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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00752



RNA: CRW_00752
Rfam family: -

CAACGGCAUACCUUUUGUAUAAGUGCGACACGAAGUUAUAUCGUACACUUCCGUGAAAUCCGGAAUCGGCAGUGUUACGCCGAUAUUCUACCUUGGCAUGCGUCUGAAGCAAUUCGGGGGUGUGAAGCCCAAGGGACAAUGUAGCCGAAAGCCUUGCGAUUAGGGUGUAGGAGCUAGAAUGAAUCUUUAUGUCUAAUGUAAUGUGAAUCAAUGUUUGAAGCUUCGUAAAAGGUGUCUCUAGAAUCGCCGGGAUAAUAUACCGUCUACUGGAGAAUUGUGGUUAGGUCUGAGGUUUUAUGCUCCGCAGACAGUAACAUUAAACUUGCCACCGGAGUAAAGUUGGAGACUAAGAAGAUAAUAAGUGUGUACAGUGUGGAACGUGGUAAGCCCUUUAUUCUCUCAUAUAACUGAUGAGUGGGUGGAGAGCGAUCUCUGCUAUCGAAUAGAGGGUAAAAGAAAAGAUAAAAAGCGAAUGCCUGGAUGUAACCUUCAGGAUAAUGGUCCAUACCAUGAGAUGAAAGUCUGCUGACUUAUCUAGGUGUGUUUAACCAACAAUCUGUUGUAUUUUAUUAUUAUUCUUACCAUAAAGGUAAAAUAAUUGCUGGAAUUGACUUGUAUAAUGUAAGAAAUGAAAGCAUUAAAUAAAAAGUGGAAUUCCAUAGAUUGGAAAACAACCAGAACUUUUGUUUCUGAUUUACAACAGAAAAUGGUGGUGGCGUAUAAAAAUAAUAAUUGGUCGGAAGUAUUCCGCUUACAACAGCAACUCAUGCACUCAUUCGAGGGUAGAGCUACUGCCGUAAGGAAAGUGGUGUCCAAUGAAGGUAGUAAAACUAAAGGGCCUGAUGGUAAAACCUGGAAAAAGUCUCAAGACAAGUAUCGGGCAAUAGCAGAUAUCCGUGAUCAUCUACUAACGAAAUCAGGCUCCUAUAAGGCAGGCGCCGUUCGAAGGGUCUGGAUCCCUAAGUCCAGUCCCGGAGAACUACGUCCCCUUGGUAUCCCUAAUAUGAUUGACCGAGCAUUGCAAGCACUUGUCCUAUCCUGUCUCGAUCCCAUCGUGGAAGAAAACAGUGACUCGUGUUCGUACGGAUUUCGGAAGUAUCGUAGUACUAACGACGCAAUACAGCGUAUAAGAUUCAUUCUCGAUAAAGCUGGGGCACCCCGUUAUAUAUGGGAUGCUGACAUCAGUAAAUGCUUUGAUAACAUUUCUCACACAUUUCUUAACAAGGUUGUGAGGGAAAAUCUUUGCAGGAAGGGUUGUGAGCUUGUCGAAGCGUGGUUGAAAGCGCCAAUAAUAGAAAAAGGUUCCAAGAGCUACCCAAGUAGAGGCACUCCACAGGGAGGGGUACUUUCGCCAUUAUUAUGUAAUAUGACUCUAAACGGGUUAGAGAAUGUAAUUCGAGAUGGUUUACCCUCGUCCAGUAGUACGGCAGGGAGGAAACUUAAAGGGAGAUGGGUUGUGAGAUACGCGGAUGAUUUUAUUAUCACCAAUCCGAUUGGUAAAUCUCAAUUUAUAGACAACGAUAUUCCUCUUAUAAACAAAUUUAUGGCCGAUCGAGGUCUAGAGAUAUCUGAAAAGAAAUCUCGAAUCAUAGACCUCGAGAAAGAAAGUUUUAACUUUCUAGGCUGGAAAAUAAGUCAACGUAAGAGAAAUAUUUCUGUCAAUAAGGCGAGCGAUAGCAGACUUGUUCUUGUUGUCGAACCUACCAAGGAAUCUAUUAAACGGCUUAAAUCGCGUAUUAAAUUGGAAUUCCGAUCUAACAAGCCGAUAGGAGCCUUGAUUAAAGAUUUAAACCCAGUCCUUCGAGGCUGGGCAAACUACUAUCGAGGAUCUUAUCACUCCCAGCAAAGUUUCCAAUCGAUUGGGCACUAUGUUUACCAGUUAUUUUGGAAAUGGGCUCAAAAGAAACAUUCGAGUAGGAACAAACAAUGGAUCUACGACAGAUAUAUUGUAAGGACCGAAAAGUCGCUCUUGGCAAUAGGCGUAGAUAAAAAUCUACUUCUGUACGACAUAACCCAAGCAAAGCAGAUAAGGGUUAGUAACCUAAAGAACAAUAUCAAUCCAUAUACUGAUAAUGAUUACUUUGUUAAUCGUGUUAUUCUCAGGGAUGCAGAUAAAUUUCGGAAGGCUAUCUAUAAACUGAAUAAAUUUAGGUGUUUUGUGUGUAGAGGAUCACUGUACGGUGAUGAACCUAUACACCUCCACCACCUAAUCGCUAGAAAAGAUGGUGGAGAGUAUACCCUGAAAAAUAUAGUACCAGUACAUGCAAUUUGCCAUGACAGUAUUACAUAUGCCGUAAAGUAAAAAUAUGAUGGGAGUUUUACCGCCCCUAUCAUGUUAUUUAAUAGAAUAAACAUGCUUCAGCCGUGUGCGGUGAAAGUCGCACGCACGGUUGUGAGGGGGGGAAAAUCUGUGAAGAUCUACCUAUCCCGAUUGGGCAAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ............................((((...((((((.(((((((((((.......)))))(((((........)))))(((((((.((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))..........((.....(((((......)))))......))))))))).((((((..((((.((.....))...(((((.......((((((.........(((((((......(((.........)))....)))))))...(((((...((((((((.........))))))))...............)))))))))))...)))))))))...)))))).......)))))).))))))..))))....(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...)))))))))))........((((((..(((.....((((((.......))))))...(((((....))))).((((....)))))))...))))))..(((((((((.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))...........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((.((((((.((..(((((((((((.(((((...((...(((((((((..(((((....(((((.(((.((((.(((((((((((((((((((.((((((....)))))).)))))....)))))).....(((((.(....).).))))..)))))))).((((((.((((.....(((((((........))))))).....))))..))))))......))))..(((((......(((.........)))....)))))........((((.(((((.((.........)).)))))..))))....)))))))).))))).........(((((......((((((((((((...(((((.(((.((((((..(((((((((((.(((((.......)))))..((..((((....))))..))...))))))))))).................(((..(((((.......((((((((((((.((((.((((((...(((((..((((....))))))))).))))))....))))....(((((((((..(((..((((((.(((((.....)))))))))))..((((..((.((((...((((((...........))))))......)))).)).(((((.....))))).....))))............)))..)))))))))..((((..(((((.................((.(((((...)))))))(((....(((.....))).(((....))).)))..)))))..))))...........)))))..)))))))...........((((((((((.......(((((.....(((....))).....)))))...(((.(((((((...))).)))).))).....))))))).)))...)))))..)))...((...(((.((((((......)))))).)))...))))))))))).(((((((((........)))..)))))))))))...))))))))..))))..))))).......)))))))))...)).)))))))))).))))))..))..))))))....((((((((....((((......)))).....................(((((.(((.(((((.....))))).)))....(((((((.(((..((((((...((((((.((((..((((...)))).)))).))))))..((((((....(((((..((.((((....)))).((((.(((((..((.............(((((...)))))...............((((....)))).))..)))))))))...........))..)))))....((((((..((((((...((((.........((((.(.((........))))))).((((((((...(((((..((.((((..(((((((((.((((......))))....(((..((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((..((..((((.(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))..))))..))....))))))).))))))..)))).)))))..)))(((((((((........)))))))))....)))))))))...................)))))))))..(((((....)))))...)))).))(((((((.(((((((...((.(((...(((((((......))))))).)))))...))))))).))))))).)))))....))))))))..))))((((((.((((.....((((.....))))..)))))))))).....))))))..(((((..((.....))..))))).(((((..((((((.((((.(((....))).)))).))))))...((((((....)))))).)))))......))))))..)))))).......(((((...))))).........))))))..))).))))))).(((((((......))))))).......((((((((((.((((....((....)).))))......(((((....))))).......((((((((...((((((....))))))....))))))))((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).))))))...........))))).(((((.....).))))..)))))))).))))))))...((...(((..((((((.......((.(((((..((((((((((....)))).))))))...((((((((((..(((.....))).))))))))))..))))).))...((((....))))...))))))...)))..))..)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.....))))..((((........((((...((....(((((..((((((((((((((((........))))..))))..(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))......(((((.....((((..(((.(..((((((.(((.........(((((((((.....................((((..(((((.......(((((((((((......(((.((...)).)))....)))))))......((((.(((((.((.........)).)))))..))))...........))))......)))))..)))).(((((.(((((((((((..((((.......(((((((.(((((((((.(.(((((.......))))).)((((((((....)))))))).....)))))))).........................((((((.......)))))).........).)))))))......(((((....))))).....(((.......)))......)))).)))).)))))))..)))))..))))))))).......(((((..............((((((...........))))))......(((((((((.(....((((.....................((((((........))))))...((......))...............))))....).))))))))).....)))))))).)))))).).))).))))...)))))..((....))...((((((........................((((((((((......(((((.....(((....))).....)))))......)((((..........)))).........)))))))))..........((((..((((...(((.((((((......)))))).)))...))))..))))..((((((................))))))))))))..((((..(((.....((((.(...(((......)))...).)))).)))..)))).....)))))))))))))...))......)))).........((((......((.......))......))))..)))).)))))...((((.(((((((.(((..((((((((..........((((((.((((..............)))).))))))..((((((.....(((((((((((((......((((........))))................(((((((((.(((((...........((((....))))))))).)......(((((...)))))....((((((.....))))))..............((((..(((((.(.((........))).))).((((((((...(((((..(((((((((.(((............)))..)))).)))))..((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((.......((..(((((..(((((((((.(((((.(((....))).))))).......)))))))))....((((((....))))))..)))))..))..........))))))).))))))..)))).)))))..)))........(((...........))).....))))))..............(((....((((..................)))).......)))(((((((.(((((((...((.......(((((((......))))))).......))))))))).))))))).)))))....)))))))).................))..))))....))))))))..)))))))..............(((((..((.....))..))))).(((((..((((((.((((............)))).))))))...(((((......))))).)))))......))))))..))))))......(((((.....(((((((...........((((.....((((.((((((...............)))))).))))))))..(((((..(.......)..)))))..............))))))).....((((((((...(((((......)))))....))))))))((((((((.((............)).)))))))).....)))))......................))).))))).))).))))))).))))((((..........(((((((((((.((......)).)))))))))))......................((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((((....((((....))))...)))..))).....))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....(((.(..(......((((.......)))).)...((((.......))))((((((.(.....)))))))......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))................((((((....))))))...((((((...........................................))))))..........(((((((....(.(((.........))).)..)))))))...........(((((.((.........)).)))))(((........)))((((((..................................................)))))).(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...)))))))))))(((..................(((((((((.......))))))...(((((....))))).((((..(((((....)))))))))...))).....((((....(((((((((.......((((((.(((((.....)))))))))))(..(((((((.((((((.((((((...........)))))).))...))))..)))))))..)(((((((.((((.........))))))))))).)))))))))...)))).....(((((....(((((((.(((.((((((((((((.(((((..(((.(.(((.(((.(((....))).)))))).).)))..)))))....(((((((((..(...((((((........((((((((((..........((.....(((....)))..(((((..((....)).)))))..........)).........))))))))).)..((((..((((..((((...(((.((((((......)))))).)))...))))..)))).))))((.(((..........(((((((.((.((((((((.(.((.(((.((((((..(((.....)))..................................(((..(((((....)))))..))).......((((......((.......))......)))).((((.(((((.....))))).))))....(((((....)))..)).....((((((.((((..(((.....))).)))).))))))......)))))).)))).).).)))))).)).)).)))))))....................))).))....))))))...)..).))))..)))).....))))))))))))))))))))))...))))).((((((.....)))))).................)))......................((..((((((((...(((((...((((((.((((((((((.((((......))))....(((..((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((..((..((((.(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))..))))..))....))))))).))))))..)))).)))))..)))((((((((((.....).)))))))))....)))))))))...................))))))))...((((((())))))))).)))).))(((((((.(((((((...((.((....(((((((......)))))))..))))...))))))).))))))).)))))....))))))))..))..((((((.((((.....(((.......)))..)))))))))).......................((((((.((((.....)))).)))))).((((.(((....))).))))))))(((((.((((((....)))))).)))))....(.((((((...............)))))))................((((..........)))).(((((((......))))))).......((((((((((...((((((..........................))))))........((((((((..((((((((())))))))...)))))))))((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).)))))).................((((........))))...........))))))))........(((((((((((.((......)).)))))))))))((((....))))......(((.((((((((((((((....))))))..))))))))..)(((((((.(.((((....)))).).))).))))......))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.((((((.....(((((((((((.(((((........(((((((((..(((((....(((((((((((((((........(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..((((...(((....((((((....))))))...((((((.((((......((((((...))))))...........))))..))))))......))).(((((((......(((.........)))....)))))))))))))))...(((((.(((.....)))...))))).)))))))......)))).))))).........(((((..........((((((((...((((((...(((((((..(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...))))))))))).................(((..(((((.......((((((((((((.((((.((((((...((((((..(((....))))))))).))))))....))))....((((((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))))((((...(((..((((.......)))).)))...))))...))))))).((((....))))........((((((.........))))))......)))))))))..(((((((((((.......(((....)))...(((((...))))).((((....(((.....))).(((....))).)))).)))))))))))...........)))))..)))))))...........(((((((((((((...))).(((....(((....)))...((((...........)))))))(((......))).......))))))).)))...)))))..)))..(((...(((.((((((......)))))).))).))).)))))))....((((((((........)))..)))))))))))...))))))))........))))).......)))))))))......)))))))))).))))))......))))))....((((((((....((((......))))...(((.....))).......(((((((((.(((((.....))))).))))...(((((((......((((((...((((((.((((..((((...)))).)))).))))))..((((((.....((((((((.((((....)))).((((.......))))...((((((.......(((((((((((((...........((((....))))))))).(((((..(((((...))))).((((((.....))))))..((((((...((((.........((((.(((.........))))))).((((((((...(((((.....((((..((((((((((((((......))).....(((..((((((...(((........((((..((((((.(((((((......((((((((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))).....))))))....))))))).))))))..))))........)))(((((((((........)))))))))....))))))))))))..((((.....))))..))))))))..(((((....)))))...))))...(((((((.((((((((((....)))..(((((((......))))))).........))))))).))))))).)))))....))))))))..))))((((((.((((.....((((.....))))..)))))))))).....))))))..(((((.............))))).((((.....))))......)))))....))))))))........((((((....))))))))))))....))))))))..)))))).......(((((...))))).........))))))......))))))).(((((((......))))))).......(((((((((((((((.............)))))..((((((((....))))...)))).((((((((...((((((....))))))....))))))))((((((((..................)))))))).)))).))))))...........))))).((((........))))..)))))))).))))))))....(((((((((((((((.........[[[))))))))))).))))..............(((((((((((((..((((...)))).)))))))))).)))((((((...((((....))))...)))..))).....]]]...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(((......)))...(((((((.(((((.(((((((.(((((.......)))))(((((........))))).(((...(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))...)))...(((....(((..((((((.((((((.((((((.((((((((((((((((....((((.((((..(((.(((((...((((......)))).(((((((....((.((.........))))...)))))))......((((.(((((.((.........)).)))))..))))......(((.((((.(((.........(((((..((..((((((((((((...(((((.(((.((((....(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...))))))))))).................(((..(((((.......((((((((((((.((((.((((((...(((((..((((....))))))))).))))))....)))).....((((((((....(((((((((.(((((.....)))))..(((((..(((((((.((((...((((((...........))))))......)))).).))))))..)))))........(((..(((....((((((........))))))..)))..)))........))))))))).((.(((((...)))))))))))))))...(((.(((.(((....))).))))))(((((.((....))..))))))))))..)))))))...........(((((((((.(((...)))........(((....)))..(((((..((....)).))))).(((............)))...)))))).)))...)))))..))).((((...(((.((((((......)))))).)))...))))))))))).(((((((((........)))..)))))))))))...))))))))..)))))))))))..)))....))))))).))))).))).(((((....)))))...(((..(((((....)))))..))))))).))))))))).)))))))))))........(((((((((.(((((.....))))).))))....)))))....((((((((((.....(((((((.(((((.........((((((((....))))))))))))).).)))))).)))))))))).((((.......))))............)))))).((((.(((((..((....)).((((....))))))))))))).(((((((((((((....((((((.....))))))....)))))))....))))))...((((.(.((........))))))).((((((((...(((((..((.((((.((((...((((((((......))))....)))).((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((..((..((((.(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))..))))..))....))))))).))))))..)))).)))))..)))(((((((((........)))))))))....))))))(((((((((((((((..........))).))))..))).))))).)))).)))).))(((((((.(((((((...((.(((...(((((((......))))))).)))))...))))))).))))))).)))))....))))))))..((..((((((.((((.....((((.....))))..))))))))))..)).)))))).....((.....((((((.((((.....)))).)))))).....))....))))))....)))....)))((((((....))))))...))))))).)))))...(((((((((((((.(((((.(((.............))).))))).))).)))..........)))))))..))))))).((.((((((((((.((......))...((((.(((((...............))))))))).((((((((...((((((....))))))....))))))))((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).)))))).))...((((((..((.((((((...)).)))))).))))))..)))))))).(((((...((((((((((.((......)).))))))))))))))).............((((.((((((((((..((((...)))).))))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......................................................((((((........))))))......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..........................................(((((((((..................................................((((((.......((.........))bbbbb))))))........((..(((((.((.........)).)))))...))............................(((((..........((((((((...(((((.....((((....(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...))))))))))).................(((..((((........((((((((((...((((.aaa))))...(((...((((....)))).))).....AAA............((((((((.........(((((.(((((.....))))))))))....(((((((.((((...((((((...........))))))......))))..)))))))..(((((((..((((.........)))).))))))).)))))))).......((............fffffff..ff.ffffffffffff......................(((....)))......ffff)).((....))....FFFF.)))..)))))))............(((((((((.......(((((.....(((....))).....)))))........((............))..........)))))))))......))))cc))).((((...(((.((((((......)))))).)))...))))))))CC...(((((................))))).)))))[[[))))))))....dddd)))))...........................................................................{{{{......)))))))))........}}}}.((((.((((.......)))).))))...(((((((.(((..((((((.....(((((((................)))))))......((((((DDDD.((((((((...]]]........((((.......))))................((((((((.................((......))FFFFFFFFFFFFFF.FFFFFFF...............................................((((.......BBB.BB...)))).((((((((...(((((..((.((((.((((................................((.......gggg((((.((((..((((((.(((((((..((.......(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))........))....))))))).))))))..)))).))))......((((((((..........))))))))......))...................................GGGG........)))).)))).))(((((((.(((((((...((.(((...(((((((......))))))).)))))...))))))).))))))).)))))....))))))))......((((((.((...(((.(((.......)))))).)))))))).............(((.......eeeeee.eee)))....EEE.EEEEEE...............))))))))....(((.((((((....)))))).)))......))))))))..)))))).............................))))))..))).))))))).............................(((((.............................................<<<<..<<<<<<<<<..<<((((((....))))))......((((..((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).)))))............>>..>>>>>>>>>..>>>>..............))))))))........(((((((((((.((......)).))))))))))).................((((.((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.((((((.....(((((((((((.(((((...((...(((((((((..(((((.((((((........))))))......(((((((((((.((((((....)))))).)))))....))))))..........(.....((((((....))))))...((((((.((((......((((((........))))))......))))..))))))..........(((((((....(.(((.........))))...)))))))......)(((.(((((.((.........)).)))))..)))..............))))).........(((((......((((((((((((...(((((.((.(((((((..(((((((((((.(((((.......)))))..((((((((....))))))))...))))))))))).................(((..(((((.......((((((((((((.((((.((((((...(((((..((((....))))))))).))))))....))))....(((((((((.......((((((.(((((.....)))))))))))...(((((((.((((((.((((((...........)))))).))...)))).).)))))).....((.....))..(((.((....))..)))...)))))))))..(((((((((((.................((.(((((...))))))).......(((.....))).(((....)))......)))))))))))...........)))))..))))))).(.....)...(((((((((((((...)))........(((....)))..(((((..((....)).))))).(((............)))..))))))).)))...)))))..)))...((...(((.((((((......)))))).)))...))))))))))).(((((((((........)))..)))))))))))...))))))))..))))..))))).......)))))))))...)).))))))))))).)))))......))))))....((((((((....((((......))))...(((.....))).......(((((.(((.(((((.....))))).)))....(((((((.(((..((((((....(((((.((((..(((.....))).)))).)))))...((((((.....((((((((.((((....)))).(((........(((..............((((...))))................((((....)))).))).......)))..(((((((....((((((.....))))))....))))))).(((...(.....((((.(.((........))))))).((((((((...(((((..((.((((.((((...((((((((......))))....)))).((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((..((..((((.(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))..))))..))....))))))).))))))..)))).)))))..)))(((((((((........)))))))))....))))))(((..(((.(((..(..........)...)))...)))...))).)))).)))).))(((((((.(((((((...((.(((...(((((((......))))))).)))))...))))))).))))))).)))))....))))))))..((..((((((.((((..((.((((.....))))))))))))))))..))..)..)))...........((((((.((((.....)))).)))))).((((.((......)).))))....(((((.((((((....)))))).)))))....))))))))..)))))).......((((.....)))).........))))))..))).))))))).(((((((......))))))).......((((((((((.((......))...((((.(((((...............))))))))).((((((((...((((((....))))))....))))))))((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).))))))...........))))).((((((...)).))))..)))))))).)))))))).............((((((.......((.(((((..((((((((((....))))).)))))...((((((((((..((((...)))).))))))))))..))))).))...((((....))))...))))))((.....))....
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.((((((.((..((((((((((..(((((...((...(((((((((..(((((....((((...................((((((((..(.((((((....)))))).)..))....))))))...................................((((((...........................................))))))..........(((((((......(((.........)))....)))))))...........(((((.((.........)).)))))..............)))).))))).........(((((......((((((((((((...(((((.((.(((((((..(((((((((((.(((((.......)))))..((..((((....))))..))...))))))))))).................(((..(((((.......((((((((((((......((((((...(((((..((((....))))))))).))))))............(((((((((........(((((.(((((.....)))))))))).....((((.(.(((....((((((...........)))))).......))).)..)))).....................................)))))))))..((((..(((((..................(.(((((...))))))........((.......)).(((....)))......)))))..))))...........)))))..)))))))...........((((((((((.......((((......(((....)))......))))....((.((((((.....)).)))).))......))))))).)))...)))))..)))...((...(((.((((((......)))))).)))...))))))))))).((((((.((........))...)))))))))))...))))))))..))))..))))).......)))))))))...)).))))).))))).)))))..))..))))))....((((((((....((((......)))).....................(((((.(((.(((((.....))))).)))....(((((((.(((..((((((....(((((.((((..(((.....))).)))).)))))...((((((....(((((..((.((((....))))((((..(((((..((.........................................((((....)))).))..))))).))))..........))..)))))....((((((..((((((...((((.........((((.(.............))))).((((((((...(((((..((.((((..((((((((...(((......))).....(((..((((((...(((..(((((.((((..((((((.(((((((...(...((..(((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))......))))))))))...(((((((....))))))).)))))...))...).....))))))).))))))..)))).)))))..)))((((((((((.....)).))))))))....)))))))))....................))))))))..(((((....)))))...)))).))(((((((.(((((((...((.((....((((((........))))))..))))...))))))).))))))).)))))....))))))))..))))((((((.((((.....((((.....))))..)))))))))).....))))))..(((((..((.....))..))))).(((((..((((((.((((.(((....))).)))).))))))...((((((....)))))).)))))......))))))..)))))).......(((((...))))).........))))))..))).))))))).(((((((......))))))).......((((((((((..........(....)............((((......)))).......((((((((...((((((....))))))....))))))))((((((((.((..((....))..)).)))))))).)))).))))))...........))))).(((.(.....)..)))..)))))))).))))))))...((...(((..((((((.......((.(((((..((((((((((....))))).)))))...(((((((((...(((.....)))..)))))))))..))))).))...((((....))))...))))))...)))..))...
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