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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00746



RNA: CRW_00746
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(((..((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......))))....(((...(((((.(((((((..(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......(((.....((((((.........))))))...)))..)))).......(((((((((.((((.(((.(((....((......))(((.((((.((((((..(((..............(((((....)))))..((((..(((...)))..)))).)))...............(((((....)))))..))))).).))))........((.(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....))))).))...)))...))).))).))))))))))).)).))).((((((((.........)))))))).(((((........))))))))))((((..((((.....))))..))))...))).))))))))))))..))))(((((((((((..(((((((((((...(((((((......)))))))..(((...))).(((((..((((((.....))).....((((((.......)))))).........)))..))))).)))))))).)))......(((((((..(((.......(((((((((.(((.........))).)))))))))..............((((((((((.(((((((.((....)).................(((..........)))...)))))))...((((((((....))))))))....((((((.(((.......)))...))))))...)).)))))))).)))..)))).))).)))))))))))...........((((...((((((((((((((....))))))..))))))))...(((..(((...((((....))))...)))..)))........)))).........)))....)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((..((((.....((((..........)))).))))..))))))...))))..)))).(((((.......))))).(((((.((((((...(((((((((....))))))..))).....)))))).(((((((..((((..(((((((((((......(((..((((.((((......)))).((((((((((.((.((................))))))))))))))...........)))).....(((((....)))))....)))......))))......((((((((......((((..(((...((((...............))))....)))..))))..((((((((...(((...)))..((((....)))).))))).....(((((((((((((.(((......)))(((((.(((((((((.(((((((((.........))))))))).((....))..)))))).)))((((((((..(((...(((((..((((((..(((((((...(((....(((.....((((((((..(((((...)))))((((((((....))))))))......))))))))..))).((((((((...((.....((((((.......))))))...(((((....))))).((((....))))))....)))))).)).)))...)))))))..))))))......(((((((((((((((............)))))))))).....)))))...)))))..)))))))))))......((((((..........))).)))))))).((.((((((((....)))))))).))..)))))))))))))....)))..(((((((((((((((..((.((((((...(((((....))))).....))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..)))))))).........)))..))))).))))))))....)))))))...)).))...)))))))....)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((..((((.......))))((((((.......))))))......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).............((((((((((.((.(((((..((((.(((.((((......)))))))((((((((.....(((...........)))....))))))))......................(((((....)))))..((((....))))............................(((((....)))))..................................(((((....(((..............)))...)))))....))))..))))))).)))))))))).(((((((....((((((.(((((((((.........)))))))))...........))))))...)))))))............................))))))))))))..))))(((((((((((..(((((((((((...((((((((....))))))))........((.....(((.....))).....)).....((((((.......))))))...(((((....)))))...)))))))).))).........................(((((((((.................)))))))))...............(((((((...(((((((.............................................)))))))((.((((((((....)))))))).)).((((((.................))))))......)))))))................)))))))))))..................((((((((((((((....))))))..))))))))...((((.(((.(.((((....)))).).))).)))).....((((((.....)))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.....(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((.(((((.......))))).......(.(((((..((((((..(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..............((((((.(.....).))))))........))))....)).(.((((((((.(((.(((.(((...............((((((((.((.....(((...((((.((....(((((....))))..)...))...))))........((((..(((............((((....)))).......)))..))))...............))).........)).)))))))).....(((((...((.......)).........))))).))).))).))))))))))).).....((((((((...........))))))))(((((........)))))))))).).....(((.....)))..............))))))))))))..)))).....(((((((.(((((.....)))).(((((((....))))))).....).)))))))......)).))))............((((((.......))))))...(((((....))))).((((....))))..((((((..(((((.(((((((.......((((......)))).........)))......................(.(((((....((((((((....))..............((((........)).))...).))))).....((((((((....))))))))........))))).))))).)))))...))).)))...((((.(((((........(((((....)))))..............((((...((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((.(((...((((....))))...))).))))........))))........))))).)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......))))((((((.......))))))......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).............((((((((((.((.(((((..((((((((.((((......)))))))((((((((..((.(((...........)))))..))))))))(....((.......)).(...)(((((....)))))..((((....))))........)...................(((((....)))))..................................(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))...)))))..))))))).))))))))))((((((((..((((((((.(((((((((.........)))))))))...........))))))).)))))))))..(((.....)))..............))))))))))))..))))((((((((((((((((((((((((..(((((((((....))))))))..)....(((.....(((.....))).....)))....((((((.......))))))...(((((....)))))...)))))))).))).))......(...............(((((((((.................)))))))))..............((((((((.(.(((((((.(.........................................).)))))))((.((((((((....)))))))).)).((((((.(((.......)))...))))))...)..)))))))).........).....)))))))))))..................((((((((((((((....))))))..))))))))...((((.(((.(.((((....)))).).))).)))).....((((((.....)))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((....[[[[[[..[[[[.....[[[[..))).....]]]].]]]]..]]]]]].(((.........((((((.......)))))).[[[[[(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))))))...(((....)))]]]]].((((((((..(((....))).((((......)))).[[[[[[[[[[..)))))))).(((......)))...]]]]]]]]]]...(((..............(((((....)))))..((((..(((...)))..)))).)))...............(((((....))))).....((((((((((..........(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....)))))((((..(((.(((......))).)))..))))[[[[[[(((((((((.........)))))))))(((((........)))))))))))))))......]]]]]]....((((((.((((((((...(((....(((.....((((((((..(((((...)))))((((((((....))))))))......)))))))).)))....((((((..........((((((.......))))))...(((((....))))).((((....))))......))))))....)))...)))))))).))))))..........(((((((((((............)))))))))))......(((((((.[[[[[..................(((........))).......)))))))...((((((((....)))))))).......((((............))))...]]]]](((((((.(((.[[[[[[)))(((((....))))).....]]]]]]..))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))........(((...((((....))))..[[[[[[))).....((((((.....)))))).]]]]]]..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......)))).(((((.......))))).(((((.(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..((......)).((((((((((.((.((((((((....))).((((......)))).(((((((((.((((..((...(((......))))).((((.((((.....((.(((.((.((....(((((....))))).....)))).))).))......)))).))))...........(((((....))))).)))).)))))).))).........(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....))))).))))))).))))))))))((....)).((......))(((((((((.........))))))))).))))).((..((((((.(((((..............))))).)).))))..)).))))))))))))..))))...(((((((...(((((((((((...((((((((....)))))))).......(((.....(((.....))).....)))....((((((.......))))))...(((((....)))))...)))))))).))).((((((.(((((.((((..((((....(((((....))))).(((((((((((((............))))))))))))).....((((((..(((((.................)))))................)))))).((.((((((((....)))))))).)).....)).))..)))).)))))..))))))..(((((((..((.((((((...(((((....))))).....))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...((((.(((...((((....))))...))).)))).....((((((.....)))))).))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).............((((((((((.((.((((......((....(((........)))......((.............................ddd))((((.....((..............(((((....)))))..............))......))))..DDD...........(((((....)))))...........................{{.....(((((....(((..............)))...)))))...))}}....)))))).)))))))))).....(((....bbbb...(((((((((.........)))))))))..)))........BBBB......................................))))))))))))..))))((((((((((((..((((.....))))((((((((....))))))))......))))))))..........((............((((((.......))))))....((((....))))..((((....))))......aa))(((((...............(((((....))))).....(((((....................)))))<<(((...(((((((.............................................)))))))...((((((((....)))))))).....cc..)))........)))))...AACC..........>>....[[[[[....((((....))))))))..]]]]]...........((((((((((((((....)))))..)))))))))...((((.(((...((((....))))...))).)))).....((((((.....)))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......)))).(((((.......))))).......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..............(((((((((.((.((((((((....))).((((......)))).((((((((((.((.((.((..........)).))))))))))))))....(.......).......(((((....)))))..((.(((((....((.(((...))))).((.......))..(((((....)))))......))))).))...........(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....))))).))))))).)))))))))..(....)..((......))(((((((((.........))))))))).((((........)))).(((((..............))))).............))))))))))))..))))....((((((...(((((((((((...((((((((....))))))))...((...)).....(((.....)))............((((((.......))))))...(((((....)))))...)))))))).))).((((((.(((((.((((..........(((((....)))))....((((((((((............))))))))))(((((..(((((((.((....))..................((..........))....))))))).(.((((((((....)))))))).)......)))))..)))).)))))..))))))..(((((((..((.((((((...(((((....))))).....))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...((((.(((...((((....))))...))).)))).....((((((.....)))))).))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((....(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((..((((.......)))).(((((.......)))))..(((..(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).............((((((((((.((.(((((..(((((....((((......)))).((((((((((.((.((.((..........)).))))))))))))))...(((..............(((((....)))))..((.(((((....((.(((...))).)).............(((((....)))))......))))).))................))).(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))...)))))..))))))).))))))))))((((((((((.........(((((((((.........)))))))))))))))......))))...))).((((..((((.....))))..)))).......))))))))))))..))))....((((((((.((.((.....))..(((((((......)))))))...)).))))))))....))).)))).....((((.[[[[[[[.((((.(((.(((((((((..............(((....)))(((...((..(((..((....)).........(((..(((((((....(((((((((((............)))))))))))((((..(((((((.((....))......((.......((.....))......))....)))))))...((((((((....))))))))........))))........((.(((((..((((..((((((...((.(((....))).)).....)))).)).....))))..))))).)).((((((((((((....))))))..)))))))))))))..)))....)))..))...)))..))))))))).))).))))......))))...]]]]]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((...)))))))))).(((((...((((((((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).............((((((((((.((.((((((((....))).((((......)))).((((((((((.((.((................))))))))))))))....................(((((....))))).....(((((....((.(((...))))).(((.....)))..(((((....)))))......)))))..............(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....))))).))))))).))))))))))...................(((((((((.........)))))))))(((((........))))).((((..............))))..............))))))))))))..)))).).(((((((...(((((((((((...((((((((....))))))))...............(((.....)))............((((((.......)))))).(.(((((....))))))..)))))))).)))(((((((.(((((.((((.......((((((((....)))))....[[[[[[[[[[.)))........]]]]]]]]]](((((..(((((((........................(((((..........))).)))))))))...((((((((....))))))))........)))))..)))).)))))..)))))).)(((((((..((.((((((.(((((((....)))))...))))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))...((((.(((..(((((....)))).).))).)))).....((((((.....)))))).))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((....(((((((((.....)))))))))..((((...((((((((((((..((..(((...((.((((((.(.((((...((((........((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))))))..........((((((((((.((.(((((..(((((....((((......)))).((((((((((.((.((.((..........)).))))))))))))))...(((..............(((((....)))))..((.(((((....((.(((...))).)).............(((((....)))))......))))).))................))).(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))...)))))..))))))).)))))))))).(((((((.(.(((((((.(((((((((.........))))))))).((....))..))))))).))))))))....))))).)))))).)))))..))..))))))))))))..))))....((((((((.((.((.....))..(((((((......)))))))...)).))))))))....))).))))..........(((((((..(((.(((.(((((((((.((((.(..((((((((....))))...((((((.(((((.((((.......(((((((((.(((.........))).)))))))))..................(((((..(((((((.((....))......((.......((.....))......))....)))))))...((((((((....))))))))........)))))..)))).)))))..))))))..(((((((..((.((((((...(((((....))))).....))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..)))))))).)))).).))))..((((....))))...))))))))).))).))).(((....)))...))))))).
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((....((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......)))).(((((.......)))))........((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))..............((((((((((.((.(((((..((((.....((((......))))...............((.(............).))................................(((((....)))))..........................................(((((....)))))..................................(((((....((...((.....))....))...)))))....))))..))))))).))))))))))..((((((...((((((..(((((((((.........)))))))))............))))))..)))))).............................))))))))))))..))))....((((((((.(((((.....))).(((((((......)))))))...)).))))))))....))).))))..........(((((((..(((.(((.(((((((((.............((((....))))..........(((((.(((..............................................................((((..(((((((.((....))....................................)))))))...((((((((....))))))))........))))....))).)))))...........((((((...(.(((((.....((((....)))).......)))))).))))))..((((((((.(((((....)))))...))))))))..............((((....))))...))))))))).))).))).((......))...))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((....((((((((((...))))))))))..((((...((((((((((((..((((.......)))).(((((.......)))))..(((..((((((((..(.((..((....))..)).)..))....)))))).........(((.((((((((..((..((((.(((....)))..))))..))..))).((((((((((.((.((.((..........)).))))))))))))))..........))))))))..(((((....)))))..((((..(((...)))..)))))))..((((((((..((((.((((....))))......((((((((((..........(((((....(((((....(((.(((.....)))..)))...)))))....)))))((((..((..(((......)))..))..))))......(((((((((.........))))))))).((((........)))).))))))))))....))))...))))))))........))))))))))))..))))....((((((((.(((((.....))).(((((((......)))))))...)).))))))))....)))..)))..........(((((((..(((.(((..((((((((.((((((......((((....)))).(((((........(((...(((((.....(((((....))))).(..(((((((..(............)..)))))))..).)))))..))).((....))................))))).....)))))).....(((((....((((((((....)))))))).((((((((.((...........(((((..((((..((((((...((.(((....))).)).....)).)))).....))))..)))))..((((((((((((((....))))))..)))))))).........)).))).)))))..))))).))))))))..))).))).(((....)))...))))))).