|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAAGCCCCCAGUGGGCGAAACCGCGAAUGGCUCAAUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACUAUAUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCACAAUAGCCCCAACUUCACGGAAGGGGUGCUUUUAUUAGAUCAAGACCAAUCGGGGCUUCGGCUCGUCUCUUGGUGACUCUGAAUAACUAUAGCCGAUCGCACGGUCUCGCACCGGCGACGUGUCUUUCAAAUGUCUGCCUUAUCAACUUUCGAUGGUAGGCUAUGCGCCUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUCGGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCAGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACGAUGCAGGACUCAUCCGAGGCCCUGUGAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAACUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCGGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUAUGGGUCUCGGUCGGGUGGUGCCGCCUCACGGUGGUCACUGCCUCGAUCGGACAAUUCAUUGGAUCGUUCGGGGUGCUCUUAACCGAGUGUCCUGGGUGGCCGAUACGUUUACUUUGAACAAAUUAGAGUGCUUAAAGCAGGUGCACCGCGCCUGAAUAUCACAGCAUGGAAUGAUGGAAUAGGACCUCGGUCUUAUUAUGUUGGUUUUCUGGACUUGAGGUAAUGGUUAACAGAGACAGACGGGGGCAUUCGUACUGCGACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGCAAGACGAACAACUGCGAACAAGUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAACCAGCGAUCCGCGGACGUUACUUGAAUGACUCCGCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGGGUUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCAGGCCCGGACACUGGAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCAGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUGCUAAAUAGACGAUGGAUCCUAGUGGUGGAUCGCUCUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUCUAGCCAUAUGAGAGUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGGAAGAAUCAGCGCGUCCUCCCUGUCCGAGAGGACCGGGUAACCGCUGAACCUCUUCCGUGGUUGGGAUUGGGGACUGCAAGGAUCCCCAUGAACCAGGAAUCCCUAGUAGGCGCAAGUCAUUAGCUUGCGUCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGAUUUAGUGAGAACUUCGGACGACUCGCCAGGGCAGCUCCGGGCCGCUCGUGGUGUGGUUGAAAGGUUGUUCAAACUUGAUCCUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....(((.......)))...)))))......(((......(((((((...((....((((((............(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((..((....))..)))))....(((((........(((((...((((....)))).....))))).......)))))..........((((.((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((...))))).)))).....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).))))))).))..........(((.......((((...((((......(((((.....(((((((((((((....))))).)))))))).....)))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))).....................................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((((.((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((.((((.....(((((.(((.....))).)))))......))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....)))))))......(((((((((((........))))).)))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((..(((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((...........)))).))))).)))))))).)))))))..))))))))))))))))).)))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((.(((((..(....(((((......((((((((((.(((((((.........((((....((((......))))....))))..............((((((..((((...((((((((((.....))))....))))))..))))))))))..)))))))....((((((..((((...)))).(((.(((..........))))))....))))))..(((((..(((((((((.((((.....(((....(((((((((.(((((((....((((((((.........))))).))).((((........(((((((((.....))))))))).((..(...((((((...(((((((.....))))))).........(((((......(.((.((........)).)).)..))))).......)))))).(((((......)))))...)..))..........))))...........))))))).)))))))))....)))...(.((((.((((((((...((...(((((.....((((((..(.((((((.((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........((((.(((((((((..(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).....(((((.(((..(((((..(((......)))..)))))..)))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....))))))))..))))))...)..)))))).....(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..)))))))...)))))))...((((...(((((((.((((......)))))))))))(((((((((.((((.(((((...))))).)))).))).......))))))...))))....)))))))).)))).)..))))...)))))))))..)))))...))))))))))..........((....))....)))))...)..))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((((((....((....))...)))).)))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((.((((...((((..((((((....((((...((((((..(((....)))...(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))....))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))).)))..)).)))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......)))((((((((((....))))))))))......)) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................((......(((((............)))))))...................................................................((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....))))))))).............................................((((........)))).......................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).......................................(((((((...................................)))))))......................................................................................................................................................................................(((((((...))))))).............................((((((((((.................))).)))))))..(((((((((((((((..........((((((((((((((.....................)))))))))))))).........................))))))))))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((...............)))))))).................................................................................................................................................(((((((..............................)))))))............................................................................................(((((.......)))))...................(((((.....)))))................................................................(((((((..............................................)))))))...................................................(((((((((.....)))))))))................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((((((((.................................))..))))))....................................................................................(((((............))))).....................................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((....)))).)))))..)))...........................................................................................................................................................................................................((((......))))...............................................................................................((((((((.....................)))).))))............(((((...(((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................(((..........((((.........)))).......)))..................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((...(((.((((..((((((.((((.......))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))).................)))))))...)))))..................((..((((((((...........((((((((....))))))))...........)))))))).))..(((((.((((((.........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))).........................((((.((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......)))))).))))).)))))...)...))))))))))))))))))...)).))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................((((..(........(((..........))).........)....)))).......................................(((............)))...................(((......(((((..(......)..))))))))..............(((((....(((....)))......)))))......................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))....................((......))....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).)))...............................................))))).)))...........................................................................((((((((....................................))))))))....................((((......))))................................................................................................((((((((((...............))))))).)))...((((((((.((((((......(((.((((((((((((((.(..((........))..)..))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((...(((.((((..((((((((((((....)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))......................................................((((((((...........((((((((....))))))))...........))))))))......((((.((((((.........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......)))))).))))).)))))...)...)))))))))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..((....))............(((((((..................((((.....)))).........................(((......................(((((.....))))))))............((.((((((...((......(((((..((....))..)))))))...)))))).))....(((((.((((((((((...................................((((.((((.....))))))))................((((((...(((((....(((((((((.....)))))))))))))).............(((((((.....)))))))((((.((.((((........)))).)).).))).....))))))............((((...(((((......)))))))))............................))))))))))...)))))................((((((....))))))..................(....)...(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).......................((..((((((((((((((((((....))))).))))))).)))))).))......((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))..................................(((((((...))))))).......................((((((((....))))))))...................................................(((((..(((((((...(((........)))....)))))))..))))).((((.......))))...............................................((((.........)))).......................((((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))(((((((..((((.....)))).)))))))........)))))..............................((((.((((.....)))).))))..)))))))...(...((((......((((.(((((((((((((......................................(((..(((((((((((((................(.((((((((.........................................................((.......)))))))))).)............(((((.....))))).............................((((...........)))).............(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).............))))).))))))))...............))).......................................)))))))).....))))).)))).....))))..).........((......))....................((((((((((....))))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((.......)))))..((((....(.(.(((..(((.(...(((((..(((((((((....((((.....)))).....................(((((....))))).....................)))))))))..)))))..).))).)))).)....))))........((((((..((((((((((((.(......................((((....(((((..(((((((((................((((.................))))...(((((((((......(((((((.........(.(((((((((.....))))))))).).............((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...)).....)))))))((((((((......((((((((((......)))))...(((((..(...(((...((((((.(((....)))..)))))).)))...)..)).))).....((((((....))))))(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)..............(((((((.........)))))))......))))).(((((((((((((((((((....))))).)))))))).........................((((((((((......))))))))).)..))))))........................((((...........)))))))))))).........((((..........((((((((....)))))))).(.(((((((((((((............................((.(((((.(((.((((((((...((((......))))....)))))).))..................((((........................))))....((((((....(...((((.........))))...).)))))).....))))))))..))(((...(((((((.((((......)))))))))))...)))))))))))))))))))))...((((((.(((.......((((....))))....)))...))))))....))))))))))))))))))..)))))((((((((..............((((.............))))..(((((((.........(((............)))...)))))))...((.((((..((((((((.(((((.(((((((...((....(.((((.......)))).)..))..))))).)).)))))..........(((((.......)))))((((.((((..........(((((.....)))))..))))..))))...))).)))...).)))))))..........)))))))).(((((((..............)))))))...))))((((....))))(((....)))..).))))))))))))))))))..((((((((....)).)))))).............)......(((((((((.....)))))))))......((((................(.(..((.(..((((.((........((((.(((..((((..(....((((((((.((((.((.....)).))))..)))).)))).....)..))))..))).)))).......)).))))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((()))))...(.....)(((((((((................((((....((((......))))....))))........((((..((((............))))(((((.....))))))))))......(((.((.((((((.(.((......(((((..((....))..))))))).).)))))).)).)))((((((((((((((((...((((...(((.................)))..((((.((((.....))))))))(((((((.......(.(((((((..(((((....(((((((((.....))))))))))))))(.....)......((((((((...))))))))((((.((.((((........)))).)).).)))....)))))))))))))))...(((((...(((((......))))))))))...................))))....)))))))))))..)))))................((((((....))))))((......((((....((((())))).(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....))))......))......(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).......(((((.......)))))((((.....(((((((...)))))))........))))......((((.((((((((....)))))))).))))....................((((((((..((((((......(((((((((..(((((((((.((((......))))))..)))))))..))))).((((.......)))))))).....))))))..)))).......(....)((((((...(...((((.........))))...))))))))))).........((((((((..((((((((.((((......))))))))))))..))((((((((..(((((...))))).))))))))......))))))..............................((((.((((.....)))).))))..))))))))((((..((((.(....((((.(((((((((((((..((((.............(((((((....)))))))(((((((((((((((((((.(((...........((.(((((((((((((..(((.........)))......)...................................)))))))))))).))....((((((.(((((.....))))).)).............((((()))))...((((...........))))(((....)))(..(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))).(((...((((((((....)).))))))....)))((....))((((.(((((((((.....))))))))).))))..)))).)))...))))).)))))))))(((.......)))))))).......(......).............))))......)))))))).....))))).))))....))))).))))....((((((....))))...................((((((((((....))))))))))..)).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((.((........((((........)))).........))...))))((.....................................((((..((....))))))........))..................(((((..(......)..)))))..................((........................)).......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......))))))))))).....((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)).)))))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................(((..((((((((((((..(((......)))...)))))).)))))).)).).............(((.(((((((......))))))).)))............................................(((.......)))...............................(((((((((...................))).))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((.(.((((......)))))..)))))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))............))))))))))..(((((((((((...........)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................))))...(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((.(((((..(((((...)))))..).))))..)))))....)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............((.....))...(((((((((.......((((........))))........)))..))))))......................................((((..((....))))))...................(((......(((((..(......)..))))))))..(((((.......((((..((...........)).....))))......)))))...........((((.((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).........(((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))...............................................))))).))))...................((.......))............................................(((...((((((((((((((((......)))).))))))).)))))))...)....((((......((((((((((......)))))))))).....))))........................((((((.......((.......))..))))))........................(((((((((...................)))))).)))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((.....))))))))))((((((.((((......(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........)..(((......((..(((((....)))))...))....)))....((((....(((((((((.....(((((.....))).................((....))........))...(((((...(((..((............))..))).....)))))..)))))))))....)))))))).)))))).....((((((...((......))..............(.(((((((.((((..((((..(((((.......))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))......))))))...)))))))))...)))))).................(((.(((((((......(.....(((.((((....)))).)))....).......))))))))))..((((((((((((.........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))....)..))))..)))..))))))))..)).))))...).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((.(((((.((((..((((((((...))).))))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((..........(((((((.....)))))))...(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...........(((((...(((...)))))))).....))))))(((((((.......((((....))))...)))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((((..((((((((.........))))).)))........((((.(((((((((.....))))))))).(((((...((((((...((((((((...))))))))(((.....((((........))))......))).......................)))))).(((((......)))))...)))))))))........))).(((....))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((..((((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....)))....(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((......(((((.((((......)))).))))).....))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).)))).......((((.((((((((....)))))))).))))(((((((((...(((((...(((((((...(((.((((((((....))))).))).....((((.((((............((((....)))).......(((((....)))))......(((((((...((((...(((....)))...)))).))))))).........)))))))))))))))))).........((((((....((((((((.((((......))))))))))))....((((.((((.(((((...))))).)))).)))).....))))))..((((((....((((.....)))).....((((.((((.....)))).)))).)))))).......)))))..))))))))).))))))))..))))))))).)))))...)))...((((....))))..........((((((((..(((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).))))....))))))....(((......[[[[)))......]]]]...........((((((....(((((((((.........[[[[[[[...........[[[[..[[[[)))))))))..]]]]..]]]]...]]].]]]]((((((.((((((......(((.((((....)))).)))....))))))...))))))....((((...((((((.....[[[.))))))....)))).....]]]....(((((((((.....)))))))))......))))))............)))))))).((((((...[[[[..........)))))).....]]]]((((((.....(((((((((((.((((....)))).)))......))))))))...[[[[.((((....))))......))))))..]]]].((((((((((....))))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...))).))))).)))).(((......))).((((((((((((((....))).....(((((.......(((.((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..((....))..)))))))...))))))......(((((..(((((........))))))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.....((....((((((((...(((.(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))))).(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..))))))))....)).((...((((((...((((......))))))))))..)).........((((.......))))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((.(((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....)).(((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))).........((((((((....)))))))).((..(((((((((...(((((....(((((((..((((((......((((.((((..(((((((...((((......))))....)))))))..))))..((((.......)))))))).....))))))..))))))).((((...........))))...((((.........)))).(((((.((((((((.....(((......))).((((((((.((((......))))))))))))...(((((((((..(((((...))))).)))))))))...))))))))...)))))..........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....)))))))..)))))..))))))))).))...)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))....(((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((.(((((.(((......)))...)))))))...))))).)).)))))...))))...(((((.......))))).((((....))))(((((((.(((((((((((.(((...........)))...)).))).))))))))....)))))..(((.((....))))).(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((.(((((((....)).)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))).....((((.((..(((((.((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).))))).)).))))...((....)).)))).((((((((....)))))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.(((((..............(((...((((((((..((............((..(((...........................................................((((.....))))...................((((((...(((......((((............)))))))...)))))).............)))aa))..AA((..(((((((((.................(((((((((.((((((.............((..(((......bb(([[...(((((....(((((((((.....))))))))))))))......)).....((((((((...))))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))]]))BB.............(((...(((((......))))))))...............................)))))).)))))))))................((((((....))))))...........(((((((((.(((((((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........................(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).........................((......(((((((...))))))).........))............((((((((....)))))))).)))))))...))))))))).......................................((..........{{{{{{{{{{{{{..{{{{))..}}}}...((((.......))))..}}}}}}}}...}}}}}..(((...(((....)))...))).....((((.........)))).......................((((((....((((((((.((((......))))))))))))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).....))))))...............................ccc..)))))))))..))CCC.)))))))))).))).......((((...((......))))))...))))).)))))))))...((((((......))))))......(((((((((((((..................(((((((..((.....................................................<<.......))>>))))))).......((((....((((.....))))..................................................................((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))...........((((((((....)).))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).......))))).)))))))).........................................(((.(((((((((.((.....)).)))).)))))..)))....................................................(((((((((....)))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..)..((((..................................(((((((..((....))))))))).....))))......((((......((((((.(......).)))))))))).((((((......(((((.(((.(......))))....)))))....).)))))..........((((((.((.(....))))))))).................((((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....))).))))))).)))..)........................................))..))))).)))..((....)).((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................((((.(((((((((((((.((((....)))).).)))))).))))))))))...((((((.(((.((((.((((((......)))))).)))).))))))))).......................((((((.((((.........))))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))..(((....))).))))....................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....))))).......................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((....(((...........))).))))..)))))).).((((((((.....))))))))...)))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((((.(....((((((((....))))))))...))))))..)))))))))))..((((((.(((((.........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((((((((.....(((....))))).)))))).)))).......))))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..........((((((((...)))).))))...(((.(((..(((((((....)))))))..))..))))...((((((..................................(((((((..((....))))))))).....))))))..............(((((..((....))..))))).....(((((((.....(((((.((..((....)).))....)))))...)).)))))..........(((((((......))....)))))................(((((....((((....(((((((((.....))))))))))))).....)))))..............(((((.((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....))).))))))).)))..)........................................))..))))).)))...(....)..(.....)..(((.(((((((..........))))))).)))..............))))).....((.(((((((((((((.(((((....)))).).))))).)))))))))).....((((((.((.(((((((((((......))))))))))).))))))))........(((((.....)))))..(((((.((((.........)))))))))......((((((...(((((((((((((....)))))))))))))..((.((((((..........((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(((....)))....(((((....))))).......))).)))....)).......))))))..((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).................(((.(((((....)))))..)))....................(.((((.....)))).).........................(((....))).........................(((((((.(((((....))))).))).)...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....))))).))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((.(..(((((....))...))))))))..))))).))..(((((((.....)))))))....))))))............(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((((((((......((((((((....))))))))....)))))..)))))))))))..((((((.(((((.(......))))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))).))).(((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((((((.((..((...))...))).))).))))))).......))))..))).)))))))))).)).)))))............)))..(((((((....))))))).)))))))).. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...)))).)))).)))).(((......))).((((((((((((((....))).....(((((.......((.(((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..(......)..)))))))...))))))......((((....((((....))))......))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((......(..(((((((.......(.(((((((...........(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))....)))))))))))))))...(((((...(((((......))))))))))................)...........))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((...(((((((((((((...(((.....))).........)))))))))))))........(((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))).........((((((((....)))))))).....(((((((((...(((.(.....(((((...((((((......(((.(((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))..(((.......)))..))).....))))))...)))))...(((....)))...((((.(((((((.........))))....))).)))).........((.(((((.(..((((((((.((((......))))))))))))..)(((((.(((..(((((...)))))..)))))))).....)))))))..(((((......................((((.((((.....)))).)))).)))))........).)))..)))))))))......)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))...((((((((((((((.(((((((((((..(((.(((((.(((((((.((........(........)..........))................(((((.......))))).((((....)))).))))))).)).)))..)))..))))))))...........((.((((..((((...........))))..)))).))....(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((.(((((((....)).)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))))....((((.((..(((((.((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).))))).)).))))............)))).((((((((....)))))))).......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...............(((....(..(((.....)))..)).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................))))...)).)))))).)......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((..........((..(((..(.(.....(...)..(.....)..).).)))))..((....))((....)..).((((((((((......))))).))))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..))).(((.(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.(.....(((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...)))((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))...((((.((((((.........))))))....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...).((((((((((..(((((((((((.((((...))))..((((((((........((....(((.......)))...)).))..))))))........(((......((....(((......(........((((........(((.....))).........)))).......(((((..((....))..)))))..((((((((((.....((((......................))))...)).))))))))......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))........((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(.........((((.(((((......(((((.(((..(.((.((.(.........)).).)).)...))).)))))...............(.((((((((......)))))))).).................((....).........)((((...))))(((......)))................................(((((((((((...............))))))).))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))).....))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...............(((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((.(((.(......((........))..))))....)))))..)))))))))...(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((..((((.((((..(((((...((...).)((.....)))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))........)))(...)..((((..((.....))))))..(......)(..(((.(((((((.....(((....((((((((....))))))))....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))).))))((....)))).))))..((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((.....))))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((.(((((..((....(((.......)))...))........((((.......(((.....(((....(((((...............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................))))...)).)))))).)......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).).((....)))))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((..........((..(((..(.(.....(...)(........).).).)))))..(......)...........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))..........(((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))).))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))...((((.((((((.........))))))....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...).((((((((((..(((((((((((.((((...))))..((((((((........((....(((.......)))...)).))..))))))........(((......((....(((......(........(((((....)..((((.........))))...)))).......(((((..((....))..)))))..((((((((((.....((((......................))))...)).))))))))......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))).......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))..(((((((...........(((((.......((....)(((..(...(.((..(.(.........))...)).)....)..)))....................(((((((......)))))))......).............((.((.......)).))((((...))))(((......)))................................(((((((((((...............))))))).))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...)))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))))....)))((((....((((..((((....))))...))))...........))))...(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((............(((..(((......)))..))))))))..))))))))).....(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))))).(((..((((.((((..(((((....(...)..((.....)))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))))))))......(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))......((....))........(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((.....))))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...)))).)))).)))).(((......))).((((((((((((((....)))...(((((((.......((.(((((((..{{{))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...........(((((............))))).....))))))......((((..(.((((....))))).....))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.........(((((((.......(.(((((((.(.........(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..((((((((...))))))))(((...((((((.(.....))))).))...)))...))))))))))))))))...(((((...(((((......)))))))))).............((((.......))))))))))).)))))))))..))))).))...}}}((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((...(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).......((((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....)))))))).....(((((((((...(((((....(((((((..((((((......(((.(((((.((((((((((.((((......))))))..))))))).)))))).((((.......)))).))).....))))))..)))))))..(((....)))...........((((.........))))....................((.((((((....((((((((.((((......))))))))))))...(((((.(((..(((((...)))))..)))))))).....))))))))((((((....((((.....)))).....((((.((((.....)))).)))).)))))).......)))))..)))))))))......)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))...((((((((((((((......((((((..(((((((((.(((((((...(((......................)))..........(((.....(((((.(....)))))).[[[[))).]]]].))))))).)).)))).)))..))))))...........((((.((((..((((...........))))..)))).)).)).(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((((((((((....)).))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......))))).......))))).))))))))).(((((((.....(((((.((((.(((..((((......((((((((((((((.(((...))).)))).))))).))))).......))))..))).)))).)))))....))))...).)).....))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((...((((((.......................................(((((..........................................(((....)))(((.....))))))))......(((......(((((............)))))............................................((..((((.......................(((.....)))..((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).)))).................................................................................................................................))))..))...)))........................)))))).............(((..............(((.....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((((..((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...))))))).........................((...)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)....((..((((....))))..))............))))))))))..(((((((((((...........)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((........((((........((((.......))))..........)))).........))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.((((...(((.....((((((.((((.(((((((..((((((...........................(((((((((.((((((.........)))))).(((.....)))........................)))))).(((((((..(((((..((((......(((((..((....))..)))))))))..)))))......................................((((................((((...((.....))..))))........................((.(((....((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))))).)).....................................................................................................................))))....))))))).)))......(((......)))............))))))..............((((.((((...................))))..))))..(((((((..((((((.((...((((..(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))..))))..)).))))))..)))))))...((....))............((((.........)))).))))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((....(((..(..((..((....))..)))..))))))))..))).((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((..((((.((((..((((......................))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))............))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((........((((.......))))..........))))...)...))))..)))..)))))))...)).)))).......)))).))))(((.(((((....))))).)))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((..(....(((((......((((((((((.(((((((.........((((....((((......))))....))))..............((((((..((((...((((((((((.....))))....))))))..))))))))))..)))))))....((((((..((((...)))).(((.(((..........))))))....))))))..(((((..(((((((((.((((.....(((....(((((((((.(((((((..((.(((.(((...((((...(((.((((.............(((((((((.....))))))))).(((((..((..(..(((....)))..)..)).(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).))))).)))).)))..((((...(((((......)))))...)))).))))....))).))).)).......))))))).)))))))))....)))...(.((((.((((((((...((...(((((.....((((((..(.((((((.((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........((((.(((((((((..(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).....(((((.(((..(((((..(((......)))..)))))..)))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....))))))))..))))))...)..)))))).....(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..)))))))...)))))))...((((...(((((((.((((......)))))))))))(((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).......))))))...))))....)))))))).)))).)..))))...)))))))))..)))))...))))))))))..........((....))....)))))...)..))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((.(...(((((.......))))).))))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((.((((...((((..((((((....((((...((((((..(...(.((.(((((...((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))))))))).)..((((((((....)).)))))).)..))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))).)))..)).)))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.(((.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......)))).((.(((((.((((((.(.(((.((...(((((.......)))))......)))).)...)))..............))))...)))))............))..((...(((.((((.........((......((((......((((..........)))).))))((..((.(......((..(.......).....))..)))))..(.((((....)..))).......(.......................))..........(.......)............((.((.....(((...((((((.......)))))))))...))...))..........(((.....(...)..))))).)))))))...)).))((((...((.(((......((.(((...((((.((.....((.((((.......((.....................))...........)))))).))......)....((.((((......)))))).................)..........................)).)))....)).....))).....)).)))).(((...((((((((.))))))))....)).)...((..(((....(.((((((((((((((.((((((.....)))).))...))))))))))))).....((....(((((((.......(((((((...(.((...(((....))).))...).)))))))..))))).(((((.(((((((.((((((..(...(((.((((((..(((((((..........)))))))...))).............))).....)))...)......))))))...)))))))..............))))).......................................................((((((..(((((.........................)))))..)))).))..((((((((.....)))))))).............))))(((.((((((((...((........((((((((....))))))))....)).....)))))))).)).).((..(((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))).).))).....)).(..((.((((((...(((..((..(.(..((((((..((....)).)))))).......)...)....)).....)).)....))))))....))......)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((((((((.((((.....))))(((((....(((..((((.((((..((..........................................................................................................................................................................................))...))))...))))........))).((((((...((.........(((((..........)))))...))..))))))....(((.......(((((............))))).)))((((((((......((((..(((......)))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((...(((.....((((((.......)).)))).))).....))))...))))))....)))))))..(((...((.((((((........)))).))...))...))))))))))))).(((...((((((...(((((...))))).))))))(((((((((.(.((.(.(((((((....).))))))).))...)((.((.((((((..(.....(((......(((((((....(((....(((((..(.((....((((((((...(((...................))).......)).)))))).))......(.(...((((((......))).)))..)...).........)).))....((((.(((((...(...(((......))).....).....)))))....))))....(...(((((((((((...............))))))))))).)(((((((...(((((.(....((((((((((((((((.((((((......)))).))....))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.((....(((((...)))))........))....)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..).).).))).............................................................))))....))).......).........)))...))).....)).....)).))))))).))..((..(((((((((((.((((((((...((((((.......))))))))))).(.(((((((((.((((((((..((...............))....))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)..............((((.....(((......((((((((...))))))))....)))......)))).........((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).).)))...))))).)))))))))))(((((((...((((((((..(((..(((.(.((((...((((((((..))))).)))))).)...)..).))..)))..))))))))..)))))))...))))...)).)))(((((((((....)))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((.((((..((((.(((...)))..)))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((................................(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((.......((((..(......)..)))).))...))))))(((((((........(((....)))....)))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.....((....................................(((((((((.....)))))))))..................(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..............................(((((......))))).....................))..........))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((.....((((((((...((((..((((...................((((((((......)).)))))).........(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).................((((((((((................................(((((.......))))).........(((((((...)))))))....................................................................(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((...(((((((..((((....))))....(((.......)))...))))))).((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..))))))).......(..(((((....((((((((.((((......))))))))))))......((......((((.....)))).....))........))))).)............................)))))))).)).)))).)))).))))))))................((....)).))))))))..))))))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((((((......((((..(.((.....((((.(((.............))).))))....)))..)))).......))))......((((((.......................(((((.....)))))..........((((...((((..((((((......((...((((((..(................((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))...........((((((((....)).)))))).)..))))))....))....(((((((((.....))))))))).))))))..))))....))))...)))))))))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((.((((..(((((((.....)).))))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((.......(((.((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..((....))..)))))))...))))))......(((((...((((....)))).....)))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((((.((....(((((((.......(.(((((((.((..(((((.(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..(((((((.....))))))).)))))((((((........)))).))........)))))))))))))))))....((((...(((((......)))))...))))..........)).))).(((....))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((.....((((((((...(((((.((((...((((((((((......(((((((((....))).))))))..)))))).(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).)))))))))............)))).(((((((((((..(((....((((..(..(((.((((.((..((..((((..((((..(((((.....(((((((...)))))))........)))))....))))..((((((((....))))))))...(((((((((((((.....(((((((((((.......(((((((......)))).)))....(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))(..(((...((((...(((....)))...)))).)))..)..........)))))))))..)))))))......))))....(((..((((((((.((((......))))))))))))..)))))))))))))))).........))))..))..)))))))))..).(((......)))..)))).....)))))))))))).)).))))))))).))))))))................((....)).))))))))..))))))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((((((....((....))...)))).)))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((..(((...((((..((((((....((((...((((((..(((....)))...(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))....))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))..)))..)).)))))))))))))).)))))))(((..(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..)))..))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
