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UACCUGGUGGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAUACCGAAAUAAGGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUACGGUUCCUUAGACUGUACUUUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAUCAGAGCUCCGACCUUCGGGGACGAGCGCAUUUAUUAGACCAAGACCAAUCGGACUUAGGUCCGCAAACUGUGGUGACUCUGGAUAACUUUGAGCUGAUCGCACGGUCUAGCACCGGCGACGUAUCUUUCAAGUGUCUGCCUUAUCAACUUUCGAUGGUAGGUUAUGCGCCUACCAUGGUCGUUACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACGGGACUCUAUUGAGGCCCCGUAAUUGGAAUGGGUACAAUCUAAACCCUUUAACGAGUAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGUGGUUAAAAAGCUCGUAGUCGGAUCUCAGAUCCGGAGCUGCGGUCCACCGCCCGGUGGUUACUGUAGCGACCGGACGUUUGGCCGGAUUCCUUUGAUGCUCUUUGCCGAGUGUCUUGGGUGUCCGGCACGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGCUCAAAGCAGGCGUACCGCCUGAAUAAUGGUGCAUGGAAUAAUGGAAUAAGACCUCGUCUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAAAACGAGGAAAUGAUUAAGAGGGACAGACGGGGGCAUUCGUAUUGCGACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGCAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAACCAGCAAUCCGCCUGAGUUCCUCAAAUGACUCGGCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGGGUUCCAGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCUUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCCGGCCCGGACACUGGAAGGAUUGACAGAUUAAGAGCUCUUUCUUGAUUCAGUGGAUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUACUAAAUAGACGAACGAUCACUGGAGUCGUUCGAUCUUCUUAGAGGGACAAGCGGCUUUUAGCCGCACGAGACAGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAAGGAAUCAGCGUGCGUUUACCCCUGUCCGGCAGGACUGGGUAACCCGAUCAACCUCCUUCGUGAUAGGGAUAGGGGCUUGUAAUUCUUGCCCUUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGCACGAGUCAUAAGCUCGUGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGAUUUAGUGAGGUCUUCGGACUGGCGCUCGGAGCGGCCUUACUGGUCGCGCCGGCGUGCCGGAAAGAUGACCGAACUUGAUUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGGAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAUUA |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....(((.......)))...)))))......(((......(((((((...((....((((((..........(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((..((....))..)))))....(((((........((((..(((((....))))).......)))).......)))))...........((((.((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((...))))).)))).....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((......(((((.....((((((((((((....)))))..))))))).....))))).........(((.(((.(((((((......)))))))..))))))...................................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((.((((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((.((((.....((((((((.......))))))))......))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....)))))))......(((((((((((.........))))).)))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((..(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
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Afold
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[ FASTA input ] |
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((.((((..(...)..))))..(((....(((((((.....)).)))))..(((((((.........((((.......))))..........((((((((((...(((((((((((.....)))))))...(((.....)))..))))...))))....))))))..))))))).....((((...((....))...))))..........)))...((((...(((((....)))))....(((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....(((((....(((((..((((((((........(((((.(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))))...))))))))............(((((......)))))((((((((.........(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((((...................))))))))....((((......(((..((((....((((((.....(((..(((((((..........)))))))..))).......((((..(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((((.(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))..((((..((((((((.......(((((((...((((((...)))))).....))).))))....(((..(((((((((...)))).)))))..))).)))))))))))).......(((((((..((((((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).))))).......)))))))))..)))).....)))))).....................(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).))))))))..))))..)))..(((((.(((((((..((((.((((.....)))).)))).((((................((((........)))).((((((((((((..((..(.(((((((....(((((.(((((.((((((((.((..(((.....)))..(((...(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))..)))....)).))))))))...((((..(((....))).))))..(((((.....))))).))))).))))).......))))))).)..)).)))).)))))))))))).(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).)))))).))).))))..))))).(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).....))))))))))))......((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).))))).....)))))..))))))))))))))....))).))))..)).))..)) |
Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................((((((((........................................................................................((((..............))))...............................................................................................................................(((((((((.....))))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))........................................................................................................................................................))))))))...........................................................................................................................................................((((((...))))))..............................((((((........................))))))............................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))............((((((....((((((.(((((........)))))))))))........((....))..........................))))))..(((((.........................................)))))............................................(((((((..............................))))))).......................................................................................((((((((.......))))))))..................((((((...))))))................................................................(((((((............(((.((((((((....)))))))))))...........)))))))..........((((..............))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((............(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))............))))))))))))))....................................................... |
CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((..........)))........)))..)))))).................................................................((((((.((((......(((((............))))))))).))))))......((((.......................)))).......................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).))).......................................................................................................................................................................................................((((((......))))))................................................................................(((((((((((((....))))))))))))).....................(((((((..((((((.......((.((((((((((((((((.(((........))).)).))))))))))))))....(((....)))...))......))))))..))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((.(((((.......)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))..................................................(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................((((((((.......)))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((((((((((...........)))))))).)))))))...)..)))))))))))))))))))..)))))))).................(.(((((....))))).)........... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....))))))...........................((((((..((((((((((..........(((((...(((((.(..(((.........)))..).)))))))))).............))))))))))..))))))..........((((((.((((.......(((((.....)))))......)))).)))))).((.........(((((....)))))........))...(((((((..(((((.......((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))......(((.((.(((((......(((...(((((......))))))))..............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((...................)))))))))..............))))).)).)))................(((((((..........)))))))..................(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))....((((((..............))))))((((((...))))))..............................(((((((((...(......(((((((.....)..))))))......)...)..))))))))...(((((.((((((((((.(((........)))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....................))))))))).((((.........)))).......................((((((((..((((((.(((((........)))))))))))..))((((.((((.((((.....)))).)))).))..))...))))))...............................(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((..((((....(((((((....(((((.(((((........((((((........)))))).....(.(((((((..................................)))).))).)((((..(((((((((((.......)))))))).)))..))))........((((((...)))))).))))).))))).......))))))).....)))))).)))))))))))))(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).)))))).......................(((.(((((((..((((..............................(((((((((.....)))))))))..))))))))))))))................(....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).....).....))))).))))))).....((.......))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((.....((((..(((((((.........(.....(((.(((.((((.(((((((.(((.......)))..(((((....(((.........)))....)))))........))))))).....((((((....(((((((..(((((((((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))............(((((....))))).............))))))).......((.....((((.((((.....))))))))....)).............((((.((......(.(((((((((.....))))))))).).............((((((((....))))...)))))).)))).(((........))))))))))))))))...)))))))))).)....((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((((...................))))))))(((((.......((((.....((....)).......)))))))))..)))))))......((((((..(((......((((.....((((((...)))))))))).(((((..(.((.(((((.((.......)).))))).)).)..(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))((((((.((((((..............)))))).)))))))))))........(((((..(....(.(((........((((((((...(((..((((((((...........)))))...))))))....))))))))...(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))))).)...)))))))))))))))(((((.(((((........))))))))))...((((((((.(((((...((((...((((((.(((.......((((....))))....)))...))))))((((.(((((((..((..(((((.......(((((................((((........)))).((((((((.(.((((((................))))))..............((.((((..((((((((((........)))))..(((((((.((...........................(((.((((..(((.(((((((.......)))))))..)))..)))).)))....((((((...)))))))).))))))).........)))...).)))))))..).)))))))))))))(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).))))).(((.....((.......))....)))...(((((...........)))))..........)))))..((((.((((((.(....)))))))....))))))...)))))))))).))))).(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((......(((((((.(((.((((((.....)))))).)))..)))))))......))))..))).))))))))...)).))))...).))...)..)))))))))))))....))))....)))))))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((().)))))))...............(((..((((...((((((..((((((((((...((.....(((((...(((((.((.(((.........))).)).))))))))))....)).......))))))))))..)))))).).))).)))((((((.((((......(((((((...)))))).....))))).))))))((((........((((((())))))).......))))..(((((((.((((((((((...((((.((((.....)))))))).....................(..........(.(((((((((.....))))))))).)((((((....))))))((((((.(....)))))))((((.((.((((........)))).)).).))).....)(((.((.(((((.(..(((((...((((((...).))))))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((....(((.....)))....))))))))).............)))))).)).)))..((.....)).))).(((((((..........)))))))(((((.............(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))....((((((..............))))))((((((...))))))............................(.((((((((((.(((((((.(((((((.....)..))))))))).)))).))..)))))))).)((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....)..((((((((((.....)))))))))).....................))))))))).((((.........))))........)))))..........((((((((..((((((.(((((........)))))))))))..))((((.((((.(((((...))))).)))).))..))...))))))..............................((((.((((.....)))).))))(((((................((((........)))).((((((((((..((((.(..(((((((....(((((.(((((.......(((((((.((())).)))))))....(.(((((((......(((.((......)))))...........)))).))).)((((..(((((((((((.......)))))))).)))..))))........((((((...)))))).))))).))))).......))))))).)...)))))).)))))))))))))(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).))))))....(((............)))((((.(((((((..((((((...((..(......)(((())))..)).(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))..............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))...))))))))))))))((((.(((.....))).)))).. |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(..........)................((((.((........((((........)))).........))...))))((...................................((((..((....))))))........))..........((......(((((..(......)..)))))))...............(((.........................))).......................((((.(((.......)))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................((((((.((((((((((((((......))))..))))))))))..))))))............(((.(((((((......))))))).)))............................................(((.....)))................................((((((((...................))))))).)...(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((.(((............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..(.........................).....)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((..(((((.....)))))..)).)))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)......(.((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((.((((((.....)))))).)).).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))..........................(((((((((.......((((........))))........)))..))))))....................................((((..((....))))))..................((((......(((((..(......)..)))))))))((((((.......((((.......................))))......))))))...........((((.((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)).)))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((.((((((((((....)))))..))))).))).)))))..)))..((.....(((...((((((......))))))...))).....))....................................(((.....)))...............................(((((((........................)))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((......((((.....)))).................(....)..............(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).................................................(.(((((((.((((..(((((.((((((....).))))).)).)))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.((((((((....(((.......(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((.......))))).)).).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..)............(((.(((((....))))).)))......... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...)))))))(((.(((..((((((((...))).))))).....))).))).................((((..(((((((.(((((((......(((((((((((.....))))).....(((.....))))))))).......(((((((((((((.((((.......((((((...))))))......)))).))))))((((........(((((....))))).......))))..)))))))......))))))).))))..)))....))))(((((((........[[[)))).))).......]]]...(((((((((.....)))))))))(((((((((((.......((((((.[[[[[[)))))).......]]]]]]..........................((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((((((..........))))))))...))))).))))(((.[[[[[[[[......(((..(((((((..........)))))))..))).....))).....(((((((...))))))).]]]]]]]](((((....)))))...)))))))))))..((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))))))...((((((..........[[[[))))))((((((...)))))).........]]]]..............(((.[[[[[[))).(((((....((((((.....))))))......)))))......]]]]]](((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]....(((...(((....)))...[[[[.[[[[[[[....)))..]]]]....]]].]]]]...........((((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).)))))).....................(((......[[[[.[[[[)))..]]]].]]]](((((....(((.........[[[[.)))....]]]].((((((((....((((....(((((((....(((((.(((((.((((((((.....(((.....)))((((....(((((((........((((.(((.............))).))))......)))))))......))))..))))))))(((.(((..........))).)))..((((((...)))))).))))).))))).......))))))).....))))...)))))))))))))(((((((((.....[[[[[[...)))))))))((((((..((((....)))).))))))...........]]]]]](((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).((((..(((....((((.....((((((((((.(((..((((......(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))......))))..))).))))))))))....))))........(((...)))..))).))))..(((.....)))....... |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...)))))))(((.(((((((((((((...))).)))).)))..))).)))........(((((((..((((..(((((((.(((((((.......(((.((((((.....))))))))).(((.....))).......(((...(((((((((((((.((((.((....((((((...))))))..))..)))).))))))((((........(((((....))))).......))))..)))))))..))).))))))).))))..)))....)))).(((((....(((((..((((((((........(((((.(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))))...))))))))............(((((......)))))(((((((((....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..)).(((((........((((((((..........))))))))........))))).......(((((..(((((((.((.(((((..........))))).(((((......((.((((((((((((...))))))..))))))))..)))))(((((.((((...)))).)))))((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))).((((((((.....)))))))).......((((((...))))))......)).)).)))))((((((((((((((...)))).)))))))))).((((((.....))))))..((....((((((.....(((((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).(((((.((((((((((.....)))))))))).........((((...........))))...((((.........)))).(((((.((((((.......(((......))).((((((.(((((........)))))))))))..((((((.(((..(((((...)))))..)))...)))))).))))))...)))))........(((..(((((((...(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((((..((....(((((((....(((((.(((((.......(((((((........))))))).((.(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))).))..((((((((.......)))))))).(((((...)))))....((((((...)))))).))))).))))).......)))))))....)).)))).)))))))))))))(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).)))))..))).))))))).((((((...((((..((((........))))..))))...))))))......))))).((((((((.....)))))))).......)))))))))))))...)).))))).)))))))))......((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).))))).....)))))......)))).))).(((((.(((.....))).))))). |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((...............((((...))))..(((((((((..((..(((((((....)))))))..))...)))..)))))).................................((((((..(((....)))))))))...............((((......(((((.((......)).))))))))).(((((((((...(((((.(((((....)))))......))))).)))).)))))...........(((((.((((.....))))))))).................................((((((((((...))))))))))......................(((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..))...............((....................))))..))))).)))).))).)))..((........((.....))...............(((.(((((((.(((.(((...........((.(((((((((((((((((((....)))))..))))))))).)))))))...((((((((.((((((((((((......)))))))))))).)))))))).......................((((((.((((......).))))))))).............((((((((((((((...)))).))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)..)))))).))))))))..(((....)))....(((((....)))))..................................(((((((..((((((.((((((......))))))))))))..)))...((....))..)))).....................((((....)))).......................((((.((((.....)))).))))))))))...))))))))))...(((....))))).......................((.((((.(((((....))))).)).))..(((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))....(.(((.((.((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))).)..((.((((((...))))))))....))))..(...(((....)))..)................(((((....)).)))..((.((((((((..((((((...(((((.(((((....))))))))))).)))))...))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))).))..((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.((.(((.....))).)).)))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...))))))).........((((((((...)))).))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((....(.............)....))))).)))))))))))...(((.....)))...((.(((.....))).))((((((.((((.((....((((((...))))))..))..)))).))))))............(((((....))))).....((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....((((..................................(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......(((((...(((((......))))))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((...................))))))))).........))))).)))).((....))..........(((.(((((((..........))))))).)))...............((((((...))))))(.(((((((((((((....)))))..))))))))..)...((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))))))..(((((((.....)))))))........((((((...))))))..........(.(......).)........(((((((.((.((((.....((((((.....)))))).......)))).))...)))))))((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....)).((((((((((.....))))))))))...........((....))....((((.(((((((.........))))....))).))))........(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.(((..(((((...)))))..)))...)))))).))))))))................(..(((((((...(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((((..((....(((((((....(((((.(((((.......(((((((........)))))))....(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))).....(((((((((....).)))))))).(((((...)))))....((((((...)))))).))))).))))).......)))))))....)).)))).))))))))))))).((((((((..............)))))))).((((((..((((....)))).)))))).))).))))...)((((((...((((..((((........))))..))))...))))))...........(((((((((.....))))))))).......).............................((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))....))))..))))))))))))))....))).)))............ |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((.......................))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((.........(((..((..((.(....((.....)....)...).))))))).((....))((....)).(..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..))).........(((((((((((...............))))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(..(..(((....)...))(...(((..(((((.....((....(((..((....))..)))..)).)))))..)))))((((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))....)).))))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((.......................))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((.........(((...(.(.....(.((...).............))))))).(......).........(..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.......(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))........)))......((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((..((((....(((((((((((((.((..........(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....((((..............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))((((((((((.....((((.......................))))...)).)))))))).......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((....((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....))))...))))))..(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((..(...........)..))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((...........((....................((((((.(((................))).)))..))).........((((.........(((((((......)))))).)........)))).......(((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..............(((((((((.................)..)))).))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).)))))))).))......(((((((.......((((.........))))....))))))).(....(...(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...))).)..)((((....))))....((..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))((...)).(((((.(((..(((((..((((......((........))..))))....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((..(...((....)))...))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))..)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((....(((((......(((((((.....)).)))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((..(.((..(.....)..)).)..))))).))))))))))).....))))).)))).)))).))))......(..((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))..)..((((...(((((....)))))....(((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....(((((....(((((.....................(((..(((((((.....))))))).((((.((.((((((..((((..(((..(((((....(((((.((((...((((((..(((((((.........((((((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((((((.(......).))))))))...))))).)))).((....)).....)))).((..(((((((..........)))))))..))..........)))))))..))))))...(((.(((((((((((((....)))))..))))))))..((((((((((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))..(..((((((((.....))))))))..)....((((((...))))))......((.((((.(............((((((.(((((..(((((((.(((.((((((..((((....(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))..(((....))).....)))).....(((((((((.(((((.....(((((.(..((((..((((..((((...(((((.(((((........))))))))))(((((((((.((((.((((.....)))).))))...)))))).....)))...)))).................(....).(((((((((.((((.(((...((..(((((((((..((((..((((........))))..((((...)))).....))))))))))))).)).....))).))))......))))))))).))))))))..).))))).)).)))...)))))))))..)))))).))).))))))).....((((.((((..(((((((((((.......)))))))).)))..)))).))).)..(((((.....)))))..)))))..(....)...)))))).).)))))).)))))))))))..))).(((((((((..............)))))))))....)))).)))))..))))).)))..)))).............(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).....)))))).)).)))).))).(((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))..))))).....)))))..))))))))))))))....))).))))..)).)).... |
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....(((.(((((.((((((......((((.((((.((((.((....(((((......)))))......))))))...))))...((.....(((.........................................................................................................................................................................................................................................((..(.((((((.........(((.....((((......((((............)))).))))((((((((.......((((..((((....))))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...))))(((((((((...((....((.....(((((...)))))))........((..(((((((..)))))..))..))......(......)....)).)))))))))))).)))))))...))...))).))..((.(((((....(((((.....((((((..((((((((((.(....((.(.....................)))........))))).....((((.....((.((((((.......))))))...))....))))....(((..((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))).......)))(...((((((((.(((.....)))........)))))))).)(((((((...(((((.(....((((((((((((((.((.((((((......)))).))...))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))..............))))).)..))))......(((.((....(((...(((........(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..))).............))).....)))..))).))).).)))).))..))))).)))))...))...(((((..((((((((((.....))))(((.(((((((((....(((((.....(((.....(((.((((((.....(..((((..((((((...........)))))).))))..)....(.((((((.....))..))))...)..............)))))))))..)))...)).))).))))))))).....))).(((.((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))............)))))(((((((...(((((((..(((..(((.(..(((((((.((.((....))))..)))..))))...)..)))..)))..)))).)))..))).)))).))))...)).)))).......)))))...)))...)))))))... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((............(((....((((.((.....))..))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((..(.((...........)).)..))))).)))))))))))...(((....(((.....................((((((.((((.......(((((.....)))))......)))).))))))............................................................((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....)))))))))....................................................................))).....((((.(((((........(((((.(((((......))))).................(((((((((.(((....)))..)))))).)))....))))).........((((((((.(......).))))))))...))))).)))).......((((((.....(((..(((((((..........)))))))..))).....(.((((..(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((((.(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))).(((((..((((((((.................((((((...)))))).................(((..(((((((((...)))).)))))..))).)))))))))))))......(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).))))).......)))))))))..)))).)...)))))).....................((..(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).))))).))...............)))...))).........))))))))...............................((((...........((..((((((............((((((.....(((((.(((((..................................((((((.((.....((((.((...............)).))))....))))))))......(((((((.........)))))))..................((((((...)))))).))))).)))))........))))))............))))))...))..(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).))))).))))..................((((.(((((((..(((((......((((....))))...........(((((((((.....))))))))).))))))))))))))))....................((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))............................................... |
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(....(((((((..........((((((((((.........((((((((((((((((....((((.......)))).(((((..(.(((.........))).)..))))).)))))))..(((..(((.(((.((((......(((...(((((((((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))......((((..(((((....))))).......))))..)))))))..)))..(((((..((((.((((.....)))))))).(((((((((.((((((.((((....(((..((.(((((((((.....)))))))))))..)))..))))..((((......(((((...(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((..((..........))..))))...))))).))))...((((((.((((((((.(((.....)))........(((((.(((((((((......(((((((((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))((((((((((((..(((..((..(((......)))..))..)))..)))))).(((((.(((((...........(..((.....((((((...))))))......))..)..(((((((..(((((((((...)))).)))))..)))..))))......))))))))))...........)))))).))).))))).))))))).(((((.((((..((((((((..((((....))))......(((....)))....))))))))(..(((...((((...(((....)))...)))).)))..)..........)))))))))..)))))))))....(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).)))))))).......)))))...)))))).)).....(((.((((.....)))).))).))))))......)))))....((((........)))).)))))))))).)))))))..))........))))).......))))))))))..)))))))))))).((((((..(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))..(((((((((((.......)))))))).)))......))))))..(((((.....)))))..)))))).))))...(((((...(((..(((((.........)))))..)))..((((.((.((((.....)))).)))))).....)))))..))))))))..)))).........((((((...(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...)))..(((......(((((((.((..(((((((((..(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))...)).))......)))....))))))((.(((.....))).)).... |