(((((((((((.........))))))))))).........))).))))))))))))......................................................................))))...)))))))..))))))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((((((.(((....))))))))))..))))..............}}..........)))))..................... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((...))).))))................((((((.....((.((((((((..((((((((((......(((((......)))))....(((((((((((.((((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........)))))))))))...))))))....))))))))))..((.......))................((((.............)))).....((((((((((((.......))))...))))).)))........................................((((.((((.((((((......)))))).(((((((((....)))))))))....)))).)))).......((((((((..........(((((((.....)))))))...(((((....)))))....(....).........))))))))((((((((((((((((((...((((.(((((.((.((((((.(((....))).((((((.((...)).))))))..............((((((((.....))))))))...........................................................(((((((...)))))))...(((..(........).)))...(((...)))..............((((((((....)))))))))))))).)))))))...((((((.(((((...(((((((((((...)))))))))))..))))).)))))).(((((((((((......((((.((((((.........(((....)))....(((((((((((((.((((((((((....(((.((((((.((((((((........)))).))))..))))))))).(((((.....))))).....)))))))))).......((((((.(((....(((((.((((((..((((((....(((((((((...)))))))))))))))..))))))...)))))...))))))))).((((..(((((...)))))...))))............)))))))))))))..(((((((....(((.....)))...))))))).........(((((((((......)))))))))...))))))))))...((((.(((((((...((((....)))).........))))))).)))).((.......)).(((((((((....))))))))).((((((...........))))))..........))))))))))).(((((((((..(((((.(((((((................))).)))))))))..))))))))).(((((.((((.....((((((((...(((((......))))).............(((((..............))))).............................((((((......))))))......(.(((.....)))).................((((((((((((.(((.((..(((((((((((.........))))))))))).))......))).))))))))))))....)))))))).)))).)))))........(((((.(((.((((((....)))))).)))...))))).))))...)))))))..))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...((((((((((((((....))).)))))))..))))............((((.....))))))))))))..)).....)))))).... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((.((.....)).)))).)..............((((((.....((.((((((((.(((((((((((......(((((......)))))....(((((((((((((.((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........)))))))))))...))))))....))))))))))).(((((.((((((((............((((((((.......))))))))....(((((.((((((((((((......((((..((((((.(((((.(((((..(((.(((((........((((((..((((.(((((((((((......)))))).(((((((((....)))))))))...))))).))))....(((((((.......((((((.(((((((.....)))))))...(((.((((((.((((.(((((....((((((((((((..(((((.(((((((((....((....))......(((.(((((((......((((((....)))))))))))))........(((......((((((((.....)))))))).....)))..))).....)))))))))...............((((((.((((....(((((.((((...((((((....(((((((((..............(((..((((.((((((((..(((((((((....)))))))))................((((((.(((((...(((((((..(.....)..)))))))..))))).)))))).(((((((((((......(((((.(((((...(((((...............(((((((((((((.((((((((((....((((.(((((.((((((((........)))).))))..))))))))).(((((.....))))).....)))))))))).......((((((.(((....(((((.((((((..((((((....(((((((((...)))))))))))))))..))))))...)))))...))))))))).((((..((((.....))))...))))............)))))))))))))..(((((((....(((.....)))...)))))))..)))))..(((((((((......)))))))))...))))))))))...((((.(((((((...((((....)))).........))))))).))))....(((((....(((((((((....))))))))).((((((...........))))))...)))))..))))))))))).)))))))).))))..))).((((.....)))).)))).))))))))))).)))).))))).((((.(((((((....(((....)))...)))))))...))))...........))))))))))...)))))...))))).(((....))).....)))))))....)))))..))))..)))))).)))..)))))).....)))))))..))))))...((....((((((((((((.(((...(.(((((((((((.........))))))))))).).......))).))))))))))))....))......))))).)))..))))))))))....(((.((((((....)))))).))).......))))))..)))))))))))....)))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((((((.(((....))))))))))..))))....)))))..)))).)))))))))))))))))..)).....)))))).... |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((.((.....)).)))).)..............((((((.....((.((((((((..((((((((((......(((((......)))))....((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........)))))))))))...))))))....))))))))))..((((..((((((((.............(((((((.......))))))).....(((((.((((((((((((......((((..((((((.(((((.(((((..(((.(((((........((((((..((((.(((((((((((......)))))).(((((((((....)))))))))...))))).))))....(((((((.......((((((.(((((((.....)))))))...(((.((((...((((.(((((....(((((((........................................(((.(((((((......((((((....))))))))))))).................((((((((.....))))))))..........)))..........................................................................................((.(((((((..........((((((((......)))))))).....(((((......((((((.(((((...(((((((..((...))..)))))))..))))).)))))).................................................(((......))).....((((((((((....(((.((((((.((((((((........)))).))))..)))))))))((((((.....))))))....))))))))))......................((((((......))))))........(((((.....)))))......................................))))).......)))))))..)).................................................((((((((((....................)))))))))).....................................((((....))))..................................(((((((((....)))))))))..(((((...........)))))........................(((((((...((((..((...........................)).))))...)))))))....((((((....(((....)))...)))))).............................................................)))))))....)))))..))))....)))).)))..)))))).....)))))))..))))))...((....((((((((((((.(((...(.(((((((((((.........))))))))))).).......))).))))))))))))....))......))))).)))..))))))))))....(((.((((((....)))))).))).......))))))..)))))))))))....)))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((((((.(((....))))))))))..))))....)))))..)))).)))).))))))))))))..)).....)))))).... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((.....((....))........))))))...)).))))(((((((.(((((((((((......(((((......)))))....(((((((((((((.((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))....))))...........)))))))))))...))))))....))))))))))).((((.(((((((((............((((((((.......))))))))....(((((.((((((((((((......((((..((((((.(((((.(((((..((..(((((........((((((..((((.(((((((((((......)))))).((((((..(....)..))))))...))))).))))....(((((((.......((((((.(((((((.....)))))))...(((.((((((.((((.(((((....((((((((((((..(((((.(((((((((....((....))......(((.(((((((......((((((....)))))))))))))........(((......((((((((.....)))))))).....)))..))).....)))))))))...............((((((.((((....(((((.((((...((((((....(((((((((..............(((..(((..((((((((..(((((((((....)))))))))................((((((.(((((...((..(((..(.....)..)))..))..))))).)))))).(((((((((((......((((.((((((...(((((...............(((((((((((((.((((((((((....((((.(((((.((((((((........)))).))))..))))))))).(((((.....))))).....)))))))))).......((((((.(((....(((((.((((((..((((((....(..((((((...))))))..)))))))..))))))...)))))...))))))))).((((..(((((...)))))...))))............)))))))))))))..(((((((....(((.....)))...)))))))..)))))..(((((((((......)))))))))...))))))))))...((((.(((((((...((((....)))).........))))))).))))....(((((....(((((((((....))))))))).((((((...........))))))...)))))..))))))))))).))))))))..)))..))).((((.....)))).)))).))))))))))).)))).)))))......(((((((....(((....)))...)))))))..................))))))))))...)))))...))))).(((....))).....)))))))....)))))..))))..)))))).)))..)))))).....)))))))..))))))((.((....(((((((((((..(((.((..(((((((((((.........))))))))))).))......)))..)))))))))))....)).))...)))))..))..))))))))))....(((.((((((....)))))).))).......))))))..)))))))))))....)))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((((((.(((....))))))))))..))))....)))))..)))).)))))))))))))))).................... |
