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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00756



RNA: CRW_00756
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .....................((((.....((((((((((((...((((......))))...((((........))))..(((((.(((((((((((.(((..(((....)))))).)))))....))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((..((((.((....))...(((((.......((((((........................((((((((((((((((.........))))))))...........))))))))))))))...)))))))))...)))))))........))))))))))))..))))....((((..((((((((....)))..(((((((....)))))))....)))))..))))........(((((((..((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))...)))))))....(((((((((.................................)))))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).))).......((((....))))...)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((.((((((....)).)))))).....))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.(((((((((.........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((........))))).))))))))))))))..((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..))))).....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...((((....((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((.(((((((((.....((((((.(((...(((.....)))...)))......))))))....))))))))).........)).))))).(((((((..(((((((((..((((....)))).....))))..)).))).(((((.(((..((((((((((((((......(((((.....(((......)))..))))).)))))))).))).))))))))))).....)))))))........))))))))))))..))))....))))..(((((((..(((((.((.......))..(((((((((..((((..((.........))))))....(((((...((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))......)))))...((((((((((..((........(((((........))))).))..))))))))))(((((((((((((......))))..)))))))))...)))))))))..)))))..)))))))..)))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.....((((....((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((((((......(((..(((....))))))..........))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((.(((((............(((((........(((.............((..........))(((((.(((((((((.........)))))))))............)))))...)))....)))))).)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))...((((..........((((((......((((.((((((.((((.(...........).))))............((((((.......)))))))))))).))))......((((....))))........))))))(((((((((((.((.((....(((....)))......))..)).)))))))))))((((((((((((((....))))))..)))))))).............)(((....)))))).....)).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((...((((....(((......((((((((((((.(((((...........................)))).((((..((((((..(..(((...(((....)))...))..)..)..))))))..........(((..(((((.....)))))..)))....)))).(((((((..((((..(....)....(((((.......((((((.....(((.......)))......((((((((((((((((.........))))))))...........))))))))))))))...)))))))))...)))))))......).))))))))))))....)))...))))......((((....)))).(((.(((....))).))))))..))))).............((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))...((((((((((.((.(((.................)))...)).)))))))))).((((((((.(((((....)))))...))))))))......(((....((((....))))...)))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...((((((..((((.....((((((((((((...(((((....))))).(.((((........)))).)(((((.(((((((((((.(((..((((()))))))).)))))....))))))......((..(((..(((((.....)))))..))).))))))).(((((((.(((((............(((((.......(((((((((.....)))((..........))(((((((((((((((.........)))))))))..(......).)))))).))))))...)))))).)))).)))))))........))))))))))))..))))))..))))..(((((((((((((..((((((((....((((.((((((.((((.((.........)).))))............((((((.......)))))))))))).))))......((((....))))......))))))))(((((((((((.((.((...((((....)))..)...))..)).)))))))))))((((((((((((((....))))))..))))))))..)))))))...))(((....)))))))..)))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((.......((((...((((((((((((...(((((....))))).((((((........)))...(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((..((((..(((......)))....(((...(((((((((.....))))............((((((((((((((((.........))))))))...........)))))))).)))))..)))...))))...))))))).....))))))))))))))).....))))...)))....(((((....)))))(((.(((....))).))))))).))))))............((((((..........((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))......))))))..(((((((((((.......(((.(((((...[[[[.))))).))))))))))))))((((((((((((((....)))))..)))))))))..]]]](((....((((....))))...)))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((..((((((....)))).)).((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((.............(((((.......(((((((((..........(((((((((((((((((((........))))....))))..))))))))))).......))).))))))...)))))..)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....)))))).((((((((((((.......(((.(((((........))))).))))))))))))))).(((((((((((......))))..))))))).)))))))).))....)))))).)))))))..)))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))....((..........))...(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((..((((........................(((((.........((((..........[[))))...(((((((((.........)))))))))........]].........)))))........))))...)))))))........))))))))))))..))))....)))))....(((((....)))))(((.(((....))).))))))).))))))............((((((...((.....((((((.......))))))....(((.....)))..((((....))))))....))))))..(((((((((((..........(({{{...)).....}}}.....)))))))))))((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((................((.......(((((.(((.....(((((..........))))).(..((((((((.........)))))))).............).)))..)))))...)).....)))).)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))..(((........))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.((........(((((........))))).)).))))))))))).((((((((((((......))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..)))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.((((......)))).....((((((((((((...(((((....)))))..((((...))))...{{{{{{{(......(((((((((.....((((((((((..))))....................))))))....)))))))))...........{{{{{{.(((((((..((((............(((((.......((((((........................((((((((((((((((.........)))))))))...........)))))))))))))...)))))))))...)))))))........))))))))))))....((((..))))..((((((((((((........)))))...(((((((((.(((((.............((((..............((((((.......)))))).((((........)))).))))...))))).......)}}}}}}}(((((((((...........(((((........)))))....)))))))))..((((((((((((((....))))))..))))))))...)))))))))}}}}}}...)))))))..)))))......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((u..((((g(([[[[[[[[[[[....[[[[[[[[[[[[.)G)sss(((.........ppppp.(((((((()]f((.cccc.c(.(((((((((mmmm.((((((((((..))))jjj(.hh(.aaaaaaa....))))))....)))))))))...kkkkkkkk(yyyyy)))))qqqqqqffff((e(..vv(..xxxx(.ddd(.)Ydddddd.dddddddd)))(((((((((({((((((...))))))((iiiiiiii)YY..}))))))))))((tttttttt(.bbbbb(.MMMM.oooooo...))).EAAA(((...]]]]]]]]]]]].)).((((..)))))VV..)YYKKKKKK.)XXXX.rrrrr(...wwwwwwwww)))))))))<<<<<..IIIIIIII....<<<<<<<(((((((()AA..)P)))))DDDDDDDD...nn..)PPPP)>O...KKCC]]]]..OOOOOBBBBBT.>TTTTTTT)>DDD>WWWWW...>)FFFF.>>>>>>.ssssAAHHJJJ>))U(((((((((DDDDDD...]]]]]]))))))))))NN.WWWWRRRRRCCC)F...QQQQQQ))))).)SSS)SSSS
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((....((((...((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))......................)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((....(((....)))....)).....)))))))))))).....)))).))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((........))))).)))))))))))))).(((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))..)))))))..)))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((.(((((((....))))).).((((........))))..(((((.(((((((((((.(((.(((.....)))))).)))))....))))))..........(((..(((((.....)))))..)))...))))).(((((((.((((........((((....)))).....(((((((((.....((((([[[[[[[[..)))))....((((((((.........))))))))]]]]]..........))).))))))..]]].....)))).))))))).......)))))))))))))..))))....))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).))).....((((((((..........((((((........(.(((((((....).)))))))((.(((.....)))))((((....))))......))))))..(((((((((((............((((........)))).....))))))))))).((((((((((((......))))..)))))))))))))))).......)))))).)))))))..)))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((....((((...((((((((((((...((((.(((((.((.....))..(((((((..(((((((((.......(((((.(((.(((.....)))))).)))))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))......................)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))...))))).)))).......((.((((((....)).)))))).....)))))))))))).....)))).))))).(((((((.((((((...(((.(((....))).)))..((.(((((((((.........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.......(((.(((((.(....).))))).))))))))))))))..((((((((((((....)))))..)))))))))))))))).))....)))))).)))))))..)))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((.(...))))).(..).((((((((((((.((((........))).)((((...)))))((((.(.((((((....(......)...)))))).(((((..)))))...(((((.(((((((..(((...(((.((.(((((((((.((((...................((.(((.(...).))).))))))...((((((....((..((((((((..........))))))))..))...))))))))))))))))).)))....)))..))))))).))))).)).)))(((((((..))))).)).((..)))))))))))(..).))((((..)))).....((((((..))))))((..(((....)))..)))))).)))))).....(((.((.((.(((.......))))).)).........((((((((((((..))...((((((((..)))))).))((..)(((.((((((((((((.(((((..)).))).))).))).)))))).)))...(((((((((((((((..))))))))))...))))).((.((((.((..))))))))((((..)))).)..)))))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((....(((.((((..((.....))..(((((((..(((((((((.......((.((.(((.(((.....)))))).)).))..(((.(((((((..(((..(((..(((((.....)))))...)))....)))...))))))).)))........((......))....)))).)))))......(((((..........)))))...(((((((((.........))))))))))))))))....)))).)))...........(((.((....))..))).......))))))))))))..))))....))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....(((((((....).))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))..(((((((((((.((........(((((........))))).)).)))))))))))..((((((((((((....)))))..))))))).)))))))).))....)))))..)))))))..)))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((.((..((((.....((((((((((((...(((((....)))))...((((........))))..(((((.((((((((..(.(((.(((.....)))))).)..))....))))))..........(((..(((((.....)))))...)))..))))).(((((((..((((..(((......)))....(((...(((((((((.....(((((..........)))))...(((((((((.........)))))))))..............))).))))))..)))...))))...)))))))........))))))))))))..))))....))))).(((((((..(((((...(((.(((....))).)))..((.((((((((..........((((((...((.....((((((.......))))))...((((.....)))).((((....))))))....))))))...((((((((((.......(((.(((((........))))).)))))))))))))..((((((((((((......))))..)))))))))))))))).))....)))))..)))))))..)))))......