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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00745



RNA: CRW_00745
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ........................(((.....((((((.(((((...(((((.........................)))))((((((............))))))...(((.((((((...(((...(((.........))).....(((....)))..)))...........))))))....((((((...........................))))))...)))....(((((((...((((.......((((((..(((((((........))))..((((.....))))....((((..((((((((((.........))))))))))...........))))..)))..((((.....)))).....))))))))))...))))))).....))))))))))).....)))..((((((((.......))))))))....((((((....((((.......))))..)))))).((.((((((..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))).))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..(((((((((((((((((((....))))))))))))))).))))................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))).........(((((((((((((((((((...((..(((((.((.((((.....)))).)).....)))))((((.(((((((..((.((....)).))....))))))).((((...............((..((((((....)))..)))..)).((((.....))))..))))..)))).......))..))))))))..(((...(((((........((((((..(((((((....(((((..(((((.((((........))))((((((.....))))))...)))))..((..(((((.(.....).)))))..))....(((....)))..))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((((((((.(((((....((((.......))))..))))).((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((...((...(((((.......)))))..........(((......))).....))....)))))))))))..)))).....))))....))))))))))))))))))))))).(((((....)))))......)))))....)))....)))))..))))))((((...((...((((((((((((.....)))))...)))))))...))))))(((........)))........((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((........((((((((((((.((((.(((((....(((((((..((((.....))))....((((...((((((((((...(((((((((.....)))))))))..(((.((((((((((......((((((((((......)))).))))...))......))).)))))))..))).......(((.....((((.....))))......)))..))))))..))))..)))).((((((.....)))))))))))))...))))).....(((((((((.....))))..(((((((.(((.((((........)))).)))..(((........)))((((.....((...(((((..(((....)))..)))))...)).)))).........((((((.(((((....((.(.(((((....))))).).)))))))..((((...)))).))))))........))))))).)))))..))))..((.((((.((((.((......)))))).))))..))...........((((((((....))))))))..))))).)))))))((...((((((............(((....)))...((......))..))))))...))...........))))))))))))))).))...))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....))))..................................(((((.((.(((((...))))).)).....)))))((((((.(........).)))))).......((((((.........(((((............((((((....)))..)))....)))))..))))))...(((((((...........................))))))).........((((((..(((((((.......(((((.....((((........))))(((((((...)))))))........((((((((((.........))))))))))......................(((((...))))).....))))))))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((((((((.......)))))))))...((((((.((((.((.....))))))..))))))((((....)))).............................................((......))...(((((.......))))).......................................................................))))))))))))))).(((((....)))))...........((((((..........)))))).........(((((........)))))...........................((((........)))).......((((((((.((((((((............(((((.........(...(((((((((((........((((((((((((.((.............((((((.(((((.((((((..(((..................)))..)))))).)))))........))))))........(((....))).....((((......)))).....((((.....))))(((((((((.(......((.(((....))).))...).)))))))))......((((((((.....(((...((((((.....))))))..................((((....))))..................(((.((((........)))).)))((((.(((........))).))))....................))).....))))))))....................(((((.......(.(((((....))))).)...)))))(((((((((((..............................))))))))))).............................................(((((((....))))))))).)))))).)))))).....((((((............(((....)))...............))))))................)))))))))))....)...........)))))......................))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((....................((.(.((((.(........(((.(.....((.(((((...))))).))...).))).((.(((((((..........((.(((((.((((((.((((....(..((((...((........((.(((....)))..))))....))))....)......(((((..((((.....................))))))))))))).....(((((...(((((((.......(((((...((((((........))).(((((((...)))))))........(((((((((...........))))))))).....((....)).........(((((...))))))))..))))))))))))...)))))......(((((((((.....((((((((..(((((.(.((..(((....)))..(((((......((.......))....)))))(((...(((..((((.....(.................)))))....)))...)))(((((((........(((((.......)))))....(...........)................)))))))..................)).).))))))))))))))))))))))))))))))))).)).............((((((..........))))))((((((.......(((.(...((((.......))))...)..)))......))))))........................((((((...................((((((...(((((((((.((((........))))..((((((((((((.((.............((((((.(((((.((((((..(((.(..............).)))..)))))).)))))........)))))).(((....(((((.((((((((..........(((....((.((((.....))))(((((((((.((((..(((....))).)))).......)))))))))......((((((((.....(((...(((((.......)))))(((.....))).............((((........))))........((..............((....))((((..((........))..))))..............))....))).....))))))))......))......)))...............(.(((((....))))).).))))))....((((((((.(.((.((...........))....)).).)))))))))).)))))......)))....((((.......)))).............((((((....)))))).)).)))))).))))))........((((...........)))).))))))..)))...))))))....(...)...........))))))................))))))).)).....................)..)))).).)).((((((((((((((....)))))..)))))))))(.((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).)...........)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).................................(((((.((.(((((...))))).)).....)))))((((((.(.(....).).))))))......(((((((.........((((((........(..((((((....)))..)))..)))))))..)))))))..(((((((...((((..........))))......)))))))(........((((((..(((((((.......(((((((((.((((........))))(((((((...)))))))...)))).((((((((((.........))))))))))....(((....)))....(...(((((...)))))....)))))))))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((((((((.......)))))))))...((((((.((((.((.....))))))..))))))((((....)))).......((((((..(((.((.....)).)))..)))).))...((((....))))..(((((.......))))).((......))............................................................))))))))))))))).(((((....)))))......(((..((((((..........)))))).).))...(((((((......))))))))...................(....)((((........)))).......((((((((.((((((((.(..........(((((........((...(((((((((((........((((((((((((.((.....((((....((((((.(((((.((((((..(((.(.((.........))).)))..)))))).)))))........))))))........(((....)))..((.((((......))))..)).((((.....))))(((((((((.(..(...((.(((....))).)))..).)))))))))......((((((((.....(((...((((((.....)))))).((.....))((......((((....))))......))..........(((.((((........)))).)))((((.(((........))).))))....................))).....))))))))....................(((((....((.(.(((((....))))).).)))))))(((((((((((.(..((((.........)))).......).))))))))))).(((.((((..(.....)..)))).))).............))))(((((((....))))))))).)))))).))))))((...((((((............(((....)))...............)))))).)).............)))))))))))....))..........)))))....................).))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).........((((((....)))...........[[[[[....(((((...))))).)))....]]]]]((((((....[[[.....))))))...]]](((((((..[[[[[..((((((...........((((((....)))..)))...))))))..)))))))..........]]]]]...................(((....)))........((((((..(((((((......((((((((((.((((........))))(((((((...)))))))...)))))((((((((((.........))))))))))...........)))))(((...(((((...)))))....)))...)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((((((((((((((....((((.......))))..))))))((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((.....((((((((.......))))..)))).....(((......)))...........)))))))))))..)))).....))))....))))))))))))))))))))))).((((...[[[))))......]]]...(((.[[[...))).......]]](((...[[[[[[))).....]]]]]].....((((..[[[[[[[))))....((((........)))).....]]]]]]].(((((....[[[[[[...................)))))....]]]]]]...(((((......[[[.)))))......]]]....((((.((((...[[[..))))))))..]]]...........(((....((((((((((...))))))))))......[[[.....)))...]]].....((((...[[[))))..]]].......(((((.[[[[[[[[[)))))..(((....)))............]]]]]]]]]......((((((((...........((((((.....))))))(((.....))).......(((...[[[))).......]]]........(((.((((........)))).)))((((.(((.[[[[[..))).))))......]]]]]..(((....))).....))))))))..............(((...[[[[[[))).....(((((....)))))....]]]]]](((((((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))((((((...(((((....((((.......))))......(((((((((((((....)))))))............)))))).......)))))......[[[[.....)))))).((((.............)))).]]]].......(((..[[[[.))).........]]]]................(((((....[[[[[[..))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).........]]]]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......(((((.(((((....((((.((((..(((((.((.(((((...))))).)).....)))))((((((............))))))....((((...((((.(((...(((.........))).....(((....)))..))))))).)))).((((..((..((......))..))..))))........(((((((((...((((......((((((..(((((((....(((((..(((((.((((........))))(((((((...)))))))...)))))((((((((((.........))))))))))....(((....)))..))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((((((((.(((((....((((.......))))..))))).((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((...((...(((((.......)))))..........(((......))).....))....)))))))))))..)))).....))))....))))))))))))))))))))))).(((((....))))).....(((...((((((..........))))))...))).......)))).)))))))))......))))))))))))).)).))).((((........)))).......((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).((((((((((((((((..........)))))...(((((((((.((((.((((........)))))))).).)))).))))....(((((((((((((((((...)))))))))).............(((....))).((((((((......)))).))))((((.....))))((((.((((((................))))))...))))((((((((((((.((((((((.....(((...((((((.....)))))).(((((((..........((((....))))..(((..((((......))))..)))..........((((..((((.(((........))).)))).)))).))))...)))....))).....))))))))...........((((.((.........)))))).(((((....)))))..........(((((((((((.....((.((((((...))).))).))...))))))))))).(((.((((.((......)))))).)))................((((((((....))))))))...)))).)))))))).....))))))).......(((((((((.((............)).))))).......)))).......))))))))))))))).))...))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).................................(((((....(((((...)))))........)))))((((((............))))))....((....{{{.........(((.........)))...(((((....)))..))........))..}}}(((...(((((((..((.....................))))))))).))).....((((((..(((((((.......(((((......(((........))).(((((((...)))))))........((((((((((.........))))))))))......................(((((...))))).....))))))))))))..)))))).....(((((((((((((((ddddd(((((((((.......)))))))))...((((((....((((.......))))..)))))).....................................((((aa...........................aa)))).........AA.........)))))..................................AA.....................DDDDD))))))))))..((((....))))............((((((..........)))))).........(((((........)))))............................(((........)))........((((((((....(((((.....((((...((((((..((((((((((.bb................((((((((((((....................................................(((..........((((.....ff))))..........................................FF........((.......))..((..((.................eeeeee.eeee...ee))cc))((.....((((((((.....(((...((((((.....)))))).........................(((....(((..((((......))))..)))......((((....))))[[............))).]]......................))).....))))))))..............((((..((((..........(((((....)))))......))))...............))))..........))..CC..EE....EEEEEEEEEE.(((........................................<<)))((....)))))>>...)))))).))))))............................))))))..))))..)))))).)))).........................BB............................................))))).....((((((((((((((....)))))..)))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....))))........(((((...((.(((((...(((((..(((((.((.(((((...))))).)).....)))))((((((............))))))...(((((...((((.(((...(((.........))).....(((....)))..))))))).))))).(((..((..((......))..))..))).........(((((((((...((((......((((((..(((((((.....((((..(((((.((((........))))(((((((...)))))))...)))))((((((((((.........))))))))))....(((....)))..))))..(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..(((((...((((((((((((((..(((((....((((.......))))..))))).((((....))))..............))))....)))))).((((..((((....((((((.........(((((.......)))))..........(((......)))............))))))))))..)))).....)).))...))))))))))))))))))))))).(((((....))))).....(((...((((((..........))))))...))).......)))).)))))))))......)))))))))).)).)).))).((((........)))).......((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((........((((((((((((......(((((....(((((((..(((((...)))))....((((...((((((((((...((((((((((...))))))))))..(((.((((((.(((....))).((((((((......)))).))))((((.....))))...))))))..))).......(((.....((((.....))))......)))..))))))..))))..)))).((((((.....)))))))))))))...))))).((((((((((((........))).(((((((.(((.((((........)))).)))((((.(((........))).))))......(((((..(((....)))..)))))..(((..............((((((.(((((.........(((((....))))).....)))))...(((...)))..))))))))).....))))))).))))).))))......((((.((((.((......)))))).))))................(((((((....)))))))...)))))).)))))).......................((((...((............))...))).......)..........))))))))))))))).))...))).((((.............))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......((((((((((((((((((........(((((.((.((((.....)))).)).....))))).((((..............(((.((.((((((...((((.(((...(((.........))).....(((....)))..))))))).)))))))))))....((......)).......)))).)))))))..(((...(((((........((((((..(((((((....(((((.......((((..(((((((....((((((.....))))))))).))))((((((((((.........)))))))))).........))))...))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((.(((((((..(((((((((.(((((....((((.......))))..))))).((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((...((...(((((.......)))))..........(((......)))........)).)))))))))))..)))).....))))..))))...)))))))))))))))))).(((((....)))))......)))))....)))....)))))..)))))).(((...((...((((((((((((.....)))))...)))))))...))...((((........)))).)))...((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((........((((((((((((.........(((((...((((...((((.....))))..))))))))).((((((((....(((((((((.....)))))))))..(((.((((((((((......((((((((((......)))).))))...))......))).)))))))..)))..........((((((.((((...(((.(((.(((....((((((((.....(((...((((((.....)))))).(((((((..........((((....))))..(((..((((......))))..)))..........((((..((((.(((........))).)))).)))).))))...)))....))).....)))))))).............((((((.(((((....((...(((((....)))))...)))))))..((((...)))).))))))........))).))).)))....))))))))))((((((...........((((.......))))............)))))).....))))))))..)))))).))))))((...((((((............(((....)))...((......))..))))))...))...........))))))))))))))).))...))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((..(((((((....)))))))..)))))..)))).))...))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......(((((......(((((...(((((..(((((....(((((...)))))........)))))((((((.(((...)))..))))))...(((((...((((.(((...(((.........))).....(((....)))..))))))).)))))(((((.((..............))).))))........(((((((((...((((......((((((..(((((((....(((((..(((((.((((........))))(((((((...)))))))...)))))((((((((((.........))))))))))....(((....)))..))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..(((((...(((((((((((((((((((((....((((.......))))..))))))((((....)))).............)))))....)))))).((((..((((.((({{{{{{{........(((((.......))))).......)))(((......)))...........}}}}}}}))))..)))).....)).))...))))))))))))))))))))))).(((((....))))).....((((..((((((..........)))))).).))).......)))).)))))))))......))))))))))....)).))).((((........)))).......((((((((.((((((((...(((((.((.((((..............(((((((((((........((((((((((((......((((((...(((((((.((((((...))))))...((((...((((((((((.(.((((((((((...))))))))))).(((.((((((((((....))).((((((((......)))).))))((((.....))))..)))))))..))).......(((.....((((.....))))......)))..))))))..))))..)))).((((((.....))))))))))))).).))))).((((((((((((........))).(((((((.(((.((((........)))).)))((((.(((........))).))))......(((((..(((....)))..)))))..(((..............((((((.(((((.........(((((....))))).....)))))..((((...)))).))))))))).....))))))).))))).))))......((((.((((.((......)))))).))))...............((((((((....))))))))..)))))).))))))....................(((((((((..........[[.[....)))))...]]].)))).......))))))))))))))).)))).))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......((((((((((((((((((........(((((....((((.....)))).(....).))))).((((..((.....(((..(((.(((.(((((...((((.(((...(((.........))).....(((....)))..))))))).))))))))))).....(....)...)))))..)))).)))))))..(((...(((((........((((((..(((((((....(((((.......((((...(((.(((...((((((.....))))))..)))...((((((((((.........)))))))))).....))).))))...))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((((((((.(((((....((((.......))))..))))).((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((...((...(((((.......)))))..........(((......)))........)).)))))))))))..)))).....))))....))))))))))))))))))))))).(((((....)))))......)))))....)))....)))))..)))))).(((...((...((((((((((((.....)))))...)))))))...))...((((........)))).)))...((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((........((((((((((((.........((((((...(((...((((.....))))..))))))))).((((((((....(((((((((.....)))))))))..................(.(((((...((((......)))).(((....(((.((((....((.(((.(((((.(......(.((((((.((((...(((.(((.(((....((((((((.....(((...((((((.....)))))).(((((((..........((((....))))..(((..((((......))))..)))..........((((..((((.(((........))).)))).)))).))))...)))....))).....)))))))).............((((((.((((((......(.(((((....))))).)..))))))..((((...)))).))))))........))).))).)))....)))))))))).).)))))).))).))...)))).))).))).............))))).)....))))))))..))))).)))))))((...((((((............(((....)))...((......))..))))))...))...........))))))))))))))).))...))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......((((((((((((((((((........(((((....(((((...))))).(....).)))))..............................................((...........)).....(((....)))..........................(....)...............)))))))..(((...(((((........((((((..(((((((............(((..................(((((((...)))))))....))).((((((((((.........))))))))))......................(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..(((((...(((.(((((.(((((.(((((....((((.......))))..)))))..((......))..............))))).....))))).((((..((((....(((((((........(((((.......)))))..........(((......)))...........)))))))))))..))))......).))...))))))))))))))))))))))).(((((....)))))......)))))....)))....)))))..)))))).((....((...((((((((((((.....)))))...)))))))...))...((((........))))..))...((((((((..(((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((.........(((((.(((((.........................(((.....))).....((((...(((.((((((...(((((((((.....)))))))))............................((((......))))..................(((((((((.(....)..(.(((....))).)......)))))))))......))))))...)))..)))).((((((.....))))))................................(((..((((......))))..)))......((((....))))............................(((((..(((....)))..)))))...........................(((..........(((((....)))))......))).(((((((((((..............................))))))))))).............................................(((((((....)))))))...)))))..)))))......((((((............(((....)))...............))))))................))))))))))))))).))...))).((((.............))))........))))).))..((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))..)))).))...))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).......(((((((((((((((((((...((..(((((.((.((((.....)))).)).....)))))((((.(((((((..((.((....)).))....))))))).((((...............((..((((((....)))..)))..)).((((.....))))..))))..)))).......))..))))))))..(((...(((((........((((((..(((((((....(((((.......((((..(((((((....((((((.....))))))))).))))((((((((((.........)))))))))).........))))...))))).(((((...)))))..........)))))))..)))))).....((((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((((((((.(((((....((((.......))))..))))).((((....)))).............))))).))))..))).((((..((((....(((((((...((...(((((.......)))))..........(((......))).....))....)))))))))))..)))).....))))....))))))))))))))))))))))).(((((....)))))......)))))....)))....)))))..)))))).(((...((...((((((((((((.....)))))...)))))))...))...((((........)))).)))...((((((((.((((((((...(((...((.((((....((.....)).(((((((((((........((((((((((((.........((((((...(((...((((.....))))..))))))))).((((((((....((..(((((.....)))))..))..(((.((((((((((......((((((((((......)))).))))...))......))).)))))))..)))..........((((((.((((...(((.(((.(((....((((((((.....(((...((((((.....)))))).(((((((..........((((....))))..(((..((((......))))..)))..........((((..((((.(((........))).)))).)))).))))...)))....))).....)))))))).............((((((.(((((....((...(((((....)))))...)))))))..((((...)))).))))))........))).))).)))....))))))))))((((((...........((((.......))))............)))))).....))))))))..))))).)))))))((...((((((............(((....)))...((......))..))))))...))...........))))))))))))))).))...))).(((((...........)))))........))))).))).((((((((((((((....))))))..))))))))((((((.(((((..(((((((....)))))))..)))))..)))).))...))))))))..