|
|
|
AUGAAUUGCGAAAGAAGUUUUUUCGGUUAAAACGCCGUGCGACUCGGAGGACAUAAGACUUCUUGGUCAAGCCAAAAAGAUUGCCGGCAGAAUGCUCCUACCCCACCAUGCCUGGCCCUUUACCUUACCUUAAGAAUAAGGGGGUAUGCAGCGUGGGAAAGAAUUAAAGAAGUGUCUGAUACAACAGGUAACCUUAAGGAGUGGCGGCAAAGCUCUUGAUUGAUCAACGCGAGUGAACUGUGCUUAGACGCUUCGUAAAACCGCACCGAUCUACGAGAGGAGCUGAUGGAUGAGUAGGCUUCCCCUUUCGAUUUACGGAAUGUGAUCUGGGACACGAUGGGGGUUUGCGUGCCUCGGUAGGAAAGAGAUCACCGGAGUAUAGCACAAGAUCGCCUUUUUUUUCUUGCUGCCAUGGGGUCGACCUGUAAACAAGGUAAACCCAAUGGGAACCAAAAACGGGAGGGUACCACAUUGACAUUGGGCAGAAGACGAUCCAAAAAGCGAAGGCUCACCCUGCUGAAGGCGAUCGGCAGUGAGGGAUGCUUACCUUCUUCUUAGAGAAAGGGGAAAGGGGCAACCUAUCUUACUAAUAAUAAGAAAGGGGGUGAGAUAGGCGACAGGUAGCUUGCUUCCAAGCCGGCCGCGAGGAAUCAAGAGAUCUUUGCCGGUGCUGACUUGGAUCUCGGGUGACGGAAAAAGGCGCCCAGAAGUGACGAGCAGUCGCGGUCGAAGCUUGGCUACAGCGAAGCGCUUACCAAGCGCGAAGGAUUCGUUCCUCUCUCCCAGCAAGAGGACCUCCAAGUCAAGCGCGCUAGCGCGCUUUACCAAGGCUUUCUCUGAUAGGGGCUCGAACGCCGUUGCUUGUUUGGGUCGAGCGUCUUCAAACCUUCGCCACUUGAGCCGUAUGCGGGGGAACUCGCACGUGCGGUUCUUAGGGGGGAGAGCUAGUAGGAACCAUCCUAUCCCAAUAGCGUUUAUUUGGAGCUCAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........................................((((.....((((((.(((((((((...)))))..(((((........))).))(((..((((((((((((((....))).....(((((....))))).))))))....)))))............................))).........(((..(((((..(((((((..............(((((.....)))))))).)))).......)))))....)))......))))))))))..))))....((((((((.(((.(((.((((......)))))))..))).))))).(((.......))).)))......((((((...................(((((....((((.......((((((..((((.......))))...(((((((...(((...........)))..........))))))).......((..........)).......))))))...))))........(((((((..(((((...((((((((.....))))))))..))))).....)))))))..........)))))))))))...(((((.((((......................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))))....((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((..((((....))))..)))..))))........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((...)))))))........((((.((((((.((..(((.((((....)))))))...))....)).)))))))).....(((((..((((.((.(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..(((((((.(.......(((((((((((....((((.........((((((.........))))))......(((.(....)))).))))..)))))))))))......(((((((..(((((..((((.(((........)))..((..(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...))...)))).)))))...((((((...((((((.(((((..(.((((((....(..((..(((((...((((..((((.......))))..))))...............(((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))).........)))))..))..)..(((((((((((((((.......((((..(((....))).))))........)))).)))))))))))..)))))))..)).)))))))))((((.((((((((((((.((....)))))))))..).)))).)))))))))).)))).)))...(((((((...((...(((((((((..(((.((((.((((((.((.((((...))))))))))))..((((((.....)))).))((((....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..))))))....)))).)))).)))..)))))))))....))..)))))))....).))).))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...))))))...((((((((((....)))))).....))))........)))))...)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((...)))))))........((((.((((((.(((((........)))))((((...))))...)).)))))))).....(((((..((((.((((((...((((....(((((.........))))))))).....))))))..((((.......(((((.........((((((..((((.....((((((((((.((...(((....)))..))..((((..((((((.....((((((.........(((((..(((((((..((((.((......)).)))).(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))))).))))..)))))..((......))..))))))..))))))...))))..........))))))))))))))...))))))....(((((...(((((((((..((..........))...)).......)))))))..(((((((((((((.((((..(((((.((((((((((......))))))).......((((..(((((((((.......))))))).)))))).(((((((((((...............))))))))))).....)))))))))))).(((((((((..((((..(((.(((((.....(((((((.((((((((((((.(((((...........))))))))....(((((...((((.......((((((....((((...))))..))))))))))....)))))((((((.........))))))..)))))))))((((((....)))))).))))..)))..)))))))).....))))...))))..))))).))))))))....)))))..)))))...)))))..((((((((((((....))))))..))))))))))..))))....((((((((((....)))))).....))))........)))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((........))....((((.(((((........))))).)))).................................(((((..(((....(((((((.((.......))..)))))))....)))..)))))...........(((((((((((....((((...........((((.........)))).(((....)))...........))))..)))))))))))..........................((((............)))).(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...........((((............)))).............(((((((((.............((((.((((..((((.......))))..)))).))))...............(((..............((((..........))))...............))).....))))))))).............(((.....((((((.......))))))....)))..(((((((((((...............))))))))))).................(((((((((((((((........(((((((................)))))))(((((.(.......).)))))...............)))))))))..))))))..........(((((.....)))))....................(.....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..)))))).....)..................................................(..((((((((((((((....))))))..))))))))...)............((((((....))))))........................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((..(((((((((.(.((.......))(((.......))).....)..)))))))))......(((............))).....((((((......((((((.((((((((...(((.....))).....))))))...))))))))........(...(((((((((((....((((.........((((((.........)))))).........((....))...))))..)))))))))))...)...................)))))).(((((.........(((((((((...........((((((.(((((....(....((((........)))).........)......)))))................((((((.(...((..(.((((.((((..((((.......))))..)))).)))).)...))..).))))))....))))))......((...((((((((((((((((((...(((.....(((((..........))))).(((((((((((((((((((((((......((.....(((....)))......)).....)))).)))))))))))....(((...((((((..(((.(((((((((((((((........(((((((..(..........)..)))))))(((((...........)))))...............)))))))))..))))))....))).....)).))))...)))........)))))))).((((.....(((((....((..((.(((((((....))))))).))...))...)))))....)))).......)))...)))).))))))))....))))))...))..........((((((((.(((((....)))))...))))))))..)))))))))............)))))...(((.(((.......))).)))))...)) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.......)))((((......))))...((((.(((((.(....).))))).))))..............((())).............(((((..(((.(.((((((((.(((.....)))..))))))).)).)))..)))))...........(((((((((((..(.((((...((.((..(((((.........)))))(((....)))....))))...))))).)))))))))))............(...........)(((((.((......)).)))))(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))..(((((((.(((((.(.........)))))).)))).)))........(((........(((...((((.((((..((((.......))))..)))).))))....)))........)))....................((((((((((((((((((((.((((((..(((((((......))))))))))....((((..((((((((((.....)))))))).)))))).(((((((((((...............))))))))))).........((......(((((((((((((((........(((((((..(.(((()))).)..)))))))(((((.(.......).)))))........(.....))))))))))..)))))).....))...(((((.....)))))...((.......))....((((....(((((((((....((.((((((((())))))))).))..)))..))))))....)))).......))).)))))).)))))))))....)))))......((.((.((.((((((((((((((....))))))..))))))))..)).)))).(((((.((((((....)))))).((((..........)))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..[[[[[[[[[[....[[[......[[[.))))..]]]..]]]..]]]]]]]]]]((((..[[[.....))))...]]].....((((((..(((((..(((....(((((((.((((...))))..)))))))....)))..)))))...........[[[[[[[[[[[(((.....)))......))))))(((......))).((((....)))).(((.........)))]]]]]]]]]]]..............(((..[[[[[[[[[[[))).........]]]]...]]]]]]].....((((.[[[..))))..]]].......(((((((((((..((((....[[[[[[..))))..)))).)))...))))........]]]]]].(((((((.((((..((((.......))))..)))).))))..[[[.....)))...]]]...............(((((.....[[[[.....(((....)))....)))))......]]]]((((..[[[[..))))..]]]].((((((.............[[[[[[[[[[[[[[[[[[.....))))))....]]]]]]]]]]]...........]]]]]]]...((((((.............[[[[[[[..))))))........]]]]]]](((((...........)))))......(((......[[[[.)))...((((((....((((...))))..))))))]]]].(((.....[[[[[[.))).....]]]]]]..........(((((((....)))))))......(((..(((.....)))[[[[[[[[[))).......]]]]]]]]]..(((........[[[.))).....((((((((((((((....)))))..)))))))))..]]](((..[[[[[.((((((....)))))))))(((((...)))))...]]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((((((....(((......(((.......)))..)))..))))))))))((((((..(((.....((((((.(.....((((((..(((((..(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..)))))............((((.((((......))))..).))).))))))).)))))).....))).))))))..)))).((((.(((((((.....((((((..........(((.....(((((((((((.((......)).))))...))))))).....)))...(((((((........((.(((((......))))).)).......)))))))))))))..))))).)).)))).....(((((((((((((((.((((..((((.......))))..)))).))))...........((((((........(((((.(((((..........)))))..((((..((((.((((((((((......))))))).......((((..((((((((((.....)))))).)))))))).(((((((((((...............))))))))))).....))))))))))).(((((.((((((((((((.((....)))))))).))..)))).))))).(((.(((((...........)))))))).(((((.....))))).))))).((((((.((.((((...))))))))))))(((((...))))).))))))...))))))))))).((((((((.(((((((....))))))).....((.....)).(((.(((.((((((.(.(((.........)))))))))).))))))...((((.((.((.((((((((((((((....))))))..))))))))..)))).)))).((((((((((....)))))).....))))....))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................((((......))))........................................................(((((...(((((..(((...((((((((.(((.....)))..)))).))))..)))..))))).................((((......)))).........)))))..(((((((((((((((((............................................(((.....(((((((((((............))))...))))))).....))).....(((((...........................[[[.......)))))]]]..............(((((((((.............((((.((((..((((.......))))..)))).)))).....................................................(((....))).....dddd.)))))))))DDDD...............((((((((cc.....)))))..........bbbbbbbbbb......CC......)))BBBBBBBBBB.................{{{{{{{{{{{{{{...)))))))))<<)))))))).....(((((..>>...(((((...........)))))................}}}}}}}}..}}}}}}..........((((.......))))...........((..............aaa)).......((.(((((((....))))))).)).........AAA..............................))))).........................((((((((((((((....))))))..))))))))................((((((....))))))........................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...)))))))........((((.((((....((((........)))).((((...))))......)))))))).....(((((...(((((..(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..)))))...........(((((((((((.....((..............(...........).........................))...))))))))))).....................((.....))..........(.(((..(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...((..((.(((((............))))).))...)).........((...........(...((((.((((..((((.......))))..)))).))))....)......((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))((......))..............(((((((((((((((.....((((((.(((.....))).)))).)).....))))).))))))))))...)).........))).)...(((((.....((((((((.((....))))))))).).......))))).(((.(((((...........)))))))).(((((.....))))).......((((((.((.((((...))))))))))))....((((.....))))...........((((((((.....((.(((((((....))))))).))...))..))))))....((.(...(....((...........))..)...).)).......((((.((.((.((((((((((((((....))))))..))))))))..)))).)))).((((((((((....)))))).....))))........)))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...)))))))........((((.((((((.((..(((.((((....)))))))...))....)).)))))))).....(((((..((((.((.(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..(((((((.........(((((((((((....((((.........((((((.........))))))......((.((....)))).))))..)))))))))))......(((((((..(((((..((((.(((........)))..((..(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...))...)))).)))))...((((((....((((.((((((..((((((((..............((((.((((..((((.......))))..)))).))))..........(((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))).))))))))..............((((((..(((((((.......((((..(((....))).))))........))))).))..))))))...(((((.((((..((((.((((..((.....))..)))).))))..))))))))).)))))))))).)))))).)))).)))...(((((((...((...(((((((((..(((.((((.((((((.((.((((...))))))))))))..((((((.....)))).)).(((....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..))))))....)))..)))).)))..)))))))))....))..)))))))......))).))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...))))))...((((((((((....)))))).....))))........)))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((...)))))))........((((.((((((.(((((........)))))((((...))))...)).)))))))).....(((((...(((((..(((....(((((((.((((...))))..)))))))....)))..)))))...........(((((((((((....((((..................................................))))..)))))))))))......(((......((((.......bbb...)))).......BBB.(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...((((((.(((((............))))).)))).))......((((((....{{{{{{....((((.((((..(((((....).))))..)))).))))..........(((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))).))))))........}}}}}}..(((((((((((((((........(((.(((.....))).))).........))))).))))))))))...............(((.............[[[[[[[[....)))....]]]]]].]].......<<<<.<<<.<<<<<.)))...((((>>>>>>>>.(((((aaaaa)))))..((((.((((((.((.((((...))))))))))))....((((.....))))....(((....(((((((((>>>>...(((((((....))))))).....)))..))))))....)))..)))).......AAAAA..............)))).....((((.((.((.((((((((((((((....))))))..))))))))..)))).)))).((((((((((....)))))).....))))........)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...)))))))........((((.((((((.((..(((.((((....)))))))...))....)).)))))))).....(((((..((((.((.(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..(((((((.(.......(((((((((((....((((.........((((((.........))))))......(((.(....)))).))))..)))))))))))......(((((((..(((((..((((.(((........)))..((..(((((.(((.....((((......)))).....))).)))))...))...)))).)))))...((((((....((((.((((((....((((((....(..((..(((((...((((..((((.......))))..))))...............(((.(((((............(((((..(....)..)))))..(((....))).))))).))).........)))))..))..)..(((((((((((((((.......((((..(((....))).))))........)))).)))))))))))..))))))..(((.(((((....)))))..)))(((((((.((....)))))))))..)))))))))).)))))).)))).)))...(((((((...((...(((((((((..(((.((((.((((((.((.((((...))))))))))))..((((((.....)))).)).(((....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..))))))....)))..)))).)))..)))))))))....))..)))))))....).))).))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...))))))...((((((((((....)))))).....))))........)))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((((....)))))((((((..))))))((((......))..))..(((((((((((.(((..........)))))((((...)))).((..((((((.((((..((((((((.((((...))))..))).)))))).)))).)))))..)).....)))))))))(((......)))..((((((((..(((((((.....(((((((((..)))))...)))).(((.(((..((((((((.((((((..((.(...(((.(((..))))))..(((((..........)))))..))).))))))..(.(((((((....((((.(........))))).(((......).)))))))))(((..........))).)..(((((((...(((........)))(((((((((..(((((((....))(((((((((((..........)))).)).)))))...))))))))..(..(((((((...((((((.((((((((.(((((((.(...(.((........)))..))))))((((((.(((.(((((........))))).))).((..))..))))))))))))))).(...(((..)))...)((((.(((.............)))).)))...).))))))(.......).)))))))..)))))))..))))))).((((((((((((((...))))))(((((.(((((((...(........)....))))))))))))..)))(.((((((.(......))))))))...((((.(((..(((..(..((.(((((.(((((....))))).)))))))..)..)))..)))))))..)))))..))))))))))))))..))))))).((((((((.((((((..))))))...))))))))))))))))...(((...((((.(...)))))..((((((......)))))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((....(((((((...................................)))))))..((((((...........(((((.(......(((((..(((((..(((.((.(((((((.((((...))))..))))))).)).)))..)))))...............(..(((......)))..)......))))).).)))))..........))))))...))................(((((.........(((((((..(((((..((((..((........))...((..(((((.(((..(..((((......))))..)..))).)))))...))...)))).)))))...((((((......(((.(((((....((((((....(..((..(((((.........(((.........))).....................(((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))).........)))))..))..)..((((((..(((((((.......((((..(((....))).))))........))))).))..))))))..))))))...)).)))))).............((((((..((....)).)))))).............)))))).)))).)))........(((((.....(((((((((..(((.((((.((((((.((.((((...))))))))))))....((((.....))))....(((....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..))))))....)))..)))).)))..))))))))))))))...))))).......((((.((.(..((((((((((((((....))))))..))))))))...))).)))).((((((((((....)))))).....)))).................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...)))))))........((((.((((((.((..(((.((((....)))))))...))....)).)))))))).....(((((..((((.((.(((((((((((((.((((..(((((((...((..((((.((..((((....(((......(((((((((((....((((.........((((((.........))))))......(((.(....)))).))))..))))))))))).......(((((((.....((((((((((..((......))..)))...))))))).....)))..)))).)))....))))..((.(((((((((((..((((..((......))))))..)))).)))...)))).)).....(..((..(((((....(((((.(((........(((...(((...))).))).....(((.(((((............(((((..........)))))..(((....))).))))).))).)))))))))))))..))..).)).))))..)))))).)))..))))..)))))))..(((((((((((...............)))))))))))...)))))).......((((((.((((.(((((((.((....)))))))))....)))).)))))).....(((((.((...(((((((...((...(((((((((..(((.((((.((((((.((.((((...))))))))))))..((((((.....)))).)).(((....(((((((((....((.(((((((....))))))).))..)))..))))))....)))..)))).)))..)))))))))....))..)))))))....)).)))))....((((((((((((((....))))))..))))))))...))))))...((((((((((....)))))).....))))........)))))..... |
