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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00751



RNA: CRW_00751
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))).(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((((.((((.((((..(((((....((((.....((.(((.(((...(((..((((((..........))))))...((((...(((((........))))).....((.(((((((((((.((......))))))))))))))).)))))))(((((((((((.....(((((((((.....(((((((((.(((.....(((((..........)))))........(((((......))))).)))...((((((((.(((((.((((.((.....(((((..(((((((.(((((....((.((((.....)))).))..(((..((((((((.....(((..(((((....((((((((((((...(((.....(((...(((...(((((((........)))))))...))).(((((((((((.((((((.(((((............))))))))))).(((...))))))))))))))..)))((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....)))))))))........)).)))))))).))..)))))(((((((((.........))))))))).............))).....))))))))...)))..)))))))..)))))........)))))(((((.....((((((.......)))))))))))..))))))))..))).......))))))))....))))...)))))...)))))))))...))))))))))).....))).)))))..(((.......)))....)))).....)))))))))))))....(((((((((((((((....))))))..))))))))))))))).((((.((((((....))))))))))......)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((((....))))))).......((((.....((((((........)))))).....)))).(((.................)))................(((((........)))))((((((..........)))))).((.(((...(((((........))))))))..)).(((((((((((..(......).)))))))))))...........(((((((((((((..(((........)))..)))))))))........(((((((..(.............................................................................((((.(((.........((..(((((((....(((((((((.((((........))))))))).......)))).))))))).)).....))).)))))..)))))))(........).............(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............)))))))))))))).((.(((((((.(..((.....(((((((.....)))))))....))...).))))))).)).......(((((((((((((((.(((.....((((((.((((....................................................................)))).))))))))).))))))))))))).))........................(((.......)))................................((......)))))).........................((...........))..........((((((....(((((((((((((((....))))))..))))))))).)))))).....((((((....))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(.(((((.(.....(((((.....(((((.(...((((((........))))))...).)))))(((.((((........)))))))................(((((........)))))((((((..........))))))....))))).(((((........)))))........(((((((((((...........)))))))))))..).)))))..((((((((((.....(((((((((....((.(..((((........(((((((((..((((............(((((.........(..(((((........((((((...........................))))))..........((((.....)))).)))))..)...((((........))))(((((.................))))).....)))))))))..)))))))))....((((.(((((.......((((((((((..((.((((((((..........)))))))).......))........)))))))))).....((((...((((((....((((((.......))))))....(((((....))).)).........(((((((((((((((.(((......(((((.((((.......((((.....((........((....((((........))))...))......))...)))))))).))))).))).)))))))))))).))).............)))))).))))))))).).)))...........))))..).)).....)))))))))...)))))))))).....).(((.((((........(((((((.....((.((((....)))).))...)))))))((((((.(((((....)))))...)))))).........))))...(((((....)))))............))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.(((((()))))))))((((...((((.....((((((........)))))).....))))((((.((((........))))))))...(((((((((((.(((((........)))))((((((..........))))))(((.(((...(((((........))))))))..)))(((((((((((.((......)))))))))))))...............((((((((((.(((........)))).)))))))))......(((((((((..(((((((.(.((....))).)))..................(.....)((((...............(((....)))..))))(((......(..((..(((((((...((((((((((.((((........))))))))).......)))))))))))).)))....)))..))))..)))))))))..)))))))))))........(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............)))))))))))))).((.(((((((.(..((.....(((((((.....)))))))....))...).))))))).)).......(((((((((((((((.(((.....((((((.((((..((((((.............)).......................(((((........))))))))))))).))))))))).))))))))))))).)).....................(((((((.....))))..))).......................(.(((((....))))).).................(((((((((((.........)))).))))))).((((((....(((((((((((((((....))))))..))))))))).))))))((((.((((((....)))))))))).......))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...[[[[((((....)))).))))....(((((.....((((((........)))))).....)))))]]]]......(((((............(((......)))[[[[[)))))...]]]]]((((((..[[[.....))))))(((.(((...(((((........))))))))..)))(((((((((((...........))))))))))).....]]]..(((((((((((.....(((((((((.......................(((((..........))))).....................((((((.....))).[[[[[))).........(((.(((....))))))]]]]]..........((((.[[[[))))..]]]](((((.((((....[[[.))))))))).....]]]...........(((.....)))..((((...(((((((........))))))).......(((((((((((.(((((((((((..........))))))))(((.....)))..))))))))))))))....(((((((...........(((((((.....)))))))...........)))))))........))))............(((....(((((((((..[[[[[[[)))))))))..)))...................]]]]]]].((((((........))))))......(((...[[[[)))..(((((((.......)))))))]]]].........(((((((.....))))..)))...................)))))))))...))))))))))).....((((........))))((((........[[[[[[....))))..((((((....(((((((((((((((....)))))..)))))))))).))))))((((.((((((....)))))))))).]]]]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((((....)))))))(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((...((((((((.((((....(((.(((..((((((((........)))).((((((..........))))))....(((...(((((........)))))))).((..(((((((((((.((......)))))))))))))..))..((((((((.(((((((((..(((........)))..))))))))).......(((((..........)))))......((((((((.......((((....(((.....)))))))......))))))))(((((......(((....(((......))).(((((((...((((((((((.((((........))))))))).......))))))))))))(((.....)))...(((...(((((((........)))))))...))).(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............))))))))))))))....(((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....))))))).((((((((.((..(((((((((((..((((.((((.((((.(((((((.((((.(((((((.....)))))...)).))))))))))).((((((........)))))).....)))))))))))).))))))))))).((((.((((((........((((..(((((((.....))))..)))..)))))))))).)))).(((......))).)))))).))))....)))....)))))..)))))))).))))..))))))..)))).))).))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))....((((((((.((((((....)))))))))).)))).)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((([[[.........))).]]](((((...(((.....((((((........)))))).....))).............................((((((((((..(((((........)))))((((((..........))))))..........(((((........)))))........(((((((((((.((......)))))))))))))...........<<<.((((((((...{{{{{{{{{........))))))))......(((((((((..((((......((....))............................((((((...........................))))))..............(((((((........(((((.((((........)))))))))............))))))).............))))..)))))))))...))))))))))........(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............))))))))))))))....(((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....)))))))..........(((((((((((((((.(((...((...(((.((........................................................................)).))))).))).))))))))))))).))........................((((.....))))........................}}}}}}}}}.......(((>>>.......)))..................................................(((((((((((((((....)))))..)))))))))).......((((.((((((....))))))))))......)))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((((....)))))))(((((...(((.....((((((........)))))).....))).((((.((((........))))))))...(((((((((((.(((((........)))))((((((..........))))))....(((...(((((........))))).(((.((.(((((((((((.((......))))))))))))))).)))...)))...(((((((((..(((........)))..)))))))))......(((((((((..((((..............(((((......))))).((.....))..((((((...............(((....)))..)))))).(((......))).(((((((...((((((((((.((((........))))))))).......))))))))))))(((.....)))..))))..)))))))))..)))))))))))........(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).((.....))...)))))))))))))).....((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....))))))((((.(((((..((((((((((((((..(((.(((((.((((...(((........................(..........).)))...((((((........)))))).....)))))))))))).))))))))))))).).(((((..(((((.........(((((((.....))))..))).........................(((((....)))))............................)))))..))))).(((....))).))))))))).(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((.((((((....)))))))))).)))).)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((((....)))))))(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((((.((((((((.((((....(((.........((((...(((...(((..((((((..........))))))...((((...(((((........))))).....((.(((((((((((.((......))))))))))))))).))))))).((((((((((.....(((((((((.....(((((((((((((((..(((((((((..(((((((...((....))..)))......(((((.......((....(((((..(((......))).(((....)))..))))).))............(((((((....((..(((((.((((........)))))))))......))....))))))))))))........))))..)))))))))(((((....((((........((((((((((.((((((((((((..........)))))))).............)))))))))))))).....((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....)))))).))))......(((((((((((((((.(((..(((((((((.........)))))))))......((((((((....((.((.((((...)))).))..))....((...)).....))))))))))).))))))))))))).)).........))))).)))))))).((((.....))))..............)))))))...)))))))))...)))))))))).....)))...))))..(((.......))).......)))..)))).))).)))))....(((((((((((((((....))))))..))))))))))))))).((((.((((((....))))))))))......)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((((....)))))))(((((..((((.....((((((.(.....))))))).....))))((((.((((........))))))))...(((((((((((.(((((........)))))((((((..........))))))...((((...(((((........))))).(((.((.(((((((((((.((......))))))))))))))).)))...))))..((((((((((.(((.(.....))))).)))))))))......(((((((((..((((..............(((((......)))))(((.....))).((((((..(((......))).(((....)))..)))))).(((......))).(((((((...((((((((((.((((((...)).))))))))).......))))))))))))(((.....)))..))))..)))))))))..)))))))))))......(.(((((((((((.(((((((((((..........))))))))(((.....)))..)))))))))))))))....((((((....((((...((((((((...)))))))).)).)).....))))))((((.(((((((((((((((((((((.(.((.(((((.((((...(((..........((((.......))))............)))...((((((........)))))).....)))))))))))).))))))))))))).))(((((..(((((.((((((.((((((((.....))))..))).))))).)).......(((......(((((....)))))............))).............)))))..))))).(((....))))))))))))).(((((((((((((((....))))))..)))))))))...((((((((.((((((....)))))))))).)))).)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.(((....)))))))(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((((.((((((((.((((....(((.........((((...(((...(((..((((((..........))))))...((((...(((((........))))).....((.(((((((((((.((......))))))))))))))).))))))).((((((((((.....(((((((((.....(((((((((((((((..(((((((((..(((((((...((....))..)))......(((((.......((...((((((..(((......))).(((....)))..))))))))............(((((((....((..(((((.((((........)))))))))......))....))))))))))))........))))..)))))))))(((((....((((........(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............)))))))))))))).....((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....)))))).))))......(((((((((((((((.(((..(((((((((.........)))))))))......((((((((....((.((.((((...)))).))..))....(.....).....))))))))))).)))))))))))).))).........))))).)))))))).((((.....))))..............)))))))...)))))))))...)))))))))).....)))...))))..(((.......))).......)))..)))).))).)))))....(((((((((((((((....))))))..))))))))))))))).((((.((((((....))))))))))......)))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((..(((....))).)))(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((((.((((((((.((((....((..........((((...(((...(((..((((((..........))))))...((((...(((((........))))).....((.(((((((((((.((......))))))))))))))).))))))).((((((((((.....(((((((((.....(((((((((.........((((((((..(((.(((...((....))..)))........................(((((...............(((....)))..)))))...............(((((((....((..(((((.((((........)))))))))......))....)))))))..............)))..)))))))).(((((................(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............)))))))))))))).((..((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....))))))..)).......((.((((((((((((.(((...............................................................................................))).))))))))))))..)).........)))))..........(((.......))).........))))...)))))...)))))))))...)))))))))).....)))...))))..(((.......)))........))..)))).))).))))).....((((((((.(((((....)))))...)))))))).)))))).((((.((((((....))))))))))......)))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.(((....)))))))(((((.(((((.....((((((........)))))).....)))))...((((((.((((((((.((((....(((.........((((...(((...(((..((((((..........))))))...((((...(((((........))))).....((.(((((((((((.((......))))))))))))))).))))))).((((((((((.....(((((((((.....(((((((((((((((..(((((((((..(((((((...((....))..)))......(((((.......((...((((((..(((......))).(((....)))..))))))))............(((((((....((..(((((.((((........)))))))))......))....))))))))))))........))))..)))))))))(((((....((((........(((((((((((.(((((((((((..........)))))))).............))))))))))))))....(((((((....((.....(((((((.....)))))))....)).....)))))))))))......(((((((((((((((.(((..(((((((((.........)))))))))......((((((((....((.((.((((...)))).))..))....(.....).....))))))))))).))))))))))))).)).........))))).)))))))).((((.....))))..............)))))))...)))))))))...)))))))))).....)))...))))..(((.......))).......)))..)))).))).))))).....((((((((((((((....))))))..)))))))).)))))).((((.((((((....))))))))))......)))))