|
|
|
GCUAGGGAUAACAGGGUGCGACCUGCCAAGCUGCACAAUUCAAUGUGGUUAGAAAACCAACUUGGAAUCCAAUCUCCAUGAGCCUACCAUCACAUGCGUUCUAGGGUUAACCUGAAGGUGUGAAGCUGAUGGGAAAAAGUAACCCAAACUGUAUGUGACAGUGAGGGGGCAGGCUAGAUUCCUAUGGGCAAUGUAAAUGAACACUCAUCUGAGGCAUCGUGACCCUAUCACAUCUAGUUAAUUGUGAGAGAAUCUUAUGUCUCUGUUUCAUAAGAUUGAUUGGACAAUUUCUCACCGGUGUAAAGAGUGGUCCUAAGGGAAUCAUCGAAAGUGAAUUGUGCGGAACAGGGCAAGCCCCAUAGGCUCCUUCGGGAGUGAGCGAAGCAAUUCUCUCUAUCGCCUAGUGGGUAAAAGACAGGGCAAAAAGCGAAUGCCAGUUAGUAAUAGACUGGAUAGGGUGAAUAACCUAACCUGAAAGGGUGCAGACUUGCUCAUGGGCGUGGGAAAUCAGAUUUCGUGAAUACACCAGCAUUCAAGAGUUUCCAUGCUUGAGCCGUGUGCGGUGAAAGUCGCAUGCACGGUUCUACUGGGGGGAAAGCCUGAGAGGGCCUACCUAUCCAACUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................((((.....((((((((((((...((((......))))...((((........))))..(((((.(((((((((((.(((..(((....)))))).)))))....))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((..((((.((....))...(((((.......((((((........................((((((((((((((((.........))))))))...........))))))))))))))...)))))))))...)))))))........))))))))))))..))))....((((..((((((((....)))..(((((((....)))))))....)))))..))))........(((((((..((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))...)))))))....(((((((((.................................)))))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).))).......((((....))))...)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((.((((((....)).)))))).....))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.(((((((((.........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((........))))).))))))))))))))..((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..))))).....) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((....((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((.(((((((((.....((((((.(((...(((.....)))...)))......))))))....))))))))).........)).))))).(((((((..(((((((((..((((....)))).....))))..)).))).(((((.(((..((((((((((((((......(((((.....(((......)))..))))).)))))))).))).))))))))))).....)))))))........))))))))))))..))))....))))..(((((((..(((((.((.......))..(((((((((..((((..((.........))))))....(((((...((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))......)))))...((((((((((..((........(((((........))))).))..))))))))))(((((((((((((......))))..)))))))))...)))))))))..)))))..)))))))..)))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.....((((....((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((((((......(((..(((....))))))..........))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((.(((((............(((((........(((.............((..........))(((((.(((((((((.........)))))))))............)))))...)))....)))))).)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))...((((..........((((((......((((.((((((.((((.(...........).))))............((((((.......)))))))))))).))))......((((....))))........))))))(((((((((((.((.((....(((....)))......))..)).)))))))))))((((((((((((((....))))))..)))))))).............)(((....)))))).....))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((...((((....(((......((((((((((((.(((((...........................)))).((((..((((((..(..(((...(((....)))...))..)..)..))))))..........(((..(((((.....)))))..)))....)))).(((((((..((((..(....)....(((((.......((((((.....(((.......)))......((((((((((((((((.........))))))))...........))))))))))))))...)))))))))...)))))))......).))))))))))))....)))...))))......((((....)))).(((.(((....))).))))))..))))).............((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))...((((((((((.((.(((.................)))...)).)))))))))).((((((((.(((((....)))))...))))))))......(((....((((....))))...))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..((((.....((((((((((((...(((((....))))).(.((((........)))).)(((((.(((((((((((.(((..((((()))))))).)))))....))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((.(((((............(((((.......(((((((((.....)))((..........))(((((((((((((((.........)))))))))..(......).)))))).))))))...)))))).)))).)))))))........))))))))))))..))))))..))))..(((((((((((((..((((((((....((((.((((((.((((.((.........)).))))............((((((.......)))))))))))).))))......((((....))))......))))))))(((((((((((.((.((...((((....)))..)...))..)).)))))))))))((((((((((((((....))))))..))))))))..)))))))...))(((....)))))))..)))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(((.......((((...((((((((((((...(((((....))))).((((((........)))...(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((..((((..(((......)))....(((...(((((((((.....))))............((((((((((((((((.........))))))))...........)))))))).)))))..)))...))))...))))))).....))))))))))))))).....))))...)))....(((((....)))))(((.(((....))).))))))).))))))............((((((..........((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))......))))))..(((((((((((.......(((.(((((...[[[[.))))).))))))))))))))((((((((((((((....)))))..)))))))))..]]]](((....((((....))))...))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((..((((((....)))).)).((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((.............(((((.......(((((((((..........(((((((((((((((((((........))))....))))..))))))))))).......))).))))))...)))))..)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....)))))).((((((((((((.......(((.(((((........))))).))))))))))))))).(((((((((((......))))..))))))).)))))))).))....)))))).)))))))..)))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))....((..........))...(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((..((((........................(((((.........((((..........[[))))...(((((((((.........)))))))))........]].........)))))........))))...)))))))........))))))))))))..))))....)))))....(((((....)))))(((.(((....))).))))))).))))))............((((((...((.....((((((.......))))))....(((.....)))..((((....))))))....))))))..(((((((((((..........(({{{...)).....}}}.....)))))))))))((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((................((.......(((((.(((.....(((((..........))))).(..((((((((.........)))))))).............).)))..)))))...)).....)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))..(((........))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.((........(((((........))))).)).))))))))))).((((((((((((......))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..)))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((......)))).....((((((((((((...(((((....)))))..((((...))))...{{{{{{{(......(((((((((.....((((((((((..))))....................))))))....)))))))))...........{{{{{{.(((((((..((((............(((((.......((((((........................((((((((((((((((.........)))))))))...........)))))))))))))...)))))))))...)))))))........))))))))))))....((((..))))..((((((((((((........)))))...(((((((((.(((((.............((((..............((((((.......)))))).((((........)))).))))...))))).......)}}}}}}}(((((((((...........(((((........)))))....)))))))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...)))))))))}}}}}}...)))))))..)))))...... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((u..((((g(([[[[[[[[[[[....[[[[[[[[[[[[.)G)sss(((.........ppppp.(((((((()]f((.cccc.c(.(((((((((mmmm.((((((((((..))))jjj(.hh(.aaaaaaa....))))))....)))))))))...kkkkkkkk(yyyyy)))))qqqqqqffff((e(..vv(..xxxx(.ddd(.)Ydddddd.dddddddd)))(((((((((({((((((...))))))((iiiiiiii)YY..}))))))))))((tttttttt(.bbbbb(.MMMM.oooooo...))).EAAA(((...]]]]]]]]]]]].)).((((..)))))VV..)YYKKKKKK.)XXXX.rrrrr(...wwwwwwwww)))))))))<<<<<..IIIIIIII....<<<<<<<(((((((()AA..)P)))))DDDDDDDD...nn..)PPPP)>O...KKCC]]]]..OOOOOBBBBBT.>TTTTTTT)>DDD>WWWWW...>)FFFF.>>>>>>.ssssAAHHJJJ>))U(((((((((DDDDDD...]]]]]]))))))))))NN.WWWWRRRRRCCC)F...QQQQQQ))))).)SSS)SSSS |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((....((((...((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))......................)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((....(((....)))....)).....)))))))))))).....)))).))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((........))))).)))))))))))))).(((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))..)))))))..)))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((.(((((((....))))).).((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((........((((....)))).....(((((((((.....((((([[[[[[[[..)))))....((((((((.........))))))))]]]]]..........))).))))))..]]].....)))).))))))).......)))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).))).....((((((((..........((((((........(.(((((((....).)))))))((.(((.....)))))((((....))))......))))))..(((((((((((............((((........)))).....))))))))))).((((((((((((......))))..)))))))))))))))).......)))))).)))))))..)))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((....((((...((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))......................)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((.((((((....)).)))))).....)))))))))))).....)))).))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.(((((((((.........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((.(....).))))).))))))))))))))..((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..)))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((.(...))))).(..).((((((((((((.((((........))).)((((...)))))((((.(.((((((....(......)...)))))).(((((..)))))...(((((.(((((((..(((...(((.((.(((((((((.((((...................((.(((.(...).))).))))))...((((((....((..((((((((..........))))))))..))...))))))))))))))))).)))....)))..))))))).))))).)).)))(((((((..))))).)).((..)))))))))))(..).))((((..)))).....((((((..))))))((..(((....)))..)))))).)))))).....(((.((.((.(((.......))))).)).........((((((((((((..))...((((((((..)))))).))((..)(((.((((((((((((.(((((..)).))).))).))).)))))).)))...(((((((((((((((..))))))))))...))))).((.((((.((..))))))))((((..)))).)..))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((....(((.((((..((.....))..(((((((..(((((((((.......((.((.(((.(((.....)))))).)).))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))........((......))....)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))....)))).)))...........(((.((....))..))).......))))))))))))..))))....))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....(((((((....).))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.((........(((((........))))).)).)))))))))))..((((((((((((....)))))..))))))).)))))))).))....)))))..)))))))..)))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((((((((..(.(((.(((.....)))))).)..))....))))))..........(((..(((((.....)))))...)))..))))).(((((((..((((..(((......)))....(((...(((((((((.....(((((..........)))))...(((((((((.........)))))))))..............))).))))))..)))...))))...)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))...((((((((((.......(((.(((((........))))).)))))))))))))..((((((((((((......))))..)))))))))))))))).))....)))))..)))))))..)))))...... |