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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00749



RNA: CRW_00749
Rfam family: -

CGGGGUGGCGACUGUUUAUUAAAAAGUGCGACAAGAAGUUCAGGAAGGGAUUGAGGUGAAAGUCCUCCUCCCGAAUCGUUCAUGGGAGAGUCUAUCCAGACUUGCGUAGCGAGUAAUCGCUAGGUGAGAAGCUCUGGAGACAAUGUACCUGCCCUUCAAUUGGAGGUGCCAGGGCUAGGCUUUGUUCCUAUGGCUAGCGAAAGCGAAUACAGGUUAUUAGGCGUCGUGAAAACAAAACUCUUUAUUUAUAGAGAGGCUCGUAGAUGAGUUACCCUCCUUUUUAUGGGGUAACUGAACGAUCAAUAUCUACCGGCGUAGACUGUGAGCCUAAAGGAAACGAAUGAAAGUGUCCCUUCCUGGGAACUUGGUAAGCCCAAUAGACUCCCUUGUGGAGGAGUAAGAGCAAUCUUACUUAUCGUCUAGUGGGUAAAAGACAUAAUAGGAAGCAAAUGCUUGGUUGUAACGAUCGAGAUAGAAUCUGUUGAUUUAAGCUGAAAGGCUGCAGACUUAUUAAAUGGGUGUUCUGGCCUAGGUAUUGAUAAUAAUAAUAUUCCGAGUGAAGAUUUGUGUAAGUUUUCGGCUUAGUCCAUUCUAAGUCAAAAUCAGAAGAACUUGCUCUAAGGAAAUCAUUUUGAAAACAUGAGUAUUCCAUAUAUAAUUCCUUUCAAUUGGCAUGACAUAGAUUGGGCUAACGUCCAGUCGAAAGUCUGUUAUUAUCAAAAUAACCUCGCAGUAGCCGAACUAAAAGGUGAUUCUGGUUUAGUUACCAAACUACAAAGAAAUCUCGUAAAUUCCUUUGCUGGACGAGCCCUUGCAGUACGUGCCAUCACGACUAACAAGGGUAAGAACACACCAGGAAUCAAUGGGGAGAUUUGGGACACAUCUAUUAAGAAAUUGGAUGCAAUCCACAGGUUAGGGAGAGUAUCAAAUUACUCUUGUUCCCCUGUAAAAAGAGUAUACAUACCAAAGUCCGGUGGAAAACUUCGUCCGCUAGGUAUACCUAAUAUGUAUGAUCGAGGAUUGCAGUAUUUAUGGAAAUUGGCUCUGGACCCAAUAGCUGAGUGUCGGGCUGACCGGCAUUCCUAUGGGUUUCGAAAGGGUAGGAGCACGCAGGACGUUCAUACGAUACUGCAUUUGCUUCUUAGCCCCAAAAGUAGAUGUGAUUGGGUUUUGGAAGCUGAUAUCAGGGGCUUCUUUGAUAACAUCAACCAUGACUGGAUCAUACAGAAUAUACCAAUGGACAAAAAUAUUCUUCGGGAAUGGUUAAAAGCAGGUGCUCUAGAAACAACAACUCAGGAGUUUCAUAAGGGUAUUGCUGGAGUACCACAAGGAGGACCAAUUUCACCUUUAAUUGCAAACAUGACGUUGGAUGGUUUAGAAGUUUGGGUGGCUAACUCUGUUAAACAUCUCUAUAAAAAGAGUAAAGAAACUAGUUGGUCCCCGAAAGUAAACGUGGUAAGGUAUGCGGAUGACUUCGUCGUUACCGCUGCAACAAAACGAAUACUCGAGGAUAUAGUGAAACCGUCAAUUCAAGAUUUCCUGGCUUCUCGUGGCCUAGUUCUUAAUCAAGAGAAGACUUGCAUCACUAGCGUAAAGAAAGGCUUCGAUUUUGUUGGGUUUAACUUCCGGGUUUACCCCGAUAAGUCUGGUCCGAAAGGCGCAAAAUCGAUUGUUAAACCGACAAAAGAAGGCAAAAGAAGGCUCCGAUCCAAGAUAAGAAAUGCUGUGAAGACAAAUAAAAGCUCUGGAGAAAUUAUAGUGGAGUUAAACCCAAUCCUUCGAGGUUGGGCUAAUUACUAUAAGGCGACCUCAGCAAAGAAAGUCUUUACAUCGAUUGGUAAAUAUGUAUGGGAUAAAACCUGGACAUGGGCCAAAAGAAAGCAUAGGCAAUUAAAUUUCCGUGACCUUGCGAAGUUAUAUUAUACACGACGCAAGAAAAGGAAAUGGAUCUUCAAAGGAGAAUGGAUGGACAAGGAAUUGACUAUUUUCUUGAUAGAUAGUGUUGCGAUUAGGCGACAUUCUCUGGCAAGGAAUUACAACCCUUAUCUGCUUGACAACGAAGAUUACUUUAUCGAGCGAAACAAAAGACUUUCCUCAUCGAACCUUUGGAACGAGAGACAUAGUAAGUUGUUGCGUAGGGAUAAGUAUAAAUGUAAAGUAUGUAACGAAUACAUUUGUGGUGAGGAUAAAGUUGAAAUUCAUCACAUCAAACCUAAAAGUUUAGGUGGUGAUGAUGCUAUAUCCAAUAACGUGGUUUUACACGCGGAGUGUCAUAAACAGCUGACACACACUAAAUCAAGAAGCCUUUUGGCUCGAUUUGAAAGAGGCAAGAUCUUGAACAUUUAAUUAUGUUUAGUGAAUCUUUUUCUCUAACGAAAAGCAGAAUGCGUGAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUCUGAUGGGGGGAAAACGAGAGAUCGUCUACCUAUCCAACUCACAGGUCUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...............................((((...((((((((((((..((((.......))))((((((.........))))))((((((.((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))).............(((((...............))))))))))).(((((((..((((.((....))...(((((........((((((...........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))..........)))))))))))))...)))))))))...)))).)))..........))))))))))))..))))....(((((.((((((((.....))).((((((((....))))))))...))))).)))))........(((((((..((.....(((((((.....)))))))...(((((....))))).((((....))))))...))))))).....((((((((..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((...........(((..((((.....(((((((((((.((((.......))))(((((...........)))))(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).....)))))).........((((.(((((....)))))...))))...)))))...(((((..(((..((....))....((((........((((((...........(((((((....)))))))...........((((((((...........)))))))).................))))))...))))..)))...)))))............)))))))))))....))))....(((((.((((((((.....))))((((((((....))))))))....)))).))))).................)))....((.(((((.((((.((..(((((..(((((........(((....))).))))).))))).....)))))).))))).))...((((((((((((.......((((.(((..........((((..(((((((......))))))).))))........)))))))...((((.((((.........))))...)))).......((.((........)).))(((...((((((((....))))))))....))))))))))))))).........))))).))).........(((((((.......))))))).............))))))...((((((....((..(..(((((((.....((((....)))).....)))))))..)..))....))))))......((((((.((((...((((((.........))))))...))))...((((((((((.........(((((((.............)))))))............(((((((.((((((.(((((((......((((.....(((((((((....(.((((((((.(((((....(((((((.(((((.......(((((((((.....)))))))))....)))))((....))...))))).)).....)...)))).).))))))).).((((((.((.(((((..((....))..))))).)).)))))).(.((((((((....)))))))).)..............))))))))).....((((................(((......((((....((..((((((((.(((((............)))))...)))))))).)).....))))....)))..(((((.(((................))).)))))...(((((.....(((((.((((((((..((.......((((......)))).......)).)))))))))))))...)))))..)))).)))).))))).......................................(((((((((..........................((((((....................)))))).....(((((((............(.((((..((((((..((((((((...((((.....)))).........(.((....)))............)))))))).)))))))))).).........((((.((((..........(((((((((((((........(((...(......((((((((.......(((((((......)))))))....))))))))......)...))).......)))))))))....(((((....(((..((((......))))..)))..)))))......))))..........((((((.(...((((((..((..........))..))))))..).)))))))))).......)))).(((((((((.((((.......((.(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).))))))).))....)))).)))((((((.................)))))).........((((.((((((((...(((.((.(((((.............))))).)).))).......((((((((...((.....))....))))))))))))))))...))))...))))))........((((((....)))))))))))))..))))))))).....)).)))))).))).))))((((((........)))))).((((((.((((((.((((((..............))))))....))))))((((......))))))))))......)))))))))).............(((((((((((((((((....)))))..))))))....((((((....(.((((....)))).).))))))...))))).)))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((...........))..(.((.((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((((.....(.(((....(((..(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))))))...((.(((((((((((())))))).).))))))..((.......))....((..((....))........))..((((.....(......)....(((((((....)))))))((((((((((((((((((((.........)))))))))((....))..)))((((....)))).)))))))))))).(((.((........)).)))(((((((............(((((.(((((..(.....)((.((((((((....)))))))).))))))).)))))...........))))))).((((....(((.......))).........(((((.......((((....)))))))))(((.......)))((((((.(((((((((((((((((((((.....((((..((......(.(((((((((((((((((......))))))).......)).)))))))).).((((((.((((.........))))...............))))))))..))))...(((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))..).))))...((.((((.((((.............))))(((((....)))))(....(((((((((..((((((..(.((..(..(((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)..)))...))))))..))...)))))))).......(((((......).))))(((((((((((((.....(((((((......))))))).....))))).....((.((((((((.......((((((((........)))))).))(()).....)))))))).))..))))))))...............))))))((((((.((((..(((((((((.....))))))))))))))))))).....)))).)))))).((((..(((....)))...))))))))((((((.((.(((((..((....))..))))).)).))))))((.((((((((....)))))))).))....))).).............((((((..............))))))))))))).((((....((((.(((((((.(((((..(......)..)))))...))))))))))).....))))...)))))))...))))))))).))))...............((((((((.....((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).)))))))))))))).((...((((((..((((.(((((....)))...)))))))))))........)...))..............)))))))).........))))))))))))).)).)(((..(((((..............................))))))))((((..(((((((.((((((((.((((((.....))))(...((((........))))......).))..)))))))))))))))))))...........(((((((((..........(((((((((((((........(((..((.....((((((((..((((..(((((((......))))))).)))))))))))).....))..))).......)))))))))((..(((((...(((((.((((......)))).))))).)))))..))..))))..........((((((.....((((((..((..........))..))))))....)))))))))))......)))).......(((.((((..(((..((.(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).))))))).))))).)))).)))(((.........((....))..(((((((....((((((.(((...((((((...........))................................((((((((((..((.....))...))))))))))))))(((((.(((......(((((((..(..((((((....)))))))))))))).))).))))).....((((......))))..(.((((((........)))))).)...........))).))))))))))))).....(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..))))).......))).........((((((((((((((....)))))..))))))))).((((((.((...((((....)))))).))))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.((((.((((((((....)))).)))).(((((.(((((((.....(((((((((((((((((((((((...(((((((..((((((((((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......((((((.............))))))..(((((..(((..(((((((.((((............((((((((....)))...............(((((((....)))))))(((.((((((((((((((((.........)))))))))..........))))))).))).....)))))))))....(((((((........)))...)))))))))))..))).)))))..)))))))..))))))).((((((((....))))))))...(((((...((((..........((((((((((((((...((((((........(((((..(((((.......((((....))))))))).)))))......(((((((.((((.(((.((((((((((((.....((((.((((...(((((((..((((((((((((......))))))).......)))))...........((((.((((.........))))...)))).))))))).....)))).))))...(((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))....)))...(((.((((((........(((....((((......)))).....((((....((((((..(((((((((.....)))(((((((.(((.((((....)))))))..)))))))...........))))))..))))))...))))...))).((((((((....)))..(((((((((((((.....(((((((......))))))).....)))))........((((((((........(((((((....)))).))).((((....)))).)))))))).....))))))))......)))))..)))))))))((((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))))......)))).)))))))............))))))...))))))))))))))..............(((((((.((((.(((....(((((((((((....)))))))...)))).))).)))).))))))).......))))..)))))..........))))))).((((....(((((.((((((.(((((............)))))...))))))))))).....))))...)))))))...)))))))))................((((.(((((((.....((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))))((((..(((......(((.((((.((((......)))))))))))......)))..)))).............)))))))))))......)))))))))))))))).))))...............((((...(((.......)))..........))))((((((((..[[[[[[[[...((((.....))))....((((........))))))))))))....]]]]]]]]......................((((((((((.........(((((((((((((........(((...(((...((((((((..((((..(((((((......))))))).))))))))))))......)))))).......)))))))).....(((((...(((((.((((......)))).))))).))))).....)))))...........(((((.....((((((....(((...))).....))))))....)))))))))))......))))..((((((...((((..(((.....(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))))))...))).))))...(((((((....((((....)))).)))))))........(((((((((((((...(((....(((((.............)))))....))).......(((((((((..............)))))))))))))))))..))))).....(((((((.....((((((....)))))).))))))).....))))))....((((........))))..((((((........))))))....((((((........[[[[[.[[[))))))...]]].]]]]]..((((((((......)))))))).......(((((......)))))(((...)))..((((((((((((((....)))))..))))))))).((((((.........[[[[[[[.....)))))).........]]]]]]]
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((.(((...........))))).)).....((((.(((.((((..((((.......)))).)))).....((((((((((((((((.(((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).........((((((((((....))))).).)))).(((((((((((((((((.(((......)))...((((((((.(((((....((....))....((((........))))((((((((((...(((((((((.........)))))))))............(((((....))))))))))))))).(((((.((........)).).))))))))).))))).))).(((((.((((((((.....))).((((((((....))))))))...))))).)))))..........))))).)))))).))))))((((..((.((((...(((((((((((..((((((.(((((((((.((((((((....(((((......))))).((((((.......))))))..(((((....))))).)))))))).)))..(((((.(((((..(((.(((((((((..(((((((..((((((.......((((.((....)).)).)).......))))))......)))).(((...((((((((....))))))))....))).((((((.....)))))).((((....).))).......)))..))))))))).(((.(((((((.........((((((..((((((.((.((.....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).....))))..))))))..)))))))).)))))))).((((((((..((((((((.(((((((((((((..((.(((((((......))))))).))..))))).....((.((((((((.......((((((((........)))))).)).........)))))))).))..))))))))((((((.((...(((((.((.(((((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))))).))..(((((((((((.((((..(((....)))...))))...)))))))..))))..........(((((((.((((.(((....((.((((((((....)))))))).))....))).)))).))))))).........)))))...)).)))))).((((.....((((....(((((.((((((.(((((............)))))...))))))))))).....))))...))))..)))))))).(((((..((((.......(((((((.((((....(((((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))).((((..(((......(((.((((.((((......)))))))))))......)))..))))..((((.((..((((........))))..)).))))((((......))))...(((((......))))).))))..))))))))))).........((((..(((((((((.((((((.((((((.....))))....((((........))))........))..)))))))))))))))))))))))..)))))((((((((((..............((((((((........(((..((.....((((((((..((((..(((((((......))))))).)))))))))))).....))..))).......)))))))).((..(((((...(((((..(((......)))..))))).)))))..))..((....))........((((.....((((((..((..........))..))))))....)))).))))))......)))))))))))))))..))))).))))).(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).))))))).......)))).)).))))))))))..))))).))...)))).))..)))).))))))))).))).)))).))).)))).((((((...((.(((((........((((((((((.((((((..((.....))...)))))).((((((((.............)))))))).(((.((((((....))))))..)))..))))).))))).....((((......))))....((((((........))))))........(((((.((((....))))...))))).(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..)))))........(((...)))..((((((((((((((....)))))..))))))))).((((((.(((...(((....)))))).))))))))))).))..))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((..((((((((((...fffffffffffffff.ffffff...ffffffff.fffffff(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......((((((.............))))))..fffff..fff..ffffff.......((....)).............(((((...............(((((((....)))))))(((eee((((.(((((((((.........)))))))))...........))))ee.)))EE.....EEE.)))))...................)))).....FFFFFF..FFF.FFFFF..FFFFFFF.FFFFFFFF.((((((((....)))))))).........................((((((((((((((...(((((.................((((.......((((....)))))))).............(((((((..((.(((..(((((((((((......((..............(((((((...(((((((......)))))))...........))))))).....((((.((((.........))))...))))....................))...(((...((((((((....))))))))....))).))))))))))).....))).......(((.....................................................((((............(((((((.(((.((((....)))))))..)))))))............))))........................................(((((((((((((.....(((((((......))))))).....))))).........(((((((.........((((((........))))))............)))))))cccc..))))))))...............)))...(((((((.(((..(((((((((.....)))))))))))))))))))......))..)))))))..aa.........))))).AA))))))))))))))........................((..(((((((..dd..dd.)))))))DD))DD................CCCC...............................FFFFFF..((((....((((.((({{((.(((((.....[[.....)))))...))]])))))))..}}.))))...FFFFFFF...FFFFFFFF.....................(((((((......((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))))..............((((.<<(((....))).....))))>>.....................bbbbbbbb...)))))))..........)))))).)))))...........................................................((((((((.(((((((...((((.....))))...........((....)).............)))))))))))))))...................(((((...........((((((((((((........(((..((.....((((((((..((((..(((((((......))))))).)))))))))))).....))..))).......)))))))))....(((((...(((((.((((......)))).))))).)))))......)))...........((((((.....((((((..((..........))..))))))....))))))))))).....................((((..(((..((.(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).))))))).))))).))))....(((((...................)))))...............(((((((...............................................(((((((((..............)))))))))))))))).............(((((((.....((((((....)))))).)))))))..BBBBBBBB......(((......))).....((((((........)))))).................................................((((((......))))))....................................((((((((((((((....)))))..))))))))).............((((....)))).........................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((.(((...........))))).))..............(((((.((((((((((((((((.(((((..(.((((((((.((((((((((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......((((((.((........))))))))..(((((..(((..(((((((.((...((....))..............((((...............(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))..........)))))))...............))))...(((.((........)).)))...)))))))))..))).)))))..))))))).)))))))).)(((((((....)))))))....(.((...((((...........((((((((((((((...(((((.(((.((......(((((....))))).((((....))))..............((.(((((((.((((((((.(((((((((((......((((.((((((.(((((((.(((((.(((((((......))))))))))))..................((((.((((.........))))...)))).))))))).))..)))).))))...(((...((((((((....))))))))....))).)))))))))))....))))..(((.((((((......................(........)...........((((...((((((.....(.....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).....).....))))))...))))................((...........)).((((((((.((((..((.(((((((......))))))).))..))))......((.((((((((.......((((((((........)))))).)).........)))))))).))..)))))))).............))))))))).(((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))).......)))).))))))).)).)))))....)))))...)))))))))))))))))).......)).)((((((.((((.(((....((.((((((((....)))))))).))....))).)))).))))))...((((((..............)))))).)))))..((((....((((.(((((((.(((((............)))))...))))))))))).....))))...)))))))...))))))))).............((.(((((.(((((((.....(((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))).((((..(((......(((.((((.((((......)))))))))))......)))..))))...(((((((((......(((.......((((.((((((((((..((((((...((((......))))...............((..........(((....((((((((.(((((((...((((.....))))....((((........))))............)))))))))))))))...)))........))...((.................(((((((((........(((..((.....((((((((..((((..(((((((......))))))).)))))))))))).....))..))).......)))))))))....)).......((((..(((......)))..))))))))))..))).))).)))).))))..((((((.....((((((..((((.....)).))..))))))....))))))...(((((...)))))...))).....(((...((.....(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))))))...))..))).....((((((....((((....)))).)))))).........(((((((((((((...(((.((.(((((...((...))...))))).)).)))........((((((((..((.....))...)))))))).))))))))..))))).....(((((((..(..((((((....)))))))))))))).))))))))).....((((......))))....((((((........))))))....))))))).(.((((....)))))....((..(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..)))))..))....(((...)))..((((((((((((((....)))))..)))))))))..(((((..(...((((....)))))..))))))))))))....))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.(((...........)))))................(((((((((((((((((((((((((((((....((((((((.((((((((((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......((((((.((........))))))))..(((((..(((..(((((((.((.......................((((((((((...........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))..........)))))))))))...........))))))((((..............))).).)))))))))..))).)))))..))))))).)))))))).((((((((....))))))))....((((.(((((...........((((((((((((((...(((((((((.((...(((((((([[[.))))).((((....))))]]]....))).......(((((((.(((((((((((((((((((((.....((((.((((...(((((((.(((((.(((((((......))))))))))))..................((((.((((.........))))...)))).))))))).....)))).))))...(((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))..).))))..(((.((((((.......(((..........<<<<<))).>>>>>.(((....((((((..((((((.((.((.....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).....))))..))))))..))))))...)))........((((.........))))(((((((((((((.....((((((((...).))))))).....)))))........((((((((.....((((((((((........)))))).)).))......)))))))).....)))))))).............)))))))))((((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))))......)))).)))))))....)))))...))))))...))))))))))))))))).))....))))(((((((.((((.(((.(((...{{{{{{{{))).}}}}}}}}.......))).)))).))))))).(((((((..............))))))))))))).((((....((((.(((((((.(((((............)))))...))))))))))).....))))...)))))))...))))))))).)..........(((.(((((.((((((((...((((((.((((((((..(((....(.((((......))))).....))).))))))))))))))((((..(((......(((.((((.((((......)))))))))))......)))..))))...(((((((((................((((.((((((((((..((((((..(((((......)))))..((((.(((...(((..........(((((..((((((((.(((((((...((((.....))))....((((........))))............))))))))))))))))).)))........)))..))).))))...........(((((((((........(((.........((((((((..((((..(((((((.(...)))))))).)))))))))))).........))).......))))))))).............((((.((((......)))).))))))))))..))).))).)))).))))..((((((.....((((((..(((((...))).))..))))))....))))))...(((((...)))))..........((((..(((.....(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))))))...))).)))).(.(((((((....((((....)))).)))))))).......(((((((((((((...(((....(((((.............)))))....))).......(((((((((..............)))))))))))))))))..))))).....(((((((.....((((((....)))))).))))))).))))))))).....((((.(...)))))....((((((........))))))...)))))))).(.((((....)))))..((((..(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..)))))..))))..(((...)))..((((((((((((((....)))))..)))))))))..(((((......((((....))))...)))))))))))))...))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((.((........((.((.((.((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((((...((((..((.(((((((((((((((..(.((((((....)))))).)..))....))))))......((((((.((........))))))))..(((((..(((..(((((((.((((.((....))...(((((........((((((...........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))..........)))))))))))))...)))))))))....(((.((........)).))).....)))))))..))).)))))..))))))).))..)))).((((((((....))))))))...(((((...((((..........((((((((((((((...(((((((((.((..(((((..(((((.......((((....))))))))).)))))...((.(((((((.((((.(((.(((((((((((......((((.(((((....(.(((((((((((((((((......))))))).......).))))))))).)...((((.((((.........))))...))))............))))).))))...(((...((((((((....))))))))....))).)))))))))))....)))...(((.((((((..(((.(((((....((((......)))).....((((....((((((..((((((.((.((..(..(((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)..))))..))))))..))))))...)))).....))))).)))..((((....(((((((((((((..((.(((((((......))))))).))..))))).....((.((((((((.........((((((........))))))(((....)))..)))))))).))..))))))))..)))).......))))))))).(((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))).......)))).))))))).)).)))))...))))))...))))))))))))))..............(((((((.((((.(((..(.((.((((((((....)))))))).)).)..))).)))).))))))).......))))..)))))..........))))))..((((....(((((.((((((.(((((..(......)..)))))...))))))))))).....))))..))))))))...))))))).)))))).).....(((.((((.(((((((.....((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).)))))))))))))).(((..(((......(((.((((.((((......)))))))))))......)))..)))..............))))))))))))))....)))))))))))).)).))))..(((((......)))))..(((.((((....(((((..((((((((((..(((((((((.((((((...((((.....)))).........((((....)).))..........)))))))))))))))..........((...(((((((((..........(((((((((((((........(((..((.(...((((((((..((((..(((((((......))))))).))))))))))))..)..))..))).......)))))))).((..(((((...(((((.((((......)))).))))).)))))..)).)))))..........((((((.....((((((..((..........))..))))))....)))))))))))......))))..((((((((.((((..(((..((.(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).))))))).))))).)))).)).((((((....((((....)))).)))))).........(((((((((((((...(((.((.(((((...((...))...))))).)).))).......(((((((((..((.....))...)))))))))))))))))..))))).....(((((((.....((((((....)))))).))))))).....))))))....((((........))))..((((((........))))))........))..)))))))))).(((...((((..(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..)))))..)))).)))....)))))((((((((((((((....)))))..))))))))).)))).)))......)).)).))).))))))...................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((..(((((.(.(((((((((((((((((((((((((((...((((..((.(((((((((((((((..(.((((((....)))))).)..))....))))))......((((((.((........))))))))..(((((..(((..((((((..((((.((....))...(((((........(((((............(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))(......)..))))))).)))))...)))))))))..............................))))))..))).)))))..))))))).))..)))).((((((((....))))))))...(((((...((((..........((((((((((((((...(((((((((.((..((((...(((((.......((((....)))))))))..))))...((.(((((((.((((.(((.((((((((((((.....((((.((((.......((((((...((((((((......))))))).......)....)))))).....(((..(((...........)))....))).............)))).))))...(((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))....)))((.(((.((((((...........................................(((((..((((((.((.((..(..(((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)..))))..))))))..)))))................................(((((((((((((..((.(((((((......))))))).))..))))).....((.((((((((.........((((((........))))))(((....)))..)))))))).))..)))))))).............)))))))))((((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))))..))..)))).))))))).)).)))))...))))))...))))))))))))))..............(((((((.((((.(((..(.((.((((((((....)))))))).)).)..))).)))).))))))).......))))..)))))..........))))))..((((....((((.(((((((.(((((..(......)..)))))...))))))))))).....))))..))))))))...)))))))).))))).)......(.......((((((......((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))))......(((......(((.((((.(((........))))))))))......)))....................)))))).....)......))))).))))............................................................((((((((.(((((((...((((.....))))...........((....)).............)))))))))))))))....................((((...........(((.((((((((........(((..((.(...((((((((..((((..(((((((......))))))).))))))))))))..)..))..))).......)))))))).((..(((((....((((..(((......)))..))))..)))))..))..)))............(((((.....((((((..((((.....)).))..))))))....))))).))))....................................(((((((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))))))...............((((((....((((....)))).)))))).........(((((((((((((...(((.((.(((((...((...))...))))).)).))).......(((((((((..((.....))...)))))))))))))))))..)))))...........(((((.((((((....))))))..))))).................(((......))).....((((((........)))))).................................................((((((......))))))....................................((((((((((((((....)))))..)))))))))..................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((.(((...........))))).))...((((((((((((((((.(((((....).))))........((((((.....((((((((((((((((..(.((((((....)))))).)..))....)))))).........((((((((((....))))).).))))..)))))))).(((((..((((.((....))...(((((........((((((...........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.........)))))))))..........)))))))))))))...)))))))))...)))))..))))))....))))))))))..)))))).....(((((.(((((..((....))..((((((((....))))))))...))))).)))))...((((..........(((..(((((..((((...((((((....(((((....)))))..((..(((((((..........((..(((((......)))))..))(((((...........((((.((((((((..(((((((((((((((((((......)))))))........(((((((.......((((((((.....(((.((....)).))).................(((((((..(((...((((((((....))))))))....)))........(((..(((.(((((.((((..((.....((((((((..(((((((((((.(((((((.((((....((((((..((((((.((.((.....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).....))))..))))))..))))))...))))...((((((((((...((((....(((((((((((((..((..((((((......))))))..))..))))).....((..(((((((.........((((((........))))))(((....)))..)))))))..))..))))))))..))))............((..((((((.(((..(((((((((.....))))))))))))))))))..))..(((((((((((.((((..(((....)))...))))...)))))))..))))....))))))))))....)).))))).)))))).))))).((((((((((........((((((..((((.......(((((((..............)))))))))))..)))))).......((((((((((...(((..((((.............)))).))))))))))))).)))))))).))....))))))))..((((.......((.(((....(((((....((((((.((((((((..(((......((((......))))......))).))))))))))))))..)))))....))).))..((((.((((......)))))))).)))).....))..))))))))).)))..)))....)))))))...))))))))((((......)))).)))))))........)))))))))))).....((((........((((...(((((((((.((((((...((((.....)))).........((((....)).))..........)))))))))))))))..)))).........(((((((((..........(((((((((((((........(((..((.....((((((((..((((..(((((((......))))))).)))))))))))).....))..))).......)))))))).((..(((((...(((((..(((......)))..))))).)))))..)).)))))..........((((((.....((((((..((..........))..))))))....)))))))))))......))))..((((((..(((((((........)))))))..(((.((((((((......)))))))).)))((((..(((((.((((.......(((((((....((((....)))).))))))).............((((((((...((((((.(((((...((...))...))))).)).))))......(((((((((..((.....))...)))))))))))))))))....)))).)))))....(((((.((((((....))))))..))))).)))).))))))...)))).))))).))).))))((((((........)))))).......)))))..)))))))..))))))))....(((((.((((((((((((((......)))))))).).)))))..))))).)))).)))))...)))..((((((((((((((....)))))..))))))))).((((((..((...(((....)))))..))))))..........))))..