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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00747



RNA: CRW_00747
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ......................................(((((......(((((((((..((((((...))))))((((((.........)))))).(((((((((((...(((...(((....)))....)))...........))))).......(((((....(((((........)))))......))))).)))))).(((((((..((((.((((......))))...(((((((((((.(((((((........))))((((((.............))))))(((((((((((((.(((..........))).))))))......)).))))))))((((((......))))))...))))))...)))))))))...)))))))....))))))))).......)))))..(((((...(((((....)))))..)))))....(((((.......(((((((((((((.....))))))))..(((((((.....)))))))))))).....))))).(((((((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((((.((((((.......)))))).)))))).))))...........................................................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((.........((((..((((((((...((...((...(((((((((((.........(((....((((((((...(((((......(((((((....((((........)))).((((...))))......)))))))((......)).))))).))))))))..)))..((((((..(..((((((.....))))))....)..))))))................))))))))))).....))...))..))))))))...))))...((.(((((..(((((.(((((....(((((((.(((((((((..(((((((.......)))))))......((((((......)))))).......((((((((((...(((.((.........((((.......))))........((((((....(((((....((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))))))........(((((((((.....)))))))))..........))))).((((((.((((((((((((((....(((((((...(((((.......((((((((.....(((((...((((.........))))...))))).....)).)))))).(((......)))..))))).((((((((........))))))))))))))).......(((((.........)))))(((((.......))))).((((((((.....(((((..(((........(((((.((((.(((....))))))))))))......((((((.....)))).)).))).)))))...........(((((((.....)))))))))))))))....))))))).))))))).))))))......))))))...)).)))...(((.((((((((.................(((((.....(((((((..(((((((....(((......)))..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..)))))))))).........((((((...(((....))).....(((..(((((((.....)))))))..))).....)))))).........)))))))(((((((((....(((((((((.((..(((..((((..((((((((.((((((.((..(.(((((......))))).)..)).)))))))))).))))...))))......(((((((..(((((((..................(((((...)))))..((((((((.(((...(((((...)))))...))).))))))))...))))))))))))))......)))..))...(((((((........(((.(((((((((.(......(((((((.....)))))))(((((((((((..((((((.((((((..........((((((.((((..(((..((((.((((((..(((((...(((.(((.((((.......)))).))))))..(((((((((.(((.........))).....(((....)))..............)))))))))........((((((((((.....))))))))))))))).(((.((((((((...(((......((((((((.....((((((...((((((((....))))))))........(((.((((((((((((....))))))..((((((((((...)))))))))).......(((.((((((((((.....))))))..((((......)))).)))).))))))))).))).......)))))).....))))))))....)))......(((((.(((.(((((.....)))))..))).))))).....)))))))))))..)))))).............((((((((((((((((......(((....)))((((((............(((.((((((((((........(((((...(((((((......)))))))...))))).)))))))))).)))............((((((((((..((..(.......................)..)).)))))).))))..((((((((((((.((((.((.....))....)))).))))))))))))...........))))))..))))))))))))))))))))..((((.((((.((...............)).)))).)))).)))..)))).))))))...(((........)))........)))))).(((((....((...((.(((.........))).))...)).......))))).........))))))...)))))))))))...).))))))))).))).(((((((((....(((((..(((....)))..))))).((((((....))))))....)))))))))..)))))))...)))))))))..))))))))).............))))).((((((((((.....((((((...((....))...))))))..........((((((((((((((....))))))..)))))))).......)))))...))))).)))))))).))).......))))))))))....))))))))))))))))...((((((.......))))))))))).)))))...))))).))..)))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((((((((....((...(.(((....((((.((((((.....((((((((....................))))))))......)))))).))))..))))...)).....)).)...))))))))...........((((((....(((((........)))))......)))))).......(((((((..(((..((((......))))...((((.((((((..(((((...((((.......((((.....))))....))))......)))))..................((((((((.......))))))))..........................))))))..)..))).)))...))))))).........)))))))............((((...(((((....)))))..))))(((((((.(((....))))))))))....................((((((.......)))))).((.(((.(.(.((((((.......)))))).).)..))).))((((((((.......(((((.(......................((.......)).....(((((((.........((((((((......((((.......................(((..(((((((........))))))).)))............(((((.......))))).......((....))((((((((............(((((((...........))))..................((((((((.(((...(((....)))..)))((((((((.(((((......(((..(((((((.((.....(((((((((((...........((.......))...........((((((((((.(.(((....)))).))))..))))))....(((((.(......(((......))).......).))))).............)))))))))))............)).)))))))..............(((((((((((....(((.((((((((..(((..........))).)))))))).)))....))))...)))))))...........)))..........))))).))))))))........(((((....((.(((((...))))).))....)))))......(((.(((((((((..((((((............................(...(((...(((...............(...((((.....))))...)..(((((((.......)))))))..................)))...)))....).....((.(((...........((((((((((.....))))))))))....)))...))..................(((((.................)))))................................))))))......................((((((((((......................................((((((((...(((((((((.....)))))))))..((((((((.(........)..))))))))((((((((.....((((((...((((((((....))))))))..................((((((....))))))((((((((((.......)))))))))).......(((.(.(((((.......))))).).))).....(..(((((((......))))))).)......)))))).....)))))))).....((((.....))))...............................))))))))...............................(((((((((((((......((((....))))((((...........(.(((.((((((((((........(((((...((((((........))))))...))))).)))))))))).))).)..........((((((((((..((.((.....................)).))...)))))).))))..((((((((((((........................))))))))))))............))))....)))))))))))))...........)))))))))).....))))))))))))..........))))))))...................)))..........))))))))(((((....((...((.(((.........))).))...)).......)))))........................)))).....)))))))))))))))(((((((((...(((((.....)))))...........((((((....))))))....))))))))).............).))))).....)))))))).((........(((.(((.....((((((.(((((..................))))).).....(...((((((((.(((((....)))))...))))))))....)..((((((((((((.............((.(((((.............))))).))......)))))))))))).......))))).....))).))).........)).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(..((((((((....(...((...(((((((((((.........(..(((.((((((((...(((((((((..........)))))..((.........(((((.....)))...))..............))....)))).)))))))).))))(((((((((((.(((((((.....))))))..).)))))))))))..............))))))))))).....))...)...)))))))).).........(.(((((..(((((.((.......((((.((((((((((((.((((((((.(....))))))))).....((((((......)))))).......((((((((((..(((.(((.........((((.......))))...........))).))).((....))((((((((((((((((.((((()))))))))))).)))))))))..(....)(((((((((.....)))))))))(((......)))...(.......)(((((((..((((.....(((((((....))))))).)))).)))))))....((((...((((.........))))...))))........................(((....)))...(((((((........)))))))(((........)))...(((.........))).((((...(((((.(((((.....((((....((((((((((.........(((((.((((.((((())))))))))))))((((((((.((((......)))).(((((((((.......))))..(((((.......))))...).................(((..........((.......(((....))).(((((((.......))))))).))(((....))))))...............................(((((((((..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..)))........(((((............(((((((((((..(((((.((((((((..(((..........))).)))))))).))))..))))...))))))))...)))))...((()))..((((.(((((((..((((((((.((((((.((..(.(((((......))))).)..)).)))))))))).))))...)))).)))..))))......)))))))))................((((...))))..................(((((...)))))(((((((((((())))))))))))..................................(((((((.......)))))))(.((((((((((.....)))))))))))..............................((((.................))))(((((((........)))))))..((((.......)))).......(((((((((((.(.....(((((................))))).........)..)))))))))))((((..((((((((((.....)))))))))).)))).((..((((((((.(((....(...((((((((.....((((((...((((((((....))))))))....((.........)).((((((....))))))(((((((((((.....))))))))))).....(((.((((((((((.....))))).................))))).))).................)))))).....)))))))))...(((((.....)))))(((.((((.......))))..)))......)))..)))))))).))......................(((((((((((((((......(((....)))((((((............(((.((((((((((.................(((((........)))))..........)))))))))).)))............((((((((((..((.............................)).)))))).))))..((((((((((((.((((...((....))...)))).))))))))))))...........))))))..)))))))))))))))))))).....)).))))))........(((((..((((.((.......)))))).......))))).....................))))))))).)...))))....).))))..)))))............(......).))))..........(((((..................)))))..(((((((.(((((((((.(.(((()))).)((.(((.((((((((((())))))))))).))))).)))))))))((((((.....))))))..........)))))))................................((((((...((....))...))))))..........((((((((((((((....)))))..)))))))))......((((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))....))))))))))))))))((.((((((.......)))))).)))).)))))...))))).)......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((........[[[[[..))))))))..]]]]].........(((((((...))))))).....((((((..[[[[[[[.))))))...........(((.(((....)))...)))]]]]]]]...((((((.....))))))(((((((...[[[[[[[[[[[............)))))))....]]]]]]]]]]].((((.........[[[[[[[[[[......[[[))))..]]].]]]]]]]]]](((((((((...))))))...)))............(((((((.....(((((((.......)))))))........((((......)))))))))))..((((((((((...............................((((((....(((((...(((((....)))))..)))))....(((((.......(((((((((((((.....))))))))..(((((((.....)))))))))))).....))))).))))))....(((((((..[[[[.....(((((((....)))))))......))))))).......]]]].(((((((....)))..))))...................(((......)))..(((...[[[[[[[))).......]]]]]]].(((.......[[[[[[[[.........)))....]]]]]]]]...((((.......)))).....((((((((........(((((.((((.(((....))))))))))))............)))))))).....(((.((((.......)))).[[[[[[....)))...]]]]]]..(((....))).(((((((((..((((((((......(((....))).(((((((.......)))))))))))))))..))))))..))).....(((((..[[[[[[[.......)))))......(((..((((((((((((..........))))))...))))))..)))]]]]]]]..((((((((....(((.(((....))).))).....[[[[[[[[.........))))))))..]]]]]]]].....((((.((((...[[[[)))).))))...]]]].........(((((((..((((((((.((((((..........(((((...))))).......)))))))))).))))...)))).)))..(((((((..(((((((((((........))))..(((((...)))))..(((((((((((....(((((...)))))..)))..))))))))...))))))))))))))..................(((.....[[[[[[[.)))...]]]]]]]..((((((((((.....))))))))))......(((..(((....)))..)))....(((((.(((.........))).)))))............(((((.[[[[.[[[[)))))..]]]].]]]]..(((((((((((...[[[[[...(((.......(((....))).......)))....)))))))))))......((((((((((.....))))))))))...]]]]]..((((((((...(((......((((((((.....((((((...((((((((....))))))))............((((((((((((....))))))((((((((((((...)))))))))))).....(((.((((((((((.....)))))...((((......))))))))).)))))))))...........)))))).....))))))))....)))...((((((((.(((.(((((.....)))))..))).)))))..)))))))))))........................(((((((((((((((((((((.(((....)))..((((..((((..(((....)))..)))).)))).....(((((...(((((((......)))))))...))))).......)))))..........(((((((..((((((..(((((......((((...))))......))))).)))))).......((((((((((((.((((..............)))).))))))))))))............)))))))))))))))))))))))......((((.((((.....(((....)))......)))).))))....................(((......(((((.........))))).[[[)))..((((.....(((....))).....))))..]]]....((((...[[[[[[...((((((...........))))))))))....]]]]]]..(((((((((....(((((..(((....)))..))))).((((((....))))))....))))))))).....((((((((((((((((.............(((....)))..((((..(((......)))..((((((..............)))))).....)))).((((((((((((((....)))))..))))))))).........))))))))))))))))(((((....))))).))))))))))................((((((.((((((....[[[)))))).)))))).......]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.((((((((...((...((...((((((((((..........(((....((((((((...(((((((.((((((((((....((((........)))).((((...))))......)))))))....))).)).))))).))))))))..))).((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))...(((......))).)))))))))).....))...))..)))))))))))..(((..((.(((((..(((((.(((((....(((((((.(((((((((.((((((((.......)))))))).....((((((......)))))).......((((((((((..(((.(((.........((((.......))))...........))).))).........((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))))))........(((((((((.....))))))))).(((.((...((((((.......))))))...)).)))..(((((((((..(((((.......((((((((.....(((((...((((.........))))...))))).....)).)))))).(((......)))..))))).((((((((........)))))))).(((..((((((......))))))....))).((((((..((((((((((.......))))...(((((((((.........(((((.((((.(((....))))))))))))((((((((.((((......))))(((((((.((((((((((((((((((.(((.((((.((((((((...(((.....((.(((.((((..((((((((......(((....))).(((((((.......)))))))))))))))..))))))).)))))..))))))))((((((.....(((......)))..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..))).)))))).(((((((......)))))))...(((((...((((.((((((((..(((..........))).)))))))).))))...))))).(((((((((((...)))).))..))))).)))).(((((((((((((((.((((((.((....(((((......)))))....)).)))))))))).)))).....))))))).(((((((..(((((((((((........))))).(((((...)))))..((((((((.(((...(((((...)))))...))).))))))))....))))))))))))).....))).))))..)).))))))))).))).))..((((((((.....(((((.((((.((((((.....))))))))))))))).....)))))))).(((((.(((.(((.........))).)))))))).........((((((.(((.((((.......)))).)))))))))...)))))((((((((.((((...)))).(((....)))..........(((((...))))).(((((..((((((((((.....)))))))))).)))))(((.((((((((..(((.((.((.((((((((.....((((((...((((((((....))))))))..................((((((....))))))((((((((((((...)))))))))))).....(((.(((((((((..(((...........)))..)))...)))))).))).....((((...)))).)))))).....)))))))).....((((.....)))).(((.(((((.....)))))..))).)).)))))..))))))))))).......................((((((((((((((.....((((....)))).((((..((((..(((....)))..)))).))))....(((((((....(((((..((((....)))))))))...))))))).(((((....)))))((((((......((((.((((.(((((.....................))))).)))).....((((((((((((.((((..............)))).)))))))))))).)))).......)))))).)))))))))))))).))))))))..)).)))))).........((((((((((.((.......)).)))))....))))).(((........))).......)))))))))((((....((....((.....)).))....))))....)))))))).))))((((((...((((((..((((....))))....)))))).))))))..(((((((((....(((((.((((....)))).))))).((((((....))))))....)))))))))((((((.....))))))........))))))))).(((((((..........)))))))(((....((((((...((....))...))))))......))).((((((((((((((....))))))..))))))))......((((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))....))))))))))))))))....(((((.......))))).))))).)))))...))))).))..)))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((.............(((((((((((.........((.....((((((((...(((.........................................................................))).))))))))...))(((((((((((..((((((.....))))))....)))))))))))..............)))))))))))..............))))))))............((aaaa.))(((...((((....(((((.(((((((((((..(((((((.......)))))))((.....cccc))......CCCC........((((((((((.........................................(((((...(((((....)))))ee)))))((((((.((......))))))))......EE............(((((((.......)))))))..........................................(((((((...(((((.....................((((...((((.........))))...))))................(((......)))..)))))..(((((((........))))))).))))))).........................((((....((((((..........(((.....(((((((((.........(((((.((((...........))))))))).....................................................................................................................(((......[[[[[[[)))...((((....)))).......]]]]]]]...............................((..(((((.((((((..........))))))....)))))..))..........................(((((((((((...((((.((((((((..(((..........))).)))))))).))))...)))...))))))))....................(((.(((((((..((((((((.((((((.((....(((((......)))))....)).)))))))))).))))...)))).)))..)))..............................................................(((.....))).....((.dddddd.....))DDDDDD.......................................................((((((((((.....)))))))))).......................................................................................................((((((((((.....ggggggg.................................)))))))))).......((((((((((.....))))))))))....(((((......(((.....((((.....))))bb.)))..hhhh....((((((((....))))))))..................((((((....))))))((((((((((.......))))))))))....)))))....(((((.......)))))...........................................HHHH......BB...........((((.....))))....................................................................((((((((((((((((......(((....)))((((((............................................................................................................................................................((((((((((((.((((..............)))).))))))))))))...........))))))..))))))))))))))))...........GGGGGGG....................................................................)))))))))<<<<.)))......>>>>....................))))))...)))).........................................((((((.(((((((((....(({{((fff))..))FFF..}}...((((((....))))))....)))))))))((((((.....))))))..........))))))..........................................((....))...................((((((((((((((....)))))..)))))))))......((((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))....))))))))))))))))...((((((.......))))))))))...)))....AAAA.........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.((((((((...((...((...(((((((((((........(((((((...)))))))..(...((((....((((((....((((........)))).((((...))))......)))))).((......)).....((((((....(((((........)))))......)))))).(((((((....)).)))))..)))).....)..))))))))))).....))...))..)))))))))))...((..((.(((((..(((((.(((((....(((((.(((((((((((.((((((((.......)))))))).....((((((......)))))).......((((((((((..................((((.......))))....(((....))).............((((((((((((((((.(((....)))))))))).))))))))).........((((((((.....)))))))).........((((((.(((((((((.((((((..((((.....(((((((....))))))).)))).))))))..(((((((...(((((...))))).((...))..............((...(((((...(((....)))..((((((((........))))))))..(((.((((((...((((.........)))).(((((.......)))))....((((((((((((((((((((........(((((.((((.(((....))))))))))))............)))))))).))......((((.......))))..((((((.....))))))...............((.(((((((..((((..........))))..))))).)).)).....(((((((((((..((((....)))).)))))..)))))).....((((((.....(((......)))..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..))).)))))).(((((((......)))))))....((((....((..((((((((..(((..........))).))))))))..))....))))..))))))))))......)))))))))..((((.(((((((..((((((((.((((((.((....(((((......)))))....)).)))))))))).))))...)))).)))..))))............((((........))))...)))))........................(((((...)))))((((((((((....))))))))))..))..............(.(......).)....(((((((.......)))))))..((((((((((.....)))))))))).))))))).)))))))))))))))......(((((.(((.........))).))))).............((((.((((.((((.......)))).))))))))(((((((((........(((((...)))))........................)))))))))........((((((((((.....))))))))))....(((((.(((((((((...(((((.....))))).))))).((((((......))))))..(((((..............)))))..((((((....)))))).(((((((((((...))))))))))))))).)))))....((((((.....))))))....(((.((((...(((.((.(((((((((.(((.(((((((..........(.......)...(((((.....))))).((.(((((.....)))))..))...........((((((.((..........................((((((((((((((.....((((....)))).((((..((((..(((....)))..)))).))))......((((...(((((((......)))))))...))))........................((((((......((...((((.(((((.....................))))).)))).....((((((((((((.((((..............)))).))))))))))))...)).......)))))).)))))))))))))).(((.((((.((((((.(((.........((((((((((.((.......)).)))))....))))).(((........)))........((((......)))).((((..((.(((....)))...))))))...)))..)))))).))))))).....((((..................))))...)))))))).((((((((....((((((...))))))..........((((((....))))))....))))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))).)).)))....)))).))).....((((((...((....))...))))))..........((((((((((((((....))))))..))))))))......((((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))....))))))))))))))))....(((((.......))))).))))).)))))...))))).))..)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((....))).(((.((((((((.............(((((((((((........(((((((...))))))).....(((((...(((((((....((((........)))).((((...))))......)))))))...............((((((....(((((........)))))......)))))).(((((((....)).)))))..))))).......)))))))))))..............)))))))))))..(((.....((((((.(((((.(((((....(((((.((((((((((((((((((((.(....))))))))).....((((((......)))))).......((((((((((..................((((....ccc))))....(((....))).............((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))))))....CCC..((((((((.....))))))))(((((....((((((.((((((((((((((((..((((...(.(((((((....)))))))))))).))))))).((((((((..(((((...))))).........(((((............((((((...(((....)))..((((((((........))))))))..(((.(((((((.(((((.........)))))(((((.eee.e.)))))EEEE((((((((((((((((((((..(((...(((((.((((.(((....))))))))))))..))).......)))))))).)).(((..<<<<)))....>>>>.(((((((.....)))))))....(((..........(((.(((......................)))..)))........((((((.((((..((((....)))).))))...)))))).....((((((.....(((......)))..(((..((((((((((((..........))))))...))))))..))).)))))).(((((((......)))))))...fffff...((((.((((((((..(((..........))).)))))))).)))))))FFFFF.)))))))))).....))))))))))..((((.(((((((..((((((((.((((((.......(((((......))))).......)))))))))).))))...)))).)))..))))aaa........(((((........)))))..)))))).........((((..........(((((...)))))[[[[[[[[[[))))]]]]]]]]]].AAA.......))))).((((......))))...(((((((.......)))))))..((((((((((.....)))))))))))))))))).)))))))))))))))..(((.(((((.(((.........))).))))))))..........((((.((((.((((.......)))).)))))))){{{{..{{{........(((((...)))))....)))))...............}}}..}}}}........((((((((((.....))))))))))....(((((.(((((((((...(((((.....))))).)))))(((((((......)))))))((((((((((....))))..)))))).((((((....)))))).(((((((((((...))))))))))))))).)))))....((((((.....))))))....(((.((((((.(((....(((((((((.(((.(((((((.........((((...))))..(((((.....)))))(((.(((((.....)))))..))).........(((((((.((..........................((((((((((((((.....((((....)))).((((..((((..(((....)))..)))).)))).....(((((((.(((((((......))))))))).))))).......((((ddd))))DDD.(((((((......(((((((((.((((((((.....)))..........))))).)))).)...((((((((((((.((((..............)))).)))))))))))).)))).......))))))))))))))))))))).(((.((((.((((((.(((........(((((((((((.............)))))....))))))(((........)))........((((......)))).((((.....(((....))).....))))...)))..)))))).)))))))...((((((...(((....))).....)))))).)))))))))((((((((....((((((bbb))))))BBB.......((((((....))))))....))))))))(((((((.....))))))).....)))))))))))))))))))....))))..))))).))).....((((((..............))))))..........((((((((((((((....))))))..))))))))......((((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))..).))))))))))))))))...((((((.......))))))))))).))))).).))))).....)))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((..((((((((...((...((...(((((((((((.......((((.(((.((((((((...(((((......(((((((..(.((((........))))).(((....)))......)))))))((......)).))))).)))))))).))).((((((((..(..((((((.....))))))....)..))))))))....))))......))))))))))).....))...))..))))))))...))))..(((((((((..(((((.(((((....(((((((.(((((((((..(((((((.......)))))))......((((((......)))))).......((((((((((....((((((.....(((((((((((((......(((((((((.((((..(((((.....((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))))))........(((((((((.....))))))))).(((.((...((((((.......))))))...)).))).)))))..))))))))).....((((...))))........)))).(((((.(((((((.((...)).(((((((..........((((((...(((....)))..(((((((.......((((((((((((((((.(((((......)))))....(((((((.((..((((((.((((.......)))).....((((((((........(((((.((((.(((....))))))))))))............))))))))))))))..)).((((((((.(((.....(((...(((..((((((((..(((....))).(((((((((..((((((((......(((....))).(((((((.......)))))))))))))))..))))))..)))....))))))))(((((((....(((......)))..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..)))))))))).((((..(((....(((.(((....))).))).)))..)))).....)))...)))....))).))))))))......)))))))....)))))))....)))))))))..((((((.(((((((..((((((((.((((((.((..(.(((((......))))).)..)).)))))))))).))))...)))).)))..))).)))......)))))))...............))))))...))))))).............))))))).)))))..))))))))))))).............................((((..((((......(((...(.((((((((.((((((((((((((.....))))))))))..........))))...)))))))).)...))).......))))..))))..))))))...........((((((.(((.((((.......)))).)))))))))...((((.(((((((..........((((((..................(((((...)))))))))))..(((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((..(((((.....)))))...((..........((((((((....))))))))..(((((...........((((((....))))))((((((((((((...)))))))))))).........))))).))....)))))))).....(((.(((((.((((.((..((((((((.(((.((((((............(((((((((..((((.(((((((((.(((.(((((.....)))))..))).)))))..)))).................................((((((((((((((......(((....)))(((((((((((.......(((.((((((((((........(((((...(((((((......)))))))...))))).)))))))))).)))............((((((((((..((..(.......................)..)).)))))).))))..((((((((((((.((((.((.....))....)))).))))))))))))...)))))...))))))..)))))))))))))).(((.((((.((((((.(((.......((((((((((((.((.......)).)))))....)))))))........(((((.........)))))..((((....((....((.....)).))....))))....)))..)))))).))))))).................)))))))))))))......((((..(((((((((....(((((..(((....)))..))))).((((((....))))))....)))))))))((((((.....))))))...)))))))))))))))))))))..)).))))..))))).)))........)))))).)))))).)))))))))).........((((((((((((((....))))))..)))))))).........)))))))))))))....)).))))).)))).))))))))))....))))))))))))))))...((((((.......))))))))))).)))))...))))....)))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((..((((((((....(...((...(((((((((((.........(((....((((((((...(((.....................................(((....)))..........................))).))))))))..))).(((((((..(..((((((.....))))))....)..)))))))...............))))))))))).....))...)...))))))))...)))....(((((((((..((((.(((((....(((((..((((((((((..(((((((.......))))))).......(((((......)))))........((((((((((..........................................((((...(((((....)))))..)))).......................((((((.......))))))..((((((((.....)))))))).........(((((...((((((((.((((((..((((.....(((((((....))))))).)))).))))))..((((((((................((((......................(((((...(((....)))..................((((((..................................................................(((((..(..........(((((.((((...........)))))))))...........................).)))))............((((((............((((................(((((..((((((((......(((....)))..((((((.......)))))).))))))))..))))).....................(((.........))).......(((..(((((.((((((.(......).))))))....)))))..)))......))))......(((((....(((....))).....(((..((((((((...))))))))..)))......)))))........))))))..............)))))).......(((.(((((((..((((((((.((((((.((..(.(((((......))))).)..)).)))))))))).))))...)))).)))..)))................................)))))........................((((.....))))..............................................................))))...............((((((((((.....)))))))))))))))))).))))))))..)))))........((...................))...............((((..(((.((((.......)))).))).))))........................................................................((((((((((((.((((((((((((((((.((((((.(..((((..(((((.....)))))...............((((((((....))))))))..(((((...........((((((....))))))((((((((((((...)))))))))))).........))))).......))))..)......(((.((((...(((.((..((((((((.(((.(((((((.........................................(((((.....)))))..................................................((((((((((((((......(((....)))((((((............(((.(((((((((((....)..(((((((.(((((((......))))))))).))))).)))))))))).)))............((((((((((..((..(.......................)..)).)))))).))))..((((((((((((.((((.((.....))....)))).))))))))))))...........))))))..)))))))))))))).....((((.((((((.............((((((((((.((.......)).)))))....)))))..........................................................................)))))).)))).............................................(((((((((....(((((..(((....)))..))))).((((((....))))))....))))))))).......................))))))))))))))))))..)).)))....)))).)))........)))))).)))))).)))))))))).........((((((((((((((....))))))..)))))))).........))))))))))))...................))))))))))....)))))))))).)))))...((((((.......))))))))))).))))..).)))))....))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.((((((((...((...((...(((((((((((........((((....((((((((...(((((......(((((((....((((........)))).((((...))))......)))))))((......)).))))).))))))))..))))(((((((..(..((((((.....))))))....)..)))))))...............))))))))))).....))...))..)))))))))))..(((..((.((((((..(((..(((((....(((((((((.(((((((..(((((((.......)))))))......((((((......)))))).......((((((((((....((((((.....(((((((((((((...((((((....(((((...(((((....)))))..)))))....(((((....((.((((((((........(((((....)))))(((((....))))).))))))))))..))))).))))))....(((((((..((((.....(((((((....))))))).)))).)))))))...........(((((.(((((((.((...)).(((((((..........((((((...(((....)))..(((((((.......((((((((((.(((..((((((......))))))....)))..(((((.......)))))....(((((((((((((((..(((........(((((.((((.(((....))))))))))))......((((((.....)))).)).))).)))))..........(((((.(..(((...((((((((..(((....))).(((((((((..((((((((......(((....))).(((((((.......)))))))))))))))..))))))..)))....))))))))(((((((....(((......)))..(((..((((((((((((.((....)).))))))...))))))..))))))))))..)))..).((((((...(((....))).....(((..(((((((.....)))))))..))).....))))))...))))).....))))))))))...))))))))))..((((((.(((((((..((((((((.((((((.((....(((((......)))))....)).)))))))))).))))...)))).)))..))).)))......)))))))...............))))))...))))))).............))))))).)))))..)))))))))))))............(((((........(((((.((.....((((.(((((((.......)))))))..((((((((((.....))))))))))..........)))).....))))))).......)))))..............))))))...........((((((.(((.((((.......)))).)))))))))...((((.(((((((..........((((((..................(((((...)))))))))))..(((((((((((((.((((((((((((((((..(((((((..((((..(((((.....)))))...((..........((((((((....))))))))..(((((...........((((((....))))))((((((((((((...)))))))))))).........))))).))....))))..)).....(((.(((((.((((.((..((((((((.(((.((((((............(((((((((..((((.((((((((..(((.(((((.....)))))..)))..))))..))))............................(((((((((((((((((((......(((....)))(((((((((((.......(((.((((((((((........(((((...(((((((......)))))))...))))).)))))))))).)))............((((((((((..((..(.......................)..)).)))))).))))..((((((((((((.((((.((.....))....)))).))))))))))))...)))))...))))))..)))))))))))))).(((.((((..(((((.(((.......((((((((((((.((.......)).)))))....))))))).......((.((........(((.(((.(((...........))).)))))).......))))....)))..)))))..)))))))..)))))..........)))))))))))))......((((..(((((((((....(((((..(((....)))..))))).((((((....))))))....)))))))))((((((.....))))))...)))))))))))))))))))))..)).))))..))))).)))........)))))..)))))).)))))))))).........((((((((((((((....))))))..)))))))).........)))))))))))))....)).))))).)))).))))))))))....))))))))))))))))...((((((.......)))))))))))..)))..)).)))).))..)))