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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00764



RNA: CRW_00764
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((.......)))).........................((((((((((((((....))))))))..)))))).......................................((.((....)))).......................................................................................((((((...........))))))...............((((((....((((.((((((((((..((((.......)))).......))))......)))))).)))).....))))))(((((((...........)))))))..((((.((((((((..............................................)))))))))))).............................(((((....................)))))..................................................................((((((((.........))))))))...........................................((((((.....))))))................(((((((((....))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.......))))...........((((((....((((((.((((..(((....)))..........))))))))))((((((....((((.....)))).(.(((...(....((...((.(((((.((((((.(..((....)).............(((((((......))))))).).))))))....(.((((.((.((..((((((.....((((((((...((..((.............)).......))..)))))))(((((.((((((....((((.((((((((((.(((((.......)))))......)))))......))))).)))).....)))))).)..)))).)....))))))..)).)).)))).)......(((((((.....((((.((((.((((((......(((.((((..((((((.(((((((................)))))))..((....))........).)))...)))))))))......)))))).)))).))))................(.....((((((......)))))).....)))))))).........))))).))...))...)...))).)....))))).)......(..((.(..(((((.......)))))...).))...)......((((((((....))))))))..))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((.......))))((.......................((((((((((((((....))))))))..)))))).........................(...((...(((((((.((....)))).))..))))))(((((((......))))))).................(((..(((((((......(...(((((((.......(.(((((((...........)))))))))))))))..)...((((((....((((.((((((((((.(((((.......)))))......))))......)))))).)))).....))))))((((((((.......)..)))))))..((((.((((((((..............................................))))))))))))........)))))))..)))........(((((((..................))))))))).((......))((((((........................(((................)))(((((((((.......)))))))))..((.......)).....................))))))(..((((((.....))))))...)............(((((((((....))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((..(((......)))....))).))))))(((((.....(((......)))..(((((((((((((....))))))))..)))))....)))))............((((((.[[[[.))))))............]]]].(((.....[[[[[[[[...........))).........]]]]]]]]....................(((((((.........(((((((.....[[[[[[))))))).))))))).........]]]]]]................((((((((......(((((((...(((((((.((((((((.(((.........((((((((((...........))))))).)))...((((((((.....((((((............)))))).................)))))))))))..))))))))...))))))))))))))....)))))))).............((((((((((.[[[[.......)))))))))).............]]]].((((((.((((((.((((.((((.(((((.((((((.......(((.(((...))).)))...))))))...((((....))))....))))).)))).))))....))))))............(((((((((....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.....((..(((((((((((((....(((........))).((.(((((....((((((((((((((....))))))))..))))))....))))).))...........((....)).(((((((((.((....)))))...)))))).(((((((......)))))))....(((((...)))))(((((((((((....((((....((((((.....(((.(((((((...........)))))))))).((((.((.((......)).)))))).....)))))).((((((......(((((((...(((((((.((((((((..(((((...))))).(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((..((......)))))))).................)))))))))))).))))))))...))))))))))))))....)))))).......)))).....))))))..))))).))))))))))))).))....)))).))))))....(((((......((.(((((.....(((((((((.......)))))))))..(((.....)))))))).)).(((....)))..((.....))((((((.....))))))................(((((((((....))))))))).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................((((((((((((((....))))))))..))))))............................................................................................................................(((.......................................)))........((((((....((((.((((((((((........................))))......)))))).)))).....))))))(((((((...........)))))))..((((.((((((((..............................................)))))))))))).............................................................................................................................(((((((((.......)))))))))............................................(((.........))).................(((((((((....))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.........(((((((((((((....(((........))).((.(((((....((((((((((((((....))))))))..))))))....))))).))...........((....)).(((((((((.((....)))))...)))))).(((((((......)))))))....(((((...)))))(((((((((((....((((....((((((.....(((.(((((((...........)))))))))).(((.(((.((......)).)))))).....))))))..((((.......((((((....(((((((.((((((((..((((.....)))).(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((..((......)))))))).................)))))))))))).))))))))...))))))).)))))).....))))........)))).....))))))..))))).))))))))))))).......)))).))))))....(((((...................(((((((((.......)))))))))..(((.....)))...........((......)).........((((((.....))))))................(((((((((....))))))))).))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((((((((((.......((((...........(((((((((((((((((((....))))))))..))))))..[[[[[[..((((.....(((((((....(((...))).....((((..((((((.(((((((((((((......)))))))...........))))))......................(((((((.........(((((((...........))))))).)))))))...)))))).........))))......))))))).))))..........)))))(((((((.((((((((..(((((...))))).(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((............))))))...........]]]]]])))))))))))).))))))))...)))))))....)))).(((((((..................)))))))....(((((((((((((((.................((((.((((((..................(((((((((.......)))))))))....))))))....))))................))))))).))))))))..............))))).......(((((((((....))))))))).))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.....((..(((((((((((((.((...((((.((...(((((..........((((((((((((((....))))))))..))))))..(((..(((((..(((..(((((((.((((....(((....))).....))))......((((((((((......(((((..((((((((((((....((..((((((.(((((......)))))....))))))..))....)))).))))))))..)))))....))))))..))))...................)))))))..)))...............(((((((.((((((((................(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((..((......))))))))..((....)).......)))))))))))).))))))))...)))))))....)))))...)))...............))))).)).))))..))))))))))))))).))....)))).))))))....((((((.((((((.((((.((((..((((.(((((.(((.((((......)))).......))))))))..(((....))).......))))..)))).))))....))))))............(((((((((....))))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.........(((((((((((((....(((........)))....(((((....((((((((((((((....))))))))..))))))....))))).......................(((((((((.((....)))))...)))))).((((((........))))))....(((((...)))))((((((((((((((.((((....((((((.....(((.(((((((...........)))))))))).(((.(((............)))))).....))))))(((((((.......((((((...((((((((((((((((..(((((...)))))((((((((...........))))))).)((((.((((((((.....((((((..((.(...))))))))).................)))))))))))).)))))))).).))))))))))))).....)))))))......)))).))).))))))..))))).))))))))))))).......)))).))))))....((((((........((((......((((((((((....).)))))))))..(((.....)))..........((((....))))........[[[[[[.))))]]]]]]................(((((((((....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.....((..(((((((((((((.((.(.((((.((...(((((..........((((((((((((((....))))))))..))))))..(((..(((((..(((..(((((((.((((.(..(((....)))...).))))......((((((((((......(((((..((((((((((((..(..(..((((((.(((((......)))))....))))))..)..)..)))).))))))))..)))))....))))))..))))...................)))))))..)))...............(((((((.((((((((................(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((..((......))))))))......(........).)))))))))))).))))))))...)))))))....)))))...)))...............))))).)).)))).)))))))))))))))).))....)))).))))))....((((((.((((((.((((.((((..((((.((((((.((.((((......)))).......))))))))..(((....))).......))))..)))).))))....))))))............(((((((((....))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(..)..(((..)))..((..)).(((((....(((((((.((((.....((...........))..))))))))....((....))...((((((..((((((..(((.(((.((((((((.(..(((((((((((.((....)))).))..))))).((((((((((((.(((......))(((((...)))))..((..)).((((((......))))))..).)))))).((((((...((..))....))))))(((..((..)).)).).....).)))))..).)..))))))))).))).)))((((((((.(((((((((.(((((((((((.(((...)))))(((((((..))((......)).)))).).((((((((((((....(.(..(.((.............)).)))..............)))))))))))))))))))))...)))))))).).)))))))).....(((((((.((((..((((((((((...((......)).))))))))))..).)))(.......)((((((.(((........).)))))))))))))))(((..)))..(((.((..((.............).)..)).(((..(((((.(.((.((((.(......)))))))))..))))..).))))).))))))))))))...)))...)))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.....((..(((((((((((((.((.(.((((.((..................((((((((((((((....))))))))..)))))).......................((....)).............................................................................................(((((......((.(((((((...........)))))))))......(((.((......)).)))........)))))........................(((((((.((((((((................(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....(((((..............))))).................)))))))))))).))))))))...)))))))....................................)).)))).)))))))))))))))).))....)))).))))))....((((((..(((((.((((.((((..((((.(((((..((........((.....)).....)).)))))...................))))..)))).))))....))))).............(((((((((....))))))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((((.........((((.......)))).....((((...........(((((((((((((((((((....))))))))..)))))...........((((.....(((.((....))..(((((.(((((.(((..((((......))))((((((......)))))).........)))))..))).))))).........)))....((((((.....(((.(((((((...........)))))))))).((((.((.((......)).)))))).....))))))....)))).........))))))(((((((.((((((((................(((((((...........)))))))..((((.((((((((.....((((((..((......)))))))).((.....)).......)))))))))))).))))))))...)))))))....))))...)))))...)))))))).....((..((((((.(((((((((((..((((.......(((.(((...(((...((((((......)))))).....((((((..(.......)..))))))...)))...)))..))).....(((....)))..))))..).)))))....)))..)).))))))..)).......(((((((((....))))))))).......