RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00743

RNA: CRW_00743
Rfam family: -

			GUUUCUGACACCAGCAGUGAAGUAUGUGUGCGACAAGAAGCGGAUGUUAGUAAUGUGGUGAGAUUCCACCAGGUAUUUUCUCUAUCUGACACUACCUACACAUGCAAAGCAGUAAUGGUUUGUGUGAAGCUGUAGGGACAAUGUAGCCUGCCUUAAAUGGUGAUGCAGAUAAAAAAUCUUCAGGAGCUAGUGUAAGUAAGACAUGGAAAGCGAAAGUUAAAGUAGCAAUGACGCUUCGUAGUACUAGUCAUAUUGGAAGGUAAUAGAUUCUACAUACUAAUCUAUUAGAGAAACCACAUUUCCAGCGAAGUAAAGCUACUUUCCUAAAUCUUAUGUAAUUUGUGCUAAUAUUUGAACUUGGUAACUCCUUUAUUUUCAGUAAUGAGGGCGCAACGUCUUCAUUAAAGAGGUAACAUAUAAGGUUAUAUGCUGAAGUUGUUAUAGCGAAUAAAGGAGAGAGGAGAAGUUAAAAAGCAAAUGCUUAACUUAGAUUUCAAUUGAAGUAAAUCUAGGUUAUAGAUAAAGACGUAAAGUUAACAUUAUUGAUAAAAAGUUUAAAGAGGAUAUAUAUUAAUAGAAAUGCGAUUAGUUAGAUUAACUUAAGCUACGGUAGAUACCUAGGACGAGAUCUAAUAGAGACAAUAAGCUACGAAGGAUACCUGGACGUGAUACUACCUUAAUUAAGGUUUGUCUCUAAGUUUUUUUAAUUAAUGGUUAGGUAUAUAAUUGUGUUGUUUGCUUAAUCUUAAGGUUUAUAAGGAAAAAAUUAUAAAAUAAAGAUGGUAAUUUUUGAAAAAGAAAUUAAAAGUAAAAACUCUAAUCCUGGUAUCAUAACAGUAGCAGAUUAUCCUAAAACAGGCGUCGUUCGCUCCGAAAAAACUAAAGAGAAAAAGUUAAUAUUAAAUCCGUGAUUUAUUACGGGACUUGUAGACGCAGAGGGUAGUUUUGUAGUGAAUAUUGUUAAAGAUUCAAGUAAGAGCUUAGGUUUUUUUGUUUUACCUUAUUUUGAGAUUGCGCUUAAUGAAAAAGAUCGAGAUCUUUUGACAGGGAUACAAGAUUAUUUAGGUAUUGGUAACAUAACUUUUAAUUCAUCUGACAAUACUUUUAAAUUAAAGGUGUCUGGUUUAGAUGGAUUGAGUAAUAUAGUUAUUCGACAUUUCCAGCAAUAUUAUUUACUAAGUAAAAACGUACCGAUUUUGCAAUUGUUUAGCCGUGUUGUAGGAAUAAUGAAAAGUGGAGAUCAUCUUAACCUUAAAGGUUUCCAGGAAAUAGUAAACAUAAGAGCUUCAUUAAACUUAGGUUUAAGUGAUAAACUAAAAGCUUAUUUUCCUGAGACCUUGCCUGUGGUUAGACCGGAAUUUAAUAUAAAAAGCAUUCCAGAUCCUUGAUGAUUAGCAGGAUUUACUGAAGGUGAGUCUUGUUUUUUUAUUCCCCUCCGGAGAGCAGUGCCUCCUCUGAAGGGGGCGCAAGCCAGAGUUUAUAAAUCGGUAAAGUCUAAACAAGGUUUUGCUGUGCAAUUAGCAUUUACAAUAACUCAACAUUCAAGGGAUAAAGAGUUAUUAAAUGUUAUAGCUCAAUUUUUGGAGUGUGGAAGAGUUGCGGAUCGUUCAAAUGGUGGUGCUUGUGAUUUCAUAGUGAAUUCCAUCAAGGACUUAAAAAAUAAAAUUAUACCUUUCUUUAAUAAAUAUCCUCUUUUGGGUACAAAAAGUUUAAACUAUCAAGAUUUUGUAAAAGUUUUUGAGUUAAUGGAUACAAAAAAACAUUUAACUCAAGAUGGUUUAGCUACCAUAAUAAAAAUUAAAUCGGGGAUGAAUACAGGAAGAAUUCAACUUGAUACUUAAUAAUAUUGAUGAGCUUGUGCCCUCAAUAAUAAAAUUUUACGUUUAUUAAGAUUAAAUUAUAGUAUUAAUCUUAAUAUAGCUGACUUAACAUGCGGCAUAAAUUGGCAAAGAAGGGUGAUAAGUAUGUUAGAAUAAACCUUUUUUUGCUUGGGGCGAGGGCUCCUGUAGAAAAUUUAUGUUUGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUUAGAGGGGGAAAGUUCGAGAGGACCUACCUAUCUCAACUGUUUAAUUCGAUGA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.................................((((...((((((((((((..((((.......))))((((((.......))))))((((((((((((((((((((.((....)).))))))))....))))))..........((((................((((.....)))).))))...))))))..(((((((..((((.((....))...((((((......(((((((..............((((((.(((((((((.........)))))))))...........)))))))))))))...))))))))))...)))))))........))))))))))))..))))....(((((.((((((((....)))............................................................))))).))))).......(((((((............................................................................................................................))))))).....((.(((((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.((((.((....((((...(((..........................((((.......))))((((((.......)))))).)))..((((((..(.((((.((....)).)))).....)..)))))).........(((..........)))................)))).....)).)))).)).....((((...(((.......((((((((......(((((((..............(((....(((((((((.........)))))))))......)))........)))))))...))))))))...............((((((............((((.....(((((((((.(((((((((((((((.....)))))))))......(((((.......)))))..))))))((.......))..))))))))).......))))......))))))....(((((((((((..........))))))))))).........(((((((((((....(((((((..........(((((((((((.((((((....(((((....((((...........)))).(((.....(((..(((.((..((.....))........(((((....((((((.(((.(.(((...(((((....)))))..))).)..(((((((.....(((((((((((((...............)))))))))................(((((((((.(........).))))))))).........)))).....)))))))....))).))))))......)))))...)).)))....((((((........((((................................(((((((....)))))))...............((...(((((.((((.(((((((((...(((.......((.((((((((..((((((....(((....(((((......)))))...(((((((....)))))))...)))...))))))..)))))))).)).(((((........((((((((((((...(((((.........)))))......)))))))))))).........))))).....)))...)))))))))....))))....)))))...)).(((...((((...........))))....)))..........))))...............((((.((.(((((((..(....)....((((((..((((((....))))))((.....))...))))))..))))))).)))))))))))))))....)))................))))).....((((((((((..((((((((((((.....))))))))))))..)...((((.(((((((((...((((((((......))))))))..(((...(((((...............)))))..))).....((.((.....(((((((...((((((.................)))))).)))))))....)).)).)))))))))...))))((((......................))))...................)))))))))..........................)))))).))))))))))).((((((((...(((.....(((((((.(.............(((((((((..(...........)..))))))))).(((((......))))).......................................))))))))............)))....)))))))))))))))...)))))))))))((((((((((((.........))))))))))))..))).......)))).((((((((((.(((((((((((....((.....))........)))))))))))..(((((....))))).......)))))))))).((((((((.(((((....)))))...))))))))..(((.(((....((((....))))...))).)))....((.......))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...((......((......))........))...))))))....((((.......))))((((((.......))))))......((((((((((((((.((....)).))))))))....))))))...........(((((......).....))))(((((...(((.((((((((..(((..((((((...((..(((....)))((((((((......(((((((..............((((((.(((((((((.........)))))))))...........)))))))))))))...))))))))))....))))))..((((((((((....(((.(((((.....(((((((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).......))))).)))(((....)))(((((((((((((.......).))))))))))))........(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.(.....((((.....))))...(((((.(((((((((.((((..(((.....(((((((((.....((((.(((...)))...)))).....((((((()))))))))))))))).((((((....((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))))))))..(((((((........)))))))..........((((((((.....)))))))).....)))))))))..)))))))))).).)).))))).(((((((((.......(((((.........................................(((((((....))))))).......)))))..))))))))).......((((..........))))((((....))))((((..((((((....(((.......................((((((((..))))))))...)))...))))))..))))........(((((...(..(((((((((((((((((((((((((...))))))))).))..)))))))))))))))......)))))........(((.(((((((..........((((((.(.....).))))))............))))))).)))((((............((((((((((((...(((((((.(((((((..(((........((((((((((((((()))))))).))).........)))))))))))))))))))))......)))))).(.(((((..............))))).)......)))))).(((((((((((((...)))))))))))))...))))(((.(((((((((((.(((((((((....)))))))))..))..((..........(((((((((((.....))))))))))).((...((((((((..((((((((...((.(....)))...))))))))))))))))..))))..)))))))))...))).....................(((((.(((...........))).....)))))........................).))))))))))).))))))))))).((((((((......(((((((((.(((((((...)))))))(((((((((((............)).))))))))))))))))))(((..(((((((...(((((((((((..(((((.(.....).))))).))))))..)))))..)))).))))))))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((((....)).)))))))))))).................))))))))))(((((((((((((...................)))))))))))))....)))..)))))))).)))...)))))....((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((.(.((((....)))).).))).))))..................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..[[[))).........]]].........((((((((((((..((((.[[[[..)))).........]]]]......((((((((((((((((((((..........))))))))....)))))).....((((...((((......)))).))))....................))))))..((((((..(((..(((....)))((((((((.((((((((....)))....))))).(((((((.(((((((((.........)))))))))...........))))))).........)))))))).)))..))))))........))))))))))))(((((((...(((((((((((....(((((((((((...))))))))))).....((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).......((((((...(((....)))))))))..(((((....)))))....)))))))........((((((((((((...((((((((..........(((((((((((.............(((((((.....((((.......(((((....((((((.((((..........(((((((((.....((((.(((...)))...)))).....(((((....)))))))))))))).((((((....((((.(((((((((.(((((...))))).)))))))))))))..(((((((........)))))))..........((((((((.....)))))))).....)))))).....))))))))))......)))))......(((((.....((((((.((((...))))..((((..........))))..(((....(((((((....)))))))....))))))(((((((((((((((.(((((((((.....................((((((((..((((((....((((.....((((((...(((.......))).....)))))).....))))..))))))..))))))))...((((((......((((((((((((((..(((((((((...))))))))).....)))))))))))))).......))))))..................)))))))))....))))).))))..)))))).........)))......)))))...............))))...((((((...((((((((.((((((..((((........((((((((((((....)))).)))).........))))))))))))))))))))))......)))))).......(((......))).(((((((((((((((((.....(((((((((((((...))))))))))))).........((((.(((((...........))))).))))(((....))).(((((.......((((((((((.......))))))))))(((.....)))........))))).....))))))).....(((((((........)))))))....)))))))))).....)))))))....((((...((((((((((.(((....)))))))....)))))).)))).......(((....)))...............))))))))))).((((((((......(((((((((((((((((...))))))))......((((............))))........)))))))))(((....(((((...(((((((((((..(((((.........))))).))))))..)))))..)))))...)))))))))))))))))))..))))))))))))........................................(((((((((..........[[[[[[[[[[[[[.....))))))))).....]]]]]]]]]]]]].(((((....)))))..................((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.((..((..(((....)))..))....)))).))))))..((.(((((......))))).))....(((((.((((......((((((((((((((.((....)).))))))))....)))))).....((((....(((......)))..)))).(((((...(((.((((((((......((((.(((.(((...(((((.((((.........))))..)))))....)))))).)))).((((((.....((((((((((((.(((.......((((.....)))).(((........)))....((((...((((.((((((((((((.....(((((.(((.....(((((((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).......)))))))).(((....)))((((((((((((..........))))))))))))........(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.(((((.(((((...)))))...(((((.((.((((((.((((..(((.....((((((((......((((.(((...)))...)))).....(((((....))))).)))))))).((((((((..((((.(((((((((.(((((...))))).)))))))))))))..(((((((........))))))).(((((((....)))))))..)))))))).............)))..))))))))))...)).)))))..(((((((((.(((((((....((((...))))...............(((((..........((((((....))))))))))).((((((((((((((((((((.((((((((((((((..((((((........((((((((..((((((....(((......((((((.(((((.......)))..)).)))))).....)))...))))))..))))))))...(((((((((...(((((((((((((((.(((((((((...)))))))))...).))))))))))))))...))).)))))).)).))))..))))))))...))))))....))))).))))..))))))....)))))))).)))).)))).))))).................((((((...((((((((.((((((............((((((((((((((....)))).))))).........)))))..))))))))))))))......)))))).(((.(((((..........((((((((((.((((((.((..(((((((((((((...)))))))))))))..))....(((((.((((((((...).)).))))).)))))..((((((((((.(((((......))))).)))......)).))))).((((.....)))).................))))))......(((((((........)))))))....))))))))))....))))).)))))))).........(((.(((((((.((((...)))).).)).)))).)))...................))))))))))).))))))))))).(((((((...(((((.....(((((....((((..((((..(((((((((((............)).))))))))).(((((......))))).............(((((..(((((.........))))).))))).)))).))))..)))))))))))))))))))))))))..))))))))))).(((((((((((.........)))))))))))...((((......)).)).))))))))).))))))))))).))).)))))).))))))..))))))..(((((...))))).)))))))).)))...)))))....((((((((((((((....))))))..)))))))).)))).))))).((((.((((((.....))..))))))))..............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................((((.......)))).........................((((((((((((((.((....)).))))))))....)))))).................................(((....(((.((((((((.......((((((...(((..((....))..(((((((......(((((((..............(((((..(((((((((.........)))))))))............))))))))))))...))))))))))....))))))..((((((((((..................(((((((((((....(((((((((((...))))))))))).....((((((.....(((.....))).....))))))...)))))))))))..........................((((((((((((..........))))))))))))........(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.......................(((((....((((((.((((..........(((((((((...............................(((((....))))))))))))))................(((((((((.((((.....)))).)))))))))......(((((((........)))))))............(((...........)))..................))))))))))......))))).......(((...(((((..............................................((((((....))))))...........(((((.(((((((((.((((((((((((((................((((((((..((((((....((((.((..((((((.(((((.......)))..)).))))))..)).))))..))))))..))))))))....((((((((...((((((((((((((((((((((((.....)))))))).))..))))))))))))))...))).)))))...........))))))))...))))))....))))).))))...)))))..........)).)))...)))........................(((((...(((((((.(((((((.................(((((((((....)))))).)))................))))))))))))))......)))))....((((................))))...(((((((((...((((((((((((.....)))))))))))).......(((.(((((((.....(((((((((....)))))))))..................(((((((((((.....)))))))))))......((((((((..((((((((...(((.....)))...))))))))))))))))..........)))))))...)))..................................................))))))))).....................))))))))))).))))))))))).((((((((......(((((((((..................(((((((((((............))).)))))))))))))))))(((..((.(((....(((((((((((..(((((.........))))).))))))..)))))...)))..)))))))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((.........)))))))))))).................))))))))))(((((((((((((...................))))))))))))).........)))))))).)))....))).....((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((.(((...((((....))))...)))..)))..................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((....((((((...((((((.(((........)))...((((((.((.(((((......))))).))...(((((............((((((((((((((.((....)).))))))))....)))))).............(((......))).....(((.......)))................((((((...(((.(((....))).(((((((.(((((..............)))))..(((((..(((((((((.........)))))))))............)))))..........))))))))))....)))))).........(((.............)))..((((((((((.((..(((((((((((...)))))))))))..)).((((((.....(((.....))).....))))))....))))))))))....))))).......(((....))).(((((((((((..........))))))))))).........(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.(((((.(((((...)))))...(((((.((.((((((.((((..(((.....((((((((......((((.(((...)))...)))).....(((((....))))).)))))))).(.........((((.(((((((((.(((((...))))).)))))))))))))..(((((((........))))))).(((((((....))))))).........).............)))..))))))))))...)).))))).......(((.....))).......(((((((((...(((..........))).........((((((((....)))))))..........(((((((((((((((.((((((((((((((..((((..........((((((((..((((((....(((......((((((.(((((.......)))..)).)))))).....)))...))))))..)))))))).(((((((((((...(((((((((((((((.(((((((((...)))))))))...).))))))))))))))...))).))))).))).))))..)))))))...)))))))....))))).))))..))))))..........(..........)..............((((...)))).(((...(((((((.(((((((............((((((((((((((....))))).)))).........)))))..))))))))))))))......)))..........)............((((..((((.(((.(......(((((((((((((...)))))))))))))........((.....))...(..(((((((((....)))))))))...).(((.(((((......))))).)))...).))).))))..))))...((((((((...(((((((...((((...))))...))))))).))))))))..........))))))))).......)))))...((........)).(((.(((((((.((((...)))).)).).)))).)))...................))))))))))).))))))))))).((((((((...((((((((((((..(((((.....))))).(((((((((((............))).))))))))))))))))................((((.((((((..(((((.........))))).))))))...)))).........))))))))))))))))))))..))))))))))).(((((((((((.........)))))))))))...))))))...)))))).((((((((.(((((((((((((...................))))))))))))).(((((....)))))........))))))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).))))))....)).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(.(((....((((((...((((((.(((........)))...((((((....((((((...).)))))......((((((.....(((((.((((((((((((((..........))))))))....))))))......(((...((((......)))).)))((((.....)))).........)))))..((((((..((((.(((....))).(((((((.(((((.aaaaaa.......)))))..(((((..(((((((((.........)))))))))............)))))AAAAAA....)))))))))).)..))))))........((((((.........)))))).(((((((((((....(((((((((((...))))))))))).....((((((.....(((.....))).....))))))...)))))))))))...)))))).......(((....)))((((((((((((..........))))))))))))........(((((((((((...((((((((.(((...)))(((((((((((.((((((.(((((.(((((.(((((...)))))...(((((.(((((((((.((((..(((.....(((((((((.....((((.(((...)))...)))).....(((((....))))))))))))))...........((((.(((((((((.(((((...))))).)))))))))))))..(((((((........))))))).(((((((....))))))).......................)))..)))))))))).).)).)))))..(((((((((.((((((((((..(((bbb)))<<<((((..........)))).<<<<<<<<(((((((....))))))).......)))(((((((((((((((.((((((((((((((..((((..........((((((((..((((((.............((((((...(((.......))).....))))))...........))))))..)))))))).(((((((((((...(((((((((((((((((((((((((...))))))))).).).))))))))))))))...))).))))).))).))))..)))))))...)))))))....))))).))))..)))))).........))).)))).))))).))))........((((...))))((((...(((((((.(((((((............((((((((((((((....))))).)))).........)))))..))))))))))))))......)))).........>>>>>>>>.....((((..((((...(((.(((..(((((((((((((...)))))))))))))..)).)........((((.....[[[[[[[[))))..]]]]]]]]..{{{(((.(((((......))))).)))...)))}}}))))..))))...(((((((((..(((((((...((((...))))...))))))))))))))))........>>>...BBB.........)))))..(((((....)))))(((.(((((((.((((...)))).)).).)))).)))......(((....)))...))))))))))).))))))))))).((((((((...((((((((((((.(((((((...)))))))(((((((((((............))).))))))))))))))))..........(((...(((((((((((..(((((.........))))).))))))..)))))..)))....))))))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((.(......)))))))))))))..))))))...))))))(((((((((((((((((((((((..(((.....)))......))))))))))))).(((((....))))).......)))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).))))))....))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.((..((..(((....)))..))....)))).))))))..((.(((((......))))).))........((((((.((.((((....((((((((.((....)).)))))))).....(((((..........))))).......)))).)))))))).....(((.((((((((..(((..((((((...(((.(((....))).(((((((......(((((((..............((((((.(((((((((.........)))))))))..(....)...)))))))))))))...))))))))))....)))))).(((((((((((..................(((((((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).........(((((..(((.....(((((((((((((((.......).)))))))))))).)).....(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.(....(((((.((((.((((..(((((..((((((((.((((..(((.....(((((((((.....((((.(((...)))...)))).....(((((....))))))))))))))....(((((((((...(((((((((.(((((...))))).)))))))))......(((((((........))))))).(((((((....))))))).......))))))))).......)))..)))))))))).))...)))))..(((((((((.(((((((...(((..(........((((..........)))).........(((((((....)))))))....)..)))(((((((((((((((.((((((((((((((..((((((........((((((((..((((((....((((.((..(((((..(((((.......)))..))..)))))..)).))))..))))))..))))))))...(((((((((...(((((((((((((((.(((((((((...)))))))))...).))))))))))))))...))).)))))).)).))))..))))))))...))))))....))))).))))..)))))).........))).)))).)))).)))))...))))...))))...((((((...((((((((.((((((..(....)....((((((((((((((....)))).))))).........)))))..))))))))))))))......))))))...((((((((........((((((((((((((.....((..((((((((((((.....))))))))))))..))..((((((((((((((...(((((((((....)))))))))......(((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((((((..(((((((...(((.....)))...)))))))))))))))).)))))..))))))))).).)))).......))))).......))).))))))((((....)))).))))))))....................)))))..).))))))))))).))))))))))).((((((((..((((.((((((((.((((((.....)))))).((((((((((............)).)))))))).))))))))))))..(((((((...(((((((((((..(((((.(.....).))))).))))))..)))))..)))).)))...))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((.........))))))))))))..)))...)))))....)))))))))))((((((((((((......(((......))).)))))))))))).....)))..)))))))).)))............((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.((..((..(((....)))..))....)))).)))))).........(((((......(((((..(((((..((((......((((((((((((((.((....)).))))))))....))))))........................................(((.((((((((..(((..((((((...(((.(((....))).(((((((......(((((((..............(((((..(((((((((.........)))))))))............))))))))))))...))))))))))....))))))..((((((((((..................(((((((((((....(((((((((((...))))))))))).....((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).........(((((..(((.......((((((((((((..........))))))))))))........(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.......................(((((...(((((((.((((..(((.....(((((((((.....((((.((.....))...)))).....(((((....))))))))))))))............(((.(((((((((.(((((...))))).))))))))))))...(((((((........)))))))..........................................)))..)))))))))).)....)))))....((.((((.(((((((............................................(((((((....)))))))..........(((((.((((((((..((((((((((((((..((((..........((((((((..((((((....((((.((..(((((..((...............))..)))))..)).))))..))))))..))))))))....((((((((...((((((((((((((.((((((((((...))))))))).)...))))))))))))))...))).))))).....))))..)))))))...))))))).....)))).))))...))))).........))).)))).))))..))....................(((((...(((((((.(((((((..(....)....((((((((.(((((....)))))..))).........)))))..))))))))))))))......)))))....((((((((........((((((((((((((.........(((((((((((((...)))))))))))))......((((((((((((((...(((((((((....)))))))))......(((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((((((..(((((((...(((.....)))...)))))))))))))))).)))))..))))))))).).)))).......))))).......))).)))))).(((....)))..)))))))).............................))))))))))).))))))))))).((((((((..((..(((((((((..((((((...))))))..((((((((((............))).))))))).))))))))).))..((.((((...(((((((((((..(((((.(.....).))))).))))))..)))))..))))..))...))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((.........))))))))))))..)))...)))))....)))))))))).((((((((((((...................)))))))))))).....)))..)))))))).)))............((((((((((((((....))))))..)))))))).))))..))))).((((....)))).))))))))))..................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((.((..((..(((....)))..))....)))).)))))).)))..((((((((......(((((.((((((..((((......((((((((..((((.((....)).))))..))....)))))).....((((....(((......)))..)))).(((((...(((.((((((((..(((..((((((...(((.(((....))).(((((((......(((((((..............((((((((((((((((.........))))))))......)))....))))))))))))...))))))))))....)))))).(((((((((((..................(((((((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).((((((.....(((.....))).....))))))...))))))))))).........(((((..(((.....((((((((((((((..........)))))))))))).)).....(((((((((((...((((((((..........(((((((((((.((((((.(((((.((((((.((((((((.((((..(((((..((((((((.((((..(((.....(((((((((.....((((.(((...)))...)))).....(((((....))))))))))))))....(((((((((...(((((((((.(((((...))))).)))))))))......(((((((........))))))).(((((((....))))))).......))))))))).......)))..)))))))))).))...)))))..(((((((((.(((((((...(((..(........((((..........)))).........(((((((....)))))))....)..)))(((((((((((((((.((((((((((((((..((((((........(((((..(..((((((....((((.((..(((((..(((((.......)))..))..)))))..)).))))..))))))..)..)))))....((((((((...(((((((((((((((((((((((((...))))))))).))..))))))))))))))...))).)))))..)).))))..))))))))...))))))....))))).))))..)))))).........))).)))).))))).))))...))))..........((((((...((((((((.((((((............((((((((((((((....)))).))))).........)))))..))))))))))))))......)))))).....)))))))).......((((((((((.((((((((...((((((((((((.....)))))))))))).........((((.(((((((......)).))))).))))(((....))).(((((.......(((((((..((.....))..))))))).((.....)).........)))))..)).))))))......(((((((........)))))))....)))))))))).....)))))).....((((...((((((...(((((....)))))......)))))).))))....................))))))))))).))))))))))).((((((((..((((.((((((((.(((((((...)))))))(((((((((((............)).)))))))))))))))))))))..(((((((...((((((((..(..(((((.........))))).)..)))..)))))..)))).)))...))))))))))))))))..)))))))))))((((((((((((.........))))))))))))..)))...)))))....)))))))))))((((((((((((...................)))))))))))).....)))..)))))))).)))...)))))....((((((((((((((....))))))..)))))))).))))..))))))((((....)))).))))))))))).))..............

---