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AAUUCCAUUACUUGUAUAAACAAUCGUUGGGUUUUAUUCUGGCUCCGAGUGAACGCUGGUAACAUAUUUUAACACAUGCAAAUCGAACGAAAAGUAAAUUUACUUUAAGUGGUGACCUGGUGAGUAGUAUAGGAGAAUUGAAGUGUGGGUUAGGCUAAAUUCCUAAAAUUAUUAAAAAUAAAAGAUUUAUAUCGCCUACAAUAGAGCUUCUAAAGGAUUAGGUAGUUGUUGUAGUAAUUAUUCAACAAGCCGACGAUGCUUAGCUGGUUUGAGAGAAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAAAACGGCCCAAGUCUUCUAAAAGGGCAGCAGUGGAGAAUAUUUGACAAUGGGCGAAAGCUUGAUCGAGUAAUGUUACGUGGGUGAUCAGAAGGCUUAAUUGCCGUAAAACUCGUUUCGUCAAGGAUUAUAAUGCAAUCGUACUUGAAGGAGAAGCCCUGACUAACUUCGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACGGAGAGGGCGAGUGUUAUUCGCAUUGACUGGGUGUAAAGGGUGCGUAGGUGGUUUGUUAAGUUUCAAAGUAAAUGUUAAACAUAAAGUUUAAAGGCUUUUUAAUACUAACAGACUAGAGUUUAUUAGAAGAUAGCUGAACAUUAAGUGUAAAGGUGAAAUUUUUCGAUAUUUAAAGGACAUGCAAUAGGCGAAGGCUGCUAUCUAUUUUAAUACUGACACUGAGGCACAAAAGCAUAGGGAUCAAACAGGAUUAGAGACCCUGGUAGUCUAUGCCCUGACCGAUGAAUAUUGAUUAUACUGCGAGGUGUAAUUAAGCUAACGCGUAAAUAUUCCACCUGAGUACUACGACCGCAAGGUUAAAACUCAAAGAAACUGACGGAAGAUUGUAUAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUUGAUAUAACGCAAAGAAUCUUACCAACCCUUGAAUACAAGUUAUUUUAGCUGUGAUAAUGGAAUUUAUUUUCAUUCUCAUAAGCUCAUUAUAAGGAUCACCUGAGGAGGUGUAUCAUAUUGACUUGUACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGGCAGUUCGUGUUGUGAAAUGUUUUGUUAAUUCAUUUAACGGACGUAACCUUCAGCUUUAUUUGUUUUUGAAAAAAUAGAGCAAUAUUAAUUUGAAAAUUAAUUGAGAGGAGAAGAAGUCAAAUCAUUAUGGCCUAUAUAGGUUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUAAUUACAAUGUGAAGCGAAAAUGCGAGUUUUAGCUAAUCAUUAAAAAUUAAUCUUAGUUCUGAUUACUCUCUGUAAGUCGAGAGUAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGAAUAGAAUGUUGCGGUGAAUAUAUUCUCAAUCUUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAAUUGGUUUGAUUAGAAGUGGUAUAGGCUCAGAUUCUGAUGUCUUUUAAUUUUUUUUAAAGUUAUCGCAUCUUGGUACUAAUUACGACAAUUAGAUUAAGGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGGUAGGGGAACCUGCUGCUGGACAAAAUUUUUUUAAAGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............................(((((...[[[.))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..((((((((((....)))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((..(((.......)))......(((...)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((((.......))))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((........((((....)))).....))))..(...(((((....(........)....)))))...)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((((((((((((...(((......)))......)))))))))))).....(..((....))))))))))....))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((....))))))))...((....))...))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....((((((((((............................................................................))))))))))(((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((...))))..))))))).....(((((....))))).......))))...))))).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((((.((((((((((((((((((((((....(((((.(((((((((((..((((((((((.((......)))))))))))).)))).))))))))))))...))))))))))))))))))))))..))))..))....((((((((((....))))))))))...................
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((....(((((...((((...((..((......))..)).....((((..((((((....((((((..(((((.(((.((..((.....))....((((((..((.(....)))...)))))).......)).)))..)))))..(((((.......)))))........))))))...(((....))).(((((..(((((((.....(((((((.(((((((((((((((....(((.....(((((((((.(((..(.((..((((....((((((.((((.(((((.(((....))))))))..((((...............))))..(((((((((...(((....))))).))))))).......)))).))))))...(((......)))......))))..)))..))).......(((((...(((((((((((....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((((((((.(((((..(((((((....((((.(((.((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)))..))))))))))..(((((((((((((((((......((((((((..(((.......)))..)))))))).............(((....))))))))))..)))))))..))).)))..))))....((.(((((.((.............)))))))))....)))))))..((((.......(((((((((((....)))))))))))............((((((((((.((((.....((((....))))...))))......((.(.(....).).))......)))))))))).))))))))).))).)))))))................))))...(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))))))))))))))).)))))))))..(((((...(((((.((......)).)))))...)))))......((((.(((((((((..........)))))))))....((((((........))))))..))))..)))............(((((((.......)))))))......)))))))))...))))))...(((((((.(((((....))))).)))..)))).......))))))))))))))..(((((((........)))))))....)))))....))))))..)))).........))))..((((..((((...........))))..)))).....((((.(((.(....(((((((((((.(..(((((.((((((.((((..(((((.((((.((.....)).)))).))))).)))).))).))))))))..))))))))))))...)))).)))).......)))))..(((((((((....))))))))))))................) |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.......))))).((((..(((((.(((((((((.....(((......(((..((.....(((....))).....)))))................(((((((.((...(((((((.((((.......)))).....(((...)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((........((((....)))).....))))......(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((......)))))))...((....))...)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((..((((....)))))))...((...............................................))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...(.....)....)))))))..((.(((((....))))).))..........)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((....................................))..)))...)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).................... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((....)))................................................................((..((((((....))))))..)).....................................((.((((.......)))).............................))..........(..((((....))))...)((((((...........))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.(((....)))))))).......................................(((....)))................................(........).............((.(((((((((.......))))...))))).))............................((.((((((((((...........))))))).)))....))........((((((..(((((.(((((((((.(....(((((.....((((((.....))))))..)))))......))))))))))..................................................(((((((...((.((.......((((.((((((((.......(((((.(((..............................))).))))).......)))))))).)))).)).))...)))))))(((((((((....)))))))))((((..........((((((((((...((((...((((....))))...........................))))....))))))))))...))))......................)))))..))))))...(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))).......................((((((.......((((...........))))..))))))..........(((((((((..........)))))))))...(((((((....)))))))...........................((((((.......))))))..........................(((...(((.(((((....))))).)))...))).......................(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))................................((((.((((.......)))).)))).........................(((..(((.............)))..)))................((((((........................))))))......((((((((((....))))))))))................... |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((((.((.........(...(((((.......)))))...).....)).))))....)).....(((.(((..(((..((..((((((....))))))..)))))......(((.......((((((........(((((((((((.......))))).................(((....))).))))))......))))))........(((..((((((...........)))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((...........)))))(((((.....))))).))))))..((((((((((...(((((....))))).))))...........((((((((.....(((......)))...........(((.(((((.((............)).))))).)))...(((((......(((((.....((....)).......))))))))))....))))))))(((((..((((........((((.(.(((.((((((..((((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..))..)).))))))...((((((..(..(((((((..................(((...(((((........)))))...)))....(((....)))))))))).)..))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))))))..)))))....(((((((((((....)))))))))))((....))....)))))).....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..(..((((((.((((((((((....((((........))))........((((((......(((((((......((((((((.(((((((.....))))))).)))).))))........((..(((((....)))))..))......))))))).....((((..((((((.(....((((((...(((((.(........).)))))...))))))..........(((((((((..........)))))))))...(((((((....)))))))..............).).)))...)))))).......))))))...)).)))))))).)............((((....((.(((((....))))).))....)))).................(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))........)..)))))))))).))....(..((.(.((((.(((...(((((((((((....(((((..(((((.((((..(((((..((((((......)))))).))))).)))).))).)).)))))...)))))))))))...))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))).......((((...)))). |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((....))))....)))((.........))...........................................((..(((((((())))))))..)).................................(((((((((((.......))))............................)))))))......(((((((....))))).))((((((.(.......).))))))((((((((......(((((((.........)))))))....(((((.(((....))))))))((((.......)))).......................((((....))))(((((.(((....))).....)))))....(((......)))...........(((.(((((((((.......))))...))))).)))....................(((..(((((((((((((((...........))))))).)))...))))))))...((((((..(((((((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)..)))))))))))).................................................((((((((..((.((.......((((.(((((((((....(((((((.(((........((......))............))).)))))))....))))))))).)))).)).))..))))))))(((((((((....)))))))))(((((.........((((((((((...((((..(((((....)))).......................)...))))....))))))))))..)))))......................)))))..))))))(..(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).))))....(((..((((((((....))))).))).))))))))))))).............)))))))).((((((......(((((...........))))).)))))).....(....(((((((((.(......).)))))))))...(((((((....))))))).....)....................(((((((().....)))))))........................((((...(((.(((((....))))).)))...))))......................(((((((........))))))).((((...(((.........(((((((.........))))))).......))).....))))((((.(((.....((((.((((.......)))).)))).....))))))).............((((.((((...........)))).)))).(((((((((.((((((.....)))))).......)))))))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..((....((((....))))....)))))................((((((..((...(((((((.(.(().......).)...((.((...))))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......)))))))..((((...))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......(.((((....)))).)...))))......(((((...(.(.).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))....).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((((((((((((....)))))))))).((....))....))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....(((((((.............(..(((((.......)))))..)..................(.(............)..).......))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.....))..)))))))....(((((......)))))......))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)).)))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(..................(((((.(...(..(........))).))))................).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((....))))...((((........[[[[[.))))......]]]]].........................................(((((..........[[[[..)))))...]]]]............(((.[[[[[)))....]]]]]..........(((((..(((....)))..(((((((((....(((((....)))))...)))))))))...)))))...(((((((............))))))).(((..((((((.((((.(((((.(((....))))))))(((((.....)))))....((((....(((((((...(((((....))))).)))))))...)))))))).))))))...(((......)))......))).((((.(((((((((.......))))...)))))..)))).(((((......(((((((((..[[[[[..)))...))))))))))).(((((.....)))))]]]]]..........((((.(((.((((((((((......(((((.....((((((.....))))))..))))).......))))))))))..(((((((((((((((((......((((((((.....((((....)))))))))))).............(((....))))))))))..)))))))..))).)))..)))).......(((((......((((.....[[[[))))...]]]]...))))).(((.......(((((((((((....)))))))))))............[[[[[[[[[[(((((.....((((....))))...)))))..........)))..............]]]]]]]]]].((((....((((........)))).......))))..(((((..[[[[[[[[[....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).....)))))..(((((....)))))........]]]]]]]]]....(((((...[[[[[.)))))((((((...(((((............)))))...)))))).]]]]]....(((((((((..........)))))))))....((((((........))))))................((((((.(((((((.......)))))))..[[[[[.....)))))).......]]]]].........(((((...(((((((((........)))).(((((.(((....(((((((........))))))).))).)))))...)))))...)))))....(((((((.[[[[[[...))))))).............]]]]]]..((((.((((.......)))).)))).....((((((.....((((...))))[[[[[(((((......)))))..))))))((((((...((((((.....))))))......((((.......))))....))))))(((((((((....)))))))))]]]]]............... |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................((((......))))...............................................((.......))..............................................................((((((...........))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.((......))))))).....................................(((((....))))).............................(((......))).(((..((((.....(((((..................))))).......(((((......((((...((.......<<)){{{{{{)))))))))..}}}}}}...>>...................(((......(((((((((.((...(((((.....((((((.....))))))..))))).....)))))))))))......((((((((((((((....................................................(((....))))))))))..)))))))...........))).....((((((........((((.........)))).....))))))...............(((((((((((....)))))))))))((....))....(((((((((((((((.....((((....))))...)))))...........................)))))))))).........................................((..((((((((.....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).))).....)))))))))).....................((((((...((((..........aaa.))))AAA))))))..........(((((((((..........)))))))))....(((((......)))))............................((((((.......)))))).................................[[...[[..))))]])))]]..............................(((((((........)))))))....................((((((...........))))))..................................((.((((.......)))).)).........................................................(((((((((.(((((.......))))).......)))))))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((.((...((((.(((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..((.((.((.(....).))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.......)))).......(...)......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((((....))))))...))))...((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.(((((((......)))))))...((....))...))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).)).(...(((((((.((..((.(((((..(((..((((....)))))))...((...............................................))..))))).))))((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.(.....).)..)))))))..(..(((((....)))))....)..))))..)))).).)).)..))))))))....))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....................................))..))))..))))))...))))).))))))..))).)))))).))(...)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((.......((......((....))......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.......)).........(...).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((........((((....)))).....))))......(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))..))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((......)))))))...((....))...)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((((...((...(((....))).))....((...............................................))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...(.....)....)))))))..((.(((((....))))).))....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((............................................)))...)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))......... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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