|
|
|
GUAUUAGUAGAUCCAGCCAUUACUAUCAAAGCUAUUGGACAUCAAUGGUAUCGGAGUGCGCCUCUUAACGAGGGUGAUUUAAGUGCAACGAAAUGUACCGGUGGUUCGCGAAGCAUCUGGCUUACCGGUCAUCUCCCAUUCCCGUCGUCGAGAGACUAAAAGAACUAUAGCAUGCCAGAAACGGGGAGUUGAGGUGGUUAGACCUAUACCCCGAAAUGCUCCCAGCAUAGGAGCCUAUGGUUCCAUUCUUGUUAUUGCUGGAGGUACACAUACCUCUUCUCGGUGUGGUGGAGCGAUAUACGAAAAAUAGAUGCUAAGCCCGCAAUGUCCGAUAACGGGGCUUCAGUAGUGAAUCUAUCGGCACCACAGCAGUGGCAUACAACUUUGGACCUAAGGGCCGGCCCCGUUACCUUUCGGAAUGGGGGAUCCCCGUUGGCAACAACCACGGUAGUAGUUGCGGAACUACUGGGCCAAGAGAGGACAACCUGUUGUUCCUGCUCCUCCUUCUUCGCUUCGGGGACGGAGGUCCUACGGUAGGUAAGAGCACGCACAAGCACUUGGCCGAAGGGGACCAGCGCUUCUACUCCUCCACCGAGGAGCCGUUCUUGCGAGAAGCAAGGGAUGUCGUGAACGGUGGGAGGUCAAAGAAAGAGAAUUGACCUCUGAAUACAGUGAUCCUAUGAUCUAGAUAGACUCCGUCCUUUUUUUUUAGAUAAGGGUGACUCAAGAGGGGGGAGAACUACCUAACUAAAGAAGAAUAGCGCUCUUUAAAAAUAAGAGUAGGCGUGGAGAGCUUUUUGCGGGGAAACUUGCAAGUCAAGUUUGGGGGGAGGCGGGCGUCGACCCAACCUUAUGAGUAUUCGGACUAUAACAGUUCCGAUGAACAGUCACUCACUUUUGACAGUUAUACGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............................................................((((....((((((..........(((......)))................((.((((((.........................(((....))).................))))))....((((((............................)))))).))......((((..(((((.....((((.(((((((((((........))))((.(((((((.........)))).))).))(((((....(((((((.............))).))))..........))))))))))((((....)))).))))))....)))))...))))............))))))....))))..((((((..(((.........................................................................))).))))))....((((((.((((.........................))))...)))))).((((((.........................................................................................................................................................................................................))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))..((((((((....)))).)))).................................................................
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........))))))((((((......(((.(((..(((.(((((((((.((((.....)))).........((((..((((............))))....((.((..((((((((.(((((((...(((((((.(((....)))........((..........))..)))))))...)))))))...(((((...(((((((.((((...)))).((((((((((((((((.....(((((((((((((((((....)))))).....(((((.(((........))).....(((((((((((((((................)))))....))))..))))))..))))).)))))))))))..(((((....(((...(((....(((((((.((....)))))))))....)))..(((......))).)))...))))).))))))).)))))...((((((((((....))).)))).))).)))).......)))))))....)))))...))))))))..))))..))))..))))))...))).((((((...(((((((.((((((....))))))((.((((((((((((((..(((((.(((....)))..(((((((((..........)))))))))..........)))))....(((....)))(((((...(((((((((((....((((..(((.........)))....))))..)))))))))))..((((((((.......))))))..)).))))).))))))))))))))((((((.....)))))).))..)))))))...)))..))).)))...)))((..(((((..........)))))...)).)))......)))))).....)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((.((.(((((((((...(((((((.....)))))))...........((((.....)))).......................(((((((...................))))))).((((((((((((.....((....))......(((((((((...........(((((.((..((((......)))))).)))))....(((((.......))))))))))))))......(((((((((((((((((....))))))).......((((((...((((................(.((((((................))))))..)..........)))).)))))))))))))))).................(((....)))...........)))))))))))).......(....)......))))))))).))))).))))).............((((....)))).....((((((((((((......(((((((((((((((.(....((((((.((........)).))).))))...)))))...........((((((....))))))((((((((((.....))))))..........))))..(((((((((..........)))))))))..........(((....))).........))))))))))......................)))))))))))).........................((((((.......))))))................(((((((....))))))).............................................((((((.......).)))))...((.((((........)))).))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((.(((............(((((..((((((.......(((((((((.((((.....)))).........((((..........(((((.((((............))))..))))).((((((((((((.(..(((....)))..((((.........((((((....(((((..(...(((......)))...))))))...((((.((((((..((((((...))))))...........)))))).))))((((..((.......))))))((((.((((((..............((...)).......((((.......))))..............))))).).)))).....))))))....))))........(((.....))).........)))))))))))))..((((.(((....((....))....)))))))..((((((((((......((((((....))))))....(((..((((........))))..)))))))...))))))......))))......))))))...)))......((...((((((.((((((....)))))).((......))))))))..))))))))..........(((((((((..........))))))))).........((((....))))........((((.((((((............((....))..)))))).))))....................))))).((((.........))))..)))..))).......(((((((....)))))))...(((.(((((....(((....)))..))))).)))......((.((((((.....)).)))))).....((((........))))....)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((.((.(((((((((...(((((((.....)))))))..........(((((.....)))).).........((........))((((((((........((.....)))))))))).((((((((((((....(((....))).....(((((((((...........(((((.((..((((......)))))).)))))....(((((.......))))))))))))))......(((((((((((((((((....))))))).......((((((...(((((.............((((((((((........((....)))))))).))))(.....)))))).)))))))))))))))).................((((()))))...........))))))))))))....((((....))))...))))))))).))))).))))))).........((((((....))))))...((((((((((((..(...(((((((((((((((.(....((((((.((........)).))).))))...)))))...........((((((....))))))((((((((((.....))))))..........))))..(((((((((..........))))))))).........((((....))))........))))))))))...............)......)))))))))))).......................((((((((.......))))))..)).......((((((((((((....))))))))..)))).((((....(((....)))..)))).............(((((((.....)).)))))..(((.((((........)))).)))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((((...))))))))...(((...[[[[))).......]]]]......((((..........[[[[[[[[........)))).....]]]]]]]].((((((((((((......((((((.............(((((....((((.(((((.....((((......))))...)))))..(((((...))))).((((((...)))))).))))......)))))((((((....))))))))))))(((.(((..((((.(((.......)))..))))..)))))).........(((((((((....((((.....))))((((.((((....)))).......(((((....))))))))))))))))))......))))))))))))........(((((.....[[[[[[[.)))))...]]]]]]](((((((...((((((....))))))..((((((((.((((((...)))))).))))..((((...))))...))))...........)))))))..(((((...[[[[))))).((((((....)))))).]]]](((((.....)))))(((((((.......((((((((((((..........)))))))))...)))...((((....))))..))))...))).(((((((((((......[[[.......)))))))))))......]]]..............(((((((((.......)))))).[[[.......)))..(((((((....)))))))]]].......(((.[[[[..........)))..]]]].((((...(((((..........)))))..[[[.[[[[))))....]]]].]]]...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.........)))))).....(((((((.....))))))).((((.((.((((((((..((((..(((((....(((((.((.(((.((((((((.(((.((....))))).))))))))))).))...(((((((.(((....))).........................(((((.....((((......))))...)))))(((.(((((((((.(((((((...(((((((.(((.(((((((((((((((((....)))))).....(((((((((((...................((((((((((................)))))).)))).....)))))).))))).)))))))))))........(((.((....))))).(((((((.((....))))))))).....((((.((......))))))((((((((....))))))))(((((((...((....)).(((.(((((((((((((.((((((...)))))).)))))......)))))).)).)))..((....)).)))))))))).)))))))..)))))))((((((....))))))((((((..((((.............))))))))))..(((((((((..........))))))))).........((((....))))(((.(((.((((.(((((((...(((........)))...))))))).))))..))).))).(((........))).((((((.......))))))..)).))).)))).))).)))))))...))))))))))..))))..)))))))).)).)))).................(((((((.....)).)))))..(((.((((........)))).))).))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((............(((((((.....)))))))............(((.....)))..........................................................((((((((((((....((<<<<..)).....(((((((((...........(((((.....((((......))))...)))))....(((((.......))))))))))))))................(((((((....))))))).>>>>.........(((..................))).................(((((((((.....(((.....)))..((..((((....))))......................)).)))))))))......))))))))))))....((((....))))......................................................((((((((((((......((((((((((...........................(((....((((....))..))...)))....(((((({{{{))))))....((((((.....))))))............}}}}(((((((((..........))))))))).............................))))))))))......................)))))))))))).........................((((((.......)))))).))).))))..((...(((((((....)))))))[[[[[)).((((...(((.(((......)))..))).........(((((((.....)).)))))..........))))...]]]]].......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...........))))).....(((((((.....))))))).((((.((.((((((((..((((..((((....(((((......))))).((((((.......((...(.(((((......((((((((((((....(((....)))............((((.((.((((.(((((.....((((......))))...)))))..((((.....)))).((((((...)))))).)))).))...)))).((((((....))))))...((((((((((..((((.(((.......)))..))))..)).))))....)))).((((((((......................((((....))))...........((.((....)))).)))))))).......))))))))))))..(((.(((......)))))).(((((((....)))))))..........((((((......))).))).(((((((.((((((...)))))).)))))......))))))).)..))........((.(..((((.....)).)).).)).....((((((....))))))((((((((((.....)))))..........)))))..(((((((((..........))))))))).........((((....))))........((((.(((((((...(((........)))...))))))).)))).))))))...(((........))).((((((.......)))))).(((.......)))..(((((((....)))))))))))..))))..)))))))).)).)))).................(((((((.....)).)))))..(((.((((........)))).))).))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...(((((((............((((((.((((((.((((....(((((((.((((((.....(((((......((((.......((..((((((((((.....(((.((.((.(((((...((((((((((((....(((.((((.......(((((((((...........(((((.....((((......))))...)))))....(((((.......))))))))))))))......(((((((((((((((((....)))))).....(((((((((((.((.....)).........((((((((((................)))))).)))).....))))))).)))).))))))))))).....)))).)))..((((..((....))...))))..))))))))))))....((((....))))..))))))))).))).))))))))))..))....(((....)))(((.(((((((((((((.((..((...))..)).)))))......)))))).)).)))..))))...))))).....))))))....)))))))..((((((....)))))))))).(((((.....))))).))))))......(((((((((((((..........))))))))..........((((....))))........((((.(((((((...........((....)).))))))).))))..)))))............))))))((((((.......)))))).))).))))..)))..(((((((....)))))))((((((..((((..((((.(((......)))..))))....((..(((((((.....))).))))...)).....))))..))))))....)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.<<<<....)))))).....((((((((...)))))))).((((....((((((((..((((..((((....(((((......))))).(((((((.(((....................((((((((((((....(((....)))..(((.......((((....((((.(((((.....((((......))))...)))))..(((((...))))).((((((...)))))).))))......))))(((((((....)))))))..((((((((((..((((.(((.......)))..))))..)).))))....))))((((((((((((({{{{)))).}}}}.....((((....))))...........((.((....)))).)))))))))..))).))))))))))))..(((.(((......)))))).(((((((....))))))).(((((((..((((((......))).)))((((((((.((((((...)))))).)))))......))).....................)))))))....................((((((....))))))[[[[[(((((.....)))))......))).]]]]]..(((((((((..........))))))))).........((((....))))........((((.(((((((...(((........)))...))))))).)))))))))))...(((........))).((((((.......)))))).(((.>>>>..)))..(((((((....)))))))))))..))))..))))))))....))))..............((.(((((((.....))).))))))(((.((((........)))).))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.((.(((((((((..(((((((((((((.....((((..((((((.((((.....)))))).))))..))))......)))).))))))))).((.((((.....))))..(((..((((((((((((....(((.((((.......(((((((((...........(((((.....((((......))))...)))))....(((((.......))))))))))))))......(((((((((((((((((....)))))).....(((((((((((.((.....)).........((((((((((................)))))).)))).....)))))).))))).))))))))))).....)))).)))..((((..((....))...))))..))))))))))))..)))...)).........))))))))).))))).))))))...((((((..(((..((..(((((((.((((((.(((((.(((...((((((((.((((((.((((...((((.((........)).))))))))...))))))..........((((((....))))))))))))))))))))))...)))).)).).))))))..))..))).......(((...((((.(((((((((.((.(((((...(((((((.(((..........))).))))))).))))).)).((.(((((((..((.(..(((..((...........((((((((.......))))))..)).....((((((((((((((....))))))))..))))))..))..)))..)...))..)))..)))).)).)))))))))........((((....)))).))))))).))))))......)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.......)))))))(((((((((((((...))))))))(((((((((((((((((((((......)))))))..(((((.....((((.(((((((((.((((....).)))).))...((((((((((((((((((((..))))..))))..((.((((((((((....((((((((..))..(((...)))...((((..))))....((((((((((((((...))))))...(..)..))))))))(((((....)))).)))))))...))))..(.......)((((..))))))))))))...((...))...(((((((((.(((((..))))).....(((..((((....))))....(((..)))..(((..)))))).)))))))).)....))))))))))))((.(((..)))))))))))))))..)))))(..)....((((((((((.(((((((((..))))))))(((.(((((..(((((...)))))..))))).((((...))))....).))(......).)))))))(.......)))))..(((((.(((((((((((.((((((((((..((((.((.......)).)))))))))))..((((((((((......))))))))))(((..)))....))).).)(((((..)))))(((..(((((........).))))...((((..))))..)))..((((((..)(((((....)))))...(((.(((..))))))))))).))))))((((((((((((((..)))))))))..)))))..)))))))).))))))..(((..)))...((.((((((..)).)))))))))))))).((..(...)..)).)))))...(......) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((...(((((((..((((......((((((((...))))))))...(((((((.((((.....)))).........(((((......))))).((((((..........(((..((((((...((((((.....(((...(((....)))..........................))).....)))))).....(((....((((((.(((((...)))))..........((((((.....(((((((((((((((((....)))))).....(((((((((((.((.....)).........((((((((((................)))))).)))).....)))))).))))).)))))))))))........................(((((((.((....))))))))).......((((....))))...............))))))..........((((((.(((....)))..))).))).............)))))).....))).....))))))..))).........(((.(..((..........)).).))).....((((((..(...(((.((..((((........((((((((............(((((((((..........))))))))).........((((....))))...........)))))))).........))))..)).)))..)..))))))..))))))................)))))))...........))))))).))))..))...(((((((....)))))))((((((.................................(((...(((((((.....)).)))))..........)))...)))))).....))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...(((((((..((((......(((((((.....)))))))...(((((((.((((.....))))...((((..(((((......))))).((((((((..(((((..((((..........((((((((((((....(((.((((.......(((((((((...........(((((.....((((......))))...)))))....(((((.......))))))))))))))......((..(((((((((((((....)))))).....(((((((((((.((.....)).........((((((((((................)))))).)))).....)))))).))))).)))))))..)).....)))).)))..((((..((....))...))))..))))))))))))((((((((....)))).....((((((((....))))))))(((((((...........((((.(((((((((((((.((..((...))..)).)))))......)))))).)).)))).((....)).)))))))...)))).)))).)))))..((((((....(((..(((.((.((..((((((.((((((((..((.....((((((((((((..........)))))))))...)))...((((....)))).......))..)))))))))))))).)).)).)))..)))..))))))...))))))))...........)))).)))))))...........))))))).))))..)))..((((..(....)..))))((((((..((((..((((.(((......)))..))))....((..(((((((.....)).)))))...)).....))))..))))))....)))).. |
